Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.61
P-Index
This Author published in this journals
All Journal VALENSI Journal of Mathematical and Fundamental Sciences Acta Pharmaceutica Indonesia JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA Farmasains : Jurnal Ilmiah Ilmu Kefarmasian
Daryono Hadi Tjahjono
School of Pharmacy, Institut Teknologi Bandung, Jalan Ganesha 10, Bandung 40132
Astronomy Chemistry Earth & Planetary Sciences Education Health Professions Mathematics Medicine & Pharmacology Physics Other

Published : 11 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 11 Documents
Search

 1   2 
Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas Senyawa Turunan 3-Haloasilaminobenzoilurea sebagai Inhibitor Pembentukan Mikrotubulus Fadhilah, Qoonita; Tjahjono, Daryono Hadi
Acta Pharmaceutica Indonesia Vol 37, No 3 (2012)
Publisher : School of Pharmacy Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (365.501 KB)

Abstract

Mikrotubulus (MTα) telah diidentifikasi sebagai tempat kerja untuk pengobatan kanker dalam penghambatan pembelahan sel. Salah satu senyawa yang memiliki potensi antikanker yang bekerja pada situs ini adalah turunan 3-haloasilamino benzoilurea. Mekanisme kerja senyawa ini yaitu berikatan pada daerah colchicine binding site pada β-tubulin, dimana akan mengganggu pembentukan benang-benang mitotik mikrotubulus, memblokade siklus sel pada fase mitosis, yang berdampak pada apoptosis sel kanker. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh persamaan Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (HKSA) terbaik, senyawa-senyawa baru yang memiliki aktivitas antikanker lebih tinggi dan afinitas yang lebih baik terhadap reseptor β-tubulin, dibandingkan dengan senyawa induknya. Dilakukan pemodelan dan optimasi geometri menggunakan Hyperchem. Selanjutnya dilakukan perhitungan nilai prediktor diikuti analisis statistik multilinear masing-masing menggunakan MOE 2007.09 dan SPSS Statistic 17.0 dan analisisnya divalidasi dengan metode Leave One Out. Setelah mendapatkan persamaan HKSA yang terbaik, dilakukan desain senyawa baru menurut skema Topliss. Derivat senyawa baru kemudian didocking pada reseptor β-tubulin untuk melihat afitinasnya terhadap reseptor. Persamaan HKSA terbaik untuk senyawa turunan 3-haloasilamino benzoilurea adalah IC50 = ‒15,077 (± 1,996) ‒ 0,160 (±0,055) AM1_dipole + 0,016 (±0,004) AM1_HF + 0,521 (±0,250) AM1_LUMO + 0,038 (±0,005) ASA_H dengan 3 senyawa baru yang memiliki IC50 lebih rendah daripada senyawainduk.Kata kunci: kanker, benzoilurea, HKSA, docking, mikrotubulus. Microtubules (MTα) has been identified as a rational site to inhibit the dividing of cancer cells in cancer therapy. One of theanticancer compounds that work at this site is 3-haloacylamino benzoylurea derivatives. The mechanism of this compound is to bind with the region of cochicine binding site at the β-tubules, which interferes the assembly of mitotic spindles of microtubules, followed by blocking the cell cycle at mitotic phase then caused the apoptosis of cancer cell. The present study is aimed to obtain the best Quantitative Structure and Activity Relationship (QSAR) equation of 3-haloacylamino benzoylurea derivatives, design its new derivatives that have a higher anticancer activity and higher affinity towards the β-tubulin receptor than its parent compound. Structure modeling and geometric optimization structure, were done by Hyperchem. The calculation of predictors’ value was performed by MOE 2007.09, while multilinear statistical analysis was done with SPSS Statistic 17.0. The results were then validated by Leave One Out method. After the best QSAR equation has been obtained, the new derivatives were designed according to the Topliss scheme. New compounds were docked to the β-tubulin receptor to observe the binding affinity and energy. It was obtained that the best QSAR equation is IC50 = ‒15.077 (± 1.996) ‒ 0.160 (±0.055) AM1_dipole + 0.016 (±0.004) AM1_HF + 0.521 (±0.250) AM1_LUMO + 0.038 (±0.005) ASA_H. 3 new derivatives have the IC50 lower than the parent compound.Keywords: cancer, benzoylurea, QSAR, docking, mircrotubules.
Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas Senyawa Turunan 5,5’-Indirubin-3’-oxime yang Menghambat Cyclin-Dependent Kinase (CDK) 2 Pangestoe, Ferlianti Oktaviani; Tjahjono, Daryono Hadi
Acta Pharmaceutica Indonesia Vol 38, No 4 (2013)
Publisher : School of Pharmacy Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Senyawa turunan 5,5-indirubin-3’-oxime memiliki potensi sebagai antikanker dengan menghambat aktivitas cyclin-dependent kinase (CDK), yaitu sekelompok protein kinase yang terlibat dalam proses kontrol siklus sel, regulasi transisi dari satu fase ke fase lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh persamaan HKSA terbaik, mendisain senyawa turunan baru yang memiliki potensi aktivitas antikanker lebih tinggi, energi bebas dan afinitas lebih baik terhadap reseptor CDK-2 dibandingkan senyawa induk. Pemodelan dan optimasi geometri struktur dilakukan dengan perangkat lunak HyperChemR Release 8.0. Perhitungan nilai prediktor dan analisis statistik multilinear masing-masing menggunakan MOE 2007.09 dan SPSS Statistics 17.0. Persamaan HKSA dengan nilai q2 tertinggi diperoleh melalui uji validitas dengan metode LOO (Leave One Out). Desain senyawa baru dikembangkan dari senyawa induk menurut skema Topliss. Tahap terakhir, senyawa baru didocking pada reseptor protein CDK-2 untuk mengetahui afinitasnya terhadap reseptor dengan Arguslab 4.0.1 dan Autodock Vina. Persamaan HKSA terbaik untuk senyawa turunan 5,5-indirubin-3-oxime adalah log IC50 = 4,023 (±1,169) + 33,408 (±20,609) glob + 0,00004301 AM1_E + 0,324 (±0,085) logPow – 0,005 (±0,002) AM1_HF. Terdapat 78 senyawa turunan baru yang memiliki IC50 lebih rendah daripada senyawa induk, dan dua senyawa diantaranya memiliki aktivitas biologi yang lebih tinggi dengan energi afinitas yang lebih tinggi sebagai inhibitor CDK 2 daripada senyawa induk.Kata kunci: HKSA, antikanker, indirubin, CDKAbstract5,5-Indirubin-3-oxime derivatives have anticancer activity by acting as inhibitor of cyclin-dependent kinase (CDK), a kinase protein which involved in controlling cell cycle, regulating transitions of one phase to another. The aim of the present research is to obtain the QSAR equation, new derivatives that have higher anticancer activity with higher energy and higher affinity for CDK 2 receptors than that of the parent compound. Modelling and optimization of the geometry of the structure was done by HyperChem R Release 8.0. Calculation of the predictor values and multilinear statistical analysis were performed by MOE 2007.09 and SPSS Statistics 17.0 respectively, QSAR equation with the highest q2 value were obtained by validity test using LOO (Leave One Out) method. The design of new compounds were developed using the parent compound according to Topliss scheme. The designed compounds were docked to the CDK 2 receptor to observed the affinity using Arguslab 4.0.1 and AutoDock Vina. The best QSAR equation for 5,5-indirubin-3-oxime derivatives is log IC50 = 4.023 (±1.169) + 33.408 (±20.609) glob + 0.00004301 AM1_E + 0.324 (±0.085) logPow - 0005 (±0.002) AM1_HF. There are 78 new derivatives which have IC50 lower than the parent compound. Moreover, two new compounds showed a higher biological activity and higher affinity to CDK 2 inhibitor than that of the parent compound.Keywords: QSAR, anticancer, indirubin, CDK.
Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas, Fitur Farmakofor, dan Docking Molekuler Senyawa Turunan Pirazolo-[3,4-d]-pirimidin sebagai Inhibitor Mer Tirosin Kinase Tjahjono, Daryono Hadi; Hamzah, Nursalam
Acta Pharmaceutica Indonesia Vol 38, No 1 (2013)
Publisher : School of Pharmacy Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1137.542 KB)

