Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.947
P-Index
This Author published in this journals
All Journal AL KAUNIYAH Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Jurnal Pengabdian Magister Pendidikan IPA Jurnal Biosense Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education
Neliana, Intan Ria
Universitas Jember
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Education Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Public Health

Published : 5 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search

 1 
PENGUJIAN POTENSI ALERGENITAS COAT PROTEIN OF SUGARCANE MOZAIC VIRUS PADA TANAMAN TEBU TRANSGENIK Avif Firdausy Septian; Intan Ria Neliana; Banun Kusumawardani; Bambang Sugiharto
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol. 8 No. 2 (2021): December 2021
Publisher : Balai Bioteknologi, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (577.095 KB) | DOI: 10.29122/jbbi.v8i2.4896

Abstract

Sugarcane resistant to sugarcane mosaic virus (SCMV) was developed by overexpression of gene for coat protein (CP). Therefore, this study aimed at investigating the potential allergenicity of CP-SCMV in transgenic sugarcane. Allergenicity was assessed by analysis in silico and in vitro. In silico analysis using AllergenOnline FASTA alignment of full-length CP-SCMV amino acid showed that the protein had no similarity with allergen protein. However, the alignment using 80 mer CP-SCMV showed over 35% similarity, but this result was considered as false positive. In silico analysis on digestion capability of protease found the cutting sites of CP-SCMV by pepsin, trypsin and chymotrypsin. This result was further confirmed by in vitro gastrointestinal digestion in that CP-SCMV was digested by pepsin and trypsin. Although CP-SCMV was less degraded by in vitro heat treatment and quantitatively underwent slight decrease after 30-minute heating on 90 ºC, the protein might lose its function. These results indicated that CP-SCMV was considered having no potential allergen in transgenic sugarcane resistant to SCMV. Tebu tahan sugarcane mosaic virus (SCMV) dirakit melalui overekspresi gen untuk coat protein (CP). Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan menguji alergenitas CP-SCMV pada tebu transgenik. Pengujian alergenitas dilakukan melalui analisis in silico dan in vitro. Hasil analisis in silico dengan pensejajaran AllergenOnline FASTA full-length asam amino CP-SCMV menunjukkan tidak ada kesamaan dengan protein alergen. Namun demikian pada pensejajaran 80 mer, CP-SCMV mempunyai kemiripan di atas 35% dengan alergen, tetapi hasil ini memiliki kecenderungan positif palsu. Analisis in silico terhadap kemampuan cerna protease ditemukan adanya sisi pemotongan CP-SCMV oleh enzim pensin, trypsin dan chymotrypsin. Hasil ini dikonfirmasi lebih lanjut dengan analisis in vitro pencernaan gastrointestinal yang menunjukkan bahwa CP-SCMV terdegradasi oleh pepsin dan trypsin. Walaupun hasil analisis in vitro menunjukkan CP-SCMV kurang dipengaruhi oleh perlakuan panas dan hanya sedikit berkurang pada pemanasan 90 ºC selama 30 menit, tetapi mungkin fungsi protein telah rusak. Hasil penelitian ini menyimpulkan bahwa CP-SCMV pada tanaman tebu transgenik tahan virus tidak berpotensi sebagai alergen.
Produksi Antibodi Poliklonal Menggunakan Protein Rekombinan RBD-spike Untuk Deteksi SARS-CoV-2 Iryani Endah Febrianti; Yayuk Fatmawati; Intan Ria Neliana; Widhi Dyah Sawitri; Erlia Narulita; Bambang Sugiharto
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 16, No 2 (2023): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v16i2.25664

