Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search

Study of e-DNA Quality at Fishing Ground of Manado Bay, North Sulawesi Province. Zebua, Nistiarni; Mandagi, Ixchel F.; Masengi, K.W.A; Luasunaung, Alfret; Rumengan, Inneke F. M.; Wulur, Stenly; Makapedua, Daisy M.; Masengi, E. I. K.G.; Sumilat, Deiske A.; Masengi, Akira W. R.; Manoppo, Victoria
Jurnal Ilmiah Platax Vol. 13 No. 1 (2025): ISSUE JANUARY-JUNE 2025
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jip.v13i1.57404

Abstract

We used the Nansen Bottle Sampler to collect water samples in the deepsea area, ranging from 150 meters to 175 meters in six water points around Manado Bay, to test the quality of e-DNA water samples to detect target species in the fishing area. Therefore, the basis of the case study method with a sampling technique was carried out on July 29 2023 using Power Water Sterivex Kits, water samples were then stored at -250C and were then taken to TBRC, University of the Ryukyus for further laboratory works, such as; eDNA extract, eDNA quality testing, 1st and 2nd PCR and Electrophoresis eDNA analysis processes using MiFish-U primers with a target of 163–185bp and 375 bp, following the MiFish protocol.  Based on the results of the eDNA extract solution, it is known that the quality of eDNA from the 6 sampling sites locations ranged between 2.8 µg/mL – 4.4 µ g/mL, which means a good quality of eDNA. Moreover, it showed that the presence of DNA fragments at Kappa 60◦C Gelelectrophoresis 1st-PCR, 12S rRNA gene product (163–185bp), and Kappa 60◦C and 65◦C Geklelectrophoresis 2nd-PCR Products according to the target amplicon 375 bp. This means we can conduct the next step, the PCR sequence analysis.  Then, eDNA quality testing, 1st and 2nd PCR, and Electrophoresis of e-DNA analysis process were using MiFish-U F/R primers with a target of 375 bp, it is known that the concentration of Nanodrop from the 6 sampling locations ranges between 2.8 µg/mL – 4.4 µg/mL while the core or quality eDNA ranged from 1.56 µg/mL – 2.50 µg/mL. Based on identification results, five types of species were detected; Myctophum lychnobium, Selar crumenophthalmus, Photonectes sp., Oreochromis sp. Thunnus obesus and Homo sapiens were generated using eDNA metabarcoding on the mitochondria genome database MitoFish. Keywords: e-DNA, eDNA quality, species target, fishing area, Manado Bay   Abstrak Kami menggunakan Nansen Bottle Sampler untuk mengambil sampel air pada laut dalam berkisar 150meter sampai 175 meter di enam titik perairan Sekitar Teluk Manado, untuk menguji Kualitas e-DNA sample air yang digunakan untuk mendeteksi target spesies pada daerah penangkapan. Selanjutnya dasar metode studi kasus dengan teknik pengambilan sampel secara sampling dilakukan pada tanggal 29 Juli 2023 menggunakan Power Water Sterivex Kits, sapel air disimpan pada -250C yang selanjutnya dibawa ke TBRC, University of the Ryukyus untuk pnelitian laboratorium lanjutan seperti ekstrak eDNA, Pengujian kualitas eDNA, 1st and 2nd PCR dan Elektrophoresis proses analisis eDNA menggunakan primer MiFish-U dengan target 375 bp, mengikuti MiFish protokol. Berdasarkan hasil pengujian larutan ekstrak eDNA diketahui bahwa kualitas eDNA dari 6 titik lokasi sampling berkisar antara 2.8 ng/mL – 4.4 ng/mL dan menunjukkan adanya fragment DNA pada Kappa 60◦C Geklelectrophoresis 1st-PCR Produk 12S rRNA gene (163–185bp, dan Kappa 60◦C dan 65◦C Geklelectrophoresis 2nd-PCR Produk sesuai amplikon target 375 bp. Hal ini berarti dapat dilanjutkan pada tahap analisis sekuens PCR. Pengujian kualitas eDNA, 1st and 2nd PCR dan Elektrophoresis proses analisis eDNA menggunakan primer MiFish-U F/R dengan target 375 bp, diketahui bahwa konsentrasi Nanodrop dari 6 titik lokasi sampling berkisar antara 2.8 µg/mL – 4.4 µg/mL sedangkan kemurnian atau kualitas eDNA berkisar antara 1.56 µg/mL – 2.50 µg/mL. Hasil identifikasi menyatakan lima jenis spesies terdeteksi; Myctophum lychnobium, Selar crumenophthalmus, Photonectes sp., Oreochromis sp. Thunnus obesus, Homo sapiens dihasilkan dengan menggunakan eDNA metabarcoding pada MitoFish database genom mitokondria. Kata kunci : e- DNA, kualitas eDNA, target spesies, daerah penangkapan, Teluk Manado.
ANALISIS PENDEKATAN BERBASIS EKOSISTEM DALAM PENGELOLAAN KUALITAS AIR DI PERAIRAN DARAT DAN PESISIR Telaumbanua, Betzy Victor; Zebua, Ratna Dewi; Laoli, Destriman; Dawolo, Januari; Zebua, Nistiarni
Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Vol 13 No 2 (2025): Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Publisher : UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29406/jr.v13i2.7818