Abstract

Mer Tirosin Kinase diekspresikan secara ektopik dalam sel T dan B pasien Leukemia Limfoblastik Akut (LLA), tetapi tidak diekspresikan pada sel T dan B manusia normal pada setiap tahap perkembangannya. Oleh karena itu, Mer Tirosin Kinase dapat menjadi target pengobatan LLA dengan selektifitas yang baik. Penghambatan fosforilasi reseptor Mer oleh suatu inhibitor tranduksi sinyal dapat menurunkan proliferasi sel dan meningkatkan apoptosis, sehingga menekan perkembangan sel leukemia. Pirazolo-[3,4-d]-pirimidin adalah obat generasi baru yang bertindak sebagai inhibitor dari Mer Tirosin Kinase. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan deskriptor yang berpengaruh terhadap aktivitas penghambatan reseptor Mer Tirosin Kinase, menentukan fitur farmakofor ligan dan reseptor yang penting pada pengikatan ligan reseptor dan mempelajari model dan nilai energi bebas interaksi pirazolo-[3,4-d]-pirimidin dengan Mer. Pemodelan dan optimasi geometri menggunakan perangkat lunak HyperChem®. Struktur molekul optimasi geometri menggunakan metode Ab initio. Nilai prediktor dihitung menggunakan MOE® dan perhitungan statistik untuk menyusun persamaan HKSA menggunakan SPSS®. Persamaan terpilih ditentukan dengan kriteria statistik terbaik, yaitu r2, korelasi pearson, dan q2 validasi Leave One Out. Penentuan fitur farmakofor menggunakan Pharmacophore Query Editor dalam perangkat lunak MOE, dengan menggunakan model senyawa hasil optimasi. Studi Docking Molekuler menggunakan ‘Simulations Dock’ dimana nilai scoring dihitung menggunakan pendekatan London dG. Deskriptor yang paling berperan penting berturut-turut yaitu mr, vdw vol, ASA_H, log S dan Energi LUMO. Fitur farmakofor ligan tersusun atas satu donor proton, satu akseptor proton, satu kation dan donor proton, dan satu aromatik. Jarak fitur kation dan donor proton dengan aromatic (6.92 Ǻ) penting untuk dipertahankan sebagai inhibitor Mer. Fitur farmakofor reseptor tersusun atas satu akseptor proton (Met 674), tiga donor proton (Pro 672, Arg 727 dan Asn 728) dan satu anion (Asp 678), yang penting dalam pengikatan dengan fitur farmakofor ligan. Seluruh senyawa turunan pirazolo-[3,4-d]-pirimidin memiliki skoring yang baik dimana senyawa 40 memiliki nilai terbaik yaitu -12.7584 kkal/mol.Kata kunci: leukemia limfoblastik akut, pirazolo-[3,4-d]-pirimidin, Mer, HKSA, fitur farmakofor.AbstractMer Tyrosine Kinase is ectopically expressed in T and B cells of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) patient, but is not expressed innormal human T and B cells at any stage of its development. Therefore Mer Tyrosine Kinase can be a treatment target al.L with a good selectivity. Phosphorylation inhibition of Mer receptor by signal transduction inhibitor decreases cell proliferation and increases apoptosis, there by suppressing the development of leukemia cells. Pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines area new generation of drugs that act as inhibitors of Mer Tyrosine Kinase. The purposes of the presentre search are to determine descriptors that influence the inhibitory activity on Mer receptor Tyrosine Kinase, to determine the ligands pharmacopores features and receptors which play important roles in ligand-receptors binding and to study model and free energy value of pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines with Mer interactions. Modeling and optimization geometry was carried out using HyperChem® software. Molecules structure were geometrically optimized using Ab initio method. Predictors values were computed using MOE® and statistical calculations of QSAR equations was carried out using SPSS®. The selected equation was determined by the best statistical criteria, such as r2, Pearsoncor relations, and q2 Leave One Out validation. Determination of pharmacophores features used optimized model structure using Pharmacophore Query Editor in the MOE software. The study Moleculard ocking used Simulations Dock where the scoring values were calculated using the Londond Gapproach. The most important descriptors were mr, volvdw, ASA_H, logS and LUMO energy. Ligands pharmacophores features were composed of aproton donor, aproton acceptor, one cations and proton donors, and aromatic. Distance (6.92 Ǻ) between cation and proton donors features with aromatic group play important role as Mer inhibitors. Receptor pharmocophore features were composed of aproton acceptor (Met 674), three proton donors (Pro 672, Arg727 and Asn728) and one anion (Asp 678), which is important in the binding with ligand features pharmacopore. All of pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines derivates had good docking score where as compound 40 had the best scoring -12.7584 kcal/mol.Keywords: acute lymphoblastic leukemia, pyrazolo-[3,4-d]-pyrimidine, Mer, QSAR, pharmacophore features
HOMOLOGY MODELING EPITOP ISOCITRATE DEHYDROGENASE TIPE 1 (R132H) MENGGUNAKAN MODELLER, I-TASSER DAN (PS)2 UNTUK VAKSIN GLIOMA Yeni, Yeni; Tjahjono, Daryono Hadi
Farmasains : Jurnal Ilmiah Ilmu Kefarmasian Vol 4 No 1 (2017)
Publisher : Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1031.61 KB) | DOI: 10.22236/farmasains.v4i1.189

