Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.23
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Plumula : Berkala Ilmiah Agroteknologi
Pratama, Agus Wedi
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Energy Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology

Published : 1 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search

 1 
Pemodelan Interaksi Protein GF14–XopQ secara In-Silico sebagai Pendekatan Bioinformatika untuk Mendukung Studi Ketahanan Padi terhadap Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) Prasetyo, Nur Andita; Wijayanto, Yagus; Mas'udi, Ach. Fauzan; Mas’ud Hermansyah; Novitasari, Adin; Nisa, Aminatun; Muhtadi, Much. Misbah; Utami, Sri Rejeki; Pratama, Agus Wedi; Hermansyah, Mas’ud; Pinasthika, Stanislaus Jiwandana
Plumula : Berkala Ilmiah Agroteknologi Vol. 14 No. 1: Januari 2026
Publisher : Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, UPN "Veteran" Jawa Timur

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33005/plumula.v14i1.280

Abstract

Protein GF14 berperan penting dalam regulasi jalur sinyal pertahanan tanaman, sementara XopQ merupakan efektor utama yang disekresikan Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) untuk menekan imunitas padi. Akan tetapi, mekanisme interaksi GF14–XopQ belum dipahami secara komprehensif. Penelitian ini memodelkan interaksi GF14–XopQ menggunakan pendekatan bioinformatika melalui docking protein–protein menggunakan ClusPro dan estimasi energi ikatan menggunakan PRODIGY. Dari 30 cluster yang dihasilkan, Cluster 4 merupakan model paling stabil dengan energi bebas ikatan ΔG = –11,5 kcal/mol dan dissociation constant (Kd) ≈ 3,4×10⁻⁹ M. Analisis antarmuka mengungkap dominasi interaksi hidrofobik, ikatan hidrogen, dan kontak elektrostatik pada groove konservatif GF14. Temuan ini mengindikasikan bahwa XopQ berpotensi berikatan kuat dengan GF14 dan mungkin mengganggu jalur pertahanan padi. Hasil penelitian ini menjadi dasar bagi studi lanjutan seperti pemodelan mutasi, dinamika molekuler, dan validasi eksperimental.
Co-Authors Hermansyah, Mas’ud Mas'udi, Ach. Fauzan Mas’ud Hermansyah Muhtadi, Much. Misbah Nisa, Aminatun Novitasari, Adin Pinasthika, Stanislaus Jiwandana Prasetyo, Nur Andita Utami, Sri Rejeki Yagus Wijayanto