Garuda - Garba Rujukan Digital

Perbanyakan tanaman kina Cinchona ledgeriana Moens. dan C. succirubra Pavon melalui penggandaan tunas aksiler Propagation of cinchona plant Cinchona ledgeriana Moens. and C. succirubra Pavon through axillary buds multiplication . JOKO-SANTOSO; Nurita TORUAN-MATHIUS; U SASTRAPRAWIRA; G SURYATMANA; D SAODAH
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.125

SummaryCinchona ledgeriana (Ledger) and C. succirubra (Succi) were industrial commodities which their barks of the trunk contain alkaloid used as raw materials in pharmaceutical, food, drug and beverages and chemical industries. The problem faced in conventional plant propagation are. incompatibilities, high numbers of death caused by transportation, limited numbers and time consume in plant materials production. These problems may be overcome by axillary buds multiplication. The aim of the experiment were to find out propagation technology of Ledger and Succi by tissue culture technique. Experiments were conducted in three consecutive steps, viz the effect of (i) BAP on multiplication and growth of axillary’s bud of Ledger and Succi in vitro culture, (ii) IBA on root initiation and growth, (iii) growth medium on the growth of plantlets in acclimatization.The design of the experiments were Complete Randomized Design with 15 (i & ii) and four (iii) replications. The treatments were (i) 0,1,2,3,4, dan 5 mg/L BAP, (ii) 0.0; 0.5; 1.0; 1.5; 2.0; dan 2.5 mg/L IBA, and (iii) mixture of soil and rice husk charcoal (1:1), mixture of soil and compost (1:1), mixture of soil, rice husk charcoal, and compost (1:1:1). Parameters measured in the experiments were (i) the initiation of buds multiplication rate twice at axillary buds at subculture. (ii) initiation and roots vigor. (iii) numbers of survived plants and plants vigor. The explant source used derived from two-month old axillary buds cultured in Murashige and Skoog (MS) medium without growth regulator. Results of the experiment showed that the best shoot multiplication of Ledger and Succi was obtained from the application of 3 mg/L BAP, with buds multipli-cation rate 7 buds/explant/month for Ledger, and 3-4 buds/explants/month for succi. The best root initation and root growth were found from the application of 2 mg/L IBA. The highest percentage of survived plantlets (100%) in acclimatization was obtained from mixture of soil and rice husk charcoal (1:1) medium. Therefore it is concluded that tissue culture technique could be used for planlet mass propagation of elite C. Ledgeriana and C. Succirubra through axillary bud multiplication.Ringkasan Tanaman kina Cinchona ledgeriana (Ledger) dan C. succirubra (Succi) merupakan tanaman industri yang mengandung alkaloid di dalam kulit batangnya dan berguna dalam bidang industri farmasi, makanan, minuman dan kimia. Kendala yang dihadapi dalam perbanyakan tanaman kina secara konvensional dengan sistem sambung adalah inkompatibilitas, kematian akibat pengangkutan cukup tinggi, jumlah bahan tanam yang diproduksi sangat terbatas dan waktu penyediaan yang cukup lama. Masalah tersebut dapat diatasi dengan menggunakan teknik kultur jaringan. Penelitian ini bertujuan untuk men-dapatkan teknologi perbanyakan tanaman kina Ledger dan Succi dengan teknik kultur jaringan. Penelitian terdiri atas (i) pengaruh BAP terhadap inisiasi dan penggandaan tunas aksilar, (ii) pengaruh IBA terhadap inisiasi serta pertum-buhan akar planlet, dan (iii) pengaruh beberapa medium terhadap pertumbuhan planlet dalam aklimatisasi. Percobaan menggunakan Rancangan Acak Lengkap, masing-masing diulang 15 (i & ii) dan (iii) empat kali. Peubah yang diukur untuk percobaan (i) adalah waktu inisiasi tunas dan laju penggandaan tunas aksiler pada dua kali subkulur. (ii) Waktu inisiasi dan vigor akar. (iii) Jumlah tanaman yang bertahan hidup setelah aklimatisasi, serta vigor tanaman. Sumber eksplan yang digunakan adalah tunas aksilar dari kecambah terpilih berumur dua bulan yang dikulturkan dalam medium Murashige dan Skoog tanpa zat pengatur tumbuh. Perlakuan untuk percobaan (i) adalah 0,0; 1,0; 2,0; 3,0; 4,0 dan 5,0 mg/L BAP, (ii) adalah 0,0; 0,5; 1,0; 1,5; 2,0; dan 2,5 mg/L IBA, sedang (iii) adalah medium tanam tanah, tanah : arang sekam (1:1), tanah : kompos (1:1), tanah : arang sekam : kompos (1:1:1). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa konsentrasi BAP terbaik untuk inisiasi dan penggandaan tunas tanaman kina Ledger dan Succi adalah 3 mg/L BAP, dengan laju penggandaan tujuh tunas/eksplan/bulan untuk Ledger dan 3-4 tunas/eksplan/bulan untuk Succi. Sedang untuk perakaran diperoleh dari medium MS dengan penambahan 2 mg/L IBA. Persentase tertinggi planlet (100%) yang mampu bertahan hidup pada aklimatisasi diperoleh dari medium campuran tanah : arang sekam (1:1). Berdasarkan hasil tersebut di atas dapat disimpulkan bahwa perbanyakan tanaman kina secara in vitro untuk menghasilkan bibit bermutu dapat dilakukan melalui teknik penggandaan tunas aksiler

Keragaman genetik klon-klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg) yang resisten dan rentan terhadap Corynespora casiicola berdasarkan penanda RAPD dan AFLP Genetic variation of rubber ( Hevea brasiliensis Muell. Arg) clones resistance and susceptible to Corynespora cassiicola using RAPD and AFLP markers Nurita TORUAN-MATHIUS; Z LALU; . SOEDARSONO; Hajrial ASWIDINNOOR
Menara Perkebunan Vol. 70 No. 2: 70 (2), 2002
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v70i2.127

SummaryCorynespora leaf fall disease (CFLD) caused by the fungus Corynespora casiicola is one of the most important diseases of Hevea brasiliensis.CFLD was reported to cause serious damage on rubber productivity, and the disease has became more apparent in the recent years. The objectives of this study were (i) to analyze genetic similarities among several rubber clones resistance and susceptible to CFLD based on RAPD and AFLP markers, (ii) to compare the effectiveness of RAPD and AFLP markers. DNA genomic was extracted from young leaves of RRIM600, GT1, PB260, RRIC100, BPM1 (belongs to resistance group), PPN2058, PPN2444, and PPN2447 (belongs to susceptible group). Data were analyzed with NTSYS-pc program version 2.10, and a dendogram was created by cluster analysis using the unweighted pair group method on the basis of arithmetic averages (UPGMA). The results show that marker index AFLP (3.57) is higher than RAPD (1.02), it means that AFLP is more effective compared to RAPD. The average of genetic similarity AFLP (0.63) lower than RAPD (0.67) it means that AFLP is more discriminative than RAPD. Dendogram based on AFLP and RAPD were the best with at 0.65 level of genetic similarity cluster divided into two cluster A and B. Cluster A with a sub group A1 consisted of RRIC100, PPN2058 and PPN244 are belongs to resistance group), and sub group A2 consisted of (RRIM600, GT1, BPM1 and PB 260 are belongs to susceptible group), while cluster B only PPN2447 is belong to susceptible group. AFLP analysis show that one AFLP band of 110 bp resulting from PCR amplification using E-ACA/M-CAG (E-ACA/M-CAG110) primer pairs present in resistance clones, but absent in the susceptible clones. Meanwhile, application of 50 random primers decamer in RAPD analysis did not showed the specific band for either one of the group. It is concluded that AFLP marker analysis using EACA/M-CAG primer pair have a potential to differentiate resistance and the susceptible rubber clones to Corynespora. For the confirmation of the results more resistance and susceptible clones are needed for further test. RingkasanPenyakit gugur daun Corynespora (PDGC) yang disebabkan oleh patogen Corynespora asiicola, merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman karet (Hevea brasiliensis). PGDC menyebabkan penurunan yang cukup serius terhadap produktivitas tanaman karet. Tujuan penelitian ini adalah untuk (i) mengidentifikasi kesamaan genetik antar beberapa klon yang tergolong tahan dan rentan dengan marka RAPD dan AFLP, dan (ii) mempelajari efektivitas kedua marka tersebut. DNA genomik diekstraksi dari daun muda klon RRIM600, GT1, PB260, BPM1, RRIC100 (tergolong resisten), PPN2058, PPN2444, dan PPN2447 (tergolong rentan ). Data dianalisis dengan NTSYS-pc program versi 2.10. Dendogram dibuat dengan analisis pengelompokan menurut metode Unweighted Pair Group berbasis Arithmetic Avarages (UPGMA). Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa marka indeks AFLP (3,57) lebih tinggi daripada RAPD (1,02), sehingga AFLP lebih efektif dibandingkan dengan RAPD. Rata-rata perkiraan kesamaan genetik AFLP (0,63) sedikit lebih rendah dari RAPD (0,67) sehingga AFLP relatif lebih diskriminatif daripada RAPD. Dendogram berdasarkan integrasi AFLP dan RAPD adalah yang paling baik, dimana pada rata-rata perkiraan kesamaan genetik (0,65) terbentuk dua kelompok yaitu A dan B. Kelompok A terdiri atas sub sub kelompok A1 yang beranggotakan (RRIC100, PPN2058 dan PPN244 yang tergolong resisten), dan sub group A2 yang beranggotakan (RRIM600, GT1, BPM1 dan PB 260 yang tergolong rentan) Sedang kelompok B beranggotakan hanya PN2447 yang tergolong rentan. Analisis AFLP menghasilkan satu pita AFLP dengan menggunakan pasangan primer EACA/M-CG (E-ACA/M-CAG110 ) secara konsisten diperoleh dari klon karet yang resisten, namun tidak ditemukan pada klon yang rentan. Sementara itu, aplikasi 50 primer acak dekamer dalam analisis RAPD tidak menghasilkan pita spesifik untuk kedua kelompok yang diuji. Disimpulkan bahwa analisis AFLP menggunakan pasangan primer EACA/M-CAG berpotensi untuk membedakan klon karet yang resisten dan rentan terhadap Corynespora. Untuk mengkorfirmasi hasil yang diperoleh, perlu dilakukan pengujian terhadap klon-klon yang resisten dalam jumlah yang lebih banyak

Physiological and biochemical changes in cocoa seed (Theobroma cacao L.) caused by desiccation Perubahan fisiologi dan biokimia benih kakao (Theobroma cacao L.) akibat desikasi Nurita TORUAN-MATHIUS; . RACHMAWATI-HASID; . NURHAIMI-HARIS; Tolhas HUTABARAT
Menara Perkebunan Vol. 68 No. 1: 68(1), 2000
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v68i1.135

Ringkasan Benih kakao tergolong rekalsitran, benihnya sensitif terhadap desikasi dan apabila disimpan pada kondisi yang menyebabkan kehilangan air, benih akan kehilangan viabilitasnya. Viabilitas benih kakao hanya dapat dipertahankan beberapa hari saja dalam keadaan terbuka pada suhu kamar. Hal ini merupakan kendala dalam penyimpanan dan pengiriman benih kakao. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pengaruh desikasi terhadap karakter fisiologis dan biokimia benih kakao. Benih ICS 60 (kakao lindak) dan DR2 (kakao mulia) diletakkan dalam cawan Petri kemudian disimpan pada suhu 25oC dan Rh 55-75% selama empat hari. Percobaan dilakukan dengan rancangan petak terpisah, petak utama adalah kandungan air awal dan kritikal. Sebagai anak petak adalah jenis kakao, masing-masing diulang empat kali. Peubah fisiologis yang diukur adalah viabilitas benih mencakup kandungan air benih, potensi tumbuh maksimum, daya berkecambah, kecepatan tumbuh, bobot kering kecambah normal, dan laju pertumbuhan kecambah normal. Di samping itu juga dilakukan pengamatan pola pita protein benih yang dianalisis dengan SDS-PAGE. Kandungan asam absisik (ABA) dan gula stahiosa, raftnosa, glukosa, fruktosa, arabinosa, silosa, serta sukrosa dalam benih yang ditetapkan dengan HPLC Integritas membran benih ditetapkan berdasarkan daya hantar listrik air perendaman benih yang diukur dengan konduktometer. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa adanya interaksi yang nyata antara desikasi dengan seluruh tolok ukur fisiologis. Desikasi menyebabkan penurunan daya berkecambah, bobot kering dan laju pertumbuhan kecambah normal, potensi tumbuh maksimum dan kecepatan tumbuh. Sedang untuk, kandungan ABA, sukrosa, arabinosa dan rafinosa mengalami peningkatan. Di samping itu desikasi menyebabkan dibentuknya protein baru dengan BM 32,5; 47,0 dan 51,0 kDa (DR2); 47,0 dan 51,0 kD (ICS 60). Beberapa protein yang hilang oleh pengaruh desikasi yaitu dengan BM37, 0 (DR2), 19, 0 dan 37, 0 kD (ICS60). Benih ICS60 lebih tahan terhadap desikasi dibandingkan dengan benih DR2. Summary Seed of cocoa is recalcitrant and sensitive to desiccation. In open condition at room temperature, the viability of cocoa seed ultimately lost for several days. These characters are a problem for seed storage and delivery. The objectives of this study are to investigate the effect of desiccation on physiological and biochemical characters of cocoa seed. Seeds of ICS 60 (bulk cocoa) and DR2 (fine cocoa) were placed on Petri dishes and stored at 25oC, Rh 55-75% for four days (critical water content). The experiment was conducted with split plot analysis, (1) The main plot was the storage condition initial and critical seeds water content. (2) The sub plot was the variety of cocoa, with four replications of each treatment. The effect of desiccation on seeds viability was tested, based on seed water content, maximum growth potential, seed germination, germination rate, dry weight of normal seedling, and seedling growth rate. Besides, the changes of seed proteins band pattern were also analysed by SDSPAGE. Abscisic acid, stachyose, raffnose, fructose, arabinose, xyllose, and