Garuda - Garba Rujukan Digital

Pengaruh elisitasi terhadap pertumbuhan dan produksi alkaloida kinolin dari akar rambut tanaman kina (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Effect of elicitation on growth and alkaloid quinoline production in hairy root of cinchona plant (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Nurita TORUAN-MATHIUS; . NURHAIMI-HARIS; Joko SANTOSO; . ADE-HERI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 1: Juni 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Manipulation to increase alkaloid producti-vity in hairy root can be done by elicitation with the addition of certain enzymes. The objective of this research is to find out the effect of elicitation by cellulase and pectyoliase enzymes on the productivity of Cinchona succirubra hairy root culture. Hairy root was cultured on ½ MS macro nutrient with the addition of 40 g/L sucrose and 7 g/L agar. Elicitation was done by the addition of cellulase and pectiolyase at the concentrations of 0; 0.05; 0.10; 0.50; 1.00; 3.00; 5.00; 10.00; 15.00; 20.00 and 25.00 mg/L, respectively.The effect of elicitation was analyzed by fresh weight of hairy root, and alkaloid content in four-month-old culture.The result showed that the best growth was obtained by the addition of 15 mg/L cellulase, with fresh weight as much as 920 mg. The addition of 10 mg/L pectyoliase increased hairy root fresh weight as much as 880 mg. The highest quinoline alkaloid production was obtained by the addition of 25 mg/L celluase (Quinine 580, quinidine 492, cinchonine 234, dihydroxyn-chonine 195 and cinchonidine 165 µg/g fresh weight) and 1 mg/L pectyoliase (Quinine 2363, quinidine 238, cinchonine 104, dihydroxyn-chonidine 138 and cinchonidine 1558 µg/g fresh weight).Ringkasan Manipulasi untuk meningkatkan produk-tivitas akar rambut dapat dilakukan di antaranya dengan elisitasi melalui penambahan enzim tertentu ke dalam medium. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pengaruh elisitasi dengan penambahan selulase dan pektioliase terhadap produktivitas akar rambut tanaman Cinchona succirubra. Akar rambut tanaman Cinchona succirubradikulturkan dalam medium MS ½ hara makro dengan penambahan sukrose 40 g/L dan agar 7 g/L. Elisitasi dilakukan dengan penambahan selulase dan pektioliase masing-masing pada konsentrasi 0; 0,05; 0,10; 0,50; 1,00; 3,00; 5,00; 10,00; 15,00; 20,00 dan 25,00 mg/L. Peubah yang diukur adalah bobot basah akar rambut dan kandungan alkaloida kinolin pada kultur berumur empat bulan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pertumbuh-an terbaik terjadi pada penambahan konsentrasi selulase 15 mg/L dengan bobot basah 920 mg dan pektioliase 10 mg/L dengan bobot basah 880 mg. Produksi alkaloida kinolin tertinggi diperoleh pada konsentrasi selulase 25 mg/L (kinin 580, kinidin 492, sinkonin 234, dihidrok-sinkonin 195 dan sinkonidin 165 µg/g bobot basah) dan pektioliase 1 mg/L (kinin 2363, kinidin 238, sinkonin 104, dihidroksinkonin 138 dan sinkonidin 1558 µg/g bobot basah).

