Bencana banjir merupakan salah satu ancaman utama bagi Kota Yogyakarta, sebuah kota yang terletak di wilayah tropis dengan curah hujan tinggi. Selain sebagai ibu kota Daerah Istimewa Yogyakarta, kota ini juga memiliki nilai budaya, sejarah, dan pariwisata yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis faktor penyebab, dan merumuskan Prioritas alternatif mitigasi penanganan terhadap bencana banjir di Kota Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan metode campuran (kualitatif dan kuantitatif) dengan pendekatan melalui wawancara dan analisis data sekunder. Lokasi penelitian meliputi beberapa Kemantren dalam lingkup administrasi Kota Yogyakarta yaitu Kemantren Tegalrejo, Gondokusuman dan Umbulharjo. Analisis prioritas penanganan genangan digunakan untuk mengetahui sebaran titik lokasi banjir yang memiliki nilai dampak kerugian tertinggi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa faktor penyebab banjir meliputi curah hujan tinggi, iklim, topografi bervariasi aliran sungai, pembangunan di bantaran sungai, dan kurangnya kesadaran masyarakat. Nilai total dampak banjir menjadikan ukuran prioritas penanganan banjir melalui beberapa tahapan penangan. Hasil priotitas penanganan banjir di Kota Yogyakarta adalah tahap I yaitu kelurahan Kltiren, Sorosutan, dan Bener; tahap II meliputi kelurahan Tahunan; dan tahap III meliputi kelurahan Klitren, Kricak, dan Terban. Alternatif mitigasi yang diajukan meliputi pembangunan dan pemeliharaan tanggul, peningkatan sistem drainase,pengembangan kampung tangguh bencana, edukasi masyrakat, dan sistem peringatan dini yang lebih efektif. Dengan implementasi saran-saran ini, diharapkan dapat meningkatkan kapasitas adaptasi dan mitigasi terhadap risiko banjir di Kota Yogyakarta.