cover
Contact Name
Dinia R Dwijayanti,
Contact Email
biotropika@gmail.com
Phone
+62341-575841
Journal Mail Official
biotropika@gmail.com
Editorial Address
Departemen Biologi FMIPA UB, Jalan Veteran, 65145, Malang, Jawa Timur
Location
Kota malang,
Jawa timur
INDONESIA
Biotropika
Published by Universitas Brawijaya
ISSN : 23027282     EISSN : 25498703     DOI : 10.21776/ub.biotropika.
Biotropika: Journal of Tropical Biology invites research articles, short communication, and reviews describing new findings/phenomena of biological sciences in tropical regions, specifically in the following subjects, but not limited to biotechnology, biodiversity, microbiology, botany, zoology, biosystematics, ecology, and environmental sciences.
Arjuna Subject : -
Articles 544 Documents
Studi Gen Parp-1 Ekson 23 pada Testis Mencit Setelah Induksi Formalin: Tidak Terdeteksi Mutasi Is Karima; Sri Widyarti
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 4, No 1 (2016)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian   ini   bertujuan   untuk   mengetahui pengaruh induksi formalin terhadap mutasi pada gen PARP-1 ekson 23. Penelitian ini menggunakan hewan coba mencit (Mus musculus) Balb-c jantan berumur 3 bulan, berat 20-30 g, yang dibagi menjadi 3 kelompok, yaitu kelompok kontrol tanpa paparan formalin (KB), kelompok formalin dosis 2 mg/kg BB (F2), dan kelompok formalin dosis 25 mg/kg BB (F25). Sediaan formalin dalam bentuk cairan diberikan secara peroral menggunakan sonde selama 60 hari. DNA diisolasi dari organ testis dilakukan amplifikasi menggunakan primer forward (5’-GTTGTTTGTGGTT TGTCCTA-3’) dan reverse (5’-TTTTTAGCTCAAAATAAATGCTTAA-3’). Hasil sekuensing menunjukkan tidak ada perubahan basa nukleotida (mutasi) gen PARP-1 ekson 23 pada testis mencit (Mus musculus) Balb-c setelah induksi formalin.
Analisis Polimorfisme Gen BMP-15(Bone Morphogenetic Protein-15) dengan Metode PCR-RFLP dan Hubungannya dengan Performan Reproduksi Sapi Friesian Holstein (FH) Lutfiatun Izzatul Lailiya; Sri Rahayu
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 3 (2014)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui adanya polimorfisme gen BMP-15 (Bone morphogenetic protein-15) dengan menggunakan teknik PCR-RFLP dan hubungannya dengan performan reproduksi sapi Friesian Holstein (FH). Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 10 sapi FH betina yang diambil dari UPT. Balai Besar  Pelatihan Peternakan, Songgoriti, Batu. Isolasi DNA dari darah dengan menggunakan metode salting out. Amplifikasi gen BMP-15 dilakukan dengan teknik PCR menggunakan primer forward 5’GCTCTGGAATCACAAGGGG3’ dan Primer reverse 5’AGAGATGGGGAGCGAT GAT 3’. Polimorfisme gen BMP-15 dianalisis dengan teknik PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi HaeIII. Amplifikasi gen BMP-15 menghasilkan amplikon dengan panjang 360bp. Analisis PCR-RFLP menghasilkan dua haplotip yang menunjukkan adanya polimorfisme. Haplotip I memiliki ukuran fragmen DNA 90bp dan 190bp. Haplotip II memiliki ukuran fragmen 90bp, 190bp, 290bp, dan 350bp. Data performan reproduksi 10 sapi fertil yang digunakan adalah 3 sapi bunting dan 7 sapi memiliki data  calving interval pada range 13-16 bulan, days open pada range 3-7 bulan dan 2 sapi beranak kembar. Berdasarkan data yang ada, diketahui bahwa sapi yang termasuk dalam haplotip II memiliki data performan reproduksi yang bervariasi. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa polimorfisme gen BMP-15 yang ada, tidak menunjukkan adanya hubungan dengan performan reproduksi sapi FH.   Kata Kunci : Gen BMP-15, Performan reproduksi,  Polimorfisme