Analisis abnormalitas tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) hasil kultur jaringan dengan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis abnormalities of oil palm (Elaeis guineensis Jacq) from tissue culture by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD Nurita TORUAN-MATHIUS; Saro Ina Ita BANGUN; . MARIA-BINTANG
E-Journal Menara Perkebunan Vol 69, No 2: Desember 2001
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryProblem in oil palm propagation throughtissue culture is the abnormality of reproductiveorgans i.e. female flowers and mantle fruits are inthe same plants or clones. Various abnormalitiesobtained between clones, and could only beidentified after fruit formation. The experimentwas conducted to analyze genetic similarities ofnormal and abnormal genotypes in the same andamong clones, and also to get a specific RAPDband as a marker for abnormalities. Six clones ofoil palm (16 genotypes) of 5-year old MK152,MK203, MK209 and MK212 with normal fruits,female flowers, and abnormal fruits (heavymantled), grown in the field, while two otherclones were MK 104 and MK 176 with normalfruits and heavy mantled. PCR reaction toamplify DNA of 16 genotypes using 15 randomprimers. Genetic similarities and dendogramwere done by NTSYS-pc, while honestly value ofUPGMA analyzed by boostrap with WinBootprogram. The results showed that OPC-07,OPC-09, OPW-19 and SC10-19 were able todetermine the differences of normal andabnormal genotypes in the same clone of sixclones tested. While other primers were onlyable to differentiate between normal andabnormal genotypes only in several clones.Genetic similarities among 16 genotypes testedwere around 0.47-0.96. Genetic similaritiesbetween normal genotype were higher than thatof among abnormal genotypes. MK176 clonewas more stable in culture as compare to otherclones. UPGMA showed that in generaly normalgenotypes and abnormal one, in the sameclones belongs to the same group. The results ofprincipalcomponent analysis showed that from 15primers tested no specific DNA band could beused as a marker for abnormalities. To obtainehave DNA markers, a more sensitive techniquefor DNA analysis is needed.RingkasanMasalah yang dihadapi dalam perbanyakantanaman kelapa sawit dengan teknik kulturjaringan adalah abnormalitas organ reproduktifyaitu terbentuknya bunga jantan dan buah manteldalam klon yang sama. Terjadinya abnormalitassangat beragam, dan teridentifikasi setelahtanaman berbuah. Penelitian ini bertujuan untukmengetahui kesamaan genetik serta penge-lompokan antar genotipe normal dan abnormaldalam klon yang sama maupun antar klon, sertamenetapkan pita DNA penciri untuk abnormalitasdengan RAPD. Enam klon kelapa sawit(16 genotipe) berumur 5 tahun yaitu MK152,MK203, MK209, dan MK212 masing-masingdengan genotipe berbuah normal, berbungajantan, dan berbuah abnormal (mantel berat). Duaklon lainnya yaitu MK104 dan MK176 masing-masing terdiri dari genotipe berbuah normal danmantel berat. Reaksi PCR untuk mengamplifikasiDNA contoh dilakukan menggunakan 15 primeracak. Kesamaan genetik dan pembuatanfenogram dilakukan dengan programNTSYS-pc. Sedang tingkat kepercayaanUPGMA ditetapkan dengan analisisbootstrap menggunakan program WinBoot.Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwaprimer OPC-09, SC10-19, OPC-07 danOPW-19 mampu membedakan genotipenormal dan abnormal dalam klon yang samauntuk keenam kon yang diuji. Sedang primerlainnya hanya mampu menunjukkanperbedaan antar genotipe normal danabnormal dalam beberapa klon saja.Kesamaan genetik antar 16 genotipe yangdiuji berkisar antara 0,47-0,96. Kesamaangenetik antar genotipe normal lebih tinggidibandingkan dengan kesamaan genetikantar genotipe abnormal. Klon MK176lebih stabil dalam kultur dibandingkandengan klon lainnya. UPGMA menunjukkanbahwa umumnya genotipe normal danabnormal dalam klon yang sama beradadalam satu grup. Hasil analisis komponenutama menunjukkan bahwa dari 15 primeryang diuji belum mampu menghasilkan pitaDNA penciri untuk abnormalitas. Untukmendapatkan pita DNA penciri, perludilakukan analisis DNA dengan teknik yanglebih sensitif untuk mendeteksi perubahansatu basa oligonukleotida

Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis Jacq hasil kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified Fingerprint (RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Analysis DNA genom methylation of Elaeis guineensis Jacq from tissue culture by Randomly Amplified Fingerprint DNA (RAF) and Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Nurita TORUAN-MATHIUS; Nesti F SIANIPAR; G A WATTIMENA; Hajrial ASWIDINNOOR; Maggy THENAWIDJAYA-SUHARTONO; Gale GINTING
E-Journal Menara Perkebunan Vol 76, No 2: Desember 2008
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Embryo somatic (ES) abnormalities of oil palm were probably caused by numbers and location of DNA genom cytosin methylation. Quantity of methylation could be determined by Reverse phase HPLC (RP-HPLC) techniques, while location of DNA cytosin methylation was detected by Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA) technique. The objective of this research was to determine numbers and pattern of DNA cytosin methylation of normal or abnormal ES and normal ortet as a standard. DNA genomic of samples were cut by HpaII and MspI enzymes at CCGG site, and amplified by RAF. HpaII cut at mCCGG sequences, but if second C were methylated the sequences can not be cut by HpaII.While Msp1 will cut if internal of cytosine was methylated (CmCGG). The results showed that AB16, AE11, AO12 and AP12 primers could detect the changes of methylation site on normal ortet and abnormal ES cotyledone. RP-HPLC analyses showed that DNA cytosin methylation content between ES globular and ES cotyledone, both normal and abnormal and also normal plantlet and ortet were unsignificantly different. DNA methyl content was around 0.25 – 2.72 %. Internal and fully methylation was found on 124 – 457 bp. Abnormal ES of MK638 clone showed the hipomethylation pattern. It was concluded that methylation cytosine content was very low and it seems that DNA methylation undirectly affects on process of morphology abnormalities. Abnormalities of ES globular and cotyledone might be caused by the change of DNA genom sequences. Abstrak Abnormalitas pada embrio somatik (ES) tanaman kelapa sawit diduga disebabkan oleh kandungan serta lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom. Kandungan metilasi dapat ditetapkan dengan teknik Reverse Phase HPLC (RP-HPLC), sedang lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom ES dapat dideteksi dengan teknik Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA). Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pola metilasi sitosin DNA genom ES kotiledon normal dan abnormal, sebagai pembanding adalah ortet yang normal. DNA genom contoh dipotong dengan enzim HpaII dan MspI yang mengenali situs CCGG, selanjutnya diamplifikasi dengan RAF. Enzim HpaII memotong sekuen mCCGG tetapi jika C kedua mengalami metilasi sekuen tersebut tidak terpotong. Msp1 akan memotong apabila sitosin internal termetilasi (CmCGG). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa terjadi perubahan situs metilasi antara ortet normal dan ES kotiledon abnormal. Perubahan situs metilasi sitosin dapat dibedakan dengan primer RAF, yaitu AB16, AE11, AO12 dan AP12. Hasil analisis RP-HPLC menunjukkan bahwa perbedaan kandungan metilasi sitosin DNA ES globular maupun kotiledon masing-masing antara yang normal dan abnormal, serta antara planlet dan ortet normal sangat kecil. Kandungan metil sitosin berkisar antara 0,25 – 2,72 %. Tampak bahwa pada 124 - 457 pb terjadi metilasi internal, eksternal maupun metilasi penuh. Pada ES abnormal klon MK638 menunjukkan terjadi hipometilasi sitosin. Perbedaan kandungan metilasi sitosin yang sangat kecil diduga tidak berpengaruh langsung terhadap proses abnormalitas. Abnormalitas yang terjadi pada ES globular dan kotiledon kemungkinan akibat terjadinya perubahan sekuens DNA genom.

Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 2: Desember 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.

Kompatibilitas sambung mikro Cinchona ledgeriana dengan C. succirubra berdasarkan anatomi dan elektroforesis SDS- PAGE protein daerah pertautan Compatibility of micrografting Chincona ledgeriana and C. succirubra based on anatomy and SDS-PAGE protein electrophoresis of union area Nurita TORUAN-MATHIUS; . LUKMAN; . AGUS - PURWITO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 75, No 2: Desember 2007
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryRootstocks and scions interaction causesdifferent responses within individuals of scionfrom the same clone. The objectives of thisresearch were to determine compatible anduncompatible combinations of micrograftingbetween Cinchona succirubra A, andC. succirubra B with C. ledgeriana QRC205and Cib5 clones, based on anatomy structureand SDS-PAGE protein bands pattern ofstem at union area between rootstock andscion. The research was arranged in aCompletely Randomized Design, withrootstock/scion combinations CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 and as acontrols were the combination of CSA/CSA,CSB/CSB, QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, succiand ledger seedlings with the same age. Effectof rootstocks on scion was studied based onanatomy structure of the union area betweenrootsocks and scions and SDS-PAGE proteinbands pattern. The results showed that theunion of stem between rootstocks and scionwas initiated by callus formation, cellsdifferentiation and the vascular vesselsformation. The anatomy of stem union area ofCSA/QRC205 as a compatible combination ofrootsotck and scion was the same asunmicrografted plantlet. At uncompatiblecombination CSB/Cib5 showed the formationof stone cells as a line along stem cyrcle atunion area and heavely callus formation atoutside of rootstock and scion stems. SDS-PAGE protein bands pattern from thecompatible combination was the same asplanlet control. On the otherhand, from theuncompatible combinations CSB/Cib5 werefound protein degradation and the formation ofnew proteins with molecular weight 21 and 30kD.RingkasanInteraksi batang bawah dengan batangatas menimbulkan berbagai keragaman responsantar individu batang atas dari klon yang sama.Tujuan penelitian ini adalah untuk me-netapkan kombinasi yang kompatibel denganyang tidak kompatibel antara kina klonCinchona succirubra A, dan C. succirubra Bdengan C. ledgeriana klon QRC205 danCib5, berdasarkan anatomi dan pola pitaSDS-PAGE protein daerah pertautan antarabatang atas dengan batang bawah. Percobaandisusun dengan Rancangan Acak Lengkapkombinasi yang diuji adalah CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 dengankombinasi kontrol CSA/CSA, CSB/CSB,QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, tanaman kinasucci dan ledger tanpa sambungan denganumur yang sama. Pengamatan dilakukanterhadap struktur anatomi daerah pertautanantar batang bawah dengan batang atas danpola pita protein SDS-PAGE batang atas. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa tahapanpemulihan daerah pertautan penyambunganbatang bawah dengan batang atas diawalidengan pembentukan kalus, diferensiasi sel danterbentuknya jaringan ikatan pembuluhgabungan. Kombinasi antar batang bawahdengan batang atas yang kompatibel yaituCSA/QRC205 memperlihatkan strukturanatomi daerah pertautan yang serupa denganstruktur anatomi batang planlet yang tidakdisambung. Pada kombinasi yang tidak kom-patibel yaitu CSB/Cib5 pada daerah pertautanterbentuk sel-sel batu berbentuk garis yangmemanjang di tengah lingkaran batang. Disamping itu pada daerah pertautan terbentukkalus yang berlebih ke arah luar baik padabatang atas maupun batang bawah. Padakombinasi yang kompatibel pola pita proteinsama dengan planlet kontrol. Pada kombinasiyang tidak kompatibel yaitu kombinasiCSB/Cib5 terjadi degradasi protein danpembentukan protein baru dengan beratmolekul sekitar 21dan 30 kD

