Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.983
P-Index
This Author published in this journals
All Journal MEDIA KONSERVASI Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati KUKILA Journal of Food and Life Sciences Jurnal Atma Inovasia
Pramana Yuda
Universitas Atma Jaya Yogyakarta
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Education Environmental Science Public Health Social Sciences Other

Published : 23 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 23 Documents
Search

 1   2   3 
PENDEKATAN MOLEKULER PADA KAJIAN EKOLOGI Yuda, Ign. Pramana
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 13, No 2 (2008): June 2008
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (38.038 KB) | DOI: 10.24002/biota.v13i2.2680

Abstract

Sistem perkawinan pada burung (aves) sebagian besar (80-90%) adalah monogami. Namun temuan dari kajian-kajian terbaru dengan pendekatan molekuler menunjukan kalau jenis-jenis burung yang secara sosial monogami, ternyata berpoligami secara genetis (Birkhead dan Moller, 1992). Sebagai contoh, burung gereja (House sparrow Passer domesticus) melakukan extra-pair paternity (EPP). Artinya induk (jantan) mengasuh anak pasangannya yang ternyata bukan anak genetisnya.
Identification and Antibacterial Activity Test of Lactic Acid Bacteria Isolated from Fermented Shrimp (Cincalok) Against Vibrio parahaemolyticus and Listeria monocytogenes Gani Samboja, Laurentius Dimas; Purwijantiningsih, Ekawati; Yuda, Pramana
Journal of Food and Life Sciences Vol 3, No 1 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.jfls.2019.003.01.02

Abstract

Indonesia is a maritime country which has richness of sea products like fish, shrimp, squid, crab, and oyster. Nevertheless, all of those sea products can easily be contaminated by foodborne disease pathogenic bacterias such as Vibrio parahaemolyticus and Listeria monocytogenes. Those two pathogenic bacterias can cause serious illnesses in gastrointestinal tract such as diarhea, vomiting, and stomach cramp. The contamination of pathogenic bacteria can be prevented by lactic acid bacteria (LAB) metabolite compounds such as bacteriocin, organic acid, hydrogen peroxide, and diacetyl. Lactic acid bacteria was isolated from Indonesian traditional fermented shrimp called cincalok. The aim of this research is to do moleculary identify LAB isolates and antibacterial activity test in order to determine the species of LAB and to know the ability of LAB against pathogenic bacteria. Lactic acid bacteria from cincalok was identified by amplifying gen 16S rRNA through PCR colony method using primer LABFw and primer R16SRDNA-1492bac. Lactic acid bacteria from cincalok identified as Enterococcus sp. FTBUAJY01, Enterococcus sp. FTBUAJY02, Enterococcus sp. FTBUAJY03, Enterococcus durans strain FTBUAJY01, dan Enterococcus durans strain FTBUAJY02. Antibacterial activity test was conducted by agar well difusion method. It showed that the greatest inhibition ability of LAB from cincalok showed by Enterococcus sp. FTBUAJY02 against V. parahaemolyticus (0,529 ± 0,082 cm2) and Enterococcus durans strain FTBUAJY02 against L. monocytogenes (0,655 ± 0,090 cm2).
Keanekaragaman Reptil Impor di Yogyakarta Putranto, Dicky Indar; Yuda, Pramana; Zahida, Felicia
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 1, No 3 (2016): October 2016
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (231.321 KB) | DOI: 10.24002/biota.v1i3.1228