Abstract

ABSTRAK Permasalahan penurunan kualitas air di perairan darat dan pesisir akibat aktivitas antropogenik menuntut pendekatan pengelolaan yang holistik dan berkelanjutan. Penelitian ini bertujuan mengkaji prinsip, implementasi, tantangan, dan peluang pendekatan berbasis ekosistem dalam pengelolaan kualitas air. Metode yang digunakan adalah studi literatur terhadap sumber ilmiah nasional dan internasional tahun 2015-2025. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pendekatan berbasis ekosistem mengintegrasikan aspek sosial, ekonomi dan ekologis melalui pengelolaan berbasis wilayah ekologi, keterlibatan pemangku kepentingan, serta integrasi ilmu lokal dan teknologi modern. Implementasi di perairan darat mencakup pemanfaatan indikator biologis dan partisipasi masyarakat, sedangkan di wilayah pesisir berfokus pada konservasi ekosistem mangrove dan estuaria. Tantangan utama mencakup keterbatasan data ekologis dan lemahnya koordinasi antarsektor, namun peluang terbuka melalui pengembangan sistem pemantauan berbasis teknologiinternet of thingsyang dikombinasikan dengan kearifan lokal. Pendekatan berbasis ekosistem memberikan landasan strategis dalam pengelolaan kualitas air secara adaptif dan berkelanjutan untuk menjaga keberlangsungan ekosistem perairan. Kata kunci: pengelolaan kualitas air, pendekatan berbasis ekosistem, perairan darat, pesisir, keberlanjutan ekosistem
EFEKTIVITAS RUMPON (Fish aggregating device) DALAM MENINGKATKAN HASIL TANGKAPAN IKAN PELAGIS: REVIEW Telaumbanua, Afred Nobel; Zebua, Arismanto; Telaumbanua, Betzy Victor; Laoli, Destriman; Zebua, Ratna Dewi; Zebua, Nistiarni
Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Vol 13 No 2 (2025): Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Publisher : UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29406/jr.v13i2.8020

Abstract

ABSTRAK Rumpon (Fish Aggregating Device/FAD) adalah alat bantu penangkapan ikan yang bekerja dengan menarik perhatian ikan pelagis untuk berkumpul di suatu lokasi tertentu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memberikan penjelasan tentang seberapa efektif menggunakan rumpon untuk meningkatkan hasil tangkapan ikan pelagis. Pembahasan mencakup ide dasar tentang rumpon, seberapa efektif rumpon menurut penelitian sebelumnya, variabel yang memengaruhi keberhasilan penggunaan rumpon, dan dampaknya terhadap lingkungan. Jenis penelitian ini adalah penelitian kualitatif dengan pendekatan studi literatur. Literatur yang dikaji berasal dari artikel jurnal ilmiah nasional serta dokumen kebijakan yang dipublikasikan pada tahun 2012 hingga 2025. Hasil kajian menunjukkan bahwa rumpon dapat meningkatkan efisiensi penangkapan ikan karena ikan cenderung berkumpul di sekitarnya, sehingga nelayan tidak perlu berjalan terlalu jauh untuk mencari ikan. Faktor yang memengaruhi keberhasilan rumpon meliputi bahan penyusun, kondisi oseanografi, dan waktu pemasangan. Penempatan rumpon dengan pendekatan ramah lingkungan seperti penggunaan ijuk juga terbukti menarik ikan karena menyerupai habitat alaminya. Rumpon tradisional terus dikembangkan, termasuk dengan penerapan teknologi GPS dan desain selektif untuk meningkatkan efisiensi dan keberlanjutan. Namun, penggunaan rumpon yang tidak terkontrol dapat menyebabkan perubahan pola migrasi ikan, overfishing, dan peningkatan tangkapan sampingan. Oleh karena itu, perlu pengelolaan dan pengaturan rumpon yang tepat agar penggunaannya tetap berkelanjutan dan ramah lingkungan. Kata kunci: Rumpon, ikan pelagis, hasil tangkapan, teknologi tangkap, ekologi laut
ANALISIS FAKTOR-FAKTOR PENENTU KEBERLANGSUNGAN MIKROORGANISME DALAM LINGKUNGAN PERAIRAN Laoli, Destriman; Telaumbanua, Betzy Victor; Zebua, Ratna Dewi; Zebua, Nistiarni
Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Vol 13 No 2 (2025): Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Publisher : UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29406/jr.v13i2.8151