Abstract

 AbstrakSARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebabkan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) di seluruh dunia dan sampai saat ini kasus terbaru masih terus dilaporkan. Diagnostic test merupakan hal yang krusial untuk dikembangkan. Prinsip diagnostic test COVID-19 berbasis antigen, yaitu mendeteksi virus SARS-CoV-2 melalui respon antibodi dari penderita. Penelitian ini bertujuan untuk memproduksi antibodi poliklonal menggunakan protein rekombinan RBD-Spike untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 berbasis antibodi. Penelitian dimulai dengan penentuan domain RBD-Spike menggunakan pensejajaran asam amino, dan konstruksi DNA untuk RBD-Spike pada vektor ekspresi pET28a menggunakan sintetik nukleotida. Produksi protein rekombinan RBD-Spike diekspresikan pada sel bakteri Escherichia coli. Purifikasi dilakukan untuk memperoleh protein RBD-Spike dan selanjutnya digunakan sebagai antigen untuk induksi antibodi poliklonal pada kelinci. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekspresi protein rekombinan RBD-Spike SARS-CoV-2 memerlukan induksi IPTG 0,1 mM dan terekspresi dalam bentuk inclusion bodies dengan ukuran 39 kDa. Purifikasi protein RBD-Spike dilakukan menggunaan resin afinitas NiNTA, elektroelusi, dan dialisis. Total protein RBD-Spike yang diperoleh sebanyak 4 mL dengan konsentrasi 10 mg/mL. Analisa Ouchterlony menunjukkan bahwa antibodi poliklonal terdeteksi pada minggu kedua setelah injeksi booster dan analisa spesifitas antibodi terhadap antigen menunjukkan bahwa antibodi poliklonal dapat mendeteksi protein RBD-Spike pada konsentrasi 0,1 µg. Selanjutnya diharapkan antibodi poliklonal dapat digunakan untuk deteksi keberadaan virus SARS-CoV-2 dan dapat dikembangkan untuk kit deteksi berbasis antibodi.AbstractSARS-CoV-2 is the virus that causes Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) worldwide and the latest cases are still being reported until now. The diagnostic test is a crucial to be developed. The principle of the antigen-based COVID-19 diagnostic test is to detect the SARS-CoV-2 virus through antibody response from the patients. This study was conducted to produce polyclonal antibodies using recombinant protein RBD-Spike. The research was carried out by determining the RBD-Spike domain using amino acid alignment and constructing the DNA of RBD-Spike to the expression vector of pET28a using nucleotide synthesis. Production of RBD-Spike recombinant protein was expressed in Escherichia coli. Purification was carried out to obtain RBD-Spike protein and used to induce polyclonal antibody ina rabbit. The results showed that the expression of RBD-Spike recombinant protein required induction of IPTG 0.1 mM and was expressed in inclusion bodies with molecular size of 39 kDa. The purification of RBD-Spike protein was carried out using resin affinity, electroelution, and dialysis. The total protein of RBD-Spike obtained was 4 mL with a concentration of 10 mg/mL. Ouchterlony analysis revealed that polyclonal antibody was detected in the second week after booster injection and analysis of antibody specificity showed that polyclonal antibodies detected RBD-Spike protein at the concentration of 0.1µg of RBD-Spike protein. Moreover, it is expected that our polyclonal antibody detect the SARS-CoV-2 virus and can be developed for antibody-based detection kits.
Pelatihan Aplikasi Zat Pengatur Tumbuh Paclobutrazol pada Lima Varietas Tanaman Padi di Kecamatan Ledokombo, Kabupaten Jember Tanzil, Ahmad Ilham; Fanata, Wahyu Indra Duwi; Sholikhah, Ummi; Ratnasari, Tri; Sugiharto, Bambang; Nikmah, Nasilatun; Raharja, Ajung Gilang Putra; Asshidiqie, Wahyu Pratama; Ramadhani, Rifki Fahrisal; Muhammad, Adibillah; Ariyono, Alief Rizky; Neliana, Intan Ria; Hari Purnomo; Yusuf Rachmandika; Syafina Pusparani; Wahyu Nurkholis Hadi Syahputra
Jurnal Pengabdian Magister Pendidikan IPA Vol 8 No 1 (2025): Januari-Maret 2025
Publisher : Universitas Mataram

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29303/jpmpi.v7i3.8316

Abstract

Tanaman padi yang menghasilkan beras merupakan komoditas utama di Kecamatan Ledokombo. Kendala yang dihadapi petani dalam budidaya termasuk cekaman abiotik berupa angin kencang pada musim penghujan. Hal ini mengakibatkan tanaman padi lokal dengan postur tinggi rentan mengalami rebah. Untuk mengatasi masalah ini, diperlukan pelatihan terkait penggunaan zat pengatur tumbuh guna mengendalikan pertumbuhan tanaman yang tinggi. Paclobutrazol (PBZ), sebagai salah satu jenis zat pengatur tumbuh, berperan penting dalam mengurangi tinggi tanaman. Pelatihan dilakukan langsung di lahan petani dengan menggunakan lima varietas padi yang berbeda. Hasil aplikasi menunjukkan bahwa padi yang ditanam oleh petani menjadi lebih pendek dibandingkan yang tidak diberi perlakuan serupa.
REVIEW: POTENSI BAKTERI ASAM LAKTAT (BAL) UNTUK MENINGKATKAN MUTU PRODUK PANGAN Dwinianti, Edia; Neliana, Intan Ria; Prasetyo, Frengky Hermawan Hadi
JURNAL BIOSENSE Vol 8 No 3 (2025): Edisi Juli 2025
Publisher : Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas PGRI Banyuwangi, Jalan Ikan Tongkol No 01, Telp (0333) 421593, 428592 Banyuwangi 68416

