Garuda - Garba Rujukan Digital

KAJIAN MOLEKULER LUMBA-LUMBA HIDUNG BOTOL (Tursiops sp.) ASAL LAUT JAWA BERDASAR URUTAN GEN CYTOCHROME C OXIDASE SUB-UNIT II (COX II) (Molecular Studies of Bottlenose Dolphins (Tursiops sp.) from Java Sea by Gene Sequences of Cytochrome C Oxidase Sub-Unit II (COX II)) Rini Widayanti; Yuda Heru Fibrianto
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 10, No 1 (2016): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

The purpose of this study was to examine the molecular basis of Tursiops sp. originated from Java sea based on gene sequences ofCytochrome C Oxidase sub-unit II. Samples of blood were collected from five male bottlenose dolphins from PT. Wersut Seguni Indonesiacaptivity. Total deoxyribonucleic acid (DNA) was isolated from blood samples, then amplified by polymerase chain reaction (PCR), sequenced,and the data were analyzed using MEGA version 5.1 program. The amplification result of the PCR product obtained 824 base pairs (bp), andDNA sequencing obtained 684 nucleotides constituent of COX II genes that encode 228 amino acids making up the COX II. Nucleotide andamino acid sequence of COX II bottlenose dolphins originated from Java sea has a very high homology to Tursiops aduncus that are 99.13%and 100% respectively. Phylogram by neighbour joining method based on the nucleotide sequence of COX II gene indicating bottlenose dolphinsfrom Java sea belongs to group of Tursiops aduncus.Key words: bottlenose dolphin, COX II gene, nucleotide, Jawa Sea

PENENTUAN SUBTIPE VIRUS AVIAN INFLUENZA DENGAN METODE SINGLE STEP MULTIPLEX REVERSE TRANSCRIPTASE- POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) ISOLAT ASAL PROVINSI ACEH Teuku Zahrial Helmi; Rini Widayanti; Aris Haryanto
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keberadaan gen M, H5, dan N1 virus avian influenza (AI) melalui metode single step multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), sebagai acuan untuk peneguhan diagnosis secara molekuler virus AI di Provinsi Aceh. Penelitian ini menggunakan 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang diperoleh dari Laboratorium Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I Medan di Sumatera Utara dari tahun 2006-2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi BPPV Regional I di Medan, Sumatera Utara. Amplifikasi terhadap gen matriks (M) virus AI menggunakan metode simplex RT-PCR. Hasil simplex RT-PCR terhadap gen M diperoleh 10 isolat yang menunjukkan pita deoxyribonucleic acid (DNA) pada 276 bp dan satu isolat yang tidak muncul, kemudian dilanjutkan dengan metode single step multiplex RT-PCR menggunakan pasangan primer gen penyandi protein N1, H5, dan M. Produk PCR 131 bp (N1), 189 bp (H5), dan 276 bp (M) muncul sebagai hasil elektroforesis dari semua isolat virus AI. Semua virus AI yang mewabah dari tahun 2006-2008 di Provinsi Aceh termasuk ke dalam virus influenza A subtipe H5N1.

ANALISIS FILOGENETIK ISOLAT VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 ASAL PROVINSI ACEH Teuku Zahrial Helmy; Rini Widayanti; Aris Haryanto
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 1 (2012): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Penelitian ini bertujuan melakukan studi filogenetik virus AI tipe A subtipe H5N1 isolat asal Provinsi Aceh yang dapat memberikan informasi secara molekuler tentang kekerabatan antar isolat virus AI tipe A subtipe H5N1. Sebanyak 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang dikoleksi oleh Laboratorium Virologi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I di Medan, Sumatera Utara selama kurun waktu 2007-2008 digunakan dalam penelitian ini. Metode penelitian meliputi preparasi sampel isolat virus, ekstraksi RNA, amplifikasi gen H, elektroforesis DNA hasil amplifikasi, sekuensing, dan analisis data hasil sekuensing dengan software MEGA 4.0. Hasil sekuensing diketahui bahwa daerah yang teramplifikasi sebesar 191 bp. Hasil allignment dari nukleotida 191 bp ditemukan urutan nukleotida yang menyandi 5 asam amino yang berbeda pada posisi asam amino ke-493, 498, 499, 504, dan 515 antara isolat virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh selama tahun 2007-2008 dengan isolat dari pembanding dari gene bank. Kontruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa virus AI subtipe H5N1 asal Provinsi Aceh tahun 2007-2008 mengelompok secara terpisah dari isolat Indonesia yang lain, tetapi masih dalam klaster virus AI subtipe H5N1 Indonesia.

