Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
1.325
P-Index
This Author published in this journals
All Journal JBIO: jurnal biosains (the journal of biosciences) AL KAUNIYAH Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat BIOEDUKASI JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Bioma : Jurnal Biologi Indonesia Jurnal Agrotek Tropika BIOEDUSAINS: Jurnal Pendidikan Biologi dan Sains AL-HAYAT: Journal of Biology and Applied Biology JCPS (Journal of Current Pharmaceutical Sciences) BIOSFER : Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Mukhamad Su'udi
Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Education Engineering Environmental Science Immunology & microbiology Library & Information Science Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology

Published : 13 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 13 Documents
Search

 1   2 
Assessment of the DNA Barcodes Characteristic of Phalaenopsis deliciosa based on matK, rbcL, and ITS Nada Nisrina Maulidya; Siti Rohimah; Zakiyah Ramadany; Tri Ratnasari; Mukhamad Su'udi
Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Vol 8 No 2 (2020)
Publisher : Department of Biology, Faculty of Sci and Tech, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/bio.v8i2.13278

Abstract

Indonesia has high biodiversity for plant species, including orchids with medicinal potential such as Phalaenopsis deliciosa. Generally, morphological characters, especially in flowers are used for orchids identification. However, when the plants are not in the flowering period, the identification becomes difficult. Therefore an alternative method, such as molecular identification (DNA barcoding) needs to be applied for the best solution. This research aims to identify and compare three markers (matK, rbcL, ITS) for their function as potential barcodes for Phalaenopsis deliciosa. This study was conducted by DNA amplification using three different markers set. The data were analyzed using Bioedit, BLAST, and ClustalX. The result found that the identity level of matK, rbcL, and ITS to other orchids species was 99-98%, 98%, and 94-96%, respectively. Furthermore, matK and ITS showed high specificity for Phalaenopsis deliciosa, and are therefore recommended as the best molecular identification marker of genus Phalaenopsis.
DNA Barcoding of Medicinal Orchid Dendrobium discolor Lindl. Tanimbar Using rbcL and ITS genes Dian Al Ghifari Perwitasari; Siti Rohimah; Tri Ratnasari; Bambang Sugiharto; Mukhamad Su'udi
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 31, No 1 (2020): Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v31n1.2020.8-20

Abstract

Dendrobium discolor Lindl., Tanimbar is one of the medicinal orchids that has been used to treat skin diseases. Morphologically, D. discolor Tanimbar shows similarities with D. discolor Merauke and D. bigibbum, making it challenging to identify. DNA barcoding using ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase large (rbcL) and Internal Transcribed Spacer (ITS) markers expected to be used to identify D. discolor accurately. This study aimed to identify potential DNA sequences as barcodes for the identification of medicinal orchid D. discolor Tanimbar using molecular markers rbcL and ITS. The DNA genome of D. discolor Tanimbar was isolated and used as a template in the PCR reaction. The resulting amplicons were then sequenced. The results showed that the rbcL gene sequence of D. discolor had high homology with D. salaccense (Accession: LC193510.1, Prect. Ident  :   99.45 %),   whereas   the   ITS   had  high homology with D. nindii (Accession: AY239985.1 Identification: 98.67 %). Bioinformatics analysis showed that the rbcL gene sequence from D. discolor had more homology sequence than the ITS. However, the ITS sequence was more specific and could differentiate to species level. Based on the results of this study, the ITS sequence can be recommended as a molecular marker for the identification of the medicinal orchid D. discolor Tanimbar.
POTENSI SERBUK GERGAJI KAYU SENGON SEBAGAI INSEKTISIDA BOTANI Azizah Azizah; Moch Rosyadi Adnan; Mukhamad Su'udi
JBIO: jurnal biosains (the journal of biosciences) Vol 4, No 2 (2018): Jurnal Biosains
Publisher : Universitas Negeri Medan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24114/jbio.v4i2.10518