Abstract

Glioma is a type of primary malignant brain tumor. The presence of gliomas can be characterized by a mutation R132H of isocitrate dehydrogenase type 1 (IDH1). IDH1 (R132H) contains specific immunogenic epitopes to the tumor. It is appropriate to be used as a gliomas vaccine. Therefore, it was necessary to do homology modeling for IDH1 (R132H) epitopes. TMHMM, MEMSAT-SVM and MEMSAT3 were used to predict transmembrane topology of IDH1 (R132H). Analysis of IDH1 (R132H) epitopes was performed using NetMHCII and IEDB®. The antigenicity of epitopes were predicted using VaxiJen to obtained 91 epitopes. Homology modeling using Modeller, I-TASSER  and (PS)2 was established for the epitopes that have probability as tumor antigen. The results of homology modeling of IDH1 (R132H) epitopes were validated by MolProbity, ProSA-web dan QMEAN. A 3D stucture model of the epitopes was selected from three models from the homology modeling based on the validation results. Refinement was established on the epitopes using GalaxyRefine and GROMACS for energy minimization.
Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) dan Penambatan Molekul Senyawa Turunan Benzamida sebagai Inhibitor Alosterik Mitogen Enhanced Kinase (MEK) Muhammad Arba; Ruslin Ruslin; Nursan Nursan; Maulidiyah Maulidiyah; Daryono Hadi Tjahjono
Jurnal Kimia Valensi Jurnal Kimia VALENSI Volume 4, No. 1, Mei 2018
Publisher : Syarif Hidayatullah State Islamic University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (744.19 KB) | DOI: 10.15408/jkv.v4i1.7454

