cover
Article Per Year (5 Year)
All
Home Page
OAI Link
Editorial Team
Contact
Reviewer
Google Scholar
Contact Name
Dinia R Dwijayanti,
Contact Email
biotropika@gmail.com
Phone
+62341-575841
Journal Mail Official
biotropika@gmail.com
Editorial Address
Departemen Biologi FMIPA UB, Jalan Veteran, 65145, Malang, Jawa Timur
Location
Kota malang,
Jawa timur
INDONESIA
Biotropika
Published by Universitas Brawijaya
ISSN : 23027282     EISSN : 25498703     DOI : 10.21776/ub.biotropika.
Core Subject : Science, Agriculture,
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Immunology & microbiology
Biotropika: Journal of Tropical Biology invites research articles, short communication, and reviews describing new findings/phenomena of biological sciences in tropical regions, specifically in the following subjects, but not limited to biotechnology, biodiversity, microbiology, botany, zoology, biosystematics, ecology, and environmental sciences.
Arjuna Subject : -
Articles 16 Documents
 1   2 
Search results for , issue "Vol 2, No 5 (2014)" : 16 Documents clear
Amplifikasi Gen COI dan 16s rRNA dari Invertebrata Laut Plakobranchus ocellatus Aprilia, Fitria Eka; Soewondo, Aris; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (53.059 KB)

Abstract

ABSTRAK Studi mengenai hubungan kekerabatan, evolusi dan identifikasi spesies secara molekuler tidak terlepas dari isolasi DNA dan amplifikasi gen COI dan 16s rRNA. Keberhasilan isolasi DNA dan amplifikasi gen COI dan 16S rRNA merupakan langkah awal yang penting untuk studi mengenai hubungan kekerabatan, evolusi dan identifikasi spesies. Penilitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi gen COI dan 16S rRNA dari invertebrata laut yang diambil dari Raja Ampat, Plakobranchus ocellatus. Sepasang primer COI universal LCO-1490 dan HCO-2198 digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen COI dari P.ocellatus, sedangkan amplifikasi gen 16s rRNA menggunakan sepasang primer 16Sar-L dan 16Sbr-L. Fragmen gen COI dan 16S rRNA berhasil teramplifikasi dengan panjang amplikon masing-masing sekitar 680 bp dan 450 bp.   Kata kunci: COI, gen, identifikasi, Plakobranchus ocellatus dan 16S rRNA ABSTRACT The first important step to study about organism relationship, evolution and species identification are DNA isolation and amplification of 16S rRNA and COI genes. This research aimed to amplify COI and 16S rRNA genes of marine invertebrates taken from Raja Ampat, Plakobranchus ocellatus. A pair of COI universal primer LCO-1490 and HCO-2198 was used for ampification a fragment COI gene P.ocellatus, while a fragment of the 16s rRNA gene was amplified using 16Sbr-L and 16Sar-L primer. Either  a fragment COI or 16S rRNA genes was successfully amplified, with a length amplicon about 680 bp and 450 bp, respectively. Keywords : COI, gene, identification, Plakobrancus ocellatus, and 16S rRNA
Perubahan Struktur Komunitas Makroinvertebrata Bentos Akibat Aktivitas Manusia di Saluran Mata Air Sumber Awan Kecamatan Singosari Kabupaten Malang Mariantika, Lina; Retnaningdyah, Catur
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (378.922 KB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perubahan struktur komunitas makroinvertebrata bentos dan kualitas air di saluran mata air Sumber Awan berdasarkan indeks biotik. Makroinvertebrata bentos diambil di tujuh titik pengambilan sampel masing-masing sebanyak ±100 individu, lalu diidentifikasi, dicari struktur komunitas dan nilai indeks HBI, FBI dan ASPT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa struktur komunitas makroinvertebrata bentos pada stasiun dua hingga lima didominasi oleh jenis yang intoleran terhadap pencemaran yakni Hydropsychidae dan Lepidostomatidae, stasiun satu dan enam didominasi oleh jenis fakultatif yakni Thiaridae, dan stasiun tujuh didominasi oleh cacing Oligochaeta dan Chironomidae yang toleran terhadap pencemaran. Berdasarkan nilai FBI dan H, stasiun satu hingga enam digolongkan memiliki kualitas air sedang dan belum tercemar (nilai FBI 5,16-5,57 dan H 2,05-2,77), sedangkan stasiun tujuh digolongkan memiliki kualitas air yang sangat buruk dan tercemar (nilai FBI 7,63 dan H 1,72). Berdasarkan nilai HBI dan ASPT, stasiun satu hingga lima digolongkan memiliki kualitas air bagus/air bersih (nilai HBI 4,89-5,27 dan ASPT 7,45-6,27), stasiun enam digolongkan memiliki kualitas air sedang/tercemar sedang (nilai HBI 5,56 dan ASPT 6), dan stasiun tujuh digolongkan memiliki kualitas air buruk/tercemar berat (nilai HBI 7,60, dan ASPT 4). Berdasarkan hasil tersebut disimpulkan bahwa semakin ke hilir telah terjadi gradasi penurunan kualitas air pada saluran air hingga ±800 m dari mata air Sumber Awan karena pencemaran bahan organik dari aktivitas manusia di sekitarnya yakni MCK, residu pertanian dan peternakan.Kata kunci: indeks biotik, kualitas air, makroinvertebrata bentos, Sumber Awan
Prevalensi dan Identifikasi Berdasarkan Sekuen ITS Kapang Patogen Batang Tanaman Apel Var. Anna (Malus sylvestris (L.) Mill.) di Kota Batu Isnain, Ilham Rizqy; Suharjono, Suharjono
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (31.196 KB)