Abstract

Reptil impor banyak diminati karena memiliki variasi warna yang sangat beragam. Penelitian ini mengenai jenis reptil eksotik yang ada di Yogyakarta baik yang dipelihara maupun yang sudah terlepas atau dilepas di alam dan bagaimana pula potensi dampaknya bagi spesies reptil lokal yang ada di Yogyakarta. Penelitian dilakukan di wilayah Kota Yogyakarta dengan melakukan survei di pasar hewan, petshop dan pemelihara reptil. Penelitian telah dilaksanakan dari tanggal 1 Agustus 2013 sampai 30 November 2013. Berdasarkan hasil survei pendataan reptil impor yang dipelihara di Yogyakarta, ditemukan 80 jenis yang terdiri dari satu jenis buaya kerdil (Paleosuchus palpebrosus), 14 jenis kadal (Sauria), 21 jenis ular (Serpentes), dan 44 jenis Kura-kura (Testudines). Reptil impor yang terlepas di alam ditemukan beberapa jenis, yaitu dua ekor Red Eared Slider (Trachemys scripta elegans), tiga ekor Chinese Soft-shelled Turtle (Pelodiscus sinensis) dan satu ekor Corn snake (Pantherophis guttatus). Red Eared Slider yang terlepas di alam dalam jumlah tersebut tidak dapat menimbulkan dampak negatif bagi reptil lokal, tetapi jika dalam jumlah yang banyak kemungkinan akan berpotensi sebagai kompetitor bagi bulus jawa (Amyda cartilaginea) dalam mencari makan. Chinese Soft-shelled Turtle yang terlepas di alam dalam jumlah tersebut kemungkinan akan berpotensi sebagai kompetitor bagi Amyda cartilaginea dalam mencari makan. Corn snake yang hanya satu ekor jika terlepas tidak akan menimbulkan dampak negatif bagi reptil lokal, tetapi jika jumlahnya terlalu banyak akan menjadi kompetitor bagi ular-ular lokal seperti ular koros (Ptyas korros), ular jali (Ptyas mucosa), ular kopi (Coelognathus flavolineatus), ular lanang sapi (Coelognathus radiatus), dan lain-lain, karena jenis mangsa yang sama.
Perbandingan Metode Isolasi DNA sebagai Templat PCR untuk Identifikasi Jenis Kelamin Cerek Jawa (Charadriius javanicus) secara Molekuler Menggunakan Primer 2550F/2718R Pratomo, Yulius Wahyu; Zahida, Felicia; Yuda, Pramana
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 6, No 2 (2021): June 2021
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v6i2.3444

Abstract

In molecular studies, extraction can be time consuming and costly (especially in large scale studies), therefore some studies examine the success rate of amplification using alternative DNA isolation methods (without extraction). This study aims to determine the most effective DNA isolation method in Javan Plover molecular sexing by comparing several methods, such as extraction kit, alkaline lysis and direct PCR.This study used filter paper (5) and EDTA stored blood (8) as samples, and both sample types would be isolated using extraction kit, alkaline lysis, and direct PCR method. Molecular sexing was carried out using 2550F/2718R primer. The results showed that DNA in filter paper and EDTA stored blood, both using kit extraction, alkaline lysis and direct PCR, methods were successfully amplified with 2550F/2718R primer which produced 621 bp sized CHD1-Z and 459 bp sized CHD1-W band. The results suggested  that extraction kit is the most effective DNA isolation method for Javan Plover molecular sexing.  AbstrakDalam studi molekuler, ekstraksi dapat memakan waktu dan biaya saat diterapkan dalam penelitian skala besar, sehingga beberapa studi mengkaji tingkat keberhasilan amplifikasi menggunakan metode isolasi DNA alternatif (tanpa ekstraksi). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode isolasi DNA paling efektif untuk molecular sexing Cerek Jawa. Penelitian ini menggunakan 5 sampel darah kertas saring, dan 8 sampel darah EDTA yang diisolasi dengan metode ekstraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung. Molecular sexing dilakukan dengan primer 2550F/2718R. Hasil penelitian menunjukan bahwa DNA pada sampel darah kertas saring dan EDTA, baik metode ektraksi kit, alkalin lisis dan PCR langsung, berhasil diamplifikasi dengan primer 2550F/2718R yang menghasilkan pita CHD1-Z dengan ukuran 621 bp dan pita CHD1-W dengan ukuran 459 bp. Penelitian ini menunjukan bahwa ekstraksi DNA dengan kit menghasilkan DNA template yang paling efektif untuk molecular sexing Cerek Jawa.
Identifikasi dan Uji Aktivitas Antimikrobia Bakteri Asam Laktat dari Fermentasi Singkong (Gatot) terhadap Bacillus cereus dan Aspergillus flavus Febriana, Maria Hesty; Purwijantiningsih, Ekawati; Yuda, Pramana
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 6, No 1 (2021): February 2021
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v6i1.3312