Abstract

Jalur sinyal protein kinase Ras-Raf-MEK-ERK adalah salah satu target penting dalam penemuan obat antikanker. Senyawa turunan benzamida diketahui berpotensi sebagai inhibitor alosterik Mitogen Enhanced Kinase (MEK). Pada penelitian ini dilakukan studi hubungan kuantitatif stuktur dan aktivitas (HKSA) dan penambatan molekul pada 30 senyawa turunan benzamida sebagai inhibitor alosterik MEK untuk mendapatkan senyawa baru turunan benzamida yang lebih poten sebagai inhibitor alosterik MEK. Perhitungan 13 deskriptor molekul yang mewakili parameter sterik, hidrofobik dan elektronik dilakukan dengan perangkat lunak MOE 2009.10, sedangkan analisis regresi multi linear dengan SPSS 19.0 digunakan untuk mencari hubungan antara variabel bebas (deksriptor molekul) dengan variabel terikat (aktivitas penghambatan senyawa pada MEK). Model HKSA terbaik yang diperoleh adalah pIC50 = 14.229 – 0.00001(AM1_E) + 0.043(ASA_H) + 33.609(Glob) – 0.648(Log S) – 0.047(Vol) dengan kriteria statistik R=0.965; R2=0.931; Fhitung/ Ftabel= 17.693, dan q2 = 0.8897. Desain senyawa baru dilakukan menggunakan model HKSA tervalidasi dan diperoleh 2 senyawa baru turunan benzamida, C1, dan C2, yang memiliki aktivitas lebih baik dari senyawa induk. Studi penambatan molekul menunjukkan bahwa kedua senyawa baru tersebut mampu berinteraksi pada sisi alosterik protein MEK melalui ikatan hidrogen dan ikatan van der Waals dengan residu-residu asam amino krusial protein MEK. Penelitian ini mengindikasikan bahwa kedua senyawa baru yang didesain dapat ditindaklanjuti pada studi penemuan obat yang menargetkan MEK pada sisi alosterik.DOI:http://dx.doi.org/10.15408/jkv.v4i1.7454
Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas, Fitur Farmakofor, dan Docking Molekuler Senyawa Turunan Pirazolo-[3,4-d]-pirimidin sebagai Inhibitor Mer Tirosin Kinase Daryono Hadi Tjahjono; Nursalam Hamzah
Acta Pharmaceutica Indonesia Vol. 38 No. 1 (2013)
Publisher : School of Pharmacy Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Mer Tirosin Kinase diekspresikan secara ektopik dalam sel T dan B pasien Leukemia Limfoblastik Akut (LLA), tetapi tidak diekspresikan pada sel T dan B manusia normal pada setiap tahap perkembangannya. Oleh karena itu, Mer Tirosin Kinase dapat menjadi target pengobatan LLA dengan selektifitas yang baik. Penghambatan fosforilasi reseptor Mer oleh suatu inhibitor tranduksi sinyal dapat menurunkan proliferasi sel dan meningkatkan apoptosis, sehingga menekan perkembangan sel leukemia. Pirazolo-[3,4-d]-pirimidin adalah obat generasi baru yang bertindak sebagai inhibitor dari Mer Tirosin Kinase. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan deskriptor yang berpengaruh terhadap aktivitas penghambatan reseptor Mer Tirosin Kinase, menentukan fitur farmakofor ligan dan reseptor yang penting pada pengikatan ligan reseptor dan mempelajari model dan nilai energi bebas interaksi pirazolo-[3,4-d]-pirimidin dengan Mer. Pemodelan dan optimasi geometri menggunakan perangkat lunak HyperChem®. Struktur molekul optimasi geometri menggunakan metode Ab initio. Nilai prediktor dihitung menggunakan MOE® dan perhitungan statistik untuk menyusun persamaan HKSA menggunakan SPSS®. Persamaan terpilih ditentukan dengan kriteria statistik terbaik, yaitu r2, korelasi pearson, dan q2 validasi Leave One Out. Penentuan fitur farmakofor menggunakan 'Pharmacophore Query Editor' dalam perangkat lunak MOE, dengan menggunakan model senyawa hasil optimasi. Studi Docking Molekuler menggunakan 'Simulations Dock' dimana nilai scoring dihitung menggunakan pendekatan London dG. Deskriptor yang paling berperan penting berturut-turut yaitu mr, vdw vol, ASA_H, log S dan Energi LUMO. Fitur farmakofor ligan tersusun atas satu donor proton, satu akseptor proton, satu kation dan donor proton, dan satu aromatik. Jarak fitur kation dan donor proton dengan aromatic (6.92 Ǻ) penting untuk dipertahankan sebagai inhibitor Mer. Fitur farmakofor reseptor tersusun atas satu akseptor proton (Met 674), tiga donor proton (Pro 672, Arg 727 dan Asn 728) dan satu anion (Asp 678), yang penting dalam pengikatan dengan fitur farmakofor ligan. Seluruh senyawa turunan pirazolo-[3,4-d]-pirimidin memiliki skoring yang baik dimana senyawa 40 memiliki nilai terbaik yaitu -12.7584 kkal/mol.Kata kunci: leukemia limfoblastik akut, pirazolo-[3,4-d]-pirimidin, Mer, HKSA, fitur farmakofor.AbstractMer Tyrosine Kinase is ectopically expressed in T and B cells of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) patient, but is not expressed innormal human T and B cells at any stage of its development. Therefore Mer Tyrosine Kinase can be a treatment target al.L with a good selectivity. Phosphorylation inhibition of Mer receptor by signal transduction inhibitor decreases cell proliferation and increases apoptosis, there by suppressing the development of leukemia cells. Pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines area new generation of drugs that act as inhibitors of Mer Tyrosine Kinase. The purposes of the presentre search are to determine descriptors that influence the inhibitory activity on Mer receptor Tyrosine Kinase, to determine the ligands pharmacopores features and receptors which play important roles in ligand-receptors binding and to study model and free energy value of pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines with Mer interactions. Modeling and optimization geometry was carried out using HyperChem® software. Molecules structure were geometrically optimized using Ab initio method. Predictors values were computed using MOE® and statistical calculations of QSAR equations was carried out using SPSS®. The selected equation was determined by the best statistical criteria, such as r2, Pearsoncor relations, and q2 Leave One Out validation. Determination of pharmacophores features used optimized model structure using 'Pharmacophore Query Editor' in the MOE software. The study Moleculard ocking used 'Simulations Dock' where the scoring values were calculated using the Londond Gapproach. The most important descriptors were mr, volvdw, ASA_H, logS and LUMO energy. Ligands pharmacophores features were composed of aproton donor, aproton acceptor, one cations and proton donors, and aromatic. Distance (6.92 Ǻ) between cation and proton donors features with aromatic group play important role as Mer inhibitors. Receptor pharmocophore features were composed of aproton acceptor (Met 674), three proton donors (Pro 672, Arg727 and Asn728) and one anion (Asp 678), which is important in the binding with ligand features pharmacopore. All of pirazolo-[3,4-d]-pyrimidines derivates had good docking score where as compound 40 had the best scoring -12.7584 kcal/mol.Keywords: acute lymphoblastic leukemia, pyrazolo-[3,4-d]-pyrimidine, Mer, QSAR, pharmacophore features
Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas Senyawa Turunan 5,5’-Indirubin-3’-oxime yang Menghambat Cyclin-Dependent Kinase (CDK) 2 Ferlianti Oktaviani Pangestoe; Daryono Hadi Tjahjono
Acta Pharmaceutica Indonesia Vol. 38 No. 4 (2013)
Publisher : School of Pharmacy Institut Teknologi Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Senyawa turunan 5,5'-indirubin-3’-oxime memiliki potensi sebagai antikanker dengan menghambat aktivitas cyclin-dependent kinase (CDK), yaitu sekelompok protein kinase yang terlibat dalam proses kontrol siklus sel, regulasi transisi dari satu fase ke fase lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh persamaan HKSA terbaik, mendisain senyawa turunan baru yang memiliki potensi aktivitas antikanker lebih tinggi, energi bebas dan afinitas lebih baik terhadap reseptor CDK-2 dibandingkan senyawa induk. Pemodelan dan optimasi geometri struktur dilakukan dengan perangkat lunak HyperChemR Release 8.0. Perhitungan nilai prediktor dan analisis statistik multilinear masing-masing menggunakan MOE 2007.09 dan SPSS Statistics 17.0. Persamaan HKSA dengan nilai q2 tertinggi diperoleh melalui uji validitas dengan metode LOO (Leave One Out). Desain senyawa baru dikembangkan dari senyawa induk menurut skema Topliss. Tahap terakhir, senyawa baru didocking pada reseptor protein CDK-2 untuk mengetahui afinitasnya terhadap reseptor dengan Arguslab 4.0.1 dan Autodock Vina. Persamaan HKSA terbaik untuk senyawa turunan 5,5'-indirubin-3'-oxime adalah log IC50 = 4,023 (±1,169) + 33,408 (±20,609) glob + 0,00004301 AM1_E + 0,324 (±0,085) logPow – 0,005 (±0,002) AM1_HF. Terdapat 78 senyawa turunan baru yang memiliki IC50 lebih rendah daripada senyawa induk, dan dua senyawa diantaranya memiliki aktivitas biologi yang lebih tinggi dengan energi afinitas yang lebih tinggi sebagai inhibitor CDK 2 daripada senyawa induk. Kata kunci: HKSA, antikanker, indirubin, CDK Abstract 5,5'-Indirubin-3'-oxime derivatives have anticancer activity by acting as inhibitor of cyclin-dependent kinase (CDK), a kinase protein which involved in controlling cell cycle, regulating transitions of one phase to another. The aim of the present research is to obtain the QSAR equation, new derivatives that have higher anticancer activity with higher energy and higher affinity for CDK 2 receptors than that of the parent compound. Modelling and optimization of the geometry of the structure was done by HyperChem R Release 8.0. Calculation of the predictor values and multilinear statistical analysis were performed by MOE 2007.09 and SPSS Statistics 17.0 respectively, QSAR equation with the highest q2 value were obtained by validity test using LOO (Leave One Out) method. The design of new compounds were developed using the parent compound according to Topliss scheme. The designed compounds were docked to the CDK 2 receptor to observed the affinity using Arguslab 4.0.1 and AutoDock Vina. The best QSAR equation for 5,5'-indirubin-3'-oxime derivatives is log IC50 = 4.023 (±1.169) + 33.408 (±20.609) glob + 0.00004301 AM1_E + 0.324 (±0.085) logPow - 0005 (±0.002) AM1_HF. There are 78 new derivatives which have IC50 lower than the parent compound. Moreover, two new compounds showed a higher biological activity and higher affinity to CDK 2 inhibitor than that of the parent compound. Keywords: QSAR, anticancer, indirubin, CDK.
Perbandingan Metode Sintesis Senyawa 1-benzil-3-(4-etil-benzoil)urea dan 1-benzil-3-(4-klorometil-benzoil)urea sebagai Calon Obat Antikanker Farida Suhud; Daryono Hadi Tjahjono; Tegar Achsendo Yuniarta; Galih Satrio Putra; Melanny Ika Sulistyowaty
JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA Vol. 8 No. 3 (2021): JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA
Publisher : Universitas Airlangga

