Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.947
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Bumi Lestari Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Jurnal Biologi Tropis Jurnal Laot Ilmu Kelautan
Andrianus Sembiring, Andrianus
Indonesian Biodiversity Research Centre, Udayana University, Denpasar, Bali 80226, Indonesia
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Earth & Planetary Sciences Energy Environmental Science Immunology & microbiology

Published : 5 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search

 1 
Optimasi PCR (Polymerase Chain Reaction) dan Identifikasi Ikan Hiu Muda (Juvenile) dengan Metode DNA Barcoding Zaetuna, Hanifa Laila; Sembiring, Andrianus; Pharmawati, Made
Bumi Lestari Journal of Environment Vol 24 No 2 (2024)
Publisher : Environmental Research Center (PPLH) of Udayana University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24843//blje.2024.v24.i02.p01

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in-vitro yang digunakan untuk identifikasi hewan, tumbuhan maupun mikroorganisme dengan DNA barcoding. Identifikasi secara molekular menggunakan metode berbasis PCR perlu dilakukan pada ikan hiu muda (juvenile) karena belum terlihatnya karakter kunci untuk identifikasi ke tingkat spesies sehingga identifikasi berbasis morfologi sangat sulit dilakukan. Selain itu, kondisi demikian juga tidak mendukung kelestarian ikan hiu, karena dalam fase ini hiu belum memiliki kesempatan memijah sekali dalam siklus hidupnya. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kondisi optimal untuk amplifikasi DNA dan mengidentifikasi ikan hiu muda (juvenile) menggunakan metode DNA Barcoding. Amplifikasi dilakukan pada lokus cytochrome oxidase subunit I (COI) dengan modifikasi temperatur suhu pada tahap annealing. Hasil penelitian menunjukkan modifikasi amplifikasi dapat dilakukan dengan penggantian temperatur suhu annealing. Hasil PCR terbaik diperoleh pada suhu annealing 55oC. Hasil identifikasi ikan hiu muda (juvenile) yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Muncar dengan metode DNA Barcoding pada gen COI adalah Prionace glauca.
Molecular Identification of Wedgefishes Stingrays (Rynchobatus sp.) at PPI Rigaih, Aceh Jaya Regency by using COI Gene Amin, Waldi; Bahri, Samsul; Malik, Danie Al; Yusmalinda, Ni Luh Astria; Ningsih, Enex Yuniarti; Pertiwi, Ni Putu Dian; Sembiring, Andrianus
Jurnal Laot Ilmu Kelautan Vol 5, No 2 (2023): Jurnal Laot Ilmu Kelautan
Publisher : Universitas Teuku Umar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35308/jlik.v5i2.7655

Abstract

Indonesia is one of the largest shark and ray producing countries in the world. Based on FAO (Food and Agriculture Organization) data, Indonesia is the top country which produce plenty of sharks and rays every year. One of the stingray shark caught by the fishermen called ikan pari kekeh (kekeh stingray), data from the IUCN( International Union for Conservation of Nature and Natural Resources)  this ray is included in Red List and categorized in Appendix II CITES (Convention on international trade of endangered species) due to excessive fishing. In most cases, the identification of kekeh ray is not easy because the information and conservation data are very limited. This study was conducted to identify the species of kekeh stingray landed at Rigaih Fish Landing Port, Aceh Jaya Regency using the COI gene (Cytochrome c oxidase subunit I) molecular analysis.  Sampling was carried out in June 2021 and then analysed at Indonesian Biodiversity Foundation (BIONESIA) laboratory. The analysis results were adjusted to GenBank data via BLAST (Basic Local Alignment Search Tools). The results of the analysis found per value. The ident of 10 samples ranged around 99-100% each and the query qover value each sample is 100%. The farthest genetic distance value is 0.34. The phylogenetic tree managed to classify species from each sample and form a cluster together with the data obtained from the NCBI genbank
Identifikasi Spesies Ikan Ekonomis Penting yang Didaratkan di PPI Kedonganan dengan DNA Barcoding Pertiwi, Ni Putu Dian; Bestari, Ida Ayu Purnama; Sembiring, Andrianus
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 9, No 3 (2024): October 2024
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v9i3.8212