Eksplorasi Bakteri Selulolitik yang Berpotensi Sebagai Agen Biofertilizer dari Tanah Perkebunan Apel Kota Batu, Jawa Timur Restu Nugraha; Tri Ardyati; Suharjono Suharjono
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 3 (2014)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Biofertilizer adalah pupuk yang berasal dari biomassa berbagai mikroorganisme tanah, berfungsi sebagai penyedia hara dalam tanah, sehingga mudah diserap oleh tanaman. Bakteri selulolitik telah banyak dimanfaatkan sebagai salah satu agen biofertilizer. Penelitian ini bertujuan untuk menguji aktivitas bakteri selulolitik yang berasal dari tanah perkebunan apel di Kota Batu, Jawa Timur yang berpotensi sebagai biofertilizer didasarkan pada kemampuan selulolitik, fiksasi nitrogen, dan pelarut fosfat. Sampel tanah diambil dari tanah perkebunan apel yang terletak di Dusun Junggo, Desa Tulungrejo, Kecamatan Bumiaji, Kota Batu. Isolasi dilakukan dengan metode serial dilution kemudian ditumbuhkan pada media C-NFMM (Cellulose Nitrogen Free Mineral Media) agar. Uji aktivitas selulolitik isolat bakteri menggunakan pewarnaan Congo red 0,1% yang ditandai dengan terbentuknya zona bening. Uji kuantitatif aktivitas selulolitik dilakukan dengan DNS (dinitrosaly-cylic acid). Uji kemampuan pemfiksasi nitrogen menggunakan media N-Free Semisolid Malate dilanjutkan dengan Visocolor Alpha Ammonium Detection Kit. Deteksi aktivitas pelarut fosfat menggunakan media Pikovskaya agar. Hasil isolasi didapatkan 13 isolat kemudian dilakukan screening hingga didapatkan 3 isolat bakteri yang potensial, yaitu isolat SL4, SL5, dan SL7. Aktivitas selulolitik tertinggi adalah isolat SL4 pada jam ke-24 yaitu sebesar 0,05 ± 0,002 U/ml, sedangkan isolat SL7 pada jam ke-72 sebesar 0,05 ± 0,001 U/ml. Uji potensi sebagai agen biofertilizer berdasarkan kemampuan selulolitik, pemfiksasi nitrogen, dan pelarut fosfat didapatkan 3 isolat potensial yaitu SL4, SL5, dan SL7. Kata kunci : biofertilizer, fosfat, nitrogen, selulolitik, tanah
Keanekaragaman Moluska di Pantai Pasir Putih Lampung Selatan Gres Maretta; Nurhaida Widiani Hasan; Nella Indry Septiana
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2019.007.03.1

Abstract

Pantai Pasir Putih is an area with a variety of coastal substrates that store much diversity of Molluscs species. The diversity of Molluscs in the waters of Lampung is still little known, therefore research conducted at Pasir Putih Beach, South Lampung aims to determine the density and diversity of Molluscs, as well as to determine water quality. The sampling method used is line transect combined with the square method. Molluscs were found in 48 individuals from nine families (Cerithiidae, Neritidae, Throchidae, Conidae, Muricidae, Nassaridae, Columbariidae, Columbellidae, Buccinidae, and Mactridae). Based on the calculation of Molluscs density (10.33 Ind/m2; 5 Ind/m2; 0.67 Ind/m2.) The Shannon-Wiener Molluscs index on the Pasir Putih Beach was included in the low category (H value: 0 - 0.152). The results of the analysis of environmental factors show that the waters of the Pasir Putih Beach have not been polluted and are still good enough for Molluscs life.