Abstract

Serangga yang berperan sebagai hama merupakan salah satu permasalahan yang masih sering terjadi dalam bidang pertanian. Penanganan yang selama ini dilakukan untuk mengendalikan permasalahan ini adalah menggunakan insektisida kimia. Penggunaan insektisida kimia dapat menimbulkan efek negatif baik bagi lingkungan maunpun kesehatan. Alternatif pengendalian serangga hama yang ramah lingkungan yaitu penggunaan insektisida botani. Salah satu tanaman yang dapat digunakan sebagai insektisida botani adalah sengon (Albizia sp.). Salah satu potensi tanaman sengon dijadikan bahan dasar insektisida karena menghasilkan beberapa senyawa metabolit sekunder. Senyawa metabolit sekunder yang dihasilkan berbeda pada setiap jenisnya. Secara umum senyawa metabolit sekunder dari tanaman sengon termasuk kelompok flavonoid, saponin, tanin, terpen, dan alkaloid. Senyawa-senyawa tersebut memiliki berbagai aktivitas biologi seperti antioksidan, antikanker, antitumor, antimikroba, antiinflamasi, antidiabetes, dan lain sebagainya. Beberapa senyawa metabolit sekunder tersebut, seperti saponin dan flavonoid, ternyata dapat bersifat toksik bagi serangga. Saponin dan flavonoid telah dilaporkan memiliki aktivitas antifeedant bagi beberapa serangga. Berdasarkan aktivitas senyawa metabolit sekunder dari sengon tersebut yang membuat serbuk gergaji kayu sengon berpotensi digunakan sebagai insektisida.
STUDI IN SILICO POTENSI DNA BARCODE PADA ANGGREK LANGKA Paphiopedilum Mukhamad Su'udi
Biosfer : Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 1 (2018): BIOSFER: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP Unpas,

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (277.986 KB) | DOI: 10.23969/biosfer.v3i1.1250

Abstract

Anggrek adalah tumbuhan berbunga yang memiliki nilai komersial tinggi. Eksploitasi anggrek yang berlebihan menyebabkan keberadaannya di alam berkurang. DNA barcoding dapat menjadi alat yang efektif untuk deteksi anggrek langka seperti Paphiopedilum. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding anggrek Paphiopedilum adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari database pada NCBI dengan cara menulis nama spesies dan gen yang dimaksud (matK, rbcL, dan ITS). Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL X untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan pembuatan pohon filogenetik. Analisis bioinformatik menunjukkan bahwa hasil alignment dengan menggunakan lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, meski demikian matK dapat menunjukkan karakter spesifik dari P. sangii yang dapat dijadikan sebagai barcode. Sedangkan ITS memiliki tingkat variasi genetik yang lebih tinggi dan homologi yang rendah daripada matK dan rbcL. Barcode P. sangii dihasilkan dari lokus matK. Sedangkan pada lokus rbcL, semua spesies memiliki tingkat homologi yang tinggi, sehingga tidak mendapatkan sekuen yang berpotensi sebagai barcode. Variasi genetik yang tinggi dapat dipelajari pada lokus ITS, namun tidak ditemukan sekuen yang berpotensi sebagai barcode.
Review: Mekanisme Miko-Heterotrof Tumbuhan Monotropa Nuril Azizah; Gita Ayu Khoirunnisa; Nuril Nuzulia; Reza Selvyana Muhammad; Mukhamad Su'udi
JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Volume 3 No. 2 September 2019: JRST
Publisher : Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (848.844 KB) | DOI: 10.30595/jrst.v3i2.4142

Abstract

Monotropa merupakan Angiospermae yang tidak berkolofil sehingga tidak mampu untuk melakukan fotosintesis. Monotropa mendapatkan nutrisi untuk pertumbuhan dan perkembangannya melalui mekanisme miko-heterotrof, yaitu dengan berasosiasi dengan jamur mikoriza.  Mikoriza bersimbiosis dengan akar tumbuhan autotrof untuk mendapatkan hasil fotosintesis, nutrisi tersebut kemudian ditransfer ke tumbuhan Monotropa. Sel-sel hifa yang berhubungan dengan epidermis akar tumbuhan autotrof dan Monotropa merupakan titik transfer nutrisi. Hifa mikoriza akan membentuk selubung (sheath) ke akar tumbuhan yang kemudian akan membentuk struktur hartig net yang menembus epidermis akar. Hartig net akan terus mengintrusi ke sel korteks akar yang kemudian akan membentuk fungal pegs. Fungal pegs ini yang akan menginduksi terbentuknya transfer sel untuk mentransfer nutrisi dari mikoriza ke Monotropa
Identifikasi WIN1 (Wax Inducer1) Pada Tanaman Ubi Kayu (Manihot esculenta Crantz.) Mukhamad Su'udi; Lailiyah Maulidatul Hasanah; Agung Nugroho Puspito; Sattya Arimurti
Al-Hayat: Journal of Biology and Applied Biology Vol 4, No 2 (2021)
Publisher : Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Walisongo Semarang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21580/ah.v4i2.8558

