Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan pendidikan keberagaman (multikultural dan pluralisme) baik dari kondisi keberagaman, strategi penerapan dan tantangan serta hambatan pada SMAK Waingapu di Sumba Timur. Penelitian ini menggunakan kualitatif dengan pendekatan fenomenologis di mana peneliti menginterpretasikan serta menjelaskan pengalaman-pengalaman yang dialami seseorang dalam menjalani hidupnya, termasuk pengalaman berinteraksi dengan orang lain dan lingkungannya. Sumber data primer dalam penelitian ini yaitu 5 orang guru dan 10 orang siswa sedangkan sumber data sekunder merupakan dokumen catatan atau foto kegiatan pelaksanaan keberagaman di sekolah. Dalam penelitian kualitatif, data diperoleh dari berbagai sumber dengan menggunakan teknik triangulasi keabsahan data, sehingga data dikumpulkan secara terus menerus hingga datanya jenuh. Metode analisis kualitatif non statistik, dimana komponen reduksi data, dan sajian data dilakukan bersamaan dengan proses pengumpulan data setelah data terkumpul, tiga komponen analisis (reduksi, data, sajian, penarikan kesimpulan) berinteraksi. Strategi penerapan pendidikan keberagaman di SMAK Waingapu sudah dilakukan dengan menerapkan atau mengaplikasikan pendidikan keberagaman (multikultural dan pluralisme) dalam beberapa mata pelajaran sekolah, seperti mata pelajaran, Pendidikan Pancasila dan Kewarga Negaraan, Pendidikan Agama Kristen, mata pelajaran Sosial Budaya Dasar (SBD) Serta Etika Kristen. Ini menandakan bahwa SMAK Waingapu memahami jika penerapan pendidikan pada sekolah keagamaan sangat diperlukan demi memberikan pemahaman dasar kepada para siswa tentang Multikultural dan pluralisme negara Indonesia. Faktor-faktor yang mendukung terlaksananya pendidikan multikultural dalam pembelajaran adalah lingkungan dan iklim sekolah, materi dan metode pembelajaran, program dan kegiatan sekolah, kegiatan ekstrakurikuler (bakat dan minat), dan kesadaran siswa. Tantangan dan Hambatan Internal yang dialami oleh sekolah SMAK Waingapu adalah, masih kurangnya Poster-poster tentang pendidikan multikultural dan pluralisme di sekolah dimana hal itu sangat dibutuhkan untuk menarik perhatian siswa terkait persoalan multikulturalisme serta wadah yang cukup efektif untuk mengkampanyekan keberagaman bagi siswa. Selain itu masih ada sebagian siswa yang bersikap sukuisme, hal tersebut nampak dari siswa yang sering berkumpul secara berkelompok dengan sesama sukunya sendiri tanpa melibatkan siswa dari suku lain, ini harus menjadi perhatian khusus sekolah agarpraktik sukuisme ini menjadi perhatian khusus sekolah agar lebih menanamkan kesadaran bhineka tunggal ika dalam pemahaman anak didik.