Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.444
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Buletin Peternakan ZOO INDONESIA Filogeni: Jurnal Mahasiswa Biologi
Moch. Syamsul Arifin Zein, Moch. Syamsul Arifin
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Veterinary Other

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Teknik molekuler untuk identifikasi spesies ordo Cetartiodactyla menggunakan DNA barcode Zein, Moch. Syamsul Arifin; Fitriana, Yuli Sulistya
ZOO INDONESIA Vol 21, No 2 (2012): Desember 2012
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Di Indonesia banyak terjadi kasus produk makanan yang berasal dari ternak tidak jelas identitasnya. Sebagian besar kasus yang terjadi berasal dari ordo Cetartiodactyla yang banyak dikonsumsi sebagai sumber protein hewani. Oleh sebab itu diperlukan alat identifikasi spesies yang akurat dari organ tubuh/daging atau produk olahan yang berasal dari hewan tersebut untuk menyelesaikan berbagai kasus yang dapat merugikan konsumen. Keragaman urutan sekuen gen sub unit cytochrome c oxidase subunit I (COI) telah terbukti menjadi alat yang efektif untuk identifikasi spesies hewan. Studi ini menganalisis 112 spesimen terdiri dari 4 Famili, 10 Genus dan 15 spesies dari ordo Cetartiodactyla yang dikumpulkan dari berbagai lokasi di Indonesia. Hasil yang didapat dari studi ini menunjukkan bahwa gen ini sangat cocok untuk mengidentifikasi tingkat spesies pada hewan tercermin pada pohon filogeni yang terbentuk. Jarak genetik dalam spesies berkisar antara 0-0,7% (rata-rata 0,13±0,05%) dan antar spesies berkisar antara 2-28%, dalam genus berkisar antara 8,8-27,4% (rata-rata1,36±0,037%) dan antar genus berkisar antara 8,8-27,4%, sedangkan dalam famili berkisar antara 5,8-11,9% (rata-rata 7,8±2,85%) dan antar famili berkisar antara 18,6-26,3%. Hasil konstruksi pohon filogeni Cetartiodactyla menunjukkan semua spesies membentuk sebuah cluster kohesif yang jelas berbeda.
EVALUASI METODE SEKSING NURI KEPALA HITAM (Lorius lory LINNAEUS, 1758) DI FASILITAS PENANGKARAN PUSAT PENELITIAN BIOLOGI Nugroho, Herjuno Ari; Zein, Moch. Syamsul Arifin
ZOO INDONESIA Vol 24, No 2 (2015): Desember 2015
Publisher : Masyarakat Zoologi Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (716.933 KB)

Abstract

Penentuan jenis kelamin pada burung monomorfik seperti Nuri Kepala Hitam (Lorius lory) kadang sulit dilakukan, meskipun hal itu penting dalam program penangkaran. Tujuan dari studi ini untuk mengevaluasi reliabilitas dan efektifitas metode seksing untuk Nuri Kepala Hitam berdasarkan pengukuran karakter morfologi (morfometri) dan identifikasi molekuler menggunakan gen CHD1 dari kromosom seks. Analisis diskriminan diterapkan pada ukuran panjang tubuh dan culmen dari 9 spesimen museum. Fungsi yang terbentuk diaplikasikan pada 6 ekor burung hidup dan mampu mengklasifikasikan dengan benar 83,33% individu (5/6). Amplifikasi gen CHD1 mampu menentukan 100% sampel (6/6) dengan jantan menunjukkan pita DNA tunggal (ZZ) dan betina menunjukkan pita DNA ganda (ZW). Berdasarkan perbandingan dan evaluasi diantara kedua metode, metode molekular lebih akurat dan aplikatif digunakan untuk determinasi seksual Nuri Kepala Hitam di Fasilitas Penangkaran, Pusat Penelitian Biologi LIPI dibandingkan dengan metode morfometri. Penelitian ini menganjurkan bahwa teknik molekuler dapat digunakan dalam determinasi kelamin burung monomorfik.
DNA barcoding pada Familia Bovidae berdasarkan gen Co1 (Cytochrome C Oxydase Sub Unit 1) Ristiana, Rina; Rustam, Aswar; Zein, Moch. Syamsul Arifin; Zulkarnain, Zulkarnain
Filogeni: Jurnal Mahasiswa Biologi Vol 1 No 2 (2021): Mei-Agustus
Publisher : Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (392.475 KB) | DOI: 10.24252/filogeni.v1i2.23802