Variasi Profil Vegetasi Pohon Riparian di Sekitar Mata air dan Saluran Irigasi Tersier di Kabupaten Malang Leni Agustina; Endang Arisoesilaningsih
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 1, No 3 (2013)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menentukan profil vegetasi pohon riparian dan kualitas air di sekitar mata air dan saluran irigasi tersier di Kabupaten Malang (Karangploso, Tajinan, Tumpang, Lawang dan Kepanjen), menentukan hubungan kualitas air dengan vegetasi pohon riparian. Profil vegetasi pohon riparian diamati tingkat kerapatan, indeks Hemeroby dan Naturalness. Kualitas air yang diukur adalah pH dan konduktivitas. Semua data yang diperoleh ditabulasi dan dikompilasi menggunakan Ms. Excel. Vegetasi pohon riparian dianalisis dengan menentukan INP dan indeks diversitas pohon. Kualitas air dianalisis dengan diagram batang. Hubungan kualitas air dengan vegetasi pohon dianalisis dengan korelasi Pearson. Hasil penelitian di mata air dan saluran irigasi menunjukkan diversitas pohon riparian di mata air selalu lebih tinggi daripada salurannya. Indeks diversitas tertinggi di sempadan  mata air Karangploso dan Tumpang. Karangploso memiliki indeks naturalness yang paling tinggi dan indeks hemerobi paling rendah artinya ekosistem masih dalam keadaan lebih alami dibandingkan dengan daerah lainnya. Nilai pH berkisar 6,7-8,6 yang tergolong dalam standart normal. Nilai konduktivitas berkisar 110- 360 μS.cm-1 masuk dalam kelompok baik untuk saluran irigasi. Indeks diversitas berkorelasi positif dengan konduktivitas, kekayaan spesies berkorelasi negatif dengan pH dan berkorelasi positif konduktivitas, kerapatan spesies berkorelasi dengan pH. Profil vegetasi riparian tidak secara langsung berkorelasi dengan kualitas air. Kata kunci :air irigasi tersier, mata air, vegetasi pohon riparian
Evaluasi Kualitas Air Berdasarkan Struktur Komunitas Makroinvertebrata Bentos dan Persepsi Masyarakat tentang Pengelolaan Perairan di Wilayah Rawa Bayu, Songgon, Banyuwangi G I Wahyudi; M H Hidayatullah; N.N R. Putra; Endang Arisoesilaningsih
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kualitas perairan di sekitar Rawa Bayu berdasarkan struktur komunitas makroinvertebrata bentos (MIB),  membuat peta persebaran MIB, menentukan ukuran beberapa MIB dengan INP tertinggi, dan menentukan persepsi masyarakat tentang pemanfaatan dan pengelolaan perairan Rawa Bayu. Pengambilan sampel MIB menggunakan jaring Surber dan hand net pada tiga stasiun (hulu, tengah, hilir) dengan dua sampai tiga kali pengulangan spasial. MIB dengan INP tertinggi pada tiap lokasi dilakukan pengukuran morfometri. Penggalian informasi terkait pemanfaatan dan pengelolaan perairan Rawa Bayu dilakukan berdasarkan wawancara semi terstruktur dengan warga setempat. Kemudian, dilakukan analisis data untuk mendapatkan nilai Indeks nilai penting (INP), kekayaan taksa, H (Indeks Diversitas Shannon-Wiener), dan FBI (Family biotic index). Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan nilai H>2 dan FBI<4.99, semua stasiun masih belum tercemar bahan toksik dan bahan organik. Akan tetapi, stasiun hilir memiliki kualitas air terbaik ditunjukkan oleh kekayaan taksa terbanyak, yakni 28 taksa, dan nilai FBI terendah, yakni 3,8. Terdapat kodominasi di stasiun hulu antara Heptageniidae, Thiaridae, dan Hydropsychidae. Pada stasiun tengah juga terdapat kodominasi, yaitu antara Heptageniidae, Hydropsychidae, dan Hirudinae, sedangkan stasiun hilir didominasi oleh Hydopsychidae. Heptageniidae dewasa pada stasiun hulu berukuran 9,8 mm, sedangkan pada stasiun tengah berukuran 10,4 mm. Pada stasiun hilir Hydropsychidae berukuran 12,8 mm. Air dari sumber di sekitar Rawa Bayu dimanfaatkan warga untuk kebutuhan sehari-hari. Jenis hewan air yang sering dijumpai dan dimanfaatkan warga di Rawa Bayu dan alirannya adalah Oreochromis mossambicus, Puntius binotatus, Corbicula fluminea, Channa striata, Nemacheilus fasciatus, Cyprinus carpio, dan Macrobrachium rosenbergii.
