The low learning outcomes of students in atomic structure material indicate the need for instructional materials that actively engage learners in the learning process. One alternative is a discovery learning-based teaching module that facilitates students in constructing concepts independently. This study aimed to determine the effectiveness of a discovery learning-based teaching module in improving students’ learning outcomes on atomic structure material. The research employed a quantitative approach using a pre-experimental method with a One Group Pretest–Posttest Design. The participants were 14 students of Class X Merdeka A at Madrasah Aliyah (MA) Al-Barkah Sumber Jaya. The research instruments consisted of learning achievement tests, learning implementation observation sheets, and student and teacher response questionnaires. Data were analyzed using descriptive statistics and N-Gain analysis. The results showed that the implementation of teacher and student activities reached 85.2% and 84.4%, respectively, both categorized as very good. Students’ responses to the module reached 92.86% in the strongly agree category, while the teacher response indicated a practicality level of 85% in the very practical category. Students’ learning outcomes improved significantly, as indicated by the increase in the mean score from 32.50 in the pretest to 85.36 in the posttest, while learning mastery increased from 7.14% to 100%. The average N-Gain score was 0.80, categorized as high, indicating that the discovery learning-based teaching module was effective in improving students’ learning outcomes. These findings suggest that the module can serve as an effective instructional alternative to enhance students’ conceptual understanding of atomic structure in chemistry learning. ABSTRAK Rendahnya hasil belajar siswa pada materi struktur atom menunjukkan perlunya penggunaan perangkat pembelajaran yang mampu mendorong keterlibatan aktif peserta didik dalam proses pembelajaran. Salah satu alternatif yang dapat digunakan adalah modul ajar berbasis discovery learning yang memfasilitasi siswa untuk menemukan konsep secara mandiri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas modul ajar berbasis discovery learning dalam meningkatkan hasil belajar siswa pada materi struktur atom. Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan metode pre-experimental dan desain One Group Pretest–Posttest Design. Subjek penelitian adalah 14 siswa kelas X Merdeka A Madrasah Aliyah (MA) Al-Barkah Sumber Jaya. Instrumen penelitian meliputi tes hasil belajar, lembar observasi keterlaksanaan pembelajaran, serta angket respon siswa dan guru. Data dianalisis menggunakan statistik deskriptif dan uji N-Gain. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keterlaksanaan aktivitas guru dan siswa masing-masing mencapai 85,2% dan 84,4% dengan kategori sangat baik. Respon siswa terhadap penggunaan modul mencapai 92,86% dengan kategori sangat setuju, sedangkan respon guru menunjukkan tingkat kepraktisan sebesar 85% dengan kategori sangat praktis. Hasil belajar siswa mengalami peningkatan yang ditunjukkan oleh kenaikan nilai rata-rata dari 32,50 pada pretest menjadi 85,36 pada posttest, dengan persentase ketuntasan belajar meningkat dari 7,14% menjadi 100%. Nilai rata-rata N-Gain sebesar 0,80 berada pada kategori tinggi yang menunjukkan bahwa modul ajar berbasis discovery learning efektif meningkatkan hasil belajar siswa. Temuan ini mengindikasikan bahwa modul ajar berbasis discovery learning dapat digunakan sebagai alternatif perangkat pembelajaran yang efektif untuk meningkatkan pemahaman konsep kimia pada materi struktur atom.