Abstract

Tanaman pangan di Indonesia sangat beragam termasuk diantaranya padi, jagung dan ubi kayu. Namun lahan pertanian di Indonesia semakin sempit seiring dengan laju pertumbuhan penduduk yang semakin tinggi. Lahan kering (sub optimal) di Indonesia masih banyak yang belum dimanfaatkan, yang sebenarnya bisa dioptimalkan sebagai lahan pertanian. Tanaman pangan yang memiliki tingkat ketahanan lebih tinggi terhadap lahan kering adalah tanaman ubi kayu, sehingga berpotensi untuk ditanam pada lahan kering. Tahap pertama pemuliaan tanaman ubi kayu adalah mengetahui karakterisasi gen pada tanaman tersebut salah satunya yaitu WIN1. Metode pertama yang dilakukan adalah isolasi DNA daun ubi kayu varietas Adira 1 dan Malang 6, kemudian amplifikasi dengan PCR, dan analisis sekuensing. Hasil menunjukkan tanaman ubi kayu Adira 1 memiliki asam amino yang sama dengan kultivar am560-2 yang terdapat pada GenBank, sedangkan pada varietas Malang 6 terdapat satu asam amino yang berbeda. Hal tersebut dapat dipengaruhi oleh adanya mutasi gen pada varietas ubi kayu serta perbedaan kandungan HCN pada ubi kayu pangan varietas Adira 1, dan ubi kayu industri varietas Malang 6.
DNA Barcoding Anggrek Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. Berdasarkan Penanda Molekuler ITS2 Mukhamad Su'udi; Dyah Wulan Budyartini; Zakiyah Ramadany
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 15, No 1 (2022): AL-KAUNIYAH: JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v15i1.16710

Abstract

AbstrakDendrobium linearifolium Teijsm. & Binn. merupakan salah satu spesies anggrek yang telah dimanfaatkan sebagai obat herbal tradisional di Bali. Bagian pseudobulb dari D. linearifolium dimanfaatkan oleh masyarakat Bali untuk mengobati sakit telinga. Jenis anggrek ini menunjukkan kemiripan morfologi dengan anggrek Dendrobium faciferum J.J. Sm. dan Dendrobium crumenatum Sw. sehingga menyulitkan dalam proses identifikasi menggunakan karakter morfologi. Penggunaan DNA barcoding dengan penanda molekuler Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) diharapkan dapat digunakan untuk membedakan D. linearifolium secara akurat dan tepat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi D. linearifolium menggunakan DNA barcoding ITS2 sebagai penanda molekuler DNA inti. DNA genom D. linearifolium Teijsm. & Binn. diisolasi dan digunakan sebagai DNA template dalam reaksi PCR. Amplikon yang dihasilkan kemudian diurutkan dengan cara sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan urutan sekuen ITS2 dari D. linearifolium Teijsm. & Binn. memiliki homologi tinggi  dengan D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92,57%). Hasil analisis bioinformatika menunjukkan urutan sekuen ITS memiliki variasi basa nitrogen yang tinggi dan spesifik yang menunjukkan ciri khas suatu spesies. Dengan demikian, urutan ini dapat dijadikan sebagai penanda molekuler dalam identifikasi spesies anggrek. Sebagai kesimpulan, sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler untuk identifikasi anggrek D. linearifolium Teijsm. & Binn.Abstract Dendrobium linearifolium Teijsm. & Binn is a species of orchid that has been used as traditional herbal medicine in Bali. Balinese uses the pseudobulb of D. linearifolium to treat earaches. This type of orchid shows morphological similarities to D. faciferum J.J. Sm. and D. crumenatum Sw. which raised ardurous to identify using morphological characters. DNA barcoding with the Internal Transcribed Spacer 2 (ITS2) as molecular marker is expected to distinguish D. linearifolium accurately and precisely. This study aims to identify D. linearifolium using ITS2 as a molecular marker. The Genomic DNA of D. linearifolium was extracted and used as template DNA in PCR reactions. DNA amplicons are then sequenced. The results showed that ITS2 sequence of D. linearifolium Teijsm. & Binn. has high homology with D. junceum (Accession: AB593590; Per. Ident: 92.57%). The results of the bioinformatics analysis showed that the ITS sequence had a high variation and specificity of nitrogen base to indicate the characteristics of a species. Therefore, this sequence can be used as a molecular marker to identify an orchid to species. In conclusion, the ITS2 sequence can be recommended as a molecular marker for species identification of D. linearifolium.
PEMANFAATAN BUAH MENGKUDU (Morinda citrifolia L.) SEBAGAI ANTIDIABETES DAN ANTIHIPERTENSI Muslimah Arniyanti; Farah Syahidah Afsyah Abdila; Jelita Ahmaria Sabil; Veren Yuliana Saputri; Lailiyah Maulidatul Hasanah; Mukhamad Su'udi
JCPS (Journal of Current Pharmaceutical Sciences) Vol 6 No 2 (2023): March
Publisher : LPPM - Universitas Muhammadiyah Banjarmasin