Keragaman genetik klon-klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg) yang resisten dan rentan terhadap Corynespora casiicola berdasarkan penanda RAPD dan AFLP Genetic variation of rubber ( Hevea brasiliensis Muell. Arg) clones resistance and susceptible to Corynespora cassiicola using RAPD and AFLP markers Nurita TORUAN-MATHIUS; Z LALU; . SOEDARSONO; Hajrial ASWIDINNOOR
E-Journal Menara Perkebunan Vol 70, No 2: Desember 2002
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryCorynespora leaf fall disease (CFLD) caused by the fungus Corynespora casiicola is one of the most important diseases of Hevea brasiliensis.CFLD was reported to cause serious damage on rubber productivity, and the disease has became more apparent in the recent years. The objectives of this study were (i) to analyze genetic similarities among several rubber clones resistance and susceptible to CFLD based on RAPD and AFLP markers, (ii) to compare the effectiveness of RAPD and AFLP markers. DNA genomic was extracted from young leaves of RRIM600, GT1, PB260, RRIC100, BPM1 (belongs to resistance group), PPN2058, PPN2444, and PPN2447 (belongs to susceptible group). Data were analyzed with NTSYS-pc program version 2.10, and a dendogram was created by cluster analysis using the unweighted pair group method on the basis of arithmetic averages (UPGMA). The results show that marker index AFLP (3.57) is higher than RAPD (1.02), it means that AFLP is more effective compared to RAPD. The average of genetic similarity AFLP (0.63) lower than RAPD (0.67) it means that AFLP is more discriminative than RAPD. Dendogram based on AFLP and RAPD were the best with at 0.65 level of genetic similarity cluster divided into two cluster A and B. Cluster A with a sub group A1 consisted of RRIC100, PPN2058 and PPN244 are belongs to resistance group), and sub group A2 consisted of (RRIM600, GT1, BPM1 and PB 260 are belongs to susceptible group), while cluster B only PPN2447 is belong to susceptible group. AFLP analysis show that one AFLP band of 110 bp resulting from PCR amplification using E-ACA/M-CAG (E-ACA/M-CAG110) primer pairs present in resistance clones, but absent in the susceptible clones. Meanwhile, application of 50 random primers decamer in RAPD analysis did not showed the specific band for either one of the group. It is concluded that AFLP marker analysis using EACA/M-CAG primer pair have a potential to differentiate resistance and the susceptible rubber clones to Corynespora. For the confirmation of the results more resistance and susceptible clones are needed for further test. RingkasanPenyakit gugur daun Corynespora (PDGC) yang disebabkan oleh patogen Corynespora asiicola, merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman karet (Hevea brasiliensis). PGDC menyebabkan penurunan yang cukup serius terhadap produktivitas tanaman karet. Tujuan penelitian ini adalah untuk (i) mengidentifikasi kesamaan genetik antar beberapa klon yang tergolong tahan dan rentan dengan marka RAPD dan AFLP, dan (ii) mempelajari efektivitas kedua marka tersebut. DNA genomik diekstraksi dari daun muda klon RRIM600, GT1, PB260, BPM1, RRIC100 (tergolong resisten), PPN2058, PPN2444, dan PPN2447 (tergolong rentan ). Data dianalisis dengan NTSYS-pc program versi 2.10. Dendogram dibuat dengan analisis pengelompokan menurut metode Unweighted Pair Group berbasis Arithmetic Avarages (UPGMA). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa marka indeks AFLP (3,57) lebih tinggi daripada RAPD (1,02), sehingga AFLP lebih efektif dibandingkan dengan RAPD. Rata-rata perkiraan kesamaan genetik AFLP (0,63) sedikit lebih rendah dari RAPD (0,67) sehingga AFLP relatif lebih diskriminatif daripada RAPD. Dendogram berdasarkan integrasi AFLP dan RAPD adalah yang paling baik, dimana pada rata-rata perkiraan kesamaan genetik (0,65) terbentuk dua kelompok yaitu A dan B. Kelompok A terdiri atas sub sub kelompok A1 yang beranggotakan (RRIC100, PPN2058 dan PPN244 yang tergolong resisten), dan sub group A2 yang beranggotakan (RRIM600, GT1, BPM1 dan PB 260 yang tergolong rentan) Sedang kelompok B beranggotakan hanya PN2447 yang tergolong rentan. Analisis AFLP menghasilkan satu pita AFLP dengan menggunakan pasangan primer EACA/M-CG (E-ACA/M-CAG110 ) secara konsisten diperoleh dari klon karet yang resisten, namun tidak ditemukan pada klon yang rentan. Sementara itu, aplikasi 50 primer acak dekamer dalam analisis RAPD tidak menghasilkan pita spesifik untuk kedua kelompok yang diuji. Disimpulkan bahwa analisis AFLP menggunakan pasangan primer EACA/M-CAG berpotensi untuk membedakan klon karet yang resisten dan rentan terhadap Corynespora. Untuk mengkorfirmasi hasil yang diperoleh, perlu dilakukan pengujian terhadap klon-klon yang resisten dalam jumlah yang lebih banyak

