Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Hortikultura Indonesia (JHI) Zuriat
Dwinita W. Utami
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Education

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Sidik Jari DNA Plasma Nutfah Mangga Berdasarkan Analisis Fragmen Marka SSR (Simple Sequence Repeat) Berlabel Dwinita W. Utami; Tri J. Santoso; N. Hidayatun
Jurnal Hortikultura Indonesia Vol. 3 No. 1 (2012): Jurnal Hortikultura Indonesia
Publisher : Indonesian Society for Horticulture / Department of Agronomy and Horticulture

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (540.162 KB) | DOI: 10.29244/jhi.3.1.49-57

Abstract

ABSTRACTDNA fingerprinting technology can be used for understanding the diversity of germplasm. The purpose of this preliminary study was to analyze the genetic diversity based on DNA fingerprints of mango germplasm using 15 fluorescent-labeled SSR markers. Nineteen Mango accessions from KP Cukurgondang collection, Pasuruan, East  Java and 15 SSR markers for mangoes  were used in this study. Development of  multiplex  sets of M13-labeled  primer  used  in the analysis  aimed  at  improving  the  effectiveness  and  efficiency  of molecular marker technology  in   mango  DNA  fingerprint  analysis.  The  analysis  of genetic  diversity  of  19  accessions  of  mango germplasm using 15 SSR markers resulted in 7 groups where four groups separated from the other three. Each of the four groups consisted of one accession, while the  three other groups consisted of some accessions. The results may represent the diversity of shape and color of fruit characters. However, further study is needed to get specific marker for each mango accession.Key word  : DNA fingerprint, Mango, fluorescent   SSR labeled.ABSTRAKTeknologi  sidik  jari  DNA  dapat  digunakan  untuk  memahami keanekaragaman  suatu  plasma nutfah.  Tujuan  dari  penelitian  awal  ini adalah  menganalisis  keragaman  genetik  berdasarkan  sidikjari DNA  plasma nutfah  mangga  menggunakan  15  marka  SSR  yang  berlabel  fluorescent. Sembilan  belas aksesi plasma nutfah mangga dari koleksi KP Cukurgondang, Pasuruan, JawaTimur dan 15 marka SSR untuk  mangga  digunakan  dalam penelitian  ini.  Pengembangan  set  multiplex  primer  berlabel  M13 digunakan dalam  analisis  bertujuan  untuk  meningkatkan  efektivitas  dan  efisiensi teknologi  marka molekuler dalam analisis sidikjari DNA mangga. Analisis keragaman genetik 19 aksesi plasma nutfah mangga menggunakan 15 marka SSR dapat menghasilkan 7 kelompok yang terdiri atas 4 kelompok yang masing-masing  beranggotakan  satu  aksesi  dan  3  kelompok  lainnya yang  terdiri  atas  beberapa  aksesi. Hasil  pengelompokan  dapat  mewakili keragaman  karakter  bentuk  dan  warna  buah.  Namun  demikian perlu dilakukan  analisis  lebih  lanjut  untuk  mendapatkan  penciri  spesifik  masing-masing  aksesi  plasma nutfah mangga.Kata kunci : Sidikjari DNA, mangga, SSR berlabel fluorescent
APLIKASI TEKNIK MARKER ASSISTED SELECTION (MAS) DALAM SELEKSI INTROGRESI GENOTIP TAHAN PATOGEN BLAS DARI Oryza rufipogon KE DALAM IR 64 Dwinita W. Utami; Hajrial Aswidinnoor; Asep Setiawan; Sugiono Moeljopawiro; Edi Guhardja
Zuriat Vol 15, No 2 (2004)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v15i2.6809

Abstract

Perakitan varietas unggul yang memiliki sifat ketahanan terhadap pathogen blas (Pyricularia grisea) merupakan salah satu program utama dalam pemuliaan padi. Untuk mendukung program tersebut diperlukan gene pool yang luas terutama untuk trait kuantitatif. Salah satu strategi yang dapat ditempuh adalah dengan mengidentifikasi lokus kuantitatif (QTL) yang terdapat pada spesies liar dan mentransfernya ke dalam kultivar padi. Spesies padi liar Oryza rufipogon diidentifikasi mempunyai lokus ketahanan kuantitatif (QRL) terhadap patogen blas. Pemanfaatan marka molekuler dalam pemuliaan tanaman salah satunya adalah untuk mempercepat seleksi (MAS) kembalinya genom tetua pemulih dalam persilangan silang balik. Dalam rangka menseleksi progeni persilangan O. rufipogon dengan IR64 menggunakan marka molekuler, dalam penelitian ini dilakukan seleksi introgresi genotip tahan yang hanya sedikit membawa fragmen dari tanaman padi liar. Tujuan dari penelitian ini adalah menseleksi genotip tahan blas dan menganalisis introgresi dan keterpautannya dengan tentative QTL tahan blas. Hasil analisis menunjukkan terdapat 20 genotip tahan dengan tingkat introgresi yang bervariasi dari 9%–40% dari total kromosom yang terpetakan. Analisis keterpautan menunjukkan bahwa genotip nomor 118 mempunyai QTL tahan blas pada kromosom 2, genotip nomor 337 mempunyai QTL tahan blas pada kromosom 12 dan genotip nomor 343 mempunyai QTL tahan blas pada kromosom nomor 9. Nomor-nomor genotip yang telah terseleksi tingkat ketahanan dan introgresinya dapat mempercepat kembalinya genome tetua pemulih, sebagai bahan untuk pembentukan populasi lebih lanjut.
Karakterisasi Plasma Nutfah Padi Beras Merah Lokal Asal Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Berdasarkan Karakter Morfo-Agronomi dan Marka SSRs Dwinita W. Utami; , Kristamtini; Prajitno al KS.
Zuriat Vol 20, No 1 (2009)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v20i1.6644

