Claim Missing Document
Check
Articles

Found 13 Documents
Search

KARAKTERISASI PRODUK GEN PENGKODE CHAPERONE BACILLUS SP. RP1 Kumaunang, Maureen; Mandik, Yohanis
CHEMISTRY PROGRESS Vol 3, No 1 (2010)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/cp.3.1.2010.75

Abstract

Molecular chaperone is the group of protein that assist in the correct folding or assembly of other proteins invivo. The objective of this research was to characterize the product of gene encoding chaperone from Bacillussp. RP1 by using in-silico analysis. Analysis of 1053 bp from DNA fragment isolated by PCR showed that it has97% similarity with putative chaperone of Geobacillus kaustophilus (BA000043.1) and 86% similarity with DnaKoperon of B. stearothermophilus (X90709.1). Structure prediction of DnaJ Bacillus sp. RP1 showed that it hassimilar J-domain with that of DnaJ Escherichia coli but cys-rich domain is different.
ANALISIS IN-SILICO PROTEIN DnaJ Bacilus stearothermophilus Kumaunang, Maureen; Kamu, Vanda S.; Mandik, Yohanis I.
CHEMISTRY PROGRESS Vol 2, No 1 (2009)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/cp.2.1.2009.63

Abstract

DnaJ is a chaperone which has function in facilitating folding, translocation, and degradation of protein.The aim of this research was to undertake in silico study of DnaJ protein from Bacillus stearothermophilus.Structure analysis of DnaJ B. stearothermophilus showed that it has J-domain which has two conservedmotifs, i.e. HPD and QKRA motifs. It also has cys-rich domain which has one conserved motif, i.e.CXXCXGXG. Structure prediction of DnaJ B. stearothermophilus showed that it has similar structure of Jdomainand cys-rich domain with that of DnaJ Escherichia coli.
ANALISIS IN-SILICO PROTEIN TIOL-DISULFIDA ISOMERASE FAMILI Bacillus Kumaunang, Maureen
CHEMISTRY PROGRESS Vol 3, No 2 (2010)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/cp.3.2.2010.18982

Abstract

ABSTRACTKumaunang et al., 2010. Characterization of transcript genome product from Chaperone Bacillus sp. RP1.Protein folding is facilitated by chaperone molecule an folding catalyst.The aim of this research was to characterize the gene product of thiol-disulfide oxidoreductase gene from thermophylic organism Bacillus sp. Method used in this research were isolation and purification of deducted gene and characterization of gene product. The result showed that isolated gene has 1.4 kbp in length. Characterization of gene product indicated three proteins, Bdbdred, Bdbdox, and Etda, that have thioredoxin and DsbA motifs, and also active site and bonding site with Zn. Structure prediction of these three proteins showed similarity among them.Keywords : chaperone, thiol-disulfide oxidoreductase, thioredoxin, DsbA, Bdbd
AMOBILISASI ENZIM BROMELIN YANG DIISOLASI DARI BATANG NANAS DENGAN MENGGUNAKAN KARAGENAN Kumaunang, Maureen
CHEMISTRY PROGRESS Vol 4, No 2 (2011)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/cp.4.2.2011.4979