Kultur akar rambut Cinchona ledgeriana dan C. succirubra dalam kultur in vitro Hairy root culture of Cinchona ledgeriana and C. succirubra by in vitro culture Nurita TORUAN-MATHIUS; . REFLINI; . NURHAIMI-HARIS; . JOKO-SANTOSO; A PRIANGANI-ROSWIEM
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 2: Desember 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Problems encountered in hairy root culture of C. ledgeriana and C. succirubra are low percentage of transformation of explants by Agrobacterium rhizogenes and slow growth of hairy root. The objective of this research was to evaluate the potential of several A. rhizogenes strains for initiation hairy roots of C. succirubra and C. ledgeriana, and to obtain the best medium for hairy root culture of Cinchona spesies. Axenic shoot and leaves explants of eight-month-old of C. ledgeriana and C. succirubra seedlings were inoculated with A. rhizogenes strain ATCC-15834, ATCC-8196, R-20001, 07-20001, A4, R-MAFFA, TISTR509, TISTR510 and LBA9457. Inoculated explants were cultured in solid MS medium with the addition of 100 mg/L amphicylin. Subculture of the hairy root was performed by transferred of root pieces into fresh liquid basal medium MS, B5, White and Heller. Hairy roots from the best of basal medium were subcultured on the same medium with the addition of 50 and 100 mg/L L-tryptophane, three or five times concentration of MS vitamins. The integration of T-DNA of A. rhizogenes in hairy root was confirmed with specific primer for TL and TR-DNA of plasmid by Polymerase Chain Reaction analysis. The results showed that only A. rhizogenes strain LBA 9457 were effective for transformation of explants from both Cinchona species. The fastest hairy roots growth were found in MS medium, while growth in others medium was poor. Hairy roots of C. ledgeriana has vigor and growth better than hairy roots of C. succirubra. MS with the addition of 50 mg/L L-tryptophane and three times the concen-trations of vitamin is the best medium for hairy root growth and vigor. Hairy roots of C. succirubra and C. ledgeriana used in this studies were confirmed that hairy roots contained TL and TR-DNA region of Ri plasmid with molecular weight 780 and 1600 bp. The results showed that strain of A. rhizogenes, plant species, source of explant and composition of medium affect the initiation, growth, development and vigor of hairy roots.Ringkasan Masalah dalam kultur akar rambut C. ledgeriana dan C. succirubra adalah rendahnya tingkat keberhasilan transformasi eksplan dengan Agrobacterium rhizogenesdan pertumbuhannya yang lambat. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi dari beberapa galur A. Rhizogenes untuk inisiasi, mendapatkan komposisi medium terbaik untuk pertumbuhan akar rambut C. ledgeriana dan C. succirubra, serta konfirmasi terintegrasinya TR dan TL-DNA Ri plasmid ke dalam jaringan eksplan. Eksplan batang dan daun berasal dari kecambah aksenik C. ledgeriana dan C. succirubra berumur delapan bulan diinokulasi dengan A. rhizogenes galur 15834, 8196, R-20001, 07-20001, A4, R.MAFFA,TISTR 509, TISTR 510 dan LBA 9457. Eksplan yang sudah diinokulasi dikulturkan dalam medium MS padat. Subkultur dilakukan dengan cara mentransfer potongan ujung akar rambut ke dalam medium cair MS, B5, White dan Heller. Akar rambut dari medium kultur yang terbaik kemudian disubkultur ke dalam medium yang sama dengan penambahan 50 dan 100 mg/L L-triptofan dengan konsentrasi vitamin sebanyak tiga kali dan lima kali dari konsentrasi normal MS. Integrasi T-DNA dalam akar rambut dikonfirmasi meng-gunakan Polymerase Chain Reaction dengan primer spesifik untuk TL dan TR-DNA plasmid. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa hanya A.rhizogenes galur LB9457 yang efektif menginfeksi eksplan baik batang maupun daun dari kedua spesies kina. Induksi, pertumbuhan dan vigor akar rambut yang terbaik diperoleh dari medium MS dengan penambahan 50 mg/L L-triptofan dan tiga kali konsentrasi vitamin. Hasil konfirmasi akar rambut baik dari batang maupun daun menggunakan PCR, menunjukkan bahwa TL dan TR-DNA dari Ri plasmid A. rhizogenes mampu menghasilkan pita-pita DNA dengan BM780 dan 1600 pb. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa galur A. rhizogenes, spesies tanaman, sumber eksplan dan komposisi medium berpengaruh terhadap inisiasi, pertumbuhan, perkembangan dan vigor akar rambut.