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20473/jfiki.v8i32021.277-283

Abstract

Pendahuluan: Pengembangkan obat antikanker yang selektif dari turunan hidroksiurea masih diteliti sampai saat ini. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan metode sintesis senyawa turunan hidroksiurea yaitu 1-benzil-3-(4-etil-benzoil)urea dan 1-benzil-3-(4-klorometil-benzoil)urea. Metode: Optimasi metode sintesis yang dilakukan dengan membandingkan produk hasil sintesis dengan pemanasan refluks dan tanpa pemasanan refluk. Produk yang didapat dilakukan analisis elusidatif meliputi FTIR, 1H-NMR dan 13C-NMR. Hasil: berdasarkan hasil perbandingan metode sintesis menggunakan refluks menyebabkan terbentuknya dua produk samping sehingga perlu dilakukan pemisahan dengan kromatograsi kolom antara produk utama dengan dua produk sampingnya. Metode tanpa pemasanan lebih dipilih karena tidak menghasilkan dua produk hasil samping walaupun rendemen masih dalam rentang 20-30%. Kesimpulan: Metode sintesis senyawa turunan 1-benzil-3-benzoilurea lebih direkomendasikan tanpa pemasanan daripada menggunakan pemanasan refluks, tetapi penelitian kedepannya harus didapatkan metode yang lebih baik untuk mendapatkan rendemen yang lebih besar.
Insight into the Interaction of Cationic Porphyrin-Anthraquinone Hybrids with Hsp90: In Silico Analysis Muhammad Arba; Ruslin Ruslin; Rahmana Emran Kartasasmita; Slamet Ibrahiim; Daryono Hadi Tjahjono
Journal of Mathematical and Fundamental Sciences Vol. 50 No. 3 (2018)
Publisher : Institute for Research and Community Services (LPPM) ITB

