Keterampilan penelitian (research skills) merupakan kompetensi esensial bagi mahasiswa Biologi untuk memahami dan mengaplikasikan konsep dalam mata kuliah Anatomi Tumbuhan. Namun, mahasiswa sering mengalami kesulitan dalam merancang eksperimen, mengumpulkan data, menganalisis hasil, serta menyusun artikel ilmiah secara sistematis. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi efektivitas penerapan Research-Based Learning (RBL) dalam meningkatkan research skills mahasiswa, sekaligus memperdalam pemahaman konsep anatomi tumbuhan secara aplikatif. Jenis dan desain penelitian ini adalah quasi-eksperimen dengan desain non-equivalent control group. Desain ini dipilih untuk membandingkan hasil research skills mahasiswa antara kelas yang menerapkan Research-Based Learning (RBL) dan kelas yang menggunakan metode pembelajaran konvensional (lecture-based). Populasi penelitian diambil seluruh mahasiswa biologi yang mengambil mata kuliah Anatomi Tumbuhan, sampel diambil 2 kelas paralel dengan jumlah 40 mahasiswa secara purposive sampling. Instrumen penelitian berupa tugas praktik membuat artikel ilmiah yang diukur dengan skor numerik interval (1–5) dan lembar kuisioner yang diukur dengan skala Likert. Teknik analisis secara kuantitatif menggunakan Independent samples t-test dan uji N-gain untuk mengukur efektivitas penerapan Inquiry-Based Learning (RBL) dalam meningkatkan research skills mahasiswa. Implementasi Research-Based Learning (RBL) pada mata kuliah Anatomi Tumbuhan terbukti mampu mengoptimalkan keterampilan riset (research skills) mahasiswa. Hasil kuisioner setelah implementasi Research-Based Learning (RBL) mayoritas mahasiswa merasa puas dan terbantu dalam meningkatkan kemampuan research skills. Kesimpulannya, implementasi Research-Based Learning (RBL) menjadi strategi pembelajaran yang efektif untuk mengoptimalkan research skills mahasiswa Biologi, sekaligus membekali dengan kemampuan ilmiah yang aplikatif dan berorientasi pada penelitian.