Abstract

Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) adalah salah satu Propinsi yang memiliki variasi dalam keanekaragaman plasma nutfah pertanian. Salah satu keanekaragaman plasma nutfah pertanian yang dimiliki Propinsi DIY adalah beberapa aksesi plasma nutfah padi beras merah. Terdapat lima aksesi plasma nutfah padi beras merah, yaitu Mandel Handayani (asal Gunungkidul), Segreng Handayani (asal Gunungkidul), Cempo Merah (asal Sleman), Saodah Merah (asal Bantul ) dan Andel Merah (asal Bantul). Tujuan dari penelitian ini adalah mengkarakterisasi 5 aksesi plasma nutfah padi beras merah lokal yang dimiliki Propinsi DIY sehingga dapat diketahui identitas varietas baik secara fenotipe (morfologi dan agronomi) ataupun secara genotipe (dengan marka simple sequence repeat/SSR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara fenotipe kelima aksesi plasma nutfah padi beras merah memiliki karakter morfologi dan agronomi yang bervariasi. Variasi dalam karakter fenotipe ini merupakan potensi dalam program perakitan galur beras merah unggul. Pencirian genotipe aksesi plasma nutfah beras merah Analisis molekuler dilakukan berdasarkan pengujian marka molekuler menggunakan marka (SSR) sebagai marka penanda (tepaut / linked) dengan QTL untuk sifat beras merah (yaitu RM252, RM220 RM180 dan RM224) menunjukkan adanya variasi alel yang berkaitan dengan sifat warna / pigmen pada bagian hull ataupun pericarp dari gabah. Pemanfaatan marka molekuler dalam penentuan ciri genotipe plasma nutfah dapat membantu proses seleksi dalam program perakitan galur unggul beras merah unggul.
Pemanfaatan marka gen OsIRT1 untuk seleksi galur populasi silang ganda turunan padi lokal Markuti toleran cekaman keracunan Fe Marjam Toding; Dwinita W. Utami
Zuriat Vol 23, No 1 (2012)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v23i1.6866

Abstract

Keracunan Fe adalah salah satu cekaman abiotik yang dapat secara nyata mempengaruhi produksi padi, terutama pada lahan basah marginal. Keracunan Fe dapat menurunkan produksi padi 60% hingga 90% pada daerah podzolik merah kuning. Mekanisme toleransi keracunan Fe pada tanaman padi salah satunya diperankan gen OsIRT1 (O. sativa Regulated Transporter). Peta genetik dari gen ini terdapat pada kromosom 7, pada posisi 47,787-52,212 Mb, yaitu memanjang pada contig AP004297 dan lokus MSU Osa1 :  LOC_Os07g01090. Salah satu aksesi plasma nutfah padi lokal tepilih berdasarkan hasil penelitian dengan pendekatan allele mining adalah Markuti(Indica, IRN:) yang diketahui memiliki alel gen OsIRT. Plasma nutfah tersebut telah digunakan sebagai material genetik persilangan ganda dengan varietas terseleksi Bio110 (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti), dalam program pembentukan galur-galur harapan padi baru toleran cekaman biotik (tahan penyakit BLB dan Blas) dan abiotik (toleran keracunan Fe dan kahat P). Tujuan dari penelitian ini adalah: menguji keragaan sifat ketahanan galur-galur populasi F2 hasil silang ganda (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti) terhadap cekaman keracunan Fe, berdasarkan pengujian phenotyping di rumah kaca dan genotyping menggunakan marka molekular spesifik penanda gen OsIRT1. Uji keragaan fenotipe dilakukan dengan menguji respon 88 total tanaman F2 yang ditanam dengan kondisi Fe tinggi (tanah masam-tergenang). Sedangkan keragaan genotipe dilakukan dengan menganalisis PCR populasi di atas menggunakan marka spesifik penanda  gen OsIRT1. Hasil pengujian menunjukkan bahwa keragaan galur-galur F2 hasil silang ganda (IR54/Parekaligolara//Bio110/Markuti) terdapat 68 tanaman bersifat toleran (skor 2-3), 11 tanaman bersifat sedang (skor 5) dan 9 tanaman bersifat rentan (skor 7). Sedangkan keragaan genotipe berdasarkan analisis PCR menggunakan marka OsIRT1 menunjukkan segregasi dengan tipe: 0,1 dan 2 yang berturut-turut co-segregasi dengan sifat : peka, sedang dan toleran.   
Co-Authors , Kristamtini Edi Guhardja HAJRIAL ASWIDINNOOR Marjam Toding N. Hidayatun Prajitno al KS. Setiawan, Asep S SUGIONO MOELJOPAWIRO Tri J. Santoso