Murdaningsih H. Karmana
Unknown Affiliation

Published : 7 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 7 Documents
Search

Deteksi Transgen (Glu-1Dx5) pada Populasi Padi (Oryza sativa L.) Putative Transgenik Kultivar Fatmawati Nono Carsono; Sri Nurlianti; Inez Nur Indrayani; Ade Ismail; Tri Joko Santoso; Murdaningsih H. Karmana
Agrikultura Vol 21, No 1 (2010): April, 2010
Publisher : Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (888.146 KB) | DOI: 10.24198/agrikultura.v21i1.985

Abstract

Transformasi gen Glu-1Dx5, pengendali utama karakter elastisitas dan daya mengembang adonan dari gandum, telah berhasil ditransfer ke dalam genom tanaman padi kultivar Fatmawati dengan menggunakan penembakan partikel, dengan tujuan untuk memperbaiki kualitas adonan tepung beras. Galur-galur harapan telah diperoleh, tetapi karena telah mengalami penyerbukan sendiri selama 1-2 generasi yang menyebabkan transgen mengalami segregasi, maka diperlukan upaya pendeteksian transgen pada populasi putative transgenik ini. Upaya ini dapat dilakukan, antara lain dengan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) yang memungkinkan perbanyakan fragmen DNA yang spesifik (gen) secara cepat dalam jumlah banyak.  Percobaan ini bertujuan untuk mendapatkan tanaman padi transgenik yang memiliki gen Glu-1Dx5 pada dua generasi yang sedang bersegregasi. DNA genom dari 149 tanaman padi (generasi T1 sebanyak 14 tanaman, generasi T2 sebanyak 134 tanaman, dan satu tanaman non-transgenik) telah diekstraksi menggunakan Genomic DNA Purification Kit dari Fermentas. Plasmid pK+Dx5 digunakan sebagai positif kontrol, selain itu digunakan juga enzim Taq DNA polymerase dari Go Green Taq® Master Mix (Promega) dan 2 primer spesifik yang mengamplifikasi coding region dari Glu-1Dx5 (2,5 kb). Hasil percobaan menunjukkan, tanaman padi yang memiliki gen Glu-1Dx5 pada generasi T2-7 sebanyak 26 tanaman, T2-11 : 12 tanaman, T2-12 : 3 tanaman, T2-40 : 3 tanaman dan T2-45 : 5 tanaman. Seluruh tanaman generasi T1 tidak memiliki insert. Hasil ini menunjukkan bahwa gen Glu-1Dx5 sudah terintegrasi ke dalam genom tanaman padi kultivar Fatmawati dan diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Variabilitas Fenotipik dan Kekerabatan Genetik Spesies Gambir Liar Murdaningsih H. Karmana; Hamda Fauza; , Jamsari; Azmi Dhalimi; Ahmad Denian; Istino Ferita; , Nurainas
Zuriat Vol 20, No 2 (2009)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v20i2.6632

Abstract

Pada tanaman gambir, belum didapatkan informasi yang lengkap dan akurat tentang keberadaan plasma nutfah yang merupakan sumber materi genetik untuk pemuliaan. Informasi mengenai tingkat variabilitas genetik serta hubungan kekerabatan di antara populasi gambir liar sangat diperlukan oleh pemulia tanaman untuk mengidentifikasi calon tetua yang potensial. Untuk mengetahui variabilitas fenotipik dilakukan pengamatan terhadap karakter morfologi dan agronomi gambir liar serta diestimasi variabilitas genetiknya menggunakan analisis RAPD. Bahan tanaman yang digunakan untuk penentuan variabilitas genetik adalah tujuh spesies gambir liar yang merupakan sebagian dari ekplorasi dan yang memiliki sampel lebih dari 10 aksesi. Pengamatan dilakukan pada 111 aksesi terhadap 12 karakter fenotipik. Hubungan kekerabatan antar spesies diketahui melalui analisis klaster berdasarkan teknik RAPD terhadap 28 aksesi, tiga aksesi untuk setiap spesies yang jumlah aksesinya sama atau lebih dari tiga atau sesuai dengan jumlah aksesi yang ada pada setiapspesies tersebut. Hasil pengamatan terhadap karakter fenotipik spesies gambir liar pada beberapa lkasi di Sumatera Barat, menunjukkan variabilitas fenotipik yang luas pada beberapa karakter yang diamati. Analisis klaster berdasarkan karakter fenotipik antar spesies memperlihatkan antar spesies memiliki jarak taksonomi yang bervariasi. Hasil amplifikasi DNA dengan teknik RAPD memperlihatkan profil pita DNA yang berbeda di antara spesies gambir liar. Analisis kekerabatan berdasarkan profil pita DNA menunjukkan terdapat jarak genetik yang bervariasi di antara spesies gambir liar, yang berarti spesies gambir liar memiliki variabilitas genetik yang luas. Namun, tidak terdapat korelasi yang erat antara pengamatan data fenotipik dengan data genetik (profil pita DNA).
Variabilitas Genetik Tanaman Gambir Berdasarkan Marka RAPD Hamda Fauza; Istino Ferita; Murdaningsih H. Karmana; Neni Rostini; Ridwan Setiamihardja
Zuriat Vol 18, No 2 (2007)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v18i2.6696

