Overfishing di perairan Laut Jawa mendorong nelayan memperluas daerah jelajahnya hingga di Indonesia timur, melahirkan tantangan baru pada aspek distribusi hasil perikanan tangkap yang membentuk harga pokok penjualan (HPP) ikan sebesar 42,8 persen. Terdapat kapal pengangkut ikan (perikanan), kapal laut dan pesawat yang digunakan untuk pengangkutan hasil perikanan tangkap dengan keunggulannya masing-masing. Sehingga perlu diketahui variabel yang berpengaruh terhadap pilihan moda transportasi ikan dengan menggunakan metode AHP, yang dapat menjadi prioritas Pemerintah dalam mengambil kebijakan. Dari hasil studi literatur dan wawancara didapatkan variabel yang berpengaruh terhadap pilihan moda transportasi ikan hasil perikanan tangkap adalah biaya logistik, biaya BBM, biaya pengangkutan ikan, biaya mobilisasi ABK penangkap ikan, waktu tempuh, jadwal keberangkatan/waktu tunggu, dan kenyamanan/keamanan. Dan didapatkan jadwal keberangkatan/waktu tunggu menjadi faktor paling berpengaruh dengan bobot 0,3021 diikuti biaya pengangkutan ikan dengan bobot 0,2827, biaya BBM (0,1660), biaya logistik (0,1231), biaya mobilisasi ABK (0,0515), kenyamanan/keamanan (0,0456), dan waktu tempuh (0,0290).