Makroalga adalah organisme yang hidup di air tawar dan air laut, termasuk rumput laut, mikroalga, protista, dan ganggang merah. Makroalga dikenal sebagai salah satu makanan utama bagi ekosistem laut. Selain itu, makroalga juga merupakan sumber penting dari banyak bahan utama yang digunakan dalam industri, produk farmasi dan bahan kimia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui data awal jenis-jenis makroalga yang ditemukan dan mengetahui kualitas perairan di pesisir Pulau Pelapis berdasarkan faktor fisika dan kimia. Penelitian dilakukan di 2 stasiun dengan menggunakan metode eksplorasi yang meliputi pengambilan sampel, pengukuran kualitas air dan identifikasi makroalga. Pengukuran kualitas air dan pengambilan sampel makroalga dilakukan secara bersamaan. Parameter kualitas air yang diukur adalah suhu, salinitas. Oksigen Terlarut (DO), Derajat Keasaman (Ph) dan Total Padatan Terlarut (TDS). Kualitas air habitat makroalga pada stasiun 1 menunjukkan nilai suhu 27,9, salinitas 15,9, konduktivitas 25,3, Ph 8,35, TDS 12,7, dan DO 7,54. Selanjutnya, stasiun 2 memiliki nilai rata-rata suhu 29,7, salinitas 14,7, konduktivitas 23,5, Ph 8,26, TDS 11,8, dan DO 6,08. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ditemukan 17 spesies makroalga dari 4 kelas makroalga yaitu chlorophyceae, phaeophyceae, florideophyceae dan ulvophyceae yaitu Halimeda macroloba, Halimeda opuntia, Halimeda discoidea, Spongomorpha aeruginosa, Gelidium sp, Galaxaura rugosa, Acanthopora spicifera, Turbinaria ornata, Gigartina sp, Padina sp, Ahnfeltia plicata, Caulerpa racemose, Caulerpa sertularioides, Caulerpa serrulate, Hydroclathrus clathratus, Sargassum sp, Sargassum duplicatum.