Claim Missing Document
Check
Articles

Found 9 Documents
Search

DNA Isolation And Amplification of the rbcL (ribulose-1,5- bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) gene of Caulerpa sp., Gracilaria sp., And Sargassum sp. Biondi Tampanguma; Grevo S. Gerung; Veibe Warouw; Billy Th Wagey; Stenly Wulllur; Deiske A. Sumilat; Hens Onibala
Jurnal Ilmiah PLATAX Vol. 8 No. 2 (2020): ISSUE JULY-DECEMBER 2020
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jip.8.2.2020.30003

Abstract

DNA isolation and gene amplification of algae are significantly influenced by various factors such as characteristics and components of the algae cell wall. Therefore techniques and methods of DNA isolation in certain algae, sometimes only succeed in one particular species and can not be applied to another algae species. Based on that issue, this study was conducted with the aims to determine the succeed of DNA isolation and amplify the rbcL gene as a target gene for identification. Algae DNA was isolated by using innuPrep Plant DNA commercial kit, and the second one with a modified conventional Cetyl Trimetyl Ammonium Bromide (CTAB) method,  for the amplification process was using rbcL gene (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase / oxygenase large subunit) with two pairs of primers : rbcL 7F-753R and rbcL 577F-rbcSR. The results showed that the DNA of Gracilaria sp was succeed isolated by using CTAB method and it was denoted by the presence of DNA bands in agarose gel. Meanwhile DNA amplification for Gracilaria sp., and Sargassum sp., were succeed amplified with the appearance of DNA bands. But in algae Caulerpa sp., was only succeed on 1 pair of primary rbcL 7F and 7.Keywords : DNA, gene rbcL, algae Caulerpa sp., Sargassum sp., Gracilaria sp;AbstrakIsolasi DNA dan amplifikasi gen pada alga sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor seperti karakter dan komponen pada dinding sel alga. Oleh karena itu proses isolasi DNA terkadang bisa berhasil pada satu jenis alga, namun tidak berhasil pada jenis alga lainnya. Oleh karena alasan tersebut, maka penelitian ini dilakukan untuk menentukan keberhasilan Isolasi DNA dan mengamplifikasi gen rbcL sebagai gen target identifikasi. Penelitian ini dilakukan dengan tahapan awal Isolasi DNA yang menggunakan kit komersil innuPrep Plant DNA Kit, dan metode konvensional Cetyl Trimetyl Ammonium Bromide (CTAB) yang telah dimodifikasi. Sedangkan untuk proses amplifikasi, menggunakan gen rbcL (ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) digunakan dua pasang primer yaitu rbcL 7F-753R dan rbcL 577F-rbcSR. Hasil isolasi DNA dari alga Gracilaria sp berhasil diisolasi menggunakan metode CTAB yang ditandai dengan adanya pita DNA pada gel agarose. Amplifikasi DNA pada alga Gracilaria sp., dan Sargassum sp., berhasil diamplifikasi dengan munculnya pita DNA. Namun pada alga Caulerpa sp. hanya berhasil pada 1 pasang primer rbcL 7F dan753R.Kata kunci : DNA, gen rbcL, alga Caulerpa sp., Sargassum sp., Gracilaria sp.
Monitoring System for Sea Surface Temperature and Wind Speed in FADs Based on the Internet of Things Andre Alfian Hidayat; Ping Astony Angmalisang; Robert Antonius Bara; Deiske Adeliene Sumilat; Alfret Luasunaung; Veibe Warouw
BRILIANT: Jurnal Riset dan Konseptual Vol 8 No 3 (2023): Volume 8 Nomor 3, Agustus 2023
Publisher : Universitas Nahdlatul Ulama Blitar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.28926/briliant.v8i3.1298

Abstract

Sea Surface Temperature (SST) is the temperature of the water measured at sea level. SST is a crucial marine parameter that influences the weather and climate in Indonesia. The value of sea surface temperature will be very closely related to factors such as the depth of measurement from sea level, the intensity of sunlight received, season, weather, water depth, air circulation, and cloud cover. This study aims to design a prototype tool to measure wind speed and sea surface temperature parameters. The components used are the DS18B20 sensor, JL-FS2 sensor, Arduino Mega 2560, and the SIM900a GSM Module. The system is displayed in real-time via the Thingspeak website, accessed via a PC or smartphone. The DS18B20 sensor, as a sea surface temperature sensor, can measure these parameters by looking at the trend of changing day and night temperatures. The JL-FS2, as a wind speed sensor, has been able to measure wind speed parameters during field tests at FADs.
Bioprospeksi antibakteri beberapa jenis spons dari Perairan Pangalisang Bunaken Jeksen Liem; Robert Bara; Deiske Sumilat; Veibe Warouw; Fitje Losung; Adnan Wantasen
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 1 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.1.2019.22813

