Garuda - Garba Rujukan Digital

STUDI IN SILICO SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT (SCFV) SELEKTIF TERHADAP HORMON BASIC NATRIURETIC PEPTIDE (BNP) Gaffar, Shabarni; Masyhuri, Aga Adi; Hartati, Yeni Wahyuni; Rustaman, Rustaman
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Basic natriuretic peptide (BNP) merupakan polipeptida yang terdiri dari 32 asam amino yang disekresikan oleh bilik jantung untuk merespon peregangan yang berlebihan pada sel otot jantung. Pengeluaran BNP dimodulasi oleh ion kalsium. BNP berpotensi untuk digunakan sebagai marker untuk meramalkan pasien yang mengalami gagal jantung. Anti BNP single chain variable fragment (Anti BNP SCFV) merupakan gabungan polipeptida antara daerah yang bervariasi pada rantai heavy (VH) dan rantai light (VL) dari immunoglobulin. Anti BNP SCFV akan berikatan dengan BNP melalui pengenalan antigen-antibodi yang biasanya berada pada daerah CDR (Complementary Determining Region) yang merupakan bagian dari SCFV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari selektivitas docking SCFV yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan BNP berdasarkan parameter energi intermolekular secara in silico. SCFV terpilih dimodifikasi melalui penggantian asam amino yang berperan pada interaksi untuk mendapatkan SCFV yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi interaksi intermolekular yang lebih rendah. Docking dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.3. Visualisasi dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Viewer. Hasil penelitian menunjukkan SCFV dengan ID-PDB 4OUO merupakan SCFV yang selektif terhadap BNP dengan energi intermolekular -12,81 kkal/mol, Ki 0,9712 M, namun energi ikatan yang positif: 17,33 kkal/mol. Penggantian asam amino arginin 116 menjadi histidin pada SCFV 4OUO memperlihatkan pengikatan yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi intermolekul -13,66 kkal/mol, energi ikatan 16,47 kkal/mol, dan Ki 0,9726 M. Bagaimanapun, metode prediksi interaksi antara BNP dan SCFV perlu dikembangkan lebih lanjut untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.

DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Hartati, Yeni Wahyuni; Yohan, Yohan; Nurmalasari, Ratna; Gaffar, Shabarni; Lubis, Rubianto A.
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 Âµg/mL dengan batas deteksi 8,2 Âµg/mL.

IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING DENGAN METODE PCR-RFLP Gaffar, Shabarni; Maksum, Iman Permana; Julaeha, Euis
Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Spons pencuci piring 200.000 kali lebih kotor dibanding dudukan toilet. Berbagai bakteri penyebab penyakit seperti Eschericia coli, Pseudomonas dan Staphylococcus, berkembang biak di permukaan yang basah. Selain itu, 500 ribu bakteri hidup di dalam saluran pembuangan bak cuci piring. Jika spons dalam kondisi tidak kering (lembab karena direndam), maka akan menjadi markas semua bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan populasi bakteri yang terdapat pada spons cuci piring yang basah. Identifikasi dilakukan dengan metoda molekular berbasis DNA yaitu teknik PCR-RFLP gen 16s rDNA. Metoda PCR-RFLP merupakan genetik fingerprinting yang akurat, cepat dan sederhana. Koloni bakteri yang ditumbuhkan dari spons pencuci piring di lisis dan digunakan sebagai templat untuk PCR. Hasil PCR gen 16s rDNA yang berukuran 1400 pb, dipotong dengan enzim restriksi, Hinf1. Hasil penelitian menunjukkan terdapat empat pola pemotongan yang berbeda-beda. Pola yang berbeda ini menunjukkan terdapat empat populasi yang berbeda hidup pada spons basah. Kami mengidentifikasi bahwa salah satu mikroba yang tumbuh adalah E. coli yang merupakan bakteri patogen.

Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5â dan sisi restriksi SacII pada ujung 3â. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.

