Garuda - Garba Rujukan Digital

Keanekaragaman Jenis Ikan di Hulu Sungai Opak menggunakan Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding Yudha, Donan Satria; Salsabila, Sophia; Priyono, Dwi Sendi
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 9, No 3 (2024): October 2024
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v9i3.7864

Penelitian mengenai keanekaragaman jenis ikan di Hulu Sungai Opak DIY sebelumnya telah dilakukan pada tahun 2010 dan 2013 dengan metode konvensional. Akan tetapi, metode tersebut memiliki beberapa keterbatasan. Monitoring menggunakan eDNA metabarcoding diperlukan untuk memperoleh data yang lebih detail dan akurat. Pada penelitian ini, digunakan primer 250 bp 16S Vertebrate. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2022 dengan pendekatan eDNA metabarcoding; mengetahui perbedaan keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2010, 2013, dan 2022; dan menguji efektivitas identifikasi keanekaragaman jenis ikan menggunakan eDNA metabarcoding di sungai-sungai di Daerah Istimewa Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi sampling air, filtrasi dan preservasi DNA, ekstraksi DNA, PCR dan elektroforesis, sequencing, dan analisis bioinformatik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi 11 spesies ikan dengan nilai minimum percentage of identical matches sebesar 97%. Jenis ikan yang teridentifikasi pada tahun 2022 lebih banyak dibandingkan pada tahun 2010 dan 2013. Efektivitas penggunaan eDNA metabarcoding dalam identifikasi keanekaragaman jenis ikan di sungai dapat dilakukan secara cepat namun kurang akurat. Ketidakakuratan tersebut disebabkan oleh kontaminasi eDNA, kurangnya spesifitas target sekuens dan primer untuk monitoring ikan, serta database referensi yang belum lengkap untuk ikan air tawar di Indonesia.

Global Perspectives on Environmental Microbiome Research: Current Status and Future Directions Putri, Wahyu Aristyaning; Subiastuti, Aprilia Sufi; Wulandari, Cahyo; Rachman, Mifta Pratiwi; Sebastian, Alfino; Siregar, Abdul Rahman; Himawan, Tyas Ikhsan; Priyono, Dwi Sendi; Sofyana, Neng Tanty; Purwestri, Yekti Asih; Nugrahapraja, Husna; Wibowo, Anjar Tri
Journal of Multidisciplinary Applied Natural Science Vol. 5 No. 2 (2025): Journal of Multidisciplinary Applied Natural Science
Publisher : Pandawa Institute

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.47352/jmans.2774-3047.266

The environmental microbiome plays an important role in various ecosystems around the world, influencing nutrient cycling, disease dynamics and ecosystem stability. This bibliometric analysis provides a comprehensive overview of the current state and future directions of environmental microbiome research from a global perspective from 2009–2024. Through systematic examination of Scopus publications, 2154 documents were found. The results show a significant increase in the number of publications since 2017 and a peak in 2024. The most cited document was "The hidden world within plants: Ecological and evolutionary considerations for defining functioning of microbial endophytes" with 1887 citations and “Structure and function of the global ocean microbiome” with 1843 citations. The most productive countries in environmental microbiome research are the United States (n = 748), China (n = 533), India (n = 308), Germany (n = 172) and the United Kingdom (n = 157). Microbiome, microbial community, microfolora, microbiota, microbiology, bacteria, and bacterium are the most popular topics that will continue to develop in the future. Although the United States has published the highest total number of papers, more recent studies have predominantly been published from China, indicating shift in the centre of study from the United States to China. Insights gained from this analysis contribute to a deeper understanding of the environmental microbiome research landscape, guiding future research priorities and collaborations in the field.

Genetic Diversity of Mudskipper Species (Periophthalmus spp.) from the Southern Coast of Java, Indonesia, Based on the Mitochondrial 16S Gene Arisuryanti, Tuty; Nuraliyah, Tasya; Dwijayanti, Vindi; Aji, Katon Waskito; Priyono, Dwi Sendi; Daryono, Budi Setiadi
HAYATI Journal of Biosciences Vol. 32 No. 5 (2025): September 2025
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.4308/hjb.32.5.1352-1362