Abstract

Gatot is a traditional food from fermented cassava. Lactic acid bacteria (LAB) can be found in fermented cassava food, gatot. Lactic acid bacteria can produce an antimicrobial compound for inhibiting pathogen microorganism. The aim of this research were isolation and identification LAB from gatot and antimicrobial activity test against Bacillus cereus and Aspergillus flavus. Three isolates from raw gatot and three isolates from cooked gatot used in this research. Isolation of LAB was conducted using pour plate method, purification is conducted by streak plate method, the antimicrobial test was conducted by agar well diffusion and molecular identification was conducted by PCR colony method using LABFw and R16RDNA-1492bac primer. Lactic acid bacteria from cooked gatot identified as Enterococcus sp. FTBUAJY04, Enterococcus sp. FTBUAJY05, Enterococcus sp. FTBUAJY06, while LAB from raw gatot identified as Lactococcus lactis strain FTBUAJY01, Lactococcus lactis strain FTBUAJY02 dan Lactococcus lactis strain FTBUAJY03. The results obtained from the inhibition zone test showed that all isolates were able to inhibit the growth of B. cereus and A. flavus.  The greatest inhibition zone against B. cereus was shown by LAB Gt5 supernatant or L. lactis supernatant strain FTBUAJY02 of 1.87 ± 0.67 cm2, while the results of the greatest inhibition zone against A. flavus was LAB Gt6 supernatant or L. lactis supernatant strain FTBUAJY03 of 3.83 ± 0.73 cm2.
Sight records of Yellow-rumped Flycatcher in Yogyakarta, Java Pramana Yuda
KUKILA Vol. 7 No. 1 (1994)
Publisher : Indonesian Ornithologists’ Union

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Perbandingan Metode Ekstraksi DNA Collocalia fuciphaga Secara Manual dan Kit dari Berbagai Sumber Material Genetik Hendra -; Cellica Riyanto; Aditya Fendy Heryanto; Pramana Yuda
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 18, No 2 (2013): June 2013
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v18i2.394

Abstract

AbstractThe aim of this research was to compare DNA extraction protocols of PCE and extraction kit using different genetic material sources of blood and feathers. Three different extraction buffers of PCE method were used. This study suggested that PCE method was more efficient than the extraction kit method. Meanwhile, extraction buffer of Bello was more efficient for extracting DNA from feather, while extraction buffer of Khosravinia was more efficient for extracting DNA from blood. Wing feather was a suitable sample as genetic source for DNA extraction.Keywords: DNA extraction, phenol-chloroform, Collocalia fuciphagaAbstrakPenelitian ini bertujuan membandingkan metode PCE dengan kit ekstraksi dalam mengekstrak DNA berbagai material sumber genetik, yaitu darah dan bulu Collocalia fuciphaga. Ekstraksi metode PCE menggunakan tiga jenis buffer yang berbeda. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstraksi DNA menggunakan metode PCE lebih efisien dibandingkan kit ekstraksi. Buffer ekstraksi Bello lebih efisien untuk ekstraksi DNA sampel bulu, sedangkan buffer ekstraksi Khosravinia lebih efisien untuk ekstraksi DNA sampel darah. Penelitian ini juga menunjukkan bulu sayap merupakan sumber genetik yang paling baik untuk ekstraksi DNA.   Kata kunci: ekstraksi DNA, phenol-chloroform, Collocalia fuciphaga
Kelimpahan dan Pola Penyebaran Bulu Babi (Echinoidea) di Terumbu Karang Pantai Pasir Putih, Situbondo, Indonesia Andi Somma; Felicia Zahida; Pramana Yuda
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 2, No 3 (2017): October 2017
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v2i3.1887

