Pendidikan tinggi dituntut tidak hanya mentransfer pengetahuan, tetapi juga membentuk kemampuan argumentasi dan pemahaman konseptual mahasiswa, sementara pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) di perguruan tinggi masih cenderung didominasi metode ceramah yang kurang mendorong keterlibatan kognitif secara mendalam. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penerapan model Structured Thematic Interactive Notation and Discussion (STIND) dalam pembelajaran PAI, mengidentifikasi pola argumentasi mahasiswa, dan menjelaskan bagaimana pemahaman konseptual mahasiswa terbentuk melalui model tersebut. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis studi kasus intrinsik di IAI Hasanuddin Pare, melalui observasi partisipatif, wawancara mendalam, dan studi dokumentasi, yang dianalisis secara interaktif melalui kondensasi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa STIND diterapkan secara sistematis melalui tahapan segmentasi tematik, notasi manual, presentasi mahasiswa, diskusi sejawat, disiplin HP-off, dan sintesis reflektif. Model ini berkontribusi pada perkembangan kemampuan argumentasi mahasiswa, terutama dalam menyusun claim, data, dan warrant, meskipun unsur rebuttal masih terbatas. Selain itu, STIND juga memperkuat pemahaman konseptual mahasiswa, yang tampak dari kemampuan menafsirkan, memberi contoh, mengklasifikasikan, menyimpulkan, dan menjelaskan konsep secara lebih runtut. Dengan demikian, STIND dapat dipahami sebagai model pembelajaran alternatif yang tidak hanya meningkatkan keaktifan kelas, tetapi juga membentuk nalar yang lebih argumentatif, konseptual, dan reflektif dalam pembelajaran PAI di perguruan tinggi.