Cytotoxic Activity of Alpinumisoflavone from Erythrina poeppigiana (Leguminosae) Against Colon Cancer (WiDr), Cervical Cancer (Hela), and Hepatoma Cancer (HepG2) Cells Tati Herlina; Nayla Haraswati; Riza Apriani; Vicki Nishinarizki; Shabarni Gaffar; Unang Supratman
HAYATI Journal of Biosciences Vol. 26 No. 2 (2019): April 2019
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Cancer is the second cause of death after cardiovascular diseases in the world. Anticancer prevention used can cause undesirable things. Flavonoids are secondary metabolites derived from natural products that are useful for anticancer treatment. This study was performed to observe the cytotoxic activity of alpinumisoﬂavone from Erythrina poeppigiana, toward cervical cancer (Hela), colon cancer (WiDr), and hepatoma cancer (HepG2) cells. The cytotoxic activity of alpinumisoﬂavone was tested using (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5 diphenyltetrazolium bromide) assay. The percentage of cell mortality was calculated and the IC50 was calculated using probit analysis. The result shown that alpinumisoﬂavone has antiproliferative eﬀect to colon cancer (WiDr), cervical cancer (Hela), and hepatoma cancer (HepG2) cells with the value of IC50 are 5.63, 7.18, and 18.08 µg/ml, respectively. Based on the value of IC50 alpinumisoﬂavone is very cytotoxic to colon cancer WiDr cell.

Ethyl Acetate Fraction of Moringa oleifera Leaves Induces Cell Cycle Arrest on T47D Breast Cancer Cell via G0/G1 through Cyclin D1 Expression Riza Apriani; Tati Herlina; Shabarni Gaffar
Jurnal Kimia Valensi Jurnal Kimia VALENSI Volume 6, No. 1, May 2020
Publisher : Syarif Hidayatullah State Islamic University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/jkv.v6i1.15431

Cancer is a disease that is the leading cause of death worlwide. Exploration of a natural product containing anticancer agent provides a promising line for research on cancer. One of plant that used in traditional medicine for the cancer treatment is Moringa oleifera. The previous study has reported that the n-hexane fraction of M. oleifera leaves induce apoptosis and cell cycle arrest in T47D cells. Based on the preliminary result, ethyl acetate fraction of M. oleifera (EMO) leaves showed medium cytotoxic activity on T47D cells with IC50 values of 243.58 μg/mL and induced apoptosis cell death. This study was carried out to investigate the anticancer activity mechanism on the cellular and molecular basis of EMO against T47D breast cancer cell line by observing cell cycle progression and Cyclin D1 expression level. Analysis of the cell cycle was performed using flow cytometry and cyclin D1 expression was analyzed using the immunocytochemistry method. The result shows that EMO induced cell cycle arrest in G0/G1 phases. Immunocytochemistry assay showed that the EMO decreased expression of cyclin D1. This result indicates that EMO has a potential compound to be explored as chemo preventive agent for breast cancer.

STUDI IN SILICO SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT (SCFV) SELEKTIF TERHADAP HORMON BASIC NATRIURETIC PEPTIDE (BNP) Shabarni Gaffar; Aga Adi Masyhuri; Yeni Wahyuni Hartati; Rustaman Rustaman
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Basic natriuretic peptide (BNP) merupakan polipeptida yang terdiri dari 32 asam amino yang disekresikan oleh bilik jantung untuk merespon peregangan yang berlebihan pada sel otot jantung. Pengeluaran BNP dimodulasi oleh ion kalsium. BNP berpotensi untuk digunakan sebagai marker untuk meramalkan pasien yang mengalami gagal jantung. Anti BNP single chain variable fragment (Anti BNP SCFV) merupakan gabungan polipeptida antara daerah yang bervariasi pada rantai heavy (VH) dan rantai light (VL) dari immunoglobulin. Anti BNP SCFV akan berikatan dengan BNP melalui pengenalan antigen-antibodi yang biasanya berada pada daerah CDR (Complementary Determining Region) yang merupakan bagian dari SCFV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari selektivitas docking SCFV yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan BNP berdasarkan parameter energi intermolekular secara in silico. SCFV terpilih dimodifikasi melalui penggantian asam amino yang berperan pada interaksi untuk mendapatkan SCFV yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi interaksi intermolekular yang lebih rendah. Docking dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.3. Visualisasi dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Viewer. Hasil penelitian menunjukkan SCFV dengan ID-PDB 4OUO merupakan SCFV yang selektif terhadap BNP dengan energi intermolekular -12,81 kkal/mol, Ki 0,9712 M, namun energi ikatan yang positif: 17,33 kkal/mol. Penggantian asam amino arginin 116 menjadi histidin pada SCFV 4OUO memperlihatkan pengikatan yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi intermolekul -13,66 kkal/mol, energi ikatan 16,47 kkal/mol, dan Ki 0,9726 M. Bagaimanapun, metode prediksi interaksi antara BNP dan SCFV perlu dikembangkan lebih lanjut untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.