Abstract

Penelitian tentang kelimpahan ikan, moluska dan bentos pada daerah terumbu karang sudah banyak dilakukan, penelitian tentang kelimpahan dan pola penyebaran bulu babi di Pantai Pasir Putih, Situbondo sebagai daerah wisata belum dilakukan. Ramainya wisatawan yang datang mampu mengganggu daya dukung lingkungan terhadap organisme laut seperti bulu babi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis, kelimpahan dan pola penyebaran bulu babi di ekosistem terumbu karang perairan Pantai Pasir Putih, Situbondo. Penelitian ini dilakukan pada tiga stasiun yang mewakili daerah Pantai Pasir Putih, Situbondo yaitu: Watu Lawang sebagai stasiun 1, Karang Mayit – Teluk Pelita sebagai stasiun 2 dan Watu Pon – Pon sebagai stasiun 3. Pengambilan data menggunakan metode transek kuadrat. Setiap stasiun memiliki lima transek dengan panjang dan jarak antar transek 100 m. Bidang observasi sepanjang transek menggunakan petak ukur dengan luas 1 m2. Selanjutnya kelimpahan dan pola penyebaran bulu babi dihitung. Bulu babi yang diperoleh dari penelitian ini adalah Diadema setosum, Echinothrix calamaris duri putih dan Echinothrix calamaris duri coklat belang. Bulu babi D. setosum merupakan spesies yang dominan di ketiga stasiun dengan kelimpahan relatif, berturut turut adalah 60,976%, 69,136% dan 45,333%. Pola penyebaran bulu babi D. setosum seragam, sedangkan E. calamaris duri putih dan E. calamaris duri coklat belang mengelompok.
High Prevalence Level of Avian Malaria in the Wild Population of the Java Sparrow Pramana Yuda
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 14, No 3 (2009): October 2009
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v14i3.2583

Abstract

Java sparrow (Padda oryzativa) is anendemic bird to Java and Bali. It used to be avery common bird, but due to over exploitationthe bird has declined and been classified asVulnerable (BirdLife International, 2001). InIndonesia bird-keeping is a popular pastime,with deep cultural roots (Jepson and Ladle,2005). It is widely assumed that the hobbynegatively affects wild populations of commonas well as threatened birds (Jepson and Ladle,2005; Nash, 1994), such as Java sparrow.
Analisis Insektisida Organoklorin Pada Bulu Walet Sarang Putih (Collocalia fuciphaga Thunberg) Oktaf Laudensius; Pramana Yuda; Kianto Atmodjo
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2003): June 2003
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.2889

Abstract

The objectives of this study are to find out the kind and quantitative  of organochlorine insecticide  in  swallow (Collocalia fuciphaga Thunderberg) feathers.  The samples were plumae of wing and tail feathers from the birds were catched in Siluk, Gunungkidul and  Sedayu, Bantul on August and September 2002 The organochlorine insecticide compound were analysed by  gas chromatography-electronic catcher detector. The analysis result found out  the organochlorine insecticide in swallow feathers, were heptachlor (0-5855 ppm) and pp-DDD (0-0929 ppm).
Co-Authors Abdillah, Fahmi Maulana Aditya Fendy Heryanto Andi Somma Andika, Ignatius Putra Cellica Riyanto Ekawati Purwijantiningsih, Ekawati Febriana, Maria Hesty Felicia Zahida Felicia Zahida Gani Samboja, Laurentius Dimas Hendra - HENDRA - Kianto Atmodjo Kianto Atmodjo, Kianto L. Indah Murwani Yulianti Laudensius, Oktaf Naresvara Nircela Pradipta, Naresvara Nircela Nirmala Ayu Aryanti Oktaf Laudensius Pratomo, Yulius Wahyu Putranto, Dicky Indar Sari, Andini Maya Setyobudi, Vincencius Tri Somma, Andi