Abstract

ABSTRAK Penurunan jumlah pohon apel produktif mengakibatkan rendahnya daya saing apel di dalam negeri. Berkurangnya jumlah tanaman apel produktif salah satunya disebabkan oleh kapang patogen. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies kapang patogen yang menyerang batang tanaman apel berdasarkan sekuen ITS. Sampel diambil dari perkebunan Gabes, Dusun Junggo, Desa Tulungrejo Kecamatan Bumiaji, Kota Batu. Kapang diisolasi dari lima batang bergejala penyakit dan dimurnikan, diuji patogenisitas terhadap bibit tanaman apel, isolasi DNA, dan identifikasi molekular. Berdasarkan hasil penelitian gejala AN3 banyak ditemui pada perkebunan organik dengan prevalensi  59,6 , sedangkan gejala AN5 merupakan gejala penyakit yang paling sedikit dengan prevalensi  1,69. Isolat AN5.2 teridentifikasi sebagai Neofusicoccum parvum yang menyebabkan penyakit busuk kering dan berakibat kematian pada batang, sedangkan isolat AN3.2 teridentifikasi sebagai Aureobasidium pullulans.   Kata kunci: Aureobasidium pullulans, identifikasi molekular, kapang patogen, Malus sylvestris Mill., Neofusicoccum parvum
Pengaruh Pemberian Ekstrak Etanol Annona muricata Linn. terhadap Peningkatan Jumlah B220 pada Mus musculus Ningrum, Dewi Parlina; Widyarti, Sri
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (93.064 KB)

