Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
1.203
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Biologi Udayana JBIO: jurnal biosains (the journal of biosciences) AL KAUNIYAH Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Bioma : Jurnal Biologi Indonesia Jurnal Agrotek Tropika BIOEDUSAINS: Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains AL-HAYAT: Journal of Biology and Applied Biology JCPS (Journal of Current Pharmaceutical Sciences) BIOSFER : Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Mukhamad Su'udi
Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Education Engineering Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology

Published : 12 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

 1 
DNA Barcoding Anggrek Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. Berdasarkan Penanda Molekuler ITS2 Mukhamad Su'udi; Dyah Wulan Budyartini; Zakiyah Ramadany
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 15, No 1 (2022): AL-KAUNIYAH: JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v15i1.16710

Abstract

AbstrakDendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. merupakan salah satu spesies anggrek yang telah dimanfaatkan sebagai obat herbal tradisional di Bali. Bagian pseudobulb dari D. linearifolium dimanfaatkan oleh masyarakat Bali untuk mengobati sakit telinga. Jenis anggrek ini menunjukkan kemiripan morfologi dengan anggrek Dendrobium faciferum J.J. Sm. dan Dendrobium crumenatum Sw. sehingga menyulitkan dalam proses identifikasi menggunakan karakter morfologi. Penggunaan DNA barcoding dengan penanda molekuler Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) diharapkan dapat digunakan untuk membedakan D. linearifolium secara akurat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi D. linearifolium menggunakan DNA barcoding ITS2 sebagai penanda molekuler DNA inti. DNA genom D. linearifolium Teijsm. & Binn. diisolasi dan digunakan sebagai DNA template dalam reaksi PCR. Amplikon yang dihasilkan kemudian diurutkan dengan cara sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan urutan sekuen ITS2 dari D. linearifolium Teijsm. & Binn. memiliki homologi tinggi  dengan D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92,57%). Hasil analisis bioinformatika menunjukkan urutan sekuen ITS memiliki variasi basa nitrogen yang tinggi dan spesifik yang menunjukkan ciri khas suatu spesies. Dengan demikian, urutan ini dapat dijadikan sebagai penanda molekuler dalam identifikasi spesies anggrek. Sebagai kesimpulan, sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler untuk identifikasi anggrek D. linearifolium Teijsm. & Binn.Abstract Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn is a species of orchid that has been used as traditional herbal medicine in Bali. Balinese uses the pseudobulb of D. linearifolium to treat earaches. This type of orchid shows morphological similarities to D. faciferum J.J. Sm. and D. crumenatum Sw. which raised ardurous to identify using morphological characters. DNA barcoding with the Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) as molecular marker is expected to distinguish D. linearifolium accurately and precisely. This study aims to identify D. linearifolium using ITS2 as a molecular marker. The Genomic DNA of D. linearifolium was extracted and used as template DNA in PCR reactions. DNA amplicons are then sequenced. The results showed that ITS2 sequence of D. linearifolium Teijsm. & Binn. has high homology with D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92.57%). The results of the bioinformatics analysis showed that the ITS sequence had a high variation and specificity of nitrogen base to indicate the characteristics of a species. Therefore, this sequence can be used as a molecular marker to identify an orchid to species. In conclusion, the ITS2 sequence can be recommended as a molecular marker for species identification of D. linearifolium.
Evaluasi Lokus Potensial matK dan ITS2 Untuk DNA Barcoding Anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. Mukhamad Su'udi; Fuad Bahrul Ulum; Muhammad Ardiyansah; Nurfajri Eka Fitri
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 17, No 2 (2024): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v17i2.33897

Abstract

AbstrakBulbophyllum lobbii Lindl. merupakan anggrek dari famili Orchidaceae yang berpotensi sebagai bahan baku obat herbal. Identikasi morfologi anggrek B. lobii memiliki keterbatasan karena kemiripan spesies dengan anggrek lain. Alternatif identifikasi secara molekuler menggunakan sekuen matK dan ITS2 sebagai barcode dalam DNA barcoding diharapkan menjadi salah satu lokus pembeda spesies anggrek B. lobbii secara akurat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi sekuen matK dan ITS2 sebagai penanda molekuler yang efektif untuk anggrek B. lobbii. DNA genom B. lobbii diisolasi dengan metode Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan amplifikasi DNA dengan PCR. Hasil penelitian menunjukkan sekuen matK dari B. lobbii memiliki tingkat homologi tinggi dengan dua spesies B. lobbii (KY966747.1 dan KY966691.1) dari China dengan nilai Per. Ident sebesar 99,20%, sedangkan sekuen ITS2 memiliki homologi tertinggi dengan nilai Per. Ident sebesar 99,76% pada spesies B. lobbii (MG253848.1) dari Polandia. Hasil analisis menunjukkan sekuen ITS2 dapat mengidentifikasi spesies dari tingkatan subspesies atau diatasnya (ordo atau genus) dan juga meningkatkan resolusi filogenetik yang baik pada hasil BLAST, sedangkan sekuen matK memberikan sedikit kontribusi dalam pengelompokkan hubungan kekerabatan antara spesies B. lobbii dengan spesies pembanding lainnya. Sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler yang paling baik untuk identifikasi sampel anggrek Bulbophyllum, khususnya Bulbophyllum lobbii.AbstractBulbophyllum lobbii Lindl. is an orchid from the Orchidaceae family which has potential as a raw material for herbal medicine. Morphological identification of the B. lobii orchid has limitations due to the species' similarity to other orchids. The alternative molecular identification using matK and ITS2 sequences as barcodes in DNA barcoding is expected to be one of the loci for distinguishing the B. lobbii orchid species accurately and efficiently. This study aims to identify matK and ITS2 sequences as effective molecular markers for the orchid B. lobbii. Bulbophyllum lobbii genomic DNA was isolated using the Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) method and DNA amplification by PCR. The results showed that the matK sequence from B. lobbii has a high level of homology with two B. lobbii species (KY966747.1 and KY966691.1) from China with a value of Per. Ident is 99.20%, while the ITS2 sequence has the highest homology with a Per. Ident value of 99.76% with the species B. lobbii (MG253848.1) from Poland. The results of the analysis show that the ITS2 sequence can identify species from the subspecies level or above (ordo or genus) and also improves good phylogenetic resolution in BLAST results, while the matK sequence makes little contribution in grouping the relationship between the B. lobbii species and other comparison species. The ITS2 sequence can be recommended as the best molecular marker for identifying Bulbophyllum orchid samples, especially Bulbophyllum lobbii. 
Co-Authors Agung Nugroho Puspito Ambar Yuswi Perdani Azizah Azizah Bambang Sugiharto Dian A. G. Perwitasari Dian Al Ghifari Perwitasari Dyah Wulan Budyartini Farah Syahidah Afsyah Abdila Fefi E Wardani Fuad Bahrul Ulum Gita Ayu Khoirunnisa Jelita Ahmaria Sabil Lailiyah Maulidatul Hasanah Lailiyah Maulidatul Hasanah Luluk Mukarrahman Moch Rosyadi Adnan Muhammad Ardiyansah Muslimah Arniyanti Nurfajri Eka Fitri Nuril Azizah Nuril Nuzulia Reza Selvyana Muhammad Sattya Arimurti Siti Rohimah Siti Rohimah Syafiq Ubaidillah Tri Ratnasari Veren Yuliana Saputri Wasiatur Roziqoh Yuni Wahyuni Yusfi Afidah Zakiyah Ramadany