Abstract

Identifikasi spesies sangat esensial bagi inventarisasi keanekaragaman spesies ikan ekonomis penting yang terdapat di perairan Indonesia. DNA barcoding merupakan salah satu metode molekuler yang digunakan untuk identifikasi spesies kriptik. Penelitian ini bertujuan untuk  mengidentifikasi spesies ikan ekonomis penting yang didaratkan di PPI Kedonganan menggunakan metode DNA barcoding dengan marka control region mitokondria (mtDNA). Sebanyak 6 (enam) sampel dikoleksi dengan metode purposive random sampling. Hasil identifikasi dengan DNA barcoding menunjukkan sampel yang dikoleksi sebagai spesies Trichiurus lepturus nanhaiensis; Lutjanus quinguelineatus; Scomberus japonicus; Cheilopogon doederleinii; Parupeneus barberinus; dan Leiognathus equula. Jarak genetik intraspesifik menunjukkan kisaran nilai  0.003 – 0.346. Hasil identifikasi DNA barcoding menunjukkan hasil yang berbeda dengan hasil identifikasi morfologi awal. Hal ini dapat disebabkan oleh terbatasnya data sekuen spesies di dalam basis data genetik. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan dapat menjadi tambahan informasi genetik pada keanekaragaman spesies ikan yang terdapat di wilayah Indonesia, yang tercatat pada basis data genetik secara umum.
Genetic Diversity and Species Identification of Unhatched Sea Turtle Eggs from Southern Bali Hatcheries Dewana, I Gede Jose; Pertiwi, Ni Putu Dian; Yuliastuti, Yuliastuti; Yusmalinda, Ni Luh Astria; Luh Putu Candra Apriliani; Savitri, Ni Komang Rossa Sri; Rachmawati, Rita; Sembiring, Andrianus
Jurnal Biologi Tropis Vol. 25 No. 4 (2025): Oktober-Desember
Publisher : Biology Education Study Program, Faculty of Teacher Training and Education, University of Mataram, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29303/jbt.v25i4.9897

Abstract

Genetic data of sea turtles in Southern Bali remains limited as most previous studies rely on adult or live samples, while unhatched eggs are rarely utilized as a genetic resource. This study aims to identify the species and genetic diversity of unhatched sea turtle eggs from conservation sites in Southern Bali using mitochondrial control region. A total of six non-viable eggs were analyzed through DNA extraction, PCR, sequencing, and data analysis using MEGA 11, NCBI BLAST, and DnaSP v6. The identification results revealed that all samples belonged to the species of Lepidochelys olivacea (olive ridley turtle), with sequence similarity ranging from 99.54% to 100% and query coverage of 89% to 99% compared to reference data from GenBank. Phylogenetic analysis showed that all samples clustered within the same clade, with intraspecific genetic distances ranging from 0 to 0.008. Genetic diversity analysis revealed a haplotype diversity (Hd) of 0.86667 and nucleotide diversity (π) of 0.00306, with a total of four distinct haplotypes and six polymorphic sites. These findings indicate that unhatched sea turtle eggs still contain viable genetic material for analysis and suggest that Lepidochelys olivacea is the dominant nesting species found in Southern Bali. This study carries important implications for advancing conservation policy, enhancing habitat protection, minimizing inbreeding risks, and strengthening the use of species identification through forensic genetics.
Identifikasi Spesies Ikan Ekonomis Penting yang Didaratkan di PPI Kedonganan dengan DNA Barcoding Pertiwi, Ni Putu Dian; Bestari, Ida Ayu Purnama; Sembiring, Andrianus
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 9, No 3 (2024): October 2024
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v9i3.8212

Abstract

Identifikasi spesies sangat esensial bagi inventarisasi keanekaragaman spesies ikan ekonomis penting yang terdapat di perairan Indonesia. DNA barcoding merupakan salah satu metode molekuler yang digunakan untuk identifikasi spesies kriptik. Penelitian ini bertujuan untuk  mengidentifikasi spesies ikan ekonomis penting yang didaratkan di PPI Kedonganan menggunakan metode DNA barcoding dengan marka control region mitokondria (mtDNA). Sebanyak 6 (enam) sampel dikoleksi dengan metode purposive random sampling. Hasil identifikasi dengan DNA barcoding menunjukkan sampel yang dikoleksi sebagai spesies Trichiurus lepturus nanhaiensis; Lutjanus quinguelineatus; Scomberus japonicus; Cheilopogon doederleinii; Parupeneus barberinus; dan Leiognathus equula. Jarak genetik intraspesifik menunjukkan kisaran nilai  0.003 – 0.346. Hasil identifikasi DNA barcoding menunjukkan hasil yang berbeda dengan hasil identifikasi morfologi awal. Hal ini dapat disebabkan oleh terbatasnya data sekuen spesies di dalam basis data genetik. Oleh karena itu, penelitian ini diharapkan dapat menjadi tambahan informasi genetik pada keanekaragaman spesies ikan yang terdapat di wilayah Indonesia, yang tercatat pada basis data genetik secara umum.
Co-Authors Amin, Waldi Dewana, I Gede Jose Ida Ayu Purnama Bestari Luh Putu Candra Apriliani MADE PHARMAWATI Malik, Danie Al Ni Putu Dian Pertiwi, Ni Putu Dian Ningsih, Enex Yuniarti Rita Rachmawati, Rita Savitri, Ni Komang Rossa Sri Veithzal Rivai Zainal Yuliastuti Yuliastuti Yusmalinda, Ni Luh Astria Zaetuna, Hanifa Laila