Puskesmas Waimana masih menggunakan sistem antrian manual yang menyebabkan proses pelayanan kurang efektif, kesalahan urutan pelayanan, belum optimalnya prioritas pasien, dan keterbatasan informasi antrian. Penelitian ini bertujuan menerapkan metode Multi-Level Queue (MLQ) pada sistem antrian berbasis web untuk meningkatkan efektivitas pengelolaan antrian pasien. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan jenis rekayasa perangkat lunak. Data diperoleh melalui observasi dan wawancara, sedangkan sistem dikembangkan menggunakan PHP dan MySQL. Pengujian dilakukan dengan Black Box Testing serta evaluasi terhadap validasi algoritma, waktu pendaftaran, kesalahan urutan pelayanan, dan monitoring antrian. Hasil penelitian menunjukkan validasi algoritma mencapai 100%, waktu proses pendaftaran menurun dari 80,9 detik menjadi 33,3 detik atau meningkat efisiensinya sebesar 58,8%, kesalahan urutan pelayanan dapat dihilangkan, dan monitoring antrian dapat dilakukan secara real-time. Dengan demikian, penerapan MLQ pada sistem antrian berbasis web dapat meningkatkan efektivitas pengelolaan antrian, mendukung prioritas pelayanan, dan meningkatkan kualitas pelayanan di Puskesmas Waimana.