Abstract

Budidaya gambir selama ini belum menggunakan varietas unggul. Permasalahan utama dalam mendapatkan varietas unggul gambir melalui program pemuliaan tanaman adalah belum diketahui bagaimana variabilitas genetik tanaman gambir. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui variabilitas genetik gambir berdasarkan profil pita DNA menggunakan teknik RAPD (Random Amplified Polymorphysm DNA). Hasil penelitian diharapkan akan dapat digunakan sebagai informasi dasar dalam program pemuliaan tanaman gambir ke depan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat perbedaan secara genetik, baik antar tipe tanaman gambir maupun dalam tipe yang sama. Disarankan untuk melakukan penelitian lebih lanjut dengan sampel yang lebih besar yang berasal dari berbagai lokasi dan menggunakan lebih banyak primer dalam analisis RAPD.
Variabilitas Genetik Manggis Hasil Iradiasi Sinar Gamma Melalui Analisis RAPD Hamda Fauza; Murdaningsih H. Karmana; Neni Rostini; Ika Mariska
Zuriat Vol 14, No 2 (2003)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v14i2.6802

Abstract

Penelitian bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik tanaman manggis generasi M1 berdasarkan pola pita RAPD sebagai respon terhadap beberapa dosis irradiasi sinar gamma. Dosis iradiasi sinar gamma yang digunakan adalah 0 krad, 1 krad, 2 krad, dan 3 krad. Sumber bahan tanaman yang akan diiradiasi berasal dari biji buah manggis yang berasal dari satu tanaman. Hasil penelitian menunjukkan terdapat perbedaan variabilitas genetik di antara individu tanaman baik antar perlakuan maupun di dalam perlakuan. Perlakuan dengan dosis 1 krad memperlihatkan variabilitas genetik yang lebih luas disbanding perlakuan lain. Untuk mendapatkan variabilitas genetik yang luas disarankan menggunakan dosis iradiasi sinar gamma sebesar 1 krad.
PERTUMBUHAN DAN VARIABILITAS FENOTIPIK MANGGIS HASIL IRADIASI SINAR GAMMA Hamda Fauza; Murdaningsih H. Karmana; Neni Rostini; Ika Mariska
Zuriat Vol 16, No 2 (2005)
Publisher : Breeding Science Society of Indonesia (BSSI) / PERIPI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/zuriat.v16i2.6770

Abstract

Manggis (Garcinia mangostana L.) merupakan salah satu komoditas hortikultura buah-buahan tropik Indonesia, yang bernilai ekonomi tinggi. Manggis termasuk tanaman yang mengalami reproduksi secara apomiksis, sehingga variabilitasnya sempit. Mendapatkan jenis baru menggunakan metode pemuliaan tanaman konvensional dibatasi oleh sempitnya variabilitas genetik yang ada. Salah satu upaya yang dapat dilakukan untuk meningkatkan variabilitas genetik adalah melalui mutasi. Mutasi dapat dilakukan melalui induksi mutagen fisik, salah satunya dengan iradiasi sinar gamma. Penelitian bertujuan untuk mengetahui pertumbuhan dan variabilitas fenotipik tanaman manggis generasi M1 sebagai respon terhadap beberapa dosis  iradiasi sinar gamma. Dosis iradiasi sinar gamma yang digunakan adalah 0 krad (A), 1 krad (B), 2 krad (C), dan 3 krad (D). Percobaan di lapangan ditata dalam rancangan acak kelompok (RAK). Sumber bahan tanaman yang akan diiradiasi berasal dari biji buah manggis yang berasal dari satu tanaman. Hasil penelitian menunjukkan terdapat perbedaan variabilitas fenotipik di antara individu tanaman, baik antar perlakuan maupun di dalam perlakuan. Iradiasi sinar gamma dengan dosis 1 krad memperlihatkan pengaruh yang paling baik pada pertumbuhan tanaman di lapangan. Disarankan untuk melanjutkan penelitian ini ke tahap selanjutnya dalam melihat variabilitas genetik tanaman manggis dengan menggunakan marka DNA.
Analisis genotip normal dan abnormal pada klon kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dengan Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Analysis normal and abnormal genotypes of oil palm clones (Elaeis guineensis Jacq.) by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Nurita TORUAN-MATHIUS; . ENDANG-YUNIASTUTI; Ridwan SETIAMIHARJA; Murdaningsih H. KARMANA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 1: Juni 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1218.086 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i1.159