Deteksi metilasi DNA genom Elaeis guineensis Jacq hasil kultur jaringan dengan teknik Randomly Amplified Fingerprint (RAF) DNA dan Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Analysis DNA genom methylation of Elaeis guineensis Jacq from tissue culture by Randomly Amplified Fingerprint DNA (RAF) and Reverse Phase HPLC (RP-HPLC) Nurita TORUAN-MATHIUS; Nesti F SIANIPAR; G A WATTIMENA; Hajrial ASWIDINNOOR; Maggy THENAWIDJAYA-SUHARTONO; Gale GINTING
Menara Perkebunan Vol. 76 No. 2: 76 (2), 2008
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v76i2.81

Abstract Embryo somatic (ES) abnormalities of oil palm were probably caused by numbers and location of DNA genom cytosin methylation. Quantity of methylation could be determined by Reverse phase HPLC (RP-HPLC) techniques, while location of DNA cytosin methylation was detected by Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA) technique. The objective of this research was to determine numbers and pattern of DNA cytosin methylation of normal or abnormal ES and normal ortet as a standard. DNA genomic of samples were cut by HpaII and MspI enzymes at CCGG site, and amplified by RAF. HpaII cut at mCCGG sequences, but if second C were methylated the sequences can not be cut by HpaII.While Msp1 will cut if internal of cytosine was methylated (CmCGG). The results showed that AB16, AE11, AO12 and AP12 primers could detect the changes of methylation site on normal ortet and abnormal ES cotyledone. RP-HPLC analyses showed that DNA cytosin methylation content between ES globular and ES cotyledone, both normal and abnormal and also normal plantlet and ortet were unsignificantly different. DNA methyl content was around 0.25 – 2.72 %. Internal and fully methylation was found on 124 – 457 bp. Abnormal ES of MK638 clone showed the hipomethylation pattern. It was concluded that methylation cytosine content was very low and it seems that DNA methylation undirectly affects on process of morphology abnormalities. Abnormalities of ES globular and cotyledone might be caused by the change of DNA genom sequences. Abstrak Abnormalitas pada embrio somatik (ES) tanaman kelapa sawit diduga disebabkan oleh kandungan serta lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom. Kandungan metilasi dapat ditetapkan dengan teknik Reverse Phase HPLC (RP-HPLC), sedang lokasi terjadinya metilasi sitosin DNA genom ES dapat dideteksi dengan teknik Random Amplified Fingerprint DNA (RAF-DNA). Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pola metilasi sitosin DNA genom ES kotiledon normal dan abnormal, sebagai pembanding adalah ortet yang normal. DNA genom contoh dipotong dengan enzim HpaII dan MspI yang mengenali situs CCGG, selanjutnya diamplifikasi dengan RAF. Enzim HpaII memotong sekuen mCCGG tetapi jika C kedua mengalami metilasi sekuen tersebut tidak terpotong. Msp1 akan memotong apabila sitosin internal termetilasi (CmCGG). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa terjadi perubahan situs metilasi antara ortet normal dan ES kotiledon abnormal. Perubahan situs metilasi sitosin dapat dibedakan dengan primer RAF, yaitu AB16, AE11, AO12 dan AP12. Hasil analisis RP-HPLC menunjukkan bahwa perbedaan kandungan metilasi sitosin DNA ES globular maupun kotiledon masing-masing antara yang normal dan abnormal, serta antara planlet dan ortet normal sangat kecil. Kandungan metil sitosin berkisar antara 0,25 – 2,72 %. Tampak bahwa pada 124 - 457 pb terjadi metilasi internal, eksternal maupun metilasi penuh. Pada ES abnormal klon MK638 menunjukkan terjadi hipometilasi sitosin. Perbedaan kandungan metilasi sitosin yang sangat kecil diduga tidak berpengaruh langsung terhadap proses abnormalitas. Abnormalitas yang terjadi pada ES globular dan kotiledon kemungkinan akibat terjadinya perubahan sekuens DNA genom.