Abstract

Indonesia merupakan negara kepulauan terbesar di dunia yang mempunyai panjang pantai 99.093 km2 yang kaya akan terumbu karang dan biota laut lainnya. Salah satu biota yang banyak diteliti adalah spons.  Wilayah laut Indonesia merupakan salah satu pusat penyebaran terbesar spons di dunia dan diperkirakan terdapat sekitar 830 spesies yang hidup tersebar di wilayah ini. Sampel penelitian yaitu beberapa jenis spons yang diambil dari Perairan Pangalisang Bunaken. Metode yang digunakan pada penelitian ini untuk pengujian aktivitas antibakteri dari ekstrak sampel spons adalah metode difusi agar. Hasil pengujian aktivitas antibakteri dari kelima ekstraksi memperlihatkan hanya ekstrak A.chromis dan C.aerizusa yang aktif terhadap bakteri B.megaterium dengan nilai hambat rata-rata sebesar  17,6 mm dan 15,0 mm, sedangkan pada bakteri E.coli hanya ekstrak A.chromis yang memiliki aktivitas antibakteri dengan nilai rata-rata 15,0 mm. Kesimpulan dari penelitian ini, telah dilakukan ekstraksi 5 spons yaitu, Liosina paradoxa, Theonella sp, Aoptos chromis, Callyspongia aerizusa dan Haliclona sp. menggunakan metode maserasi yakni etanol. Dari 5 spons yang berhasil di uji aktivitas antibakteri hanya ekstrak A.chromis dan ekstrak C.aerizusa yang menunjukan aktivitas daya hambat terhadap bakteri B.megaterium, sedangkan pada bakteri E.coli hanya ekstrak A.chromis yang memiliki zona hambat dari kelima ekstrak yang di uji.
Pertumbuhan dan sintasan larva kerang mutiara Pinctada maxima pada sumber pakan berbeda Frista Tarigan; Stenly Wullur; Veibe Warouw; Inneke Rumengan; Elvy Ginting; Cysca Lumenta
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 1 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.1.2019.22815

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengukur pertumbuhan dan menentukan sintasan larva kerang mutiara yang dipelihara pada sumber pakan berbeda, yaitu pakan ikan mentah (penyiapan pakan mengikuti prosedur pada paten No. P00201609066 dan P14201802692) yang telah melalui proses perendaman pada beberapa produk probiotik (seperti: EM4, Probio FM, dan Starbio F9), mikroalga dan larva tanpa pemberian pakan sebagai kontrol. Larva kerang mutiara yang digunakan adalah larva yang telah berumur 14 hari, diambil dari PT.Arthe Samudra, Bitung, Sulawesi Utara. Larva dipelihara menggunakan wadah palstik berisi ± 700 ml air laut 35 ppt yang berisi aerasi dengan kecepatan sekitar ±0.66 ml/menit. Larva kemudian dipelihara selama 14 hari menggunakan sumber pakan berbeda sesuai dengan perlakuan dengan 3 kali pengulangan. Setiap 2 hari sekali diambil sebanyak ±3 ml cuplikan sampel dan larva yang ada dalam cuplikan diukur bagian panjang, tinggi, dan pangkal larva. Pada akhir penelitian, larva dalam semua perlakuan dipanen dan jumlah larva dihitung untuk menentukan sintasan larva pada masing-masing perlakuan. Hasil pengukuran panjang (61.9 - 194.47 µm), tinggi (59.46 - 216.81 µm) dan lebar pangkal cangkang (21 - 88.1 µm) menunjukkan adanya pola pertumbuhan yang cenderung lebih stabil pada larva yang diberi pakan ikan mentah yang telah direndam dengan beberapa produk probiotik dan pada perlakuan pemberian pakan mikroalga dibanding pada perlakuan tanpa pakan. Adapun sintasan larva tertinggi terdapat pada larva yang diberi pakan mikroalga (102 ± 121.7 larva), kemudian larva pada pakan ikan mentah yang direndam pada beberapa produk probiotik; F9 (29 ± 18.02 larva), Probio FM (5.6 ± 1.52 larva) dan EM 4 (1.66 ± 1 larva).
Struktur komunitas ekosistem mangrove dan kepiting bakau di Desa Lamanggo dan Desa Tope, Kecamatan Biaro, Kabupaten Kepulauan Siau, Tagulandang, Biaro Reinol Jacobs; Janny Kusen; Calvyn Sondak; Farnis Boneka; Veibe Warouw; Winda Mingkid
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 1 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.1.2019.22817