STUDI KERAGAMAN GENETIK Tarsius sp. ASAL KALIMANTAN, SUMATERA, DAN SULAWESI BERDASARKAN SEKUEN GEN NADH DEHIDROGENASE SUB-UNIT 4L (ND4L) Rini Widayanti; Trini Susmiati
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 6, No 2 (2012): September
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Tujuan dari penelitian ini adalah mengaji keragaman genetik gen ND4L masing-masing spesies Tarsius yang dapat digunakan sebagai penanda genetik. Hasil polymerase chain reaction (PCR) gen ND4L menggunakan primer ND4LF dan ND4LR diperoleh 478 bp, setelah dilakukan sekuensing didapatkan sekuen gen ND4L sebesar 297 nt. Sekuen gen ND4L disejajarkan berganda dengan primata lain dari Genbank menggunakan Clustal W, dan kemudian keragaman genetik antar spesies dianalisis menggunakan program MEGA versi 5.0 (Nei dan Kumar, 2002). Di antara sampel Tarsius ditemukan satu situs nukleotida beragam, yaitu pada situs ke 162. Jarak genetik berdasarkan basa nukleotida ND4L dihitung menggunakan model dua parameter-Kimura menunjukkan paling kecil sebesar 0%, paling besar 0,3%, dan rata-rata 0,1 %. Pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor joining tidak dapat membedakan antara Tarsius dari Sumatera, Kalimantan, dan Sulawesi, dan mengelompokkan Tarsius dalam subordo Strepshirrini.

KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) Herrialfian H; Rini Widayanti; Hery Wijayanto; Jalaluddin J
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1247

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.

KAJIAN DEOXYRIBONUCLEIC ACID (DNA) BARCODE PADA SPESIES Tarsius bancanus, Tarsius spectrum, DAN Tarsius dianae DENGAN MENGGUNAKAN GEN CYTOCHROME OXIDASE SUB-UNIT I (COX1) Alnita Baaka; Rini Widayanti
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 7, No 2 (2013): September
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keragaman genetik gen COX1 pada Tarsius spectrum (T. spectrum), Tarsius dianae (T. dianae), dan Tarsius bancanus (T. bancanus). Sampel yang digunakan adalah 4 sampel jaringan T. spectrum asal Sulawesi Utara, 1 sampel jaringan T. dianae asal Sulawesi Tengah, 2 sampel jaringan T. bancanus asal Lampung, dan 3 sampel jaringan T. bancanus asal Kalimantan. Selanjutnya dilakukan isolasi deoxyribonucleic acid (DNA), amplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), pengurutan, dan data dianalisis menggunakan program MEGA v. 5.0. Hasil amplifikasi diperoleh produk PCR sebesar 1633 pasang basa (pb), hasil pengurutan DNA ditemukan 240 situs nukleotida dan 16 situs asam amino yang berbeda. Jarak genetika menggunakan Kimura-2 parameter paling tinggi 16,1%, paling kecil 0%, dan rata-rata 8,3%. Pohon filogenetika menggunakan metode Neighbor joining berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino COX1 dapat membedakan antara T. bancanus, T. spectrum, dan T. dianae, namun tidak dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dan T. bancanus asal Lampung.

KAJIAN DIVERSITI GENETIKA Tarsius sp. ASAL INDONESIA MENURUT URUTAN GEN NADH DEHIDROGENASE SUBUNIT 4 (ND4) Herrialfian H; Rini Widayanti; Hery Wijayanto; Jalaluddin J
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman genetik gen penyandi ND4 pada Tarsius bancanus, T. b. borneanus, T. dianae dan T. spectrum dan untuk penegakan taksonominya. Deoxyribonucleic acid (DNA) diisolasi dari biopsi jaringan masing-masing spesies Tarsius dengan cara diekstraksi untuk digunakan sebagai DNA cetakan dalam proses amplifikasi dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Primer yang digunakan dalam penelitian ini didesain untuk mengamplifikasi gen ND4 dan dilanjutkan dengan elektroforesis. Produk PCR hasil amplifikasi yang telah dimurnikan, selanjutnya dipergunakan sebagai DNA cetakan untuk reaksi penentuan runutan nukleotida. Runutan nukleotida gen ND4 hasil pengurutan dilakukan penjajaran berganda dengan primata lain yang diambil dari Genbank menggunakan Clustal W. Selain berdasarkan runutan nukleotida, gen ND4 dianalisis berdasarkan runutan asam amino dari basa-basa yang diterjemahkan mengikuti vertebrate mitochondrial translation code yang ada pada program MEGA versi 4.1. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbor joining. Hasil penelitian menunjukkan dari 1378 nukleotida ditemukan 119 situs yang bersifat beragam. Jarak genetika berdasarkan nukleotida gen ND4 yang dihitung menggunakan model dua parameter Kimura, terdapat nilai paling kecil 0,6%, nilai terbesar 13%, dan nilai rata-rata sebesar 6,1%. Filogram berdasarkan hasil runutan nukleotida gen ND4 yang menggunakan metode neighbor joining, dapat mengidentifikasi dan membedakan percabangan antar spesies Tarsius.

Title

Found 7 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 7 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 7 Documents
Search