Studi In Silico Gadolinium(III)-Diethylene Triamine Pentaacetic Acid-Folat Dan Modifikasinya Terhadap Reseptor Folat Sebagai Senyawa Pengontras Untuk Deteksi Kanker Muhammad Yusuf; Bayu Shiddiq Widhi Pratama; Umi Baroroh; Shabarni Gaffar; Ukun M.S. Soedjanaatmadja
Chimica et Natura Acta Vol 9, No 3 (2021)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v9.n3.36035

Tumor ganas atau kanker merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia. Pendeteksian dini sel kanker dengan menggunakan Magnetic Resonance Imaging (MRI) memungkinkan penanganan yang lebih baik. Pemilihan senyawa kontras yang tepat dapat meningkatkan akurasi diagnosa terhadap penyakit kanker. Sel kanker banyak mengekspresikan reseptor folat α yang mampu mengikat asam folat dalam tubuh. Penambahan asam folat ke dalam senyawa pengontras Gadolinium (III)-diethylene triamine pentaacetic acid (Gd-DTPA) berguna untuk meningkatkan spesifisitas diagnostik sel kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi senyawa pengontras dengan molekul target reseptor folat α dengan penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul (MD). Struktur Gd-DTPA-folat dimodelkan dari struktur kristal Gd-DTPA dan folat. Hasil penambatan molekul dan simulasi MD menunjukkan interaksi Gd-DTPA-folat menurunkan afinitas folat terhadap reseptornya. Hasil perhitungan energi reseptor folat dengan folat dan Gd-DTPA-folat pada simulasi MD masing-masing -47,65 kkal/mol dan -43,78 kkal/mol. Modifikasi dilakukan pada struktur asam folat dengan penambahan gugus formil dan diuji kembali dengan penambatan molekul dan simulasi MD. Hasil simulasi menunjukkan bahwa modifikasi berpengaruh terhadap peningkatan afinitas folat dengan reseptor folat α melalui interaksi elektrostatik, dengan energi yang dihasilkan pada penambatan molekul dan MD masing-masing sebesar -7,04 kkal/mol dan -60,04 kkal/mol. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk menghasilkan senyawa pengontras yang spesifik terhadap sel kanker.

DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Yeni Wahyuni Hartati; Yohan Yohan; Ratna Nurmalasari; Shabarni Gaffar; Rubianto A. Lubis
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 µg/mL dengan batas deteksi 8,2 µg/mL.

Optimisasi pH dan Agitasi pada Produksi Glukoamilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 Menggunakan Response Surface Method Agus Safari; Rudi Hartono; Shabarni Gaffar; Muhammad Yusuf; Saadah D. Rachman; Safri Ishmayana
Chimica et Natura Acta Vol 6, No 1 (2018)
Publisher : Departemen Kimia

Glukoamilase adalah salah satu enzim esktraseluler yang dihasilkan oleh ragi Saccharomycopsis fibuligera. Enzim ini mampu memecah ikatan α-1,4 dan α-1,6 glikosidik pada molekul amilosa dan amilopektin. Pada penelitian ini telah dilakukan produksi enzim glukoamilase dalam media fermentasi yang mengandung sumber karbon yang berbeda, yaitu tepung beras, dedak dan pati. Fermentasi dilakukan dengan sistem lompok pada suhu kamar dengan kecepatan agitasi 150 rpm selama 3 hari. Nilai OD dan aktivitas glukoamilase ditentukan setiap 24 jam. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tepung beras menghasilkan aktivitas glukoamilase tertinggi. Aktivitas glukoamilase tertinggi pada tepung beras terdeteksi pada jam ke-48 dengan nilai 28,48 unit/mL. Dengan kondisi waktu yang sama nilai aktivitas enzim glukoamilase pada media dedak dan pati berturut-turut yaitu 18,08 dan 18,67 unit/mL. Selanjutnya media tepung beras digunakan untuk mengoptimisasi produksi enzim glukoamilase dengan variasi agitasi dan pH menggunakan desain Response Surface Method. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pH berpengaruh signifikan terhadap produksi enzim glukoamilase. Kondisi optimum produksi glukoamilase diperoleh pada agitasi dan pH berturut-turut yaitu 250 rpm dan 5. Nilai aktivitas enzim glukoamilase pada kondisi optimum yaitu 56,22 unit/mL.

Title

Found 38 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 38 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 38 Documents
Search