Abstract

SummaryTissue culture-derived plants of oil palmmay develop abnormal flowers in whichprimordial stamens are converted into carpel-liketissue or mantled fruits, and sterile male flowers.This abnormality can be heritable, individualpalm may show variation in mantling andreversion to the normal phenotype over time hasbeen observed. The aim of these experiments wasto analyze the differences between normal andabnormal genotypes by DNA-AFLP. DNA wasisolated from young fruits of three clones,MK152, MK209, and MK 212 each of themconsisted of normal fruits, abnormal fruits andsterile male flowers. The research consisted of (i)selection of AFLP primer which can producepolymorphic bands, (ii) genetic similaritiesanalysis, UPGMA, principal component analysisand specific DNA bands between normal orabnormal genotypes. For primers selection, 20AFLP primers with DNA from MK 152 normaland abnormal genotypes were used. The selectedprimers were then used to amplify DNA of ninegenotypes. The results show that 10 primer com-binations EcoRI/MseI produced polymorphicbands. Each primer from 10 primer producedonly one or two DNA bands indicates that thedifferences between normal and abnormalgenotypes in the same clone. However, nopolymorphism was consistently found betweennormal and abnormal clones in all the sets.Genetic similarity analysis shows that betweengenotype had high genetic similarities, around92-99%. The results of UPGMA found thedifferent clustering between normal fruit,abnormal male and abnormal fruits. The resultsshow same as clustering based on first, secondand third component. This suggest that, whilstAFLP method is an effective way of detectingvariation in tissue culture-derived plants,different approaches are required to identify thecasual basis of the mantled fruit abnormality.RingkasanTanaman kelapa sawit yang dihasilkan darikultur jaringan, umumnya dalam perkembangan-nya akan memiliki organ reproduktif yangabnormal. Abnormalitas berupa primordialstamen berkembang menjadi bentuk jaringanseperti karpel, buah mantel, atau bunga jantanmandul. Penelitian ini bertujuan untukmendapatkan pembeda DNA-AFLP antaragenotip normal dan abnormal pada klon-klonkelapa sawit. DNA diisolasi dari buah muda klonMK 152, MK 209, dan MK 212 yang masing-masing terdiri atas genotip normal, berbuahabnormal, dan berbunga jantan steril. Percobaanmencakup (i) seleksi primer AFLP yang mampumenghasilkan pita yang polimorfis, (ii) analisiskemiripan genetik, UPGMA, komponen utamadan pita pembeda antar genotip normal danabnormal. Seleksi primer dilakukan terhadap 20primer AFLP menggunakan DNA dari genotipMK 152 yang normal dan abnormal. Selanjutnyaprimer terpilih digunakan untuk mengamplifikasiDNA dari kesembilan genotip yang diuji. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa 10 kombi-nasi primer EcoRI/MseI mampu menghasilkanpita yang polimorfis. Dari 10 primer yang diuji,masing-masing hanya menghasilkan satu ataudua pita DNA yang mampu membedakan genotipnormal dan abnormal dalam klon yang sama.Namun, tidak ada pita DNA spesifik yangmampu membedakan genotip normal denganabnormal untuk seluruh klon yang diuji. Analisiskemiripan genetik menunjukkan bahwa antargenotip memiliki kemiripan genetik yang sangattinggi, yaitu 92-99%. Dari hasil UPGMAdiperoleh pengelompokan yang terpisah antargenotip normal, abnormal jantan dan buahabnormal. Hasil tersebut didukung olehpengelompokan berdasarkan komponen utamasatu, dua dan tiga. Dapat disimpulkan bahwa,teknik AFLP tidak efektif untuk mendeteksipembeda antar genotip tanaman yang diperolehdari kultur jaringan, pendekatan lainnyadiperlukan untuk mengidentifikasi abnormalitas.
Analisis genotip normal dan abnormal pada klon kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dengan Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Analysis normal and abnormal genotypes of oil palm clones (Elaeis guineensis Jacq.) by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Nurita TORUAN-MATHIUS; . ENDANG-YUNIASTUTI; Ridwan SETIAMIHARJA; Murdaningsih H. KARMANA
Menara Perkebunan Vol. 73 No. 1: 73 (1), 2005
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i1.159