Abstract

Tujuan dari penelitian yaitu untuk mengetahui struktur komunitas mangrove di Desa Lamanggo dan Desa Tope, untuk mengetahui kelimpahan kepiting bakau di hutan mangrove, dan untuk mengetahui hubungan antara kerapatan mangrove dengan kepadatan kepiting.Penelitian dilakukan dengan menggunakan metode line transek kuadran dengan menentukan lima lokasi titik pengamatan pengambilan sampel, dan untuk mengetahui kondisi mangrove maka dilakukan perhitungan kerapatan jenis, frekuensi jenis, penutupan jenis, dominasi, indeks nilai penting dan keanekaragaman serta analisis kelimpahan kepiting bakau yang berhubungan dengan kerapatan mangrove dengan rumus Y = a + b X.. Dari hasil penelitian yang dilakukan, diketahui bahwa jenis mangrove yang memiliki nilai kerapatan tertinggi yaitu Rhizophora apiculata, dan untuk nilai frekuensi tertinggi juga yaitu jenis Rhizophora apiculata, sedangkan untuk nilai dominasi tertinggi dimiliki oleh jenis Sonneratia alba.Berdasarkan uji korelasi antara kerapatan pohon mangrove (X) terhadap kepadatan kepiting (Y) sebagaimana terlihat diperoleh r sebesar = 0,814 dengan Fhitung sebesar 1.94 < Ftabel 10.12. Hal ini berarti tidak terdapat hubungan yang signifikan antara kerapatan  mangrove dengan kepadatan kepiting bakau. Selanjutnya untuk melihat besarnya kontribusi kerapatan mangrove terhadap kepadatan kepiting dicari melalui koefisien determinasi R² = 0.66 yang berarti variabel kerapatan pohon mangrove tidak memberikan kontribusi terhadap kepadatan kepiting. Karena jika setiap penambahan variabel X, maka variabel Y akan berkurang sebesar 67.54937 - 0.110 X.
ISOLASI BAKTERI LAUT DARI PERAIRAN MALALAYANG, SULAWESI UTARA Bella Wondal; Elvy Like Ginting; Veibe Warouw; Stenly Wullur; Sandra Olivia Tilaar; Ferdinand Frans Tilaar
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.24448

Abstract

Marine bacteria have a lot of potential in exploring the enzyme that can be developed, such as a producer of proteorhodopsin, act as hydrocarbon chlorlastic and can degrade oil. This study aims to obtain isolates and can characterize the bacterial morphology. Malalayang Waters is one of the marine bacterial habitats that has potential area to be studied. This study aims to isolate marine bacteria from Malalayang Waters. These marine bacteria first were diluted into sea water before they were grown on Nutrient Agar (NA). Based on the results of this study it was found that marine bacterial isolated were separated based on their morphological characteristics. The dominant morphological characteristics were yellow whites which dominant shape were irregular.Keywords: bacterial, dilution, isolation.  Bakteri laut memiliki banyak potensi yang dapat dikembangkan. Seperti penghasil proteorhodopsin, berperan sebagai hidrokarbonoklastik dan dapat mendegradasi minyak. Perairan Malalayang merupakan salah satu habitat bakteri laut yang belum diteliti. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteri laut dari Perairan Malalayang. Bakteri laut ditumbuhkan pada media agar + air laut, selain itu bakteri juga dilakukan pengenceran terhadap air laut sebelum bakteri ditumbuhkan pada media Nutrient Agar (NA). Berdasarkan hasil penelitian ini isolat bakteri  laut ditemukan, bakteri tersebut dipisahkan berdasarkan karakteristik morfologinya. Karakteristik morfologi yang dimiliki dominan berwarna putih kuning dan memiliki bentuk yang dominan tidak teratur. Hal ini dapat memperlihatkan perbedaan bakteri laut dari Perairan Malalayang yang tumbuh.Kata kunci: bakteri, pengenceran, isolasi.
KARAKTERISTIK MORFOLOGI BAKTERI SIMBION SPONS MENYERUPAI Cribochalina sp DARI PERAIRAN MALALAYANG SULAWESI UTARA Gledys Giacinta Poluan; Elvy Like Ginting; Stenly Wullur; Veibe warouw; Fitje Vera Losung; Meiske Salaki
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.24452