Abstract

ABSTRAK Mikroorganisme memegang peran penting dalam ekosistem perairan sebagai agen utama dalam proses dekomposisi, siklus nutrien, dan simbiosis. Studi ini bertujuan mengidentifikasi dan menganalisis faktor biotik dan abiotik yang memengaruhi kelangsungan hidup mikroba di lingkungan perairan. Metode yang digunakan adalah studi literatur yang memfokuskan pada parameter lingkungan seperti suhu, pH, salinitas, oksigen terlarut (DO), BOD, COD, serta interaksi antar mikroorganisme dan organisme akuatik lain. Hasil analisis menunjukkan bahwa keseimbangan faktor abiotik dan biotik sangat menentukan struktur dan fungsi komunitas mikroba. Perubahan lingkungan seperti peningkatan suhu, pencemaran, dan eutrofikasi berpotensi mengganggu stabilitas mikroba dan ekosistem perairan secara keseluruhan. Studi ini memberikan landasan ilmiah dalam pengelolaan kualitas air dan konservasi ekosistem perairan. Kata kunci : Ekosistem perairan, Faktor abiotic, Faktor biotik, Kelangsungan hidup mikroba, Mikroorganisme akuatik.
PENGARUH JUMLAH MATA PANCING LONGLINE TERHADAP HASIL TANGKAPAN IKAN TUNA SIRIP KUNING (Thunnus albacares) Zebua, Nistiarni; Halawa, Vince Kurniawan; Zebua, Ratna Dewi; Telaumbanua, Betzy Victor; Laoli, Destriman; Sanora Laia, Dian Agung
Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Vol 13 No 2 (2025): Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Publisher : UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PONTIANAK

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29406/jr.v13i2.8222

Abstract

ABSTRAK Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji pengaruh jumlah mata pancing pada alat tangkap longline terhadap hasil tangkapan ikan tuna sirip kuning (Thunnus albacares) melalui pendekatan tinjauan pustaka. Data diperoleh dari berbagai literatur ilmiah yang relevan dan dianalisis secara deskriptif untuk memahami hubungan antara jumlah mata pancing, efisiensi operasional, serta faktor lingkungan terhadap produktivitas tangkapan. Hasil kajian menunjukkan bahwa peningkatan jumlah mata pancing, khususnya hingga 1592 unit, secara signifikan meningkatkan hasil tangkapan dibandingkan jumlah yang lebih rendah. Namun demikian, penggunaan jumlah mata pancing yang berlebihan dapat menurunkan efisiensi dan meningkatkan risiko overfishing serta tangkapan sampingan (by-catch). Faktor-faktor lain seperti suhu, salinitas, arus laut, serta kemampuan operasional kapal turut memengaruhi keberhasilan penangkapan. Oleh karena itu, pengelolaan jumlah mata pancing harus mempertimbangkan aspek teknis, ekologis, dan keberlanjutan sumber daya ikan tuna. Temuan ini diharapkan dapat menjadi dasar bagi pengambilan keputusan dalam pengelolaan alat tangkap longline yang lebih efektif, efisien, dan berkelanjutan. Kata kunci: longline, mata pancing, tuna sirip kuning, hasil tangkapan, keberlanjutan.