Abstract

Imunomodulator merupakan bahan yang dapat mengembalikan ketidakseimbangan sistem imun. Daun sirsak (Annona muricata) mempunyai senyawa-senyawa aktif yang berperan sebagai agen imunomodulator, salah satunya flavonoid. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh ekstrak etanol daun sirsak terhadap peningkatan jumlah sel B220 pada mencit. Daun sirsak diekstrak menggunakan metode maserasi dan mesin rotatori evaporator. Selanjutnya ekstrak daun sirsak diberikan pada 4 kelompok mencit secara oral dengan dosis 0, 25, 50, dan 100 mg/kg BB setiap hari selama 2 minggu. Setelah perlakuan, dilakukan dislokasi pada mencit, kemudian sel-sel limfositnya diisolasi dari bone marrow dan dilakukan perhitungan jumlah sel dengan flowcytometry dan haemocytometer. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pemberian ekstrak etanol daun sirsak (A. muricata) menunjukkan pengaruh signifikan terhadap peningkatan jumlah sel B220 sebesar 123 % dari 32.56 x 106 menjadi 72.7 x 106 pada dosis 50 mg/kg BB. Kata kunci: ekstrak etanol, daun sirsak, sel B220
Pertumbuhan Serta Hubungan Kerapatan Stomata Dan Berat Umbi Pada Amorphophallus muelleri Blume Dan Amorphophallus variabilis Blume Khoiroh, Yasminatul; Harijati, Nunung; Mastuti, Retno
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (90.602 KB)

Abstract

Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pertumbuhan, struktur dan kerapatan stomata daun A. muelleri dan A. variabilis yang benihnya berasal dari biji, serta hubungan kerapatan stomata daun dengan berat umbi yang dihasilkannya. Tahapan penelitian meliputi penanaman biji, pengukuran factor abiotik, pengukuran parameter pertumbuhan, pembuatan preparat daun, penghitungan kerapatan stomata, pemanenan umbi, serta analisis data. Setelah biji dikecambahkan, kemudian pengamatan dilakukan pada umur 10, 14, dan 18 minggu setiap umur panen. Parameter pertumbuhan yang diukur adalah diameter petiol, tinggi tanaman, lebar tajuk, luas daun, berat basah dan kering umbi, serta diameter umbi. Data dianalisis dengan bantuan SPSS 16.0  for windows. Hasil menunjukkan bahwa pertumbuhan A. variabilis lebih cepat dibandingkan A. muelleri. Struktur stomata dua spesies ini adalah sel penutup dikelilingi oleh 4 sel tetangga. Berdasarkan uji korelasi Pearson signifikansi < 0,05 menunjukkan bahwa kerapatan stomata tidak berkorelasi dengan berat basah maupun berat kering umbi, begitu pula dengan luas daun tidak berkorelasi dengan berat basah maupun berat kering umbi. Luas daun hanya berkorelasi dengan tinggi tanaman. Kata kunci: A. muelleri, A. variabilis, berat umbi, stomata.
EKSPRESI PROTEIN P53 PADA SEL TIG-3 SETELAH PERLAKUAN SINAR UV DAN EKSTRAK BIJI JUWET (Syzygium cumini) Jannah, Roudlotul; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (96.777 KB)

Abstract

Tubuh terlindungi dari lingkungan luar karena adanya kulit. Adanya paparan lingkungan luar, seperti sinar UV dapat mempengaruhi sel pada kulit. Dalam jangka pendek dapat menyebabkan kulit terbakar serta dalam jangka panjang menyebabkan kanker atau penuaan dini. Salah satu cara yang biasa digunakan untuk melindungi sel kulit dari paparan sinar UV adalah dengan penggunaan antioksidan. Jambolan (S. cumini) merupakan salah satu tumbuhan yang memiliki kandungan antioksidan yang tinggi. Protein p53 merupakan salah satu protein yang bertugas dalam melindungi DNA dari kerusakan yang ditimbulkan setelah sel kulit terpapar sinar ultraviolet (UV). Penelitian ini bertujuan untuk melihat ekspresi protein p53 pada sel fibroblast TIG-3 setelah dipapar sinar UV serta pemberian ekstrak biji juwet. Sel dikultur dan dipapar sinar UV 30mJ/cm2 lalu diberi ekstrak biji juwet dengan dosis 0,1% dan 10%. Pemberian ekstrak biji juwet mampu meningkatkan ekspresi protein p53 pada sel TIG-3.   Kata kunci: ellagitannin, fibroblas, jambolan, p53, UV.
Peran Alpha-S2 kasein Susu Kambing PE Terhadap Perbaikan Morfologi dan Histologi Membran Synovial Tikus Rheumatoid Arthritis Bia, Rivqi Rifa; Fatchiyah, Fatchiyah; Soewondo, Aris
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (94.516 KB)