Teknik sambung mikro in vitro kina Cinchona succirubra dengan C. ledgeriana In vitro micrografting technique of Chincona succirubra and C. ledgeriana Nurita TORUAN-MATHIUS; . LUKMAN; . AGUS-PURWITO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 2: 74 (2), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i2.103

Summary In vitro micrografting is a technique for grafting scions to rootstocks of plantlets from tissue culture. In vitro micrografting of Cinchona plant has never been carried out. The objective of this research was to obtain the best method of in vitro micrografting, medium for micrografted plantlets, and acclimatization for Cinchona plantlets from micrografting. The research consisted of (i) optimization of micrografting method, (ii) optimization of medium for growing plantlets, and (iii) acclimatization of micrografted plantlet. Plantlets of four-month-old of C. ledgeriana QRC clone were used as scions, while of C. succirubra as rootstocks. Each of experiments was arranged according to Completely Randomized Design, consisted of combination of scion and rootstock and type of micro-grafting with 10 replicates. Parameters measured were the percentage of survived plantlet, leaf number, and callus productions on union area, and percentage of survived plantlet. The results show that V type of micrografting was the best for Cinchona micrografting. MS medium with the addition of 3 mg/L IBA was the best medium for growing of micrografted plantlet. Husk charcoal mixed with top soil (1 : 1) was the best medium for acclimatization. Acclimatization consisted of two steps: preaclimatization in a culture room with 12- hour photoperiod at temperature 25 – 27oC for two weeks, followed by aclimatization in a plastic house with 70% reduced light intensity for one month. Using this method, 90% of the seedlings were survived. It is concluded that in vitro micrografting can be used as a technique for clonal propagation of Cinchona sp.Ringkasan Teknik sambung mikro (mikrografting) in vitro adalah teknik penyambungan potongan batang atas pada batang bawah dalam kultur jaringan. Pada tanaman kina teknik sambung mikro in vitro belum pernah dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah menetapkan tipe sambung mikro, medium terbaik untuk planlet hasil sambung mikro, dan perbanyakan tanaman kina dengan sambung mikro. Pelaksanaan percobaan meliputi (i) optimasi tipe sambung, (ii) optimasi medium, dan (iii) aklimatisasi planlet hasil sambung mikro. Bahan tanaman yang digunakan sebagai batang atas adalah planlet Cinchona ledgeriana klon QRC, sedangkan sebagai batang bawah digunakan planlet C. succirubra, berumur empat bulan. Masing- masing percobaan disusun dengan Rancangan Acak Lengkap terdiri dari dua taraf yaitu kombinasi batang bawah dengan batang atas bentuk sambung tipe V dan L dilakukan dengan 10 ulangan. Peubah yang diukur meliputi persentase planlet yang bertahan hidup, jumlah daun, berkalus atau tidak berkalus pada daerah pertautan, dan persentase planlet yang bertahan hidup. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa tipe V merupakan cara sambung mikro yang terbaik. Medium MS dengan penambahan 3 mg/L IBA adalah medium terbaik untuk pertumbuhan dan perakaran planlet hasil sambung mikro. Aklimatisasi planlet dilakukan dengan medium tumbuh arang sekam : top soil (1 : 1) yang disterilkan. Tahapan aklimatisasi adalah pre-aklimatisasi dalam ruang kultur suhu 25 - 27 oCdengan pencahayaan 12 jam per hari dan diikuti dengan aklimatisasi di rumah plastik bernaungan 70% paranet. Dengan metode aklimatisasi ini 90% dari bibit mampu bertahan hidup. Kesimpulan dari penelitian ini menunjukkan bahwa teknik sambung mikro dapat digunakan untuk perbanyakan klonal Cinchona sp..

