Pendidikan Islam di madrasah hingga kini masih cenderung dinomorduakan oleh Muslim di Indonesia. Implikasi wacana tersebut berdampak pada pengembangan sumber daya manusia yang belum efektif dan efesien, sehingga Pendidikan Islam di dalamnya tidak berkembang secara profesional. Akan tetapi, secara institusi, madrasah tetap optimistis dalam memberikan terobosan baru untuk merumuskan nalar kritisisme pendidikan agama Islam, baik visi-misi, materi kurikulum, metode dan sarana-prasarana pendidikan, sehingga Pendidikan Agama Islam tetap eksis dihadapan masyarakat dengan cara menguasai kualitas pendidikan dan memperbarui sistem pendidikan secara menyeluruh.