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa efek pemberian alpha-S2 kasein  susu kambing PE terhadap perubahan morfologi dan histologi membran sinovial tikus Rheumatoid Arthritis (RA). Tahapan penelitian meliputi pembuatan RA menggunakan multidosis CFA (Complete Freud Adjuvant. Kelompok perlakuan dibagi menjadi (C: Kontrol; CM: Kontrol + alpha-S2 kasein; RA: Rheumatois Arthritis; RAM: Rheumatois Arthritis + alpha-S2 kasein). Treatment RA dilakukan  selama 2 bulan dengan dosis 2mg/kg. Analisa morfologi dilakukan dengan skoring perubahan bentuk kaki dan histologi menggunakan metode HE yang divisualisasi menggunakan mikroskop BX53. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbaikan morfologi yang ditandai dengan penurunan hasil skor klinis (C = 0; RA = 4; CM = 0; RAM = 1.3). Perbaikan histologi terletak pada penurunan jumlah hiperplasia pada kelompok RA + alpha-S2 kasein menuju kondisi normal dimana penurunan level tersebut mengidikasikan alpha-S2 kasein dapat digunakan sebagai alternatif penyembuhan RA.
Identifikasi Synaptula (Echinodermata : Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI Kurniasari, Robitoh Desi; Soewondo, Aris
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (86.451 KB)

Abstract

Identification of species Raja Ampat required in order to obtain marine biodiversity in Raja Ampat. Synaptula is one of the organism that inhabit in Raja Ampat and belonging to sea cucumber. Sea cucumber is an organism that difficult to distinguish through morphological characteristic.. This study aimed to identify Synaptula from Raja Ampat based on mitochondrial gene, cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). The results of the study that Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) is Plakobranchus ocellatus, the result is different with identification through morphological. Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) has a high similarity with Plakobranchus ocellatus species from Sulawesi and the Philippines. Genetic distance Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) with Synaptula reciprocans is 76.8%, while similarity values is 23.6%. The difference in the results of species  identification may be caused by contamination DNA Plakobranchus UNP 67A to DNA Synaptula UNP 101, contamination is likely to occur during the identification process which simultaneity. Keywords: COI gene, identification, Synaptula.  
Peran Alpha-S2 kasein Susu Kambing PE Terhadap Perbaikan Morfologi dan Histologi Membran Synovial Tikus Rheumatoid Arthritis Rivqi Rifa Bia; Fatchiyah Fatchiyah; Aris Soewondo
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa efek pemberian alpha-S2 kasein  susu kambing PE terhadap perubahan morfologi dan histologi membran sinovial tikus Rheumatoid Arthritis (RA). Tahapan penelitian meliputi pembuatan RA menggunakan multidosis CFA (Complete Freud Adjuvant. Kelompok perlakuan dibagi menjadi (C: Kontrol; CM: Kontrol + alpha-S2 kasein; RA: Rheumatois Arthritis; RAM: Rheumatois Arthritis + alpha-S2 kasein). Treatment RA dilakukan  selama 2 bulan dengan dosis 2mg/kg. Analisa morfologi dilakukan dengan skoring perubahan bentuk kaki dan histologi menggunakan metode HE yang divisualisasi menggunakan mikroskop BX53. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbaikan morfologi yang ditandai dengan penurunan hasil skor klinis (C = 0; RA = 4; CM = 0; RAM = 1.3). Perbaikan histologi terletak pada penurunan jumlah hiperplasia pada kelompok RA + alpha-S2 kasein menuju kondisi normal dimana penurunan level tersebut mengidikasikan alpha-S2 kasein dapat digunakan sebagai alternatif penyembuhan RA.
Identifikasi Synaptula (Echinodermata : Holothuroidea) Raja Ampat Berdasarkan Gen COI Robitoh Desi Kurniasari; Aris Soewondo
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Identification of species Raja Ampat required in order to obtain marine biodiversity in Raja Ampat. Synaptula is one of the organism that inhabit in Raja Ampat and belonging to sea cucumber. Sea cucumber is an organism that difficult to distinguish through morphological characteristic.. This study aimed to identify Synaptula from Raja Ampat based on mitochondrial gene, cytochrome c oxidase subunit 1 (COI). The results of the study that Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) is Plakobranchus ocellatus, the result is different with identification through morphological. Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) has a high similarity with Plakobranchus ocellatus species from Sulawesi and the Philippines. Genetic distance Synaptula of Raja Ampat (UNP 101) with Synaptula reciprocans is 76.8%, while similarity values is 23.6%. The difference in the results of species  identification may be caused by contamination DNA Plakobranchus UNP 67A to DNA Synaptula UNP 101, contamination is likely to occur during the identification process which simultaneity. Keywords: COI gene, identification, Synaptula.  

