Penetapan kerugian keuangan negara merupakan isu penting dalam sistem hukum Indonesia karena memiliki implikasi administratif dan pidana, khususnya dalam perkara tindak pidana korupsi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaturan kewenangan penetapan kerugian keuangan negara serta menelaah disharmonisasi kewenangan antara Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) dan aparat penegak hukum dalam praktik penegakan hukum. Metode penelitian yang digunakan adalah penelitian hukum normatif dengan pendekatan perundang-undangan dan pendekatan konseptual. Data diperoleh melalui studi kepustakaan terhadap peraturan perundang-undangan, literatur hukum, jurnal, dan hasil penelitian terdahulu, kemudian dianalisis secara deskriptif-analitis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara normatif kewenangan penetapan kerugian keuangan negara berada pada BPK sebagai lembaga independen yang memiliki mandat konstitusional, sebagaimana dipertegas melalui SEMA Nomor 2 Tahun 2024. Namun dalam praktik penyidikan tindak pidana korupsi, aparat penegak hukum juga melakukan perhitungan kerugian melalui auditor internal atau ahli, sehingga menimbulkan disharmonisasi kewenangan yang berdampak pada tiga hal: disparitas nilai kerugian negara antarlembaga yang menjadi objek eksepsi di persidangan, terbukanya celah audit shopping dalam pembuktian yang merusak asas equality before the law, serta terciptanya administrative paralysis di kalangan pejabat publik akibat ketidakpastian standar penilaian kerugian negara. Penelitian ini menyimpulkan bahwa diperlukan langkah-langkah konkret berupa revisi UU Tipikor untuk mengunci kewenangan audit investigatif pada satu pintu, pembentukan perjanjian kerja sama antarlembaga yang berkekuatan hukum mengikat melalui Peraturan Presiden, serta penguatan kapasitas unit audit investigatif BPK guna menjamin kepastian hukum dan efektivitas pemberantasan korupsi