Pemodelan Interaksi Protein GF14–XopQ secara In-Silico sebagai Pendekatan Bioinformatika untuk Mendukung Studi Ketahanan Padi terhadap Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo)

Prasetyo, Nur Andita
Wijayanto, Yagus
Mas'udi, Ach. Fauzan
Mas’ud Hermansyah
Novitasari, Adin
Nisa, Aminatun
Muhtadi, Much. Misbah
Utami, Sri Rejeki
Pratama, Agus Wedi
Hermansyah, Mas’ud
Pinasthika, Stanislaus Jiwandana

Plumula : Berkala Ilmiah Agroteknologi
Vol. 14 No. 1: Januari 2026

Protein GF14 berperan penting dalam regulasi jalur sinyal pertahanan tanaman, sementara XopQ merupakan efektor utama yang disekresikan Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) untuk menekan imunitas padi. Akan tetapi, mekanisme interaksi GF14–XopQ belum dipahami secara komprehensif. Penelitian ini memodelkan interaksi GF14–XopQ menggunakan pendekatan bioinformatika melalui docking protein–protein menggunakan ClusPro dan estimasi energi ikatan menggunakan PRODIGY. Dari 30 cluster yang dihasilkan, Cluster 4 merupakan model paling stabil dengan energi bebas ikatan ΔG = –11,5 kcal/mol dan dissociation constant (Kd) ≈ 3,4×10⁻⁹ M. Analisis antarmuka mengungkap dominasi interaksi hidrofobik, ikatan hidrogen, dan kontak elektrostatik pada groove konservatif GF14. Temuan ini mengindikasikan bahwa XopQ berpotensi berikatan kuat dengan GF14 dan mungkin mengganggu jalur pertahanan padi. Hasil penelitian ini menjadi dasar bagi studi lanjutan seperti pemodelan mutasi, dinamika molekuler, dan validasi eksperimental.