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.5614/j.math.fund.sci.2018.50.3.6

Abstract

Heat shock protein 90 (Hsp90) is responsible for the correct folding of many cellular proteins. Several Hsp90 inhibitors have been developed for cancer treatment. The present in silico study aimed to evaluate the potential of several porphyrin derivatives conjugated with anthraquinone groups as Hsp90 inhibitors by using simulation of molecular docking and molecular dynamics. The binding mode of porphyrin hybrids to Hsp90, which was examined by using AutoDock 4.2, showed that all six porphyrin compounds fit well in the binding pocket of Hsp90. The pi-cationic interactions with Lys58 were exclusively observed in the interaction of each porphyrin hybrid. Stabilities of porphyrin-Hsp90 complexes were confirmed by 40-ns MD simulation, which was carried out with the help of AMBER16. Prediction of ligand affinity by using the MM-PBSA method showed that all complexes were energetically favorable as indicated by a negative binding free energy. The predicted affinities of tris−H2PyP−AQ, tris−H2PzP−AQ, bis−H2PzP−AQ, and mono−H2PzP−AQ are better than those of geldanamycin, a known inhibitor of Hsp90, which shows the importance of the electrostatic and van der Waals energies for ligand binding.
Molecular modeling on the identification of potential Janus Kinase 3 (JAK3) inhibitor based on the Indonesian Medicinal Plant Database Muhammad Arba; Sanang Nur Safitri; Andry Nur Hidayat; Arry Yanuar; Muhammad Sulaiman Zubair; Asmiyenti Djaliasrin Djalil; Daryono Hadi Tjahjono
Journal of Mathematical and Fundamental Sciences Vol. 52 No. 3 (2020)
Publisher : Institute for Research and Community Services (LPPM) ITB

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.5614/j.math.fund.sci.2020.52.3.2

Abstract

The Janus tyrosine kinases (JAKs) have shown great promise as therapeutic protein targets in the treatment of cancer and inflammation diseases. This study used pharmacophore modeling to identify potential inhibitors of Janus kinase 3 (JAK3). A pharmacophore model was developed based on a known JAK3 inhibitor (1NX) and was employed to search for potential JAK3 inhibitors against Indonesian herbal compounds. Among 28 hit molecules that were identified and subjected to a molecular docking protocol against JAK3, the three compounds that had the highest affinities toward JAK3 were camelliaside B, 3-O-galloylepicatechin-(4beta-6)-epicatechin-3-O-gallate, and mesuaferrone B. These were then each subjected to a 50-ns molecular dynamics (MD) simulation. Analysis of RMSD and RMSF values indicated that the three compounds reached stability during the MD simulation. Interestingly, all three compounds had lower binding energies than 1NX against JAK3, as predicted by the MM-PBSA binding energy calculation.
Co-Authors . Patonah Andry Nur Hidayat Arba, Muhammad Arry Yanuar Asmiyenti Djaliasrin Djalil Bina Lohita Sari Elin Yulinah Sukandar Fadhilah, Qoonita Farida Suhud Ferlianti Oktaviani Pangestoe Galih Satrio Putra Hamzah, Nursalam I Ketut Adnyana Maulidiyah Maulidiyah Melanny Ika Sulistyowaty Muhammad Arba Muhammad Sulaiman Zubair Nursalam Hamzah Nursan Nursan Pangestoe, Ferlianti Oktaviani Rahmana Emran Kartasasmita Rahmana Emran Kartasasmita Rina Anugrah, Rina Ruslin Ruslin Ruslin Ruslin Sanang Nur Safitri Slamet Ibrahiim Slamet Ibrahim Tegar Achsendo Yuniarta Yeni Yeni