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Diabetes melitus dan hipertensi merupakan dua penyakit degeneratif. Mengkudu (Morinda citrifolia.) merupakan tanaman obat tradisional dengan kandungan manfaat yang banyak seperti antioksidan jenis xeronin dan senyawa scopoletin. Kandungan antioksidan buah mengkudu tergolong sedang dengan nilai 104,73 ± 4,56 µg/mL. Xeronin berfungsi sebagai antidiabetes dan antihipertensi. Xeronin bekerja sama dengan insulin menurunkan kadar gula darah tubuh secara signifikan. Ekstrak buah mengkudu juga mengandung senyawa scopoletin yang berfungsi sebagai agen spasmolitik nonspesifik dengan kemampuan menurunkan tekanan darah baik pada hewan uji tikus wistar maupun manusia. Hasil pada hewan uji tikus wistar didapatkan penurunan tekanan darah sistolik mencapai 16,71 ± 3,95 dan diastolik mencapai 21,49 ± 7,90. Sedangkan pada manusia didapatkan penurunan rata-rata tekanan darah sistolik menjadi 149,44 mmHg dan diastolik 92,22 mmHg.
Phenolic Profile and Antimicrobe of the Asplenium Nidus L. from Mount Gumitir, Jember, East Java, Indonesia Dwi Setyati; Robi’atul Adawiyah; Tri Ratnasari; Mukhamad Su'udi; Fuad Bahrul Ulum
BIOEDUKASI Vol 21 No. 3 (2023)
Publisher : PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN UNIVERSITAS JEMBER

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.19184/bioedu.v21i3.43368

Abstract

Mount Gumitir, Jember, East Java has a high number of wild flora for new medicinal resources. Asplenium nidus is a medicinal ferns that abundant in the area. This research aimed to measure the phenolic compound of the lamina and midrib sample of A. nidus from two different locations and the antimicrobial activity of the crude extract of fresh and dry sample. The phenolic compounds of flavonoid and phenol were detected using quercetin and Folin-Ciocalteu reagent respectively. The quantitative analysis of phenolic compounds was conducted based on absorbance detection using a spectrophotometer. The antimicrobial assay was applied with the agar diffusion method against the gram-positive bacterium Staphylococcus aureus and gram-negative bacteria Escherichia coli. The result indicated that all samples of A. nidus contained flavonoid and phenol with a higher concentration in the lamina. The crude extract of A. nidus from Gumitir has higher phenolic compounds compared to the sample from Garahan. The crude extract presented bactericide activity against the two pathogenic bacteria. The higher antimicrobial activity was observed from the dry leaves sample. The phenolic compound of A. nidus might become a potential resource for the treatment of multidrug-resistant bacteria since their bactericide activities differ from traditional antibiotics.
Evaluasi Lokus Potensial matK dan ITS2 Untuk DNA Barcoding Anggrek Bulbophyllum lobbii Lindl. Mukhamad Su'udi; Fuad Bahrul Ulum; Muhammad Ardiyansah; Nurfajri Eka Fitri
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 17, No 2 (2024): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v17i2.33897