Abstract

Bacteria are found to be highly associated with various marine organisms, such as sponges. Sponges are known as the product of bioactive compounds. However, some of the compounds produced by sponges are obtained by the simbion-bacteria. Therefore this situation enables sponges simbion bacteria to play a major role in producing bioactive compounds that have been isolated from the sponge. The purpose of this study is to isolate and determine the characteristics of morphology of spongy simbion bacteria resembling Cribochalina sp, which was taken from Malalayang waters, North Sulawesi. Sponge simbion bacteria grow on NB media. Initially, a free-breeding colony was being done before bacteria were accrued in the NA media by 2% sponge broth (patent SID201906301) by means of Strike Plate methods. Based on to this study we had isolate five spongy simbion bacteria that resembling the Cribochalina sp. All five of these isolations have different characteristics of morphology in terms of color, shape, size, and elevation.      Keywords : bacteria, isolation, simbionts, sponges 
UJI ANTIBAKTERI EKSTRAK DAN FRAKSI SPONS TERHADAP Escherichia coli DAN Staphylococcus aureus SERTA POTENSINYA TERHADAP AKTIVITAS ANTI-UV Monika Gabrielle; Deiske A Sumilat; Veibe Warouw; Remy EP Mangindaan; Chatrien AC Sinjal; Sammy NJ Longdong
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.24459

Abstract

Sponge organisms produce bioactive compounds that are toxic as a means of self-defense. The compound is known to have the potential as an antibacterial and anti-UV which can absorb sunlight with the potential to be used as a material for making sunscreen. The purpose of this study was to obtain antibacterial activity against Escherichia coli and Staphylococcus aureus bacteria and anti-UV activity from crude extracts and sponges fractions. The antibacterial test done by agar diffusion method (Kirby and Bauer diffusion disc) and the crude extract and the active fraction of antibacterial compounds were tested in a UV spectrophotometer to see its anti-UV activity. As a result, 4 species of sponges were extracted and partitioned into water fractions, methanol fractions, and n-hexane fractions. All samples were tested for antibacterial activity and the results showed antibacterial activity against S. aureus by Plakortis sp. in crude extract (9 mm) and water fraction (8.6 mm), Agelas sp. in crude extract (7 mm) and in E. coli bacteria shown by Plakortis sp. in crude extract (12.6 mm) and water fraction (9 mm), Liosina sp. in the water fraction (7.6 mm), Haliclona sp. in the water fraction (8 mm) and Agelassp. in crude extract (10.3 mm). Crude extracts and water fractions were tested using a UV spectrophotometer for anti-UV testing, the results showed that crude extract and all the water fractions of four species sponge could absorb UV-B (λ 290-320 nm) and UV-A (λ 320-400 nm).Keywords: sponges, antibacterial, partition, anti-UV
AKTIVITAS ANTIBAKTERI DAN ANTI-UV BEBERAPA ASCIDIAN DARI PERAIRAN PANGALISANG BUNAKEN Yuliana Macpal; Veibe Warouw; Deiske A Sumilat; James J.H. Paulus; Natalie D.C. Rumampuk; Reni L. Kreckhoff
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.26019

Abstract

Ascidians are sesile marine invertebrates that have bioactive compounds such as antibacterial and anti-UV. The purpose of this study is to determine the antibacterial activity against Escherichia coli and Staphylococcus aureus bacteria and to test the anti-UV activity of the ascidian water fraction. Antibacterial activity test was carried out using the diffusion method (disc diffusion Kirby & Bauer) and the water fraction of ascidian that showing antibacterial activity tested in a UV spectrophotometer to see the anti-UV activity. Results of the study were obtained 4 types of ascidians extracted from partitioned into water fraction, n-hexane fraction, methanol fraction. All three fractions were tested for antibacterial activity and the result showed that there were antibacterial activities of ascidian extract Clavelina sp. against both test bacteria with inhibition of S. aureus and E. coli with strong categories. Ascidian Phlebobranch sp. showed the presence of antibacterial activity with inhibition of S. aureus and E. coli with very strong categories (16,6 mm). extract Eudistoma sp. showed the presence of antibacterial activity with inhibition S. aureus and E. coli in the medium category (9 mm). The water fraction found active in antibacterial testing is then tested using a UV spectrophotometer for anti UV testing, the result show that water fraction of the four ascidians can absorb UV-B (290-320nm) and UV-A ( 320-400nm).Keywords : Ascidian, Antibacterial, Partition, Anti- UV.