Activity Test of Dexamethasone Therapy to Humoral Immunity in Balb/c Mice with Biliary Atresia Churi Wardah; Muhaimin Rifa&#039;i
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 2, No 3 (2014)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

The prevalence of biliary atresia is 1:5.000-8.000 of live births. Kasai portoenterostomy is a reliable treatment, but liver damage continues. Dexamethasone (corticosteroid) evolved into a commonly used therapy and is believed to improve clinical outcomes in biliary atresia. The objective of this study was to determine the effect of dexamethasone on the absolute number of IgA, IgD, IgE, IgG, and IgM in mice Balb/c model of biliary atresia. Murine model of biliary atresia obtained by injection of 20 μL of PBS containing 106 pfu Rhesus rotavirus (RRV) at <24 hours of mice age. Injection of dexamethasone with dose of 0.5 mg/kg body weight was done on day 7 to day 14, and day 14 to day 21 after virus injection. Spleen taken for analysis of flow cytometry. Data were tested with Kruskal-Wallis test, then follow up the Man-Whitney test to assess   the difference with SPSS 16.0 for Windows. Here, we show significant difference of immunoglobulin molecule in both termination (p<0.05). Subcutaneously injection of RRV (Rhesus Rotavirus) in Balb/c mice in the of aged <24 hours is capable to stimulate the production of immunoglobulin, especially at the termination of the third week. This can be evidenced by an increase in IgD, IgA, IgD, and IgG. Dexamethasone is glucocorticoid that plays role as immunosuppressant with ability in decreasing IgD, IgM, IgD, and IgG levels in both termination. Furthermore we showed that dexamethasone was capable of stimulating the production of IgA in third week. Keywords : Balb/c baby mice, Biliary atresia, Corticosteroid, Dexamethasone, Rhesus Rotavirus
Keterkaitan Aktivitas Manusia dengan Kualitas Ekosistem Perairan Pantai di Kepulauan Spermonde, Makasar, Sulawesi Selatan Catur Retnaningdyah; Luchman Hakim; Arina Mana Sikana; Rispah Hamzah
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2019.007.03.6

Abstract

Kepulauan Spermonde, Makassar Sulawesi Selatan terdiri dari ratusan pulau kecil dengan karakteristik yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis hubungan antara kondisi lingkungan dan aktivitas manusia di pulau  dengan kualitas ekosistem perairan pantai berdasarkan parameter fisikokimia air serta keragaman biodiversitas khususnya makroalga dan echinodermata. Penelitian ex post facto ini dilakukan di Pulau Barrangcaddi, Badi, Barang Lompo, Bonebatang dan pulau Kodingarengkeke. Pemantauan kondisi lingkungan menggunakan indeks Naturalness sedangkan aktivitas manusia menggunakan indeks Hemeroby. Pengambilan sampel air, makroalga, dan echinodermata di setiap pulau dilakukan di 2 hingga 3 stasiun dengan membuat tiga (3) transek sabuk. Hasil analisis pemodelan struktural menggunakan PLS menunjukkan bahwa aktivitas manusia yang ada di Kepulauan Spermonde  telah berdampak pada pencemaran bahan organik dengan kadar BOD berkisar 25,39-29,81 mg/L.  Pencemaran ini selanjutnya telah memicu terjadinya eutrofikasi tercermin dari kadar nitrat yang telah melebih baku mutu untuk biota perairan (0,05-0,168 mg/L).  Eutrofikasi yang terjadi telah meningkatkan diversitas makroalga dan selanjutnya menurunkan diversitas Echinodermata. Berdasarkan nilai indeks diversitas Makroalga, perairan pantai di sekitar lima pulau yang diamati termasuk dalam kategori tercemar ringan sampai sedang (1.17-2.42), dan berdasarkan indeks diversitas Echinodermata sudah termasuk kategori tercemar berat (0,36-0,88). Sedangkan parameter kualitas air lain terutama pH, suhu, salinitas, kekeruhan, TP, H2S, minyak dan lemak, dan Pb telah memenuhi standar kualitas air untuk kebutuhan biota perairan berdasarkan Keputusan Menteri Lingkungan Hidup No. 51/2004.