Page 1 of 2 | Total Record : 16

 1   2 

Filter by Year

2014 2014


Reset
Filter By Issues
All Issue Vol. 13 No. 2 (2025) Vol. 13 No. 1 (2025) Vol. 12 No. 3 (2024) Vol. 12 No. 2 (2024) Vol. 12 No. 1 (2024) Vol. 11 No. 3 (2023) Vol. 11 No. 2 (2023) Vol. 11 No. 1 (2023) Vol. 10 No. 3 (2022) Vol. 10 No. 2 (2022) Vol. 10 No. 1 (2022) Vol. 9 No. 3 (2021) Vol 9, No 2 (2021) Vol. 9 No. 1 (2021) Vol 9, No 1 (2021) Vol 8, No 3 (2020) Vol 8, No 2 (2020) Vol 8, No 1 (2020) Vol 7, No 3 (2019) Vol 7, No 2 (2019) Vol 7, No 1 (2019) Vol 6, No 3 (2018) Vol 6, No 3 (2018) Vol 6, No 2 (2018) Vol 6, No 2 (2018) Vol 6, No 1 (2018) Vol 6, No 1 (2018) Vol 5, No 3 (2017) Vol 5, No 3 (2017) Vol 5, No 2 (2017) Vol 5, No 2 (2017) Vol 5, No 1 (2017) Vol 5, No 1 (2017) Vol 4, No 3 (2016) Vol 4, No 3 (2016) Vol 4, No 2 (2016) Vol 4, No 2 (2016) Vol 4, No 1 (2016) Vol 4, No 1 (2016) Vol 3, No 3 (2015) Vol 3, No 3 (2015) Vol 3, No 2 (2015) Vol 3, No 2 (2015) Vol 3, No 1 (2015) Vol 3, No 1 (2015) Vol 2, No 5 (2014) Vol 2, No 5 (2014) Vol 2, No 4 (2014) Vol 2, No 4 (2014) Vol 2, No 3 (2014) Vol 2, No 3 (2014) Vol 2, No 2 (2014) Vol 2, No 2 (2014) Vol 2, No 1 (2014) Vol 2, No 1 (2014) Vol 1, No 6 (2013) Vol 1, No 6 (2013): Biotropika Vol 1, No 5 (2013) Vol 1, No 5 (2013) Vol 1, No 4 (2013) Vol 1, No 4 (2013) Vol 1, No 3 (2013) Vol 1, No 3 (2013) Vol 1, No 2 (2013) Vol 1, No 2 (2013) Vol 1, No 1 (2013) Vol 1, No 1 (2013) More Issue