Pesantren merupakan institusi pendidikan Islam tertua di Indonesia yang memiliki kontribusi strategis dalam pembentukan jaringan intelektual Muslim di Nusantara. Karakter pendidikan pesantren yang berbasis pada transmisi ilmu, internalisasi nilai-nilai akhlak, serta relasi kiai–santri telah melahirkan generasi intelektual yang berpengaruh dalam sejarah sosial-keagamaan Indonesia. Penelitian ini bertujuan menganalisis basis pendidikan pesantren sebagai landasan pengembangan jaringan intelektual Muslim di Nusantara serta menjelaskan bagaimana pola pendidikan pesantren menghasilkan jaringan ulama yang bersifat organik, hierarkis, dan berkelanjutan. Metode penelitian menggunakan kajian kepustakaan (library research) dengan analisis historis dan sosiologis. Hasil menunjukkan bahwa sistem pendidikan berbasis talaqqi, sanad keilmuan, kurikulum kitab kuning, kepemimpinan karismatik kiai, dan tradisi rihlah ilmiah merupakan fondasi utama terbentuknya jaringan intelektual pesantren. Jaringan tersebut telah membentuk struktur otoritas keilmuan yang berpengaruh luas terhadap pembentukan tradisi Islam moderat di Indonesia. Temuan penelitian ini menegaskan bahwa penguatan basis pendidikan pesantren menjadi keharusan untuk menjaga keberlanjutan intelektual Islam Nusantara di era modern.  Penelitian ini menyimpulkan bahwa penguatan basis pendidikan pesantren menjadi keharusan untuk menjaga keberlanjutan intelektual Islam Nusantara di era modern, sekaligus menegaskan bahwa pesantren tidak hanya berfungsi sebagai lembaga pendidikan, tetapi juga sebagai penjaga tradisi keilmuan Islam, sumber legitimasi intelektual, serta pilar penting dalam menjaga moderasi Islam yang berakar pada budaya lokal.