Abstract

Telah dilakukan penelitian untuk menentukan aktivitas enzim bromelin amobil yang diisolasi dari batang nanas.Bromelin adalah enzim yang diisolasi dari nanas yang tergolong kelompok enzim protease sulfhidril. Penelitianini bertujuan untuk: (1) mengamobilisasi enzim bromelin yang diisolasi dari batang buah nanas; (2)menentukan aktivitas enzim bromelin dari batang buah nanas sebelum dan setelah diamobilisasi. Isolasi enzimbromelin dilakukan dengan menggunakan metode pengendapan dengan amonium sulfat. Amobilisasi enzimbromelin dilakukan dengan cara penjebakan menggunakan karagenan. Penentuan aktivitas enzim dilakukandengan menentukan aktivitasnya pada temperatur dan pH optimum menggunakan metode Bradford.Berdasarkan hasil penelitian diperoleh temperatur optimum enzim bromelin yang diisolasi dari batang nanas,adalah 65oC dengan aktivitas sebelum diamobilisasi sebesar 1,239 unit/menit dan sesudah diamobilisasimemiliki aktivitas sebesar 0,982 unit/menit; sedangkan pH optimum enzim bromelin adalah 6,5 dengan aktivitassebelum diamobilisasi sebesar 0,907 unit/menit dan sesudah diamobilisasi memiliki aktivitas sebesar 2,758unit/menit.. Kata kunci : amobilisasi, bromelin, nanas, karagenan
Barcode DNA Tumbuhan Pangi (Pangium edule R.) Berdasarkan Gen matK Bangol, Irmi; Momuat, Lidya Irma; Kumaunang, Maureen
Jurnal MIPA Vol 3, No 2 (2014)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.3.2.2014.5862

Abstract

DNA barcoding merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan menggunakan potongan gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan sekuens DNA barcode tumbuhan pangi berdasarkan gen standar matK dan membandingkannya dengan spesies yang berkerabat dekat di GenBank. DNA total daun pangi diisolasi menggunakan Innuprep plant DNA kit dan berhasil diamplifikasi dengan proses Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer berdasarkan gen matK. Hasil sekuensing fragmen DNA yang menunjukkan panjang 720 bp yang teramplifikasi oleh primer forward dan 780 bp untuk yang teramplifikasi oleh primer reverse. Hasil analisis BLASTn menunjukkan tingkat kemiripan tumbuhan pangi sangat tinggi dengan Trichadenia zeylanical, yaitu 99%, dan diikuti spesies lainnya (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analisis komposisi asam amino menunjukkan bahwa matK Pangium edule dan kesembilan spesies tumbuhan lainnya bersifat hidrofobik.DNA barcoding is a technical used to accelerate and simplify the process identification of organism with by using a snipping of specific genes. This study aimed to determine the DNA sequences of plant barcoding standard pangi based gene matK and compare with closely related species in GenBank. Total DNA was isolated using Innuprep pangi leaf plant DNA kit and successfully amplified by the Polymerase Chain Reaction (PCR) using primers based on the gene matK. The results of sequencing long DNA fragments showed7 20 bp are amplified by the forward primer and 780 bp were amplified by the primer for reverse. Blast analysis of the results showed very extremely high the plant pangi degree of similarity with Trichadenia zeylanical, namely99%, and followed by other species (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analysis of aminoacid composition showed that matK Pangium edule and nine other plant species are hydrophobic.
Barcode DNA Edelweis (Anaphalis javanica) Berdasarkan Gen matK Rahalus, Muzakir; Kumaunang, Maureen; Wuntu, Audy; Pontoh, Julius
Jurnal MIPA Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.4.2.2015.9037

Abstract

DNA barcode merupakan metode identifikasi organisme hidup dengan menggunakan urutan DNA pendek (± 500 pasang basa). Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh barcode DNA Edelweis dan menganalisis kemiripan gen matK Edelweis (Anaphalis javanica) dengan kerabat terdekatnya. Isolasi DNA total Edelweis berhasil dilakukan dengan menggunakan  manual prosedur dari InnuPrep Plant DNA Kit yang dimodifikasi. Gen matK parsial telah diisolasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan Primer forward matK-1RKIM-f dan Primer Reverse matK-3FKIM-r. Hasil analisis sekuens menghasilkan barcode DNA edelweis berukuran 843 bp. Hasil analisis kemiripan menunjukkan tingkat kekerabatan terdekat dengan A. margaritaceae yaitu 99.86% pada BOLD System dan 100 % pada NCBI.DNA barcode is a method to identify living organism by using several short sequences of DNA (± 500 base pairs). The purpose of this study was to obtain a DNA barcode and analyze the similarity of matK genes of edelweis (Anaphalis javanica) with its closest relatives. Isolation of total DNA of edelweis has been succesfully done by using modified manual procedures of InnuPrep Plant Kit. matK partial gene has been isolated by the method of Polymerase Chain Reaction (PCR) using forward primer MATK-1RKIM-f and reverse primer MATK-3FKIM-r. Analysis of DNA sequences of edelweis confirmed its DNA barcode size was 843 bp. Furthermore, A. javanica showed similarity 99.86% in BOLD system and 100% in NCBI with A. margaritaceae.
Isolasi dan Karakterisasi Barcode DNA Tanaman Nusa indah putih (Mussaenda frondosa) Berdasarkan Gen matK Damanis, Jein; Momuat, Lidya Irma; Sangi, Meiske S.; Kumaunang, Maureen
Jurnal MIPA Vol 4, No 2 (2015)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.4.2.2015.8527