Abstract

SummaryTissue culture-derived plants of oil palmmay develop abnormal flowers in whichprimordial stamens are converted into carpel-liketissue or mantled fruits, and sterile male flowers.This abnormality can be heritable, individualpalm may show variation in mantling andreversion to the normal phenotype over time hasbeen observed. The aim of these experiments wasto analyze the differences between normal andabnormal genotypes by DNA-AFLP. DNA wasisolated from young fruits of three clones,MK152, MK209, and MK 212 each of themconsisted of normal fruits, abnormal fruits andsterile male flowers. The research consisted of (i)selection of AFLP primer which can producepolymorphic bands, (ii) genetic similaritiesanalysis, UPGMA, principal component analysisand specific DNA bands between normal orabnormal genotypes. For primers selection, 20AFLP primers with DNA from MK 152 normaland abnormal genotypes were used. The selectedprimers were then used to amplify DNA of ninegenotypes. The results show that 10 primer com-binations EcoRI/MseI produced polymorphicbands. Each primer from 10 primer producedonly one or two DNA bands indicates that thedifferences between normal and abnormalgenotypes in the same clone. However, nopolymorphism was consistently found betweennormal and abnormal clones in all the sets.Genetic similarity analysis shows that betweengenotype had high genetic similarities, around92-99%. The results of UPGMA found thedifferent clustering between normal fruit,abnormal male and abnormal fruits. The resultsshow same as clustering based on first, secondand third component. This suggest that, whilstAFLP method is an effective way of detectingvariation in tissue culture-derived plants,different approaches are required to identify thecasual basis of the mantled fruit abnormality.RingkasanTanaman kelapa sawit yang dihasilkan darikultur jaringan, umumnya dalam perkembangan-nya akan memiliki organ reproduktif yangabnormal. Abnormalitas berupa primordialstamen berkembang menjadi bentuk jaringanseperti karpel, buah mantel, atau bunga jantanmandul. Penelitian ini bertujuan untukmendapatkan pembeda DNA-AFLP antaragenotip normal dan abnormal pada klon-klonkelapa sawit. DNA diisolasi dari buah muda klonMK 152, MK 209, dan MK 212 yang masing-masing terdiri atas genotip normal, berbuahabnormal, dan berbunga jantan steril. Percobaanmencakup (i) seleksi primer AFLP yang mampumenghasilkan pita yang polimorfis, (ii) analisiskemiripan genetik, UPGMA, komponen utamadan pita pembeda antar genotip normal danabnormal. Seleksi primer dilakukan terhadap 20primer AFLP menggunakan DNA dari genotipMK 152 yang normal dan abnormal. Selanjutnyaprimer terpilih digunakan untuk mengamplifikasiDNA dari kesembilan genotip yang diuji. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa 10 kombi-nasi primer EcoRI/MseI mampu menghasilkanpita yang polimorfis. Dari 10 primer yang diuji,masing-masing hanya menghasilkan satu ataudua pita DNA yang mampu membedakan genotipnormal dan abnormal dalam klon yang sama.Namun, tidak ada pita DNA spesifik yangmampu membedakan genotip normal denganabnormal untuk seluruh klon yang diuji. Analisiskemiripan genetik menunjukkan bahwa antargenotip memiliki kemiripan genetik yang sangattinggi, yaitu 92-99%. Dari hasil UPGMAdiperoleh pengelompokan yang terpisah antargenotip normal, abnormal jantan dan buahabnormal. Hasil tersebut didukung olehpengelompokan berdasarkan komponen utamasatu, dua dan tiga. Dapat disimpulkan bahwa,teknik AFLP tidak efektif untuk mendeteksipembeda antar genotip tanaman yang diperolehdari kultur jaringan, pendekatan lainnyadiperlukan untuk mengidentifikasi abnormalitas.