Artikel ini mengkaji tiga dimensi fundamental dalam struktur filsafat ilmu Al-Qur’an, yaitu,fikr, ontologi, dan epistemologi. Pertama,. konsep al-fikr menunjukkan bagaimana Al-Qur’an mendorong aktivitas berpikir yang reflektif dan rasional sebagai sarana memahami ayat-ayat Tuhan, baik yang bersifat tekstual (qauliyah) maupun kosmik (kauniyah). Aktivitas berpikir dalam Al-Qur’an bukan hanya fungsi akal, tetapi juga bertautan dengan iman dan akhlak. Kedua ontologi dalam AlQur’an memperlihatkan konsep wujud yang berpusat pada ketuhanan(teosentris), di mana Allah adalah satu-satunya wujud mutlak, sedangkan selain-Nya adalah makhluk yang bergantung kepada-Nya. Konsep ini mengarahkan manusia untuk memahami hakikat eksistensinya sebagai ciptaan dan khalifah di bumi, Ketiga, wujud epistemologi dalam Al-Qur’an mempertegas bahwa ilmu memiliki dasar yang bersumber dari wahyu, pengalaman inderawi, dan akal. Al-Qur’an menampilkan struktur pengetahuan yang integral, mencakup sumber, proses, dan tujuan pengetahuan dalam kerangka tauhid. Melalui pendekatan tematik dan analisis ayat-ayat kunci, artikel ini menegaskan bahwa Al-Qur’an membangun fondasi epistemologis yang kokoh, yang tidak hanya menjawab persoalan teoretis, tetapi juga membimbing kehidupan manusia secara praktis dan spiritual.