DETEKSI AKTIVITAS PROTEOLITIK ISOLAT BAKTERI ASAL AMPAS TAHU PADA SUBSTRAT BEKATUL Baital Izzatul Badriyah; Tri Ardyati
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 1, No 3 (2013)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAK Ampas tahu mengandung protein sebesar 23,7 % dan kemungkinan terdapat bakteri proteolitik. Bakteri proteolitik dapat meningkatkan efisiensi penggunaan pakan ternak. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat bakteri proteolitik asal ampas tahu dan mempelajari aktivitas protease yang dihasilkan pada substrat bekatul. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan tiga ulangan. Tahapan penelitian meliputi isolasi bakteri proteolitik dari ampas tahu, pengujian aktivitas bakteri proteolitik pada media calcium casseinate agar (CCA), karakterisasi bakteri, uji patogenisitas, pembuatan kurva pertumbuhan dan pengujian aktivitas proteolitik bakteri pada media bekatul 2 %. Data luas zona bening pada media CCA dianalisis ragam (Anova) dan dilanjutkan dengan uji Tukey, sedangkan aktivitas protease isolat bakteri pada media bekatul 2 % dianalisis dengan uji Independent Sample T (α = 0,05). Sepuluh isolat bakteri proteolitik diperoleh dari ampas tahu dengan isolat TP5K1 dan TP6K5 memiliki aktivitas proteolitik (zona bening) terbesar serta tidak patogen. Aktivitas protease tertinggi pada media bekatul 2 % untuk isolat TP5K1 sebesar 2,24 Unit/mL dengan jumlah sel bakteri 5,13 x 107 sel/mL, sedangkan isolat TP6K5 sebesar 2,37 Unit/mL dengan jumlah sel bakteri 5,26 x 107 sel/mL. Kata kunci: aktivitas protease, ampas tahu, bakteri, bekatul
Variasi Kualitas Perairan dan Persepsi Masyarakat terhadap Pengelolaannya di Wana Wisata Rawa Bayu, Kabupaten Banyuwangi Aksita Ayunareswara; Retno Dewi Khinanty; Silvy Armydiyanti Pradana; Endang Arisoesilaningsih
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 4, No 3 (2016)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Air merupakan sumber daya yang tidak bisa lepas dari makhluk hidup, sehingga ekosistem perairan perlu dilestarikan. Pelestarian meliputi tumbuhan riparian, sempadan, badan dan kualitas air, termasuk pemanfaatannya oleh masyarakat. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan variasi kualitas beberapa sumber air dan salurannya di Rawa Bayu berdasarkan sifat fisika-kimia dan tumbuhan riparian, menggambarkan peta kualitas air (berdasarkan fisika-kimia dan tumbuhan riparian) dan peta penggunaan air di perairan Rawa Bayu, mendeskripsikan tumbuhan riparian dominan di perairan Rawa Bayu, dan menggali persepsi masyarakat terhadap pemanfaatan dan pengelolaan perairan Rawa Bayu. Metode yang digunakan adalah: pengukuran sifat fisika-kimia dan pengamatan tumbuhan riparian pada tujuh stasiun, yaitu Sumber Taman Kaputren, Sumber Dewi Gangga, Sumber Kamulyan, Telaga Rawa Bayu, sungai outlet  Telaga Rawa Bayu, dan sungai di pemukiman serta kamar mandi. Tumbuhan riparian yang dominan kemudian dideskripsikan dan dilakukan pengukuran morfometri. Survei sosial terkait persepsi masyarakat dilakukan melalui wawancara terhadap pengelola, warga, dan pengunjung terhadap pengelolaan kualitas air. Hasil penelitian menunjukkan bahwa air Telaga Rawa Bayu memenuhi standar kualitas air minum berdasarkan nilai DO, pH, temperatur, konduktivitas, dan turbiditas. Air Sumber Taman Kaputren, Sumber Dewi Gangga, sungai outlet Telaga Rawa Bayu, dan sungai di pemukiman tidak memenuhi standar kualitas air minum pada nilai DO. Air Sumber Kamulyan tidak memenuhi standar kualitas pH dan DO, sedangkan air kamar mandi pada turbiditas dan DO. Sumber Taman Kaputren, Sumber Dewi Gangga, Sumber Kamulyan, dan Telaga Rawa Bayu cenderung memiliki kualitas vegetasi riparian QBR yang lebih rendah dibandingkan sungai outlet Telaga Rawa Bayu dan sungai di pemukiman. Tumbuhan riparian dengan INP tertinggi pada kategori perdu adalah bambu Gigantochloa sp. dan kecubung Brugmansia candida, kategori ground cover adalah paku Athyrium sp. dan tanaman hias eksotik Dieffenbachia seguine. Masyarakat mengetahui tentang adanya peraturan pengelolaan dan pemanfaatan air, ikut menjaga adanya tumbuhan riparian di pinggir sungai, namun masih ada yang membuang sampah ke dekat badan air.