Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan penerapan model Project Based Learning (PjBL) dengan pemanfaatan media replika tangan manusia dalam meningkatkan pemahaman konsep mekanisme gerak dan sistem kendali saraf pada siswa kelas VI SD Muhammadiyah 2 Kupang. Latar belakang penelitian ini didasarkan pada rendahnya tingkat pemahaman konseptual siswa terhadap sistem gerak dan saraf manusia yang disebabkan oleh metode pembelajaran yang masih bersifat abstrak dan minimnya fasilitas sekolah yang mendukung pembelajaran berbasis praktik. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain studi kasus. Subjek penelitian terdiri atas 23 siswa kelas VI yang terlibat dalam dua kali pertemuan pembelajaran selama dua minggu. Pengumpulan data dilakukan melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi, kemudian dianalisis menggunakan tahapan reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penerapan model PjBL dengan media replika tangan manusia secara signifikan berkontribusi terhadap peningkatan pemahaman konseptual siswa mengenai koordinasi antara sistem saraf dan mekanisme gerak manusia. Siswa menunjukkan keterlibatan yang lebih tinggi, antusiasme dalam belajar, serta pemahaman yang lebih mendalam karena secara langsung berpartisipasi dalam proses perancangan dan penerapan proyek replika tangan. Guru berperan sebagai fasilitator yang membimbing setiap tahapan pelaksanaan proyek sehingga siswa mampu mengintegrasikan aspek teoretis dan praktis secara bermakna. Dengan demikian, penelitian ini menyimpulkan bahwa pembelajaran berbasis proyek yang didukung oleh media konkret efektif dalam meningkatkan hasil belajar IPA, khususnya pada materi yang bersifat abstrak.