Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
1.203
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Biologi Udayana JBIO: jurnal biosains (the journal of biosciences) AL KAUNIYAH Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Bioma : Jurnal Biologi Indonesia Jurnal Agrotek Tropika BIOEDUSAINS: Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains AL-HAYAT: Journal of Biology and Applied Biology JCPS (Journal of Current Pharmaceutical Sciences) BIOSFER : Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Mukhamad Su'udi
Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Education Engineering Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology

Published : 12 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 12 Documents
Search

 1   2 
KAJIAN BARCODE ANGGREK OBAT DENDROBIUM BERDASARKAN SEKUEN GEN MATK, RBCL DAN ITS Mukhamad Su'udi
Bioma Vol. 15 No. 1 (2019): Bioma
Publisher : LPPM Universitas Negeri Jakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21009/Bioma15(1).5

Abstract

Peningkatan penggunaan obat tradisional dari anggrek obat seperti Dendrobium sebagai alternatif pengobatan terus meningkat. Namun, tidak diimbangi dengan budidaya anggrek obat tersebut sehingga masih banyak eksploitasi yang dilakukan di habitat aslinya. Konservasi, implementasi dan penerapan undang-undang internasional yang membatasi perdagangan ini masih dapat dilanggar karena spesies tersebut tidak selalu diperdagangkan secara morfologis tetapi dalam bentuk simplisia sehingga dibutuhkan identifikasi spesies berbasis sekuen DNA melalui DNA barcoding. Studi in silico ini memanfaatkan data di Genbank (NCBI) selanjutnya sekuen DNA dikoleksi dari beberapa gen yaitu matK, rbcL, dan ITS. Data dianalisis menggunakan pendekatan bioinformatik, CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui pensejajaran (alignment) sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Hasil dari analisis bioinformatik menunjukkan bahwa alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian rbcL dapat menunjukkan karakter spesifik dari D. crumenatum yang berpotensi sebagai barcode. Sedangkan pada lokus ITS terdapat karakter spesifik dari D. subulatum meskipun ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dengan homologi yang rendah dibandingkan gen matK dan rbcL. Lokus matK dari semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak didapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.
Metode Direct PCR yang Cepat dan Hemat Biaya untuk DNA Barcoding Anggrek Obat Dendrobium crumenatum Sw. Yusfi Afidah; Mukhamad Su'udi
BIOEDUSAINS:Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains Vol. 7 No. 2 (2024): Bioedusains: Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains
Publisher : Institut Penelitian Matematika, Komputer, Keperawatan, Pendidikan dan Ekonomi (IPM2KPE)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.31539/bioedusains.v7i2.12893

Abstract

This study aims to develop a rapid and cost-effective Direct PCR method for amplifying the rbcL gene without requiring DNA isolation, particularly for Dendrobium crumenatum Sw., an orchid species known for its traditional medicinal uses. The method involved soaking fresh leaves of D. crumenatum in TE buffer, followed by incubation at 55ºC. The incubation product was Directly used as a PCR template. The results showed a clear DNA band of 600 bp, corresponding to the target rbcL gene. BLAST analysis confirmed that the DNA sequence shared 84-85% identity with other species in GenBank. In conclusion, the Direct PCR method proved to be effective for DNA barcoding applications, offering advantages in speed and cost-efficiency over conventional DNA isolation methods. Keywords: Medicinal Orchids, Dendrobium crumenatum Sw., Direct PCR, DNA Barcoding
Co-Authors Agung Nugroho Puspito Ambar Yuswi Perdani Azizah Azizah Bambang Sugiharto Dian A. G. Perwitasari Dian Al Ghifari Perwitasari Dyah Wulan Budyartini Farah Syahidah Afsyah Abdila Fefi E Wardani Fuad Bahrul Ulum Gita Ayu Khoirunnisa Jelita Ahmaria Sabil Lailiyah Maulidatul Hasanah Lailiyah Maulidatul Hasanah Luluk Mukarrahman Moch Rosyadi Adnan Muhammad Ardiyansah Muslimah Arniyanti Nurfajri Eka Fitri Nuril Azizah Nuril Nuzulia Reza Selvyana Muhammad Sattya Arimurti Siti Rohimah Siti Rohimah Syafiq Ubaidillah Tri Ratnasari Veren Yuliana Saputri Wasiatur Roziqoh Yuni Wahyuni Yusfi Afidah Zakiyah Ramadany