The genus Periophthalmus (Bloch and Schneider, 1801) comprises a diverse group of mudskippers within the family Oxudercidae and subfamily Oxudercinae. It includes 20 verified species globally, with 11 of these species originating from Indonesia. Among them, P. kalolo and P. argentilineatus are prevalent across seven major islands. However, P. novemradiatus is less documented, with limited distribution records. The morphological similarities among Periophthalmus spp. complicate recognition, often leading to misidentification. To address this challenge, this study investigated the phylogenetic relationships and genetic diversity among these three species, utilizing the 16S rRNA gene as a marker. PCR amplification of the DNA from samples collected from seven regions along Java's southern coast employed primers 16Sar and 16Sbr. Phylogenetic analysis revealed three monophyletic clades corresponding to each species, with genetic divergences ranging from 3.66 to 5.40%. P. argentilineatus displayed a relatively high intraspecific divergence of 0.21-2.26%, suggesting the potential identification of cryptic species within this lineage, even with a conserved gene like 16S rRNA. We identified 47 variable sites within the 552-bp 16S rRNA sequence, including four singleton sites and 43 parsimony-informative sites. We discovered a unique marker at position 172 that could serve as a genetic identifier for distinguishing these species. These findings suggest that the 16S rRNA gene has potential as an alternative marker for species identification while also revealing genetic diversity, thereby complementing or even serving as an alternative to the commonly used COI gene in Periophthalmus spp.

Identifikasi Keanekaragaman Reptil Menggunakan Metode eDNA di Bagian Hulu Sungai Opak Yudha, Donan Satria; Ismail, Rama Yudhistira; Pranatami, Kinanti Ayurahmawati; Priyono, Dwi Sendi
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 10, No 3 (2025): October 2025
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v10i3.7865

Sungai Opak adalah salah satu sungai utama yang mengalir di Provinsi DIY dan merupakan habitat bagi reptil seperti kura-kura, kadal dan ular. Environmental DNA (eDNA) merupakan metode yang lebih efisien untuk identifikasi spesies dibandingkan metode konvensional yang memiliki beberapa kekurangan. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui keanekaragaman reptil di Hulu Sungai Opak dengan menggunakan metode sampling eDNA. Sampel air diambil dari bagian hulu Sungai Opak, kemudian dilakukan filtrasi, ekstraksi dan preservasi DNA, kemudian dilanjutkan PCR dan elektroforesis, sequencing, serta analisis bioinformatik. Hasil analisis eDNA menunjukkan adanya 6 spesies kura-kura dan 33 spesies ular. Metode eDNA dapat menunjukan hasil yang presisi dalam identifikasi sampel ke tingkat spesies, walaupun masih terdapat false positive dan false negative. Penggunaan eDNA metabarcoding dalam identifikasi keanekaragaman jenis reptil di hulu Sungai Opak dapat dilakukan secara cepat namun kurang efektif. Hal tersebut disebabkan oleh kontaminasi eDNA, kurang spesifiknya target sekuens dan primer untuk monitoring reptil, serta database referensi yang belum lengkap untuk reptil yang habitatnya di dalam dan sekitar perairan sungai di Indonesia.

Keanekaragaman Jenis Ikan di Hulu Sungai Opak menggunakan Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding Yudha, Donan Satria; Salsabila, Sophia; Priyono, Dwi Sendi
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 9, No 3 (2024): October 2024
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v9i3.7864

Penelitian mengenai keanekaragaman jenis ikan di Hulu Sungai Opak DIY sebelumnya telah dilakukan pada tahun 2010 dan 2013 dengan metode konvensional. Akan tetapi, metode tersebut memiliki beberapa keterbatasan. Monitoring menggunakan eDNA metabarcoding diperlukan untuk memperoleh data yang lebih detail dan akurat. Pada penelitian ini, digunakan primer 250 bp 16S Vertebrate. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2022 dengan pendekatan eDNA metabarcoding; mengetahui perbedaan keanekaragaman jenis ikan di hulu Sungai Opak pada tahun 2010, 2013, dan 2022; dan menguji efektivitas identifikasi keanekaragaman jenis ikan menggunakan eDNA metabarcoding di sungai-sungai di Daerah Istimewa Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam penelitian ini meliputi sampling air, filtrasi dan preservasi DNA, ekstraksi DNA, PCR dan elektroforesis, sequencing, dan analisis bioinformatik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa teridentifikasi 11 spesies ikan dengan nilai minimum percentage of identical matches sebesar 97%. Jenis ikan yang teridentifikasi pada tahun 2022 lebih banyak dibandingkan pada tahun 2010 dan 2013. Efektivitas penggunaan eDNA metabarcoding dalam identifikasi keanekaragaman jenis ikan di sungai dapat dilakukan secara cepat namun kurang akurat. Ketidakakuratan tersebut disebabkan oleh kontaminasi eDNA, kurangnya spesifitas target sekuens dan primer untuk monitoring ikan, serta database referensi yang belum lengkap untuk ikan air tawar di Indonesia.

Title

Found 5 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 5 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 5 Documents
Search