Abstract

Telah dilakukan penelitian untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman Nusa indah putih berdasarkan gen matK dan mengkarakterisasi matK tanaman nusa indah putih dengan analisis in-silico. Isolasi DNA dari tanaman Nusa indah putih telah dilakukan berdasarkan manual prosedur dari InnuPrep Plant DNA kit yang dilanjutkan dengan amplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer forward matK-1RKIM-f dan primer reverse matK-3FKIM-r kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Sekuensing tanaman  Nusa  indah  putih  menghasilkan  kromatogram  yang  berkualitas  tinggi, dengan panjang sekuens 843 bp. Hasil Analisis in-silico menunjukan matK tanaman nusa indah putih bersifat basa, stabil, dan berinteraksi baik dengan air.A study to determine the nucleotide sequence of the DNA barcode Nusa indah putih plants based on gene matK and to characterize the matK of Nusa indah putih plant using in-silico analysis had been done. Isolation of DNA from Nusa indah putih plant was conducted by manual procedures of InnuPrep Plant DNA kit, followed by amplification using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer then electrophoresis and sequenced. Nusa indah putih plants sequencing produced a high-quality chromatogram produce, with a length of 843 bp sequences. Results of in-silico analysis showed that matK Nusa indah putih plant is a base, stable, and well-interacted with water.
Barcode DNA Tanaman Leilem (Clerodendrum minahassae L.) Berdasarkan Gen matK Kalangi, Cindy; Kamu, Vanda S.; Kumaunang, Maureen
Jurnal MIPA Vol 3, No 2 (2014)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.3.2.2014.5861