Abstract

AbstrakBulbophyllum lobbii Lindl. merupakan anggrek dari famili Orchidaceae yang berpotensi sebagai bahan baku obat herbal. Identikasi morfologi anggrek B. lobii memiliki keterbatasan karena kemiripan spesies dengan anggrek lain. Alternatif identifikasi secara molekuler menggunakan sekuen matK dan ITS2 sebagai barcode dalam DNA barcoding diharapkan menjadi salah satu lokus pembeda spesies anggrek B. lobbii secara akurat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi sekuen matK dan ITS2 sebagai penanda molekuler yang efektif untuk anggrek B. lobbii. DNA genom B. lobbii diisolasi dengan metode Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) dan amplifikasi DNA dengan PCR. Hasil penelitian menunjukkan sekuen matK dari B. lobbii memiliki tingkat homologi tinggi dengan dua spesies B. lobbii (KY966747.1 dan KY966691.1) dari China dengan nilai Per. Ident sebesar 99,20%, sedangkan sekuen ITS2 memiliki homologi tertinggi dengan nilai Per. Ident sebesar 99,76% pada spesies B. lobbii (MG253848.1) dari Polandia. Hasil analisis menunjukkan sekuen ITS2 dapat mengidentifikasi spesies dari tingkatan subspesies atau diatasnya (ordo atau genus) dan juga meningkatkan resolusi filogenetik yang baik pada hasil BLAST, sedangkan sekuen matK memberikan sedikit kontribusi dalam pengelompokkan hubungan kekerabatan antara spesies B. lobbii dengan spesies pembanding lainnya. Sekuen ITS2 dapat direkomendasikan sebagai penanda molekuler yang paling baik untuk identifikasi sampel anggrek Bulbophyllum, khususnya Bulbophyllum lobbii.AbstractBulbophyllum lobbii Lindl. is an orchid from the Orchidaceae family which has potential as a raw material for herbal medicine. Morphological identification of the B. lobii orchid has limitations due to the species' similarity to other orchids. The alternative molecular identification using matK and ITS2 sequences as barcodes in DNA barcoding is expected to be one of the loci for distinguishing the B. lobbii orchid species accurately and efficiently. This study aims to identify matK and ITS2 sequences as effective molecular markers for the orchid B. lobbii. Bulbophyllum lobbii genomic DNA was isolated using the Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) method and DNA amplification by PCR. The results showed that the matK sequence from B. lobbii has a high level of homology with two B. lobbii species (KY966747.1 and KY966691.1) from China with a value of Per. Ident is 99.20%, while the ITS2 sequence has the highest homology with a Per. Ident value of 99.76% with the species B. lobbii (MG253848.1) from Poland. The results of the analysis show that the ITS2 sequence can identify species from the subspecies level or above (ordo or genus) and also improves good phylogenetic resolution in BLAST results, while the matK sequence makes little contribution in grouping the relationship between the B. lobbii species and other comparison species. The ITS2 sequence can be recommended as the best molecular marker for identifying Bulbophyllum orchid samples, especially Bulbophyllum lobbii. 
Co-Authors Agung Nugroho Puspito Ambar Yuswi Perdani Azizah Azizah Bambang Sugiharto Dian A. G. Perwitasari Dian Al Ghifari Perwitasari Dwi Setyati Dyah Wulan Budyartini Farah Syahidah Afsyah Abdila Fefi E Wardani Fuad Bahrul Ulum Gita Ayu Khoirunnisa Jelita Ahmaria Sabil Lailiyah Maulidatul Hasanah Lailiyah Maulidatul Hasanah Luluk Mukarrahman Moch Rosyadi Adnan Muhammad Ardiyansah Muslimah Arniyanti Nada Nisrina Maulidya Nurfajri Eka Fitri Nuril Azizah Nuril Nuzulia Reza Selvyana Muhammad Robi’atul Adawiyah Sattya Arimurti Siti Rohimah Siti Rohimah Siti Rohimah Syafiq Ubaidillah Tri Ratnasari Tri Ratnasari Veren Yuliana Saputri Wasiatur Roziqoh Yuni Wahyuni Yusfi Afidah Zakiyah Ramadany Zakiyah Ramadany