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.36526/biosense.v8i3.5219

Abstract

Bakteri Asam Laktat (BAL) merupakan mikroorganisme penting yang dimanfaatkan secara luas dalam industri pengolahan pangan. Fermentasi bahan pangan menggunakan BAL memberikan manfaat signifikan dalam meningkatkan nilai gizi, cita rasa, sebagai probiotik, dan agen biopreservatif menjadikannya komponen kunci dalam proses produksi berbagai olahan pangan yang aman serta berkualitas tinggi. BAL memfermentasi bahan pangan dengan mendegradasi karbohidrat menjadi asam laktat (homofermentatif) atau menjadi campuran asam laktat, karbon dioksida, asam asetat dan/atau etanol (heterofermentatif). Bakteri ini mampu memproduksi bakteriosin yang memiliki aktivitas antimikroba sebagai alternatif yang layak untuk pengawet makanan. Seiring kemajuan di bidang rekayasa genetika, dan meningkatnya permintaan akan penggunaan BAL dalam industri pangan mendorong perlunya upaya yang signifikan dalam modifikasi genetik metabolisme mikroorganisme melalui pengembangan strain BAL baru yang dapat meningkatkan kualitas makanan industri.
Molecular Detection of Rust Fungus (Puccinia spp.) on Sugarcane using ITS region Tanzil, Ahmad Ilham; Maulida, Dinda Mala; Fanata, Wahyu Indra Duwi; Neliana, Intan Ria; Sugiharto, Bambang; Magnon, Cassidy
Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol. 17 No. 3 (2025): November 2025
Publisher : Universitas Negeri Semarang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15294/biosaintifika.v17i3.32946

Abstract

Identifying pathogenic fungi at the species level based on morphology, especially for leaf rust, is quite difficult. Further investigation, such as molecular techniques, is required to identify leaf rust fungi precisely. One way that can be employed is DNA barcoding. This study seeks to detect leaf rust fungi (Puccinia spp.) on sugarcane. Accurate species identification allows early detection of Puccinia kuehnii, helping farmers and extension agencies to apply targeted control strategies. A fungal sample was collected from sugarcane fields in Bondowoso, East Java, Indonesia. Morphological identification was done with an SEM, whereas molecular identification was done through DNA extraction, amplification, visualization, sequencing, and phylogenetic tree creation. The primers employed are obtained from the ITS region of ribosomal DNA, which contains enough diversity to differentiate fungi at the species level. The amplification findings revealed a DNA band of 500 bp at both loci. Sequencing results indicate that samples The sequencing results indicatethat the samples from Bondowoso are closely related to the Puccinia kuehnii sequence from NCBI. The findings of the phylogenetic tree construction revealed that samples from both locations are still associated with P. kuehnii sequences from other nations. This is the first study documenting P. kuehnii in Indonesia, especially East Java, that integrates morphological and molecular characterization.
Co-Authors Ahmad Ilham Tanzil Ariyono, Alief Rizky Asshidiqie, Wahyu Pratama Avif Firdausy Septian Bambang Sugiharto Bambang Sugiharto Dwinianti, Edia Erlia Narulita Fanata, Wahyu Indra Duwi Hari Purnomo Iryani Endah Febrianti Luh Putu Ratna Sundari Magnon, Cassidy Maulida, Dinda Mala Muhammad, Adibillah Nikmah, Nasilatun Prasetyo, Frengky Hermawan Hadi Raharja, Ajung Gilang Putra Ramadhani, Rifki Fahrisal Ratnasari, Tri Syafina Pusparani Ummi Sholikhah Wahyu Nurkholis Hadi Syahputra Widhi Dyah Sawitri Yayuk Fatmawati Yusuf Rachmandika