Pesantren merupakan lembaga pendidikan Islam yang memiliki karakter khas dalam membentuk keilmuan, akhlak, spiritualitas, dan kemandirian santri. Dalam perkembangan kelembagaan modern, pesantren tidak hanya dituntut mempertahankan tradisi keilmuan Islam, tetapi juga perlu membangun tata kelola yang profesional, transparan, partisipatif, dan bertanggung jawab agar mampu menjawab tuntutan perubahan tanpa kehilangan identitasnya. Artikel ini bertujuan menganalisis kerangka tata kelola pesantren berbasis nilai syura, amanah, dan mas’uliyyah serta menjelaskan bentuk implementasinya dalam pengelolaan kelembagaan pesantren. Penelitian menggunakan metode kualitatif dengan pendekatan studi kepustakaan. Data diperoleh dari Al-Qur’an, hadis, buku, artikel ilmiah, dan dokumen yang relevan mengenai manajemen pendidikan Islam dan tata kelola pesantren, kemudian dianalisis secara deskriptif dan konseptual. Hasil kajian menunjukkan bahwa syura menjadi dasar partisipasi dan musyawarah dalam pengambilan keputusan, amanah menjadi landasan integritas, kejujuran, dan profesionalitas dalam pengelolaan sumber daya, sedangkan mas’uliyyah menegaskan pentingnya pertanggungjawaban terhadap tugas, wewenang, kebijakan, dan dampaknya. Ketiga nilai tersebut dapat diimplementasikan dalam perencanaan program, pembagian tugas dan kewenangan, pengelolaan keuangan, pembinaan sumber daya manusia, pengawasan, evaluasi kelembagaan, serta penyusunan kebijakan internal. Penerapan tata kelola berbasis nilai Islam juga mendorong terciptanya budaya organisasi yang lebih adil, terbuka, dan berorientasi pada kemaslahatan. Dengan demikian, tata kelola pesantren berbasis syura, amanah, dan mas’uliyyah tidak hanya mendukung efektivitas organisasi, tetapi juga memperkuat keteladanan, kepercayaan, keadilan, dan keberlanjutan lembaga pesantren.