Latar Belakang: Stunting masih menjadi masalah kesehatan masyarakat yang serius di Indonesia, khususnya di wilayah timur seperti Provinsi Papua. Kabupaten Jayapura merupakan salah satu wilayah dengan prevalensi stunting yang masih relatif tinggi dan menunjukkan variasi antar kecamatan. Stunting berdampak jangka panjang terhadap perkembangan kognitif, kesehatan, dan produktivitas anak di masa dewasa, sehingga diperlukan analisis faktor risiko berbasis wilayah untuk mendukung perumusan kebijakan yang tepat sasaran. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor risiko yang memengaruhi prevalensi stunting pada balita di Kabupaten Jayapura tahun 2022. Metode: Penelitian ini menggunakan desain potong lintang dengan data sekunder yang bersumber dari Profil Kesehatan Kabupaten Jayapura Tahun 2022. Unit analisis adalah 15 kecamatan. Variabel dependen adalah prevalensi stunting balita (%), sedangkan variabel independen meliputi cakupan ASI eksklusif, cakupan imunisasi dasar lengkap, persentase rumah tangga dengan akses air bersih, dan persentase rumah tangga dengan jamban sehat. Analisis data dilakukan menggunakan RStudio meliputi analisis univariat, korelasi Spearman, dan regresi linear berganda. Hasil: Rata-rata prevalensi stunting balita di Kabupaten Jayapura sebesar 16,76%, dengan rentang 4,6% hingga 26,1%. Hasil korelasi Spearman menunjukkan bahwa cakupan jamban sehat memiliki hubungan negatif yang kuat dan signifikan dengan prevalensi stunting (ρ = -0,724; p = 0,002). Analisis regresi linear berganda menunjukkan bahwa jamban sehat merupakan satu-satunya faktor yang berpengaruh signifikan terhadap prevalensi stunting (β = -0,575; p = 0,010), sedangkan cakupan ASI eksklusif, imunisasi dasar lengkap, dan akses air bersih tidak menunjukkan pengaruh signifikan secara statistik. Model regresi mampu menjelaskan 66,3% variasi prevalensi stunting. Kesimpulan: Sanitasi lingkungan, khususnya akses terhadap jamban sehat, merupakan faktor dominan yang berhubungan dengan prevalensi stunting di Kabupaten Jayapura. Intervensi penurunan stunting perlu memprioritaskan perbaikan sanitasi lingkungan yang terintegrasi dengan program gizi spesifik.