Abstract

Gen matK merupakan gen pengkode protein maturaseK yang terdapat pada kloroplas tumbuhan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman leilem (Clerodendrum minahassae L.) berdasarkan gen matK. Prosedur penelitian yang dilakukan meliputi: isolasi DNA total tanaman leilem, amplifikasi gen matK melalui PCR, sekuensing hasil PCR, serta penentuan barcode DNA leilem. Isolasi DNA total dari tanaman leilem telah dilakukan berdasarkan prosedur manual dari InnuPrep Plant DNA Kit yang dimodifikasi dengan menghasilkan larutan berwarna hijau kekuningan yang menunjukkan adanya klorofil yang larut. Gen matK parsial telah diisolasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan Primer Forward matK-1RKIM-f dan Primer Reverse matK-3FKIM-r. Analisis urutan nukleotida matK menghasilkan fragmen berukuran 843 pb. Kedua urutan nukleotida matK dari sampel tanaman leilem yang berasal dari Kauditan dan Tomohon menunjukkan hasil barcode DNA yang sama.MaturaseK is a protein encoded by matK gene which is located in plant chloroplast. The aim of this research was to determine the DNA barcode of leilem plant (Clerodendrum minahassae L.) based on matK nucleotides sequence. This research was done by isolating total DNA of leilem, amplified matK gene by PCR, sequencing the PCR product, and determined the DNA barcode of leilem. Total DNA of leilem plant was isolated by using the modified procedure from InnuPrep Plant DNA Kit. The DNA isolation resulted a green-yellowish solution which shows dissolved chlorophyll. Partial matK gene was amplified using PCR method with matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer. Amplification by PCR resulted a 843 bp DNA fragment of matK. Both nucleotide sequences of matK from two samples of leilem plant taken from Kauditan and Tomohon showed the same DNA barcode.
Analisis In-silico Sedoheptulose-1,7-Bisfosfatase (SBPase) Mikroalga Yohanis Irenius Mandik; Agnes Eri Maryuni; Octolia Togibasa; Frans Augusthinus Asmuruf; Maureen Kumaunang
JURNAL LPPM BIDANG SAINS DAN TEKNOLOGI Vol. 8 No. 1 (2023): JLPPM SAINTEK: Volume 8 No. 1, Tahun 2023
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Proses fotosintesis membutuhkan keterlibatan enzim dalam berbagai reaksi yang terjadi. Enzim sedoheptulose-1,7-bisfosfatase (SBPase) berperan kunci dalam semua organisme fotosintesik, termasuk mikroalga. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan studi in-silico terhadap SBPase mikroalga. Studi in-silico dilakukan dengan melakukan pemodelan homologi terhadap struktur SBPase menggunakan berbagai piranti lunak serta berdsarkan database protein dalam GenBank. Hasil penelusuran menunjukkan bahwa SBPase mikroalga telah diisolasi dari 3 spesies mikroalga, yaitu Chlamydomonas reinhardtii, Ostreococcus taurii, dan Micromonas sp. RC 299. Terhadap ketiga SBPase mikroalga yang ditemukan, dilakukan analisis fisikakimiawi serta prediksi struktur. Analisis terhadap ketiga SBPase mikroalga menunjukkan bahwa ketiganya bersifat hidrofobik, dengan komposisi residu asam amino non-polar lebih banyak dibandingkan residu asam amino polar. Selain itu, prediksi struktur ketiga SBPase menunjukkan kemiripan dengan struktur SBPase Toxoplasma gondii (PDB ID 4IR8). Studi in-silico ini merupakan langkah awal riset molekuler dan studi fungsi fisiologis aktif SBPase dalam mikroalga.
Studi In Silico : Aktivitas Antibakteri Senyawa Resveratrol Terhadap Bakteri Salmonella typhi Penyebab Demam Tifoid Sinaga, Jonathan Cavin Ezra; Kumaunang, Maureen; Tuther, Paulix
CHEMISTRY PROGRESS Vol. 17 No. 2 (2024)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/cp.17.2.2024.55994

Abstract

ABSTRAK Demam tifoid merupakan salah satu penyakit infeksi yang menyerang sistem pencernaan oleh adanya aktivitas bakteri Salmonella typhi. Pengobatan demam tifoid menggunakan antibiotik yang dapat menimbulkan resistensi bakteri, sehingga penemuan senyawa sebagai alternatif obat demam tifoid masih terus dikembangkan hingga saat ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penambatan senyawa resveratrol terhadap pertumbuhan dari bakteri Salmonella typhi. Jenis penelitian ini menggunakan metode penelitian penambatan molekul (molecule docking). Hasil dari molecular docking didapatkan binding afiinity interaksi ligan dan reseptor yaitu -7.8 kkal/mol, maka senyawa resveratrol dapat sebagai penghambat bakteri Salmonella typhi.   ABSTRACT Typhoid fever is an infectious disease that attacks the digestive system due to the activity of Salmonella typhi bacteria. Treatment of typhoid fever uses antibiotics which can cause bacterial resistance, so the discovery of compounds as alternative drugs for typhoid fever is still being developed today. This research aims to determine the effect of anchoring the resveratrol compound on the growth of Salmonella typhi bacteria. This type of research uses the molecular docking research method. The results of molecular docking showed that the binding affinity of the ligand and receptor interaction was -7.8 kcal/mol, so the resveratrol compound could act as an inhibitor for Salmonella typhi bacteria.