Abstract

DNA barcoding merupakan suatu teknik identifikasi spesies berbasis molekuler dengan menggunakan gen Cytochrome C Oxydase Subunit 1 (CO1). DNA barcoding terhadap famili Bovidae berguna dalam rangka identifikasi spesies, monitoring perdagangan daging ternak, penegakkan hukum, serta klarifikasi spesies dalam suatu produk pangan yang berasal dari hewan ternak. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas gen CO1 sebagai DNA barcode dengan melihat  jarak genetik antar-spesies dan inter-spesies Bovidae dengan spesies outgrup serta kekerabatan spesies dalam konstruksi filogenetik. Analisis sekuen CO1 dilakukan terhadap tujuh spesies Bovidae dan dua spesies out grup. Data sekuen CO1 diperoleh dari NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) lalu dilakukan analisis jarak genetik dan filogenetik menggunakan metode neighbor-joining (NJ) pada software Moleculer Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) versi 6. Hasil penelitian menunjukkan jarak genetik intra-spesies Bovidae berkisar antara 0,044-0,69% dengan jarak terendah terlihat pada spesies Bos taurus (0,044%) dan tertinggi pada spesies Bos javanicus (4,69%). Sedangkan jarak genetik inter-spesies berkisar antara 2,2-24,6% dengan jarak tertinggi ditunjukkan oleh Bos javanicus dan spesies outgrup yakni sebesar 24,6% (rata-rata ±2,2-0,05%). Sekuen gen CO1 pada spesies famili Bovidae menunjukkan adanya variasi yang tinggi antar-spesies namun rendah dalam spesies (intra-spesies). Oleh karena itu, gen CO1 efektif digunakan sebagai DNA barcode pada famili Bovidae.
Polymorphism of Cyt-b Gene in Several Indonesian Cattle Using PCR-RFLP Method Agung, Paskah Partogi; Perwitasari, Dyah; Farajallah, Achmad; Said, Syahruddin; Kaiin, Ekayanti Mulyawati; Saputra, Ferdy; Hermansyah, Alfandy; Kuswati, Kuswati; Susilorini, Tri Eko; Zein, Moch. Syamsul Arifin
Buletin Peternakan Vol 48, No 2 (2024): BULETIN PETERNAKAN VOL. 48 (2) MAY 2024
Publisher : Faculty of Animal Science, Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21059/buletinpeternak.v48i2.87484

Abstract

The cytochrome b (Cyt-b) gene is one of the genes that is located in the mitochondrial DNA. Variations in the Cyt-b gene can be used to compare different animal species to investigate the origin of certain animal species. This study aimed to assess the genetic diversity of Indonesian local cattle breeds, including Bali cattle as an Indonesian native cattle breed and Banteng as the wild type of Bali cattle, using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). A total of 336 individual DNA samples from Indonesian cattle breeds were analyzed in this study. The RFLP method using three restriction enzymes, i.e., HinfI, HaeIII, or XbaI, was used to identify the variation of the Cyt-b gene. The Cyt-b gene was polymorphic based on the PCR-RFLP method. There were six alleles of the Cyt-b gene found in this study, i.e., A and B allele (HinfI), C and D allele (HaeIII), X and Y allele (XbaI). All alleles can be found in Pasundan, Madura, and PO cattle. Pesisir cattle have the highest allele frequency D. The UPGMA results showed three clusters of Indonesian native cattle in this study. Cluster 1 consists of Pasundan, Banteng, and Bali cattle. Cluster 2 consists of Madura, PO, and SO cattle. Pesisir was separated from other cattle in cluster 3. The X allele could become an indicator to distinguish Banteng and Bali cattle.
Co-Authors ACHMAD FARAJALLAH Dyah Perwitasari Ferdy Saputra Herjuno Ari Nugroho, Herjuno Ari Hermansyah, Alfandy Kaiin, Ekayanti Mulyawati Kuswati Kuswati Paskah Partogi Agung Ristiana, Rina Rustam, Aswar Syahruddin Said Tri Eko Susilorini Yuli Sulistya Fitriana, Yuli Sulistya Zulkarnain Zulkarnain