Pengaruh elisitasi terhadap pertumbuhan dan produksi alkaloida kinolin dari akar rambut tanaman kina (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Effect of elicitation on growth and alkaloid quinoline production in hairy root of cinchona plant (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Nurita TORUAN-MATHIUS; . NURHAIMI-HARIS; Joko SANTOSO; . ADE-HERI
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.117

Summary Manipulation to increase alkaloid producti-vity in hairy root can be done by elicitation with the addition of certain enzymes. The objective of this research is to find out the effect of elicitation by cellulase and pectyoliase enzymes on the productivity of Cinchona succirubra hairy root culture. Hairy root was cultured on ½ MS macro nutrient with the addition of 40 g/L sucrose and 7 g/L agar. Elicitation was done by the addition of cellulase and pectiolyase at the concentrations of 0; 0.05; 0.10; 0.50; 1.00; 3.00; 5.00; 10.00; 15.00; 20.00 and 25.00 mg/L, respectively.The effect of elicitation was analyzed by fresh weight of hairy root, and alkaloid content in four-month-old culture.The result showed that the best growth was obtained by the addition of 15 mg/L cellulase, with fresh weight as much as 920 mg. The addition of 10 mg/L pectyoliase increased hairy root fresh weight as much as 880 mg. The highest quinoline alkaloid production was obtained by the addition of 25 mg/L celluase (Quinine 580, quinidine 492, cinchonine 234, dihydroxyn-chonine 195 and cinchonidine 165 µg/g fresh weight) and 1 mg/L pectyoliase (Quinine 2363, quinidine 238, cinchonine 104, dihydroxyn-chonidine 138 and cinchonidine 1558 µg/g fresh weight).Ringkasan Manipulasi untuk meningkatkan produk-tivitas akar rambut dapat dilakukan di antaranya dengan elisitasi melalui penambahan enzim tertentu ke dalam medium. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pengaruh elisitasi dengan penambahan selulase dan pektioliase terhadap produktivitas akar rambut tanaman Cinchona succirubra. Akar rambut tanaman Cinchona succirubradikulturkan dalam medium MS ½ hara makro dengan penambahan sukrose 40 g/L dan agar 7 g/L. Elisitasi dilakukan dengan penambahan selulase dan pektioliase masing-masing pada konsentrasi 0; 0,05; 0,10; 0,50; 1,00; 3,00; 5,00; 10,00; 15,00; 20,00 dan 25,00 mg/L. Peubah yang diukur adalah bobot basah akar rambut dan kandungan alkaloida kinolin pada kultur berumur empat bulan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pertumbuh-an terbaik terjadi pada penambahan konsentrasi selulase 15 mg/L dengan bobot basah 920 mg dan pektioliase 10 mg/L dengan bobot basah 880 mg. Produksi alkaloida kinolin tertinggi diperoleh pada konsentrasi selulase 25 mg/L (kinin 580, kinidin 492, sinkonin 234, dihidrok-sinkonin 195 dan sinkonidin 165 µg/g bobot basah) dan pektioliase 1 mg/L (kinin 2363, kinidin 238, sinkonin 104, dihidroksinkonin 138 dan sinkonidin 1558 µg/g bobot basah).

Title

Found 32 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 32 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 32 Documents
Search