Pendidikan di era kontemporer banyak menghadapi tantangan moralitas. Pendidikan formal konvensional, terutama, menanggulangi persoalan tersebut dengan mengadakan program konseling. Pendidikan pesantren menjadi satu-satunya sistem pendidikan yang sejak awal dibentuk salah satunya adalah untuk mengatasi persoalan etika dan moralitas. Santri diberikan waktu belajar yang intens bersama dengan guru atau kiyai, termasuk juga dalam lingkungan tempat tinggal yang sama. Sehingga dapat lebih mudah mengontrol perkembangan santri baik secara etika maupun intelektualnya. Namun dalam konteks konseling modern, belum banyak yang menerapkannya dalam pendidikan pesantren, yang akhirnya membuat pendidikan pesantren terkesan sangat tradisional, sementara persoalan moral peserta didik mulai kompleks. Salah satu pesantren yang menerapkan program bimbingan konseling adalah Pesantren Assalafi Al Fithrah Surabaya. Sebagai pesantren yang berdasar ada ajaran-ajaran tasawuf, terutama tarekat Qadiriyah wa Naqsyabandiyyah, program bimbingan konseling di pondok tersebut memasukkan pemahaman-pemahaman tasawuf dalam konseling. Bimbingan konseling di pesantren tersebut juga tidak hanya berbasis pada masalah, tetapi juga pencegahan. Meskipun menjadi program yang aplikatif dalam menanaman nilai-nilai tasawuf, program konseling di pondok tersebut masih dalam tahap pengembangan, dan masih berjalan hanya di pesantren putri saja.