Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
2.47
P-Index
This Author published in this journals
All Journal International Journal of Electrical and Computer Engineering Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences The Journal of Experimental Life Sciences (JELS) Biotropika Proceeding International Conference on Global Resource Conservation The Journal of Pure and Applied Chemistry Research Majalah Obat Tradisional Budapest International Research and Critics Institute-Journal (BIRCI-Journal): Humanities and Social Sciences
Nashi Widodo
Unknown Affiliation
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Arts Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Economics, Econometrics & Finance Electrical & Electronics Engineering Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Neuroscience Public Health Social Sciences Other

Published : 34 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 34 Documents
Search

 1   2   3   4 
Computational Study of Oxidized Linoleic Acid on Dipeptidyl Peptidase-4 Shedding Suhargo, Listijani; Sumitro, Sutiman B.; Widodo, Nashi
Proceeding International Conference on Global Resource Conservation Vol 6, No 1: Proceeding of 6th ICGRC 2015
Publisher : Proceeding International Conference on Global Resource Conservation

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (0.209 KB)

Abstract

Dipeptidyl Peptidase-4 is a epithelial transmembrane protein of many cell type such as gastrointestinal tract, biliary tract, pancreas, kidney, thymus, uterus, prostate and capillary endothelial cell. It has a cytoplasmic domain (amino acids 1-6), transmembrane domain  (amino acid 7-28) and extracellular domain (amino acids 29-766). Dipeptidyl Peptidase-4 also found in soluble form of serum and other body fluid. Soluble DPP-4 has not a cytoplasmic domain and transmembrane domain. The level of soluble dipeptidyl peptidase-4 increased in diabetes. In diabetes, Hydrogen Peroxide as Reactive Oxygen Species (ROS) involved in transmembrane DPP-4 shedding to produce soluble DPP-4. Hydrogen peroxide can be converted into hydroxyl radicals (•OH) which are highly reactive. Hydroxyl radicals can oxidize  fatty acid such as linoleic acid which is found mainly in Low Density Lipoprotein (LDL). This study was aimed to elucidate the molecular mechanism of oxidation to shed  transmembrane DPP-4 to produce soluble DPP-4. The DPP-4 model used is DPP-4 with 10-766 amino acid derived from Uniprot and 3D Jigsaw program. Oxidized linoleic acids were derived from NCBI pubchem. DPP-4 as a receptor was docked with oxidized linoleic acids as ligand by patchdock program. And the result show that 13-HODE more easily interact acid with DPP-4than  the other oxidized linoleic. That  oxidants had the active site on DPP-4 (Threonine 36 and Alanine 37) that allow the shedding of transmembrane DPP-4 to produce soluble DPP-4. But that oxidant also interact with the other  site  of DPP-4 that may destroy the catalytic domain.Keywords: DPP-4; oxidized linoleic acid; shedding
The Effect of Different Media Content on Protease Activity Bacillus subtilis Nurkasanah, Siti; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 3, No 2 (2015)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (94.648 KB)

Abstract

ABSTRACT Enzymes were protein molecules that synthesized cells to accelerate biochemical reactions. One of the microorganisms that produce a protease was Bacillus subtilis. B. subtilis used in this research consisted of isolate 1 and isolate 2. Methods used include thequalitative assay of protease activity through theclear zone on skim milk agar and calculation of protease activity on production media such as NB (Nutrient Broth) and TSB (Tryptic Soy Broth). Based on the results revealed that the clear zonediameter isolate 2 better than the isolate 1 after 24hours and 48 hours incubation periods. It showed both isolates having the possibility in different strains but within a species. The highest protease activity calculation obtained from TSB production media respectively  0,14 Unit /ml unit and 0.12 Unit/ml. Keywords:B. subtilis, clear zone, protease, TSB
BRADYKININ B2 RECEPTOR GENE POLYMORPHISM ANALYSIS IN HYPERTENSIVE PATIENTS AT DR SAIFUL ANWAR HOSPITAL MALANG Aloysius, Johan; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 1 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1084.486 KB)

Abstract

Hypertension is a major health problem in the world. When blood volume is low, juxtaglomerular cells in the kidneys secrete renin and prorenin activates the blood circulation. Plasma renin converts angiotensinogen released by the liver into angiotensin I, which is then converted to angiotensin II by the enzyme angiotensin converting enzyme (ACE) located in the pulmonary vascular endothelium. Angiotensin II causes blood vessels to constrict, resulting in increased blood pressure. ACEi inhibit the formation of angiotensin I into angiotensin II, and activate Bradykinin (BK), which causes blood vessels to dilate, thereby reducing blood pressure. However, administration of ACEi periodically cause the accumulation of BK in pulmonary vessels that cause inflammation (cough) in some people who suspected mediated by Bradykinin B2 receptor (BK2R) gene. Total of the subjects in this study is 52 subjects, DNA extracted from white blood cells (leukocytes) as much as 200 mL from whole blood by using the QIAamp kit (Qiagen). Gene BK2R in humans amplified by the method of Polymerase Chain Reaction (PCR) method using the following primers F (5-GCAGAGCTCAGCTGGAGGCG-3), and R (5-CCTCCTCGGAGCCCAGAAG-3) and identified by the method of Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP). Results of this study shows three different genotypes there are CC, CT, and TT. Subjects with the CC genotype were most susceptible to cough, and subjects with CT genotype were least susceptible.   Keywords : ACE inhibitors, B2 Receptor, Cough, SSCP
PENGUKURAN KADAR OX-LDL (Low Density Liporotein Oxidation) PADA PENDERITA ATEROSKLEROSIS DENGAN UJI ELISA Widodo, Nashi; jannah, raudatul
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 1, No 2 (2013)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Aterosklerosis disebabkan oleh  multifaktor, salah satunya yaitu paparan radikal bebas yang dapat  mengoksidasi LDL menjadi Ox-LDL. Proses oksidasi di anggap sebagai komponen  penting pada tahap awal perkembangan aterosklerosis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan kadar oksidasi LDL pada penderita aterosklerosis perokok, bukan perokok dan perokok disertai dislipidemia. Metode penelitian tersebut dilakukan dengan menggunakan uji ELISA dan data yang diperoleh dianalisis menggunakan ANOVA (Analysis of Variance). Hasil dari penelitian ini didapatkan bahwa tidak terdapat perbedaan kadar oksidasi LDL yang signifikan  pada penderita aterosklerosis yang memiliki kebiasan merokok, tidak memiliki kebiasaan merokok dan penderita aterosklerosis yang memiliki kebiasaan merokok disertai dislipidemia, sehingga dengan demikian diketahui bahwa merokok tidak mempengaruhi peningkatan kadar Ox-LDL.
Analisis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) -217 Gen Human Angiotensinogen (hAGT) pada Penderita Hipertensi di Rumah Sakit Syaiful Anwar secara PCR-Sekuensing Rahmah, Siti Fatiyatur; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 1, No 4 (2013)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (118.559 KB)

Abstract

ABSTRAK Hipertensi masih menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Polimorfisme RAS (Renin Angiotensin System) dikatakan sebagai penentu hipertensi dan beberapa kerusakan organ target. Angiotensinogen merupakan protein awal dalam RAS yang memicu timbulnya hipertensi. Diketahui bahwa populasi skala besar ras Amerika dan Afrika yang terkena hipertensi, terjadi polimorfisme pada daerah 5’untranslated region di titik -217 A/G. Variasi basa pada titik -217 guanine atau adenine meningkatkan laju ekspresi gen angiotensinogen. Peningkatan ini terjadi akibat dari interaksi kuat antara faktor transkripsi GR dan C/EBP-β yang berikatan dengan daerah enhanser kemudian mempengaruhi laju transkripsi RNA polimerase III di daerah promoter gen angiotensinogen. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengetahui adanya single nucleotide polymorphism (SNP) -217 gen human Angiotensinogen (hAGT) pada penderita hipertensi di Rumah Sakit Syaiful Anwar secara PCR-Sekuensing. Metode yang digunakan yaitu isolasi whole genome (QIAamp DNA Blood Mini Kit) dari 14 sampel darah pasien hipertensi, gen hAGT di amplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) dan disekuensing untuk mengetahui adanya SNP        -217. Analisis yang dilakukan yaitu menggunakan software AB sequence Scanner, Bioedit dan BLAST NCBI. Hasil analisis menunjukkan bahwa tidak ditemukan adanya SNP -217 gen hAGT pada sampel pasien. Namun terdapat varian -6A pada gen tersebut yang juga mampu memicu terjadinya hipertensi. Kata Kunci : angiotensinogen, gen hAGT, hipertensi, SNP -217 A/G
EKSPRESI PROTEIN P53 PADA SEL TIG-3 SETELAH PERLAKUAN SINAR UV DAN EKSTRAK BIJI JUWET (Syzygium cumini) Jannah, Roudlotul; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (96.777 KB)

Abstract

Tubuh terlindungi dari lingkungan luar karena adanya kulit. Adanya paparan lingkungan luar, seperti sinar UV dapat mempengaruhi sel pada kulit. Dalam jangka pendek dapat menyebabkan kulit terbakar serta dalam jangka panjang menyebabkan kanker atau penuaan dini. Salah satu cara yang biasa digunakan untuk melindungi sel kulit dari paparan sinar UV adalah dengan penggunaan antioksidan. Jambolan (S. cumini) merupakan salah satu tumbuhan yang memiliki kandungan antioksidan yang tinggi. Protein p53 merupakan salah satu protein yang bertugas dalam melindungi DNA dari kerusakan yang ditimbulkan setelah sel kulit terpapar sinar ultraviolet (UV). Penelitian ini bertujuan untuk melihat ekspresi protein p53 pada sel fibroblast TIG-3 setelah dipapar sinar UV serta pemberian ekstrak biji juwet. Sel dikultur dan dipapar sinar UV 30mJ/cm2 lalu diberi ekstrak biji juwet dengan dosis 0,1% dan 10%. Pemberian ekstrak biji juwet mampu meningkatkan ekspresi protein p53 pada sel TIG-3.   Kata kunci: ellagitannin, fibroblas, jambolan, p53, UV.
Analisis Polimorfisme Gen Human Angiotensinogen (hAGT) di Daerah Promoter -217 Pada Penderita Hipertensi Kota Malang Secara PCR-Sekuensing Rahmah, Siti Fatiyatur; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 1, No 2 (2013)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (40.142 KB)

Abstract

Hipertensi masih menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Polimorfisme RAAS (renin-angiotensin-aldosteron system) dikatakan sebagai penentu hipertensi dan beberapa kerusakan organ target. Angiotensinogen merupakan protein awal dalam RAAS yang memacu timbulnya hipertensi. Diketahui bahwa populasi skala besar ras Amerika dan Afrika yang terkena hipertensi, terjadi polimorfisme pada daerah promoter  di titik -217 A/G. Variasi basa pada titik -217 dari guanine menjadi adenine meningkatkan laju ekspresi gen angiotensinogen. Peningkatan ini terjadi akibat dari interaksi yang kuat antara faktor transkripsi GR dan C/EBP-β dengan daerah promoter gen angiotensinogen. Tujuan dari penelitian ini yaitu mengetahui polimorfisme gen human angiotensinogen (hAGT) di daerah promoter -217 pada komunitas hipertensi di Kota Malang. Metode yang digunakan yaitu isolasi whole genome (QIAamp Isolation Whole Genome Kit) dari sampel darah pasien hipertensi di Rumah Sakit Syaiful Anwar, Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing. Analisis yang dilakukan yaitu menggunakan software AB sequence Scanner, Bioedit dan BLAST NCBI. Setelah dilakukan analisis diketahui bahwa tidak ditemukan adanya polimorfisme di daerah promoter -217 gen hAGT pada sampel pasien, namun ditemukan polimorfisme justru dititik yang lain yaitu -6.   Kata Kunci : Hipertensi, gen hAGT, angiotensinogen, promoter -217 A/G
Amplifikasi Gen COI dan 16s rRNA dari Invertebrata Laut Plakobranchus ocellatus Aprilia, Fitria Eka; Soewondo, Aris; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 5 (2014)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (53.059 KB)

Abstract

ABSTRAK Studi mengenai hubungan kekerabatan, evolusi dan identifikasi spesies secara molekuler tidak terlepas dari isolasi DNA dan amplifikasi gen COI dan 16s rRNA. Keberhasilan isolasi DNA dan amplifikasi gen COI dan 16S rRNA merupakan langkah awal yang penting untuk studi mengenai hubungan kekerabatan, evolusi dan identifikasi spesies. Penilitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi gen COI dan 16S rRNA dari invertebrata laut yang diambil dari Raja Ampat, Plakobranchus ocellatus. Sepasang primer COI universal LCO-1490 dan HCO-2198 digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen COI dari P.ocellatus, sedangkan amplifikasi gen 16s rRNA menggunakan sepasang primer 16Sar-L dan 16Sbr-L. Fragmen gen COI dan 16S rRNA berhasil teramplifikasi dengan panjang amplikon masing-masing sekitar 680 bp dan 450 bp.   Kata kunci: COI, gen, identifikasi, Plakobranchus ocellatus dan 16S rRNA ABSTRACT The first important step to study about organism relationship, evolution and species identification are DNA isolation and amplification of 16S rRNA and COI genes. This research aimed to amplify COI and 16S rRNA genes of marine invertebrates taken from Raja Ampat, Plakobranchus ocellatus. A pair of COI universal primer LCO-1490 and HCO-2198 was used for ampification a fragment COI gene P.ocellatus, while a fragment of the 16s rRNA gene was amplified using 16Sbr-L and 16Sar-L primer. Either  a fragment COI or 16S rRNA genes was successfully amplified, with a length amplicon about 680 bp and 450 bp, respectively. Keywords : COI, gene, identification, Plakobrancus ocellatus, and 16S rRNA
Konstruksi Protein Transcription Activator-Like Effector (TALE) 1 dan 2 dengan Target Sekuen DNA strain HPV Tipe 16 dan 18 Puspitasari, Agatha Mia; Widodo, Nashi
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 3, No 1 (2015)
Publisher : Biotropika: Journal of Tropical Biology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (89.385 KB)

Abstract

Kanker serviks dapat disebabkan oleh infeksi virus HPV tipe 16 dan 18 namun dapat dihindari dengan melakukan deteksi awal atau screening pada wanita. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain protein Transcription Activator-Like Effector (TALE) sebagai detektor dari HPV 16 dan 18 dengan cara mencari sekuen target DNA HPV 16 dan 18 beserta konstruksi protein TALE tersebut. Metode yang dilakukan adalah analisa sekuen target HPV 16 dan 18 dengan software MEGA, konstruksi protein TALE pada plasmid pSB1C3, PCR, Golden Gate Cloning, dan elektroforesis. TALE yang dikonstruksi adalah 2 macam protein TALE, yaitu TALE 1 dan TALE 2, yang memiliki susunan basa DNA yang berbeda. Konstruksi TALE dilakukan dengan Golden Gate Cloning menggunakan GATE Assembly Kit. Sekuen target DNA diperoleh dari hasil alignment software MEGA yang terdiri dari 14 bp pada masing-masing TALE dengan Timin (T) pada ujung-ujung sekuen. Kemudian konstruksi TALE diperoleh dari tim Freiburg yang memiliki 6 bagian yang dapat mengkode protein TALE. Hasil yang didapatkan dari konstruksi adalah pita DNA sebesar 3kbp pada gel agarosa melalui elektroforesis.   Kata kunci: HPV 16,  HPV 18,  kloning, TALE 1, TALE 2
Assessment of bio-activities of the crude extract and components of Withania somnifera leaves by bioinformatics Widodo, Nashi; Priyandoko, Didik; Deocaris, Custer C.; Wadhwa, Renu; Kaul, Sunil C.
Journal of Tropical Life Science Vol 1, No 1 (2010)
Publisher : Journal of Tropical Life Science

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.11594/jtls.1.1.%x

Abstract

Traditional herbal medicines are now increasingly being appreciated with Western models of integrative health sciences and evidence-based approach both in the basic research and clinic scenario. Ashwagandha is a commonly used plant in Ayurvedic, Indian traditional medicine. Medicinal value of Ashwagandha (WithaniasomniferaDunal) extends from anti-inflammatory, anti-arthritic, anti-rheumatic, rejuvenation and anti-cancer. Based on the belief that holistic multi-site mechanism of action offers greater chance of success, the traditional Ayurvedicmedicine practices the use of whole herb or its crude extract. It opposes with the mainstream of pharmaceutical industry that uses single and purified molecules. In the present study, we used bioinformatics approach to reveal the mechanism of action of (i) crude extract of Ashwagandha leaf extract and its purified components, (ii) Withanone and (iii) Withaferin A. Whereas p53-p21 was identified as a common signaling pathway for the three kinds of reagents, specific signaling pathways for Withaferin-A and Withanone were identified. Whereas the crude extract and Withanone were selectively toxic to human cancer cells, Withaferin A showed cytotoxicity to the normal cells too. The study suggested that the crude extract or a combinational formulamay be a superior and safenatural reagent for cancer treatment.
Co-Authors Achmad Ridok Adi Hermansyah, Adi Agatha Mia Puspitasari Agatha Mia Puspitasari Annisa, Yuslinda Aris Soewondo Azerlyn, Defiona Rensia Naomi Custer C. Deocaris Deocaris, Custer C. Dewi Mustikaningtyas Didik Priyandoko Didik Priyandoko Dinia Rizqi Dwijayanti Dodi Iskandar, Dodi Dwi Adi Nugroho Fairuz Sarah Kamila Fitria Eka Aprilia Grahadi, Rahmat Hafil Kusuma, Kavana Hermanto, Feri Eko Ichsan Ichsan Ika Christina, Yuyun Ikhtiarini, Nur Inggita Kusumastuty Johan Aloysius Kamila, Fairuz Sarah Kaul, Sunil C. Kesuma, Suryanata Kholilah, Tsaniyah Nur Kusuma, Kavana Hafil Listijani Suhargo, Listijani Mariyah Ulfa, Siti Marlita Marlita, Marlita Masruri Masruri Mifetika Lukitasari Moch Sasmito Djati Mohammad Saifur Rohman Nafisah, Wirdatun Nia Kurniawan Nur Ida Panca Nugrahini Oktavia Rahayu Adianingsih Puspitarini, Sapti raudatul jannah raudatul jannah Renu Wadhwa Rifa'i, Muhaimin Rifa’i, Muhaimin Rizqi Dwijayanti, Dinia Rohmah, Ilmiana Nurur Rollando, Rollando Rosyadah, Nuraini Roudlotul Jannah ROUDLOTUL JANNAH Salma Wahid Marseti Siti Fatiyatur Rahmah Siti Fatiyatur Rahmah Siti Mariyah Ulfa Siti Nurkasanah Sri Winarsih Sunil C. Kaul Sutiman B. Sumitro VALENTINA YURINA Wadhwa, Renu Warsito Warsito Wayan Firdaus Mahmudy Widekdo, Dwi purno Widyananda, Muhammad Hermawan YOGA DWI JATMIKO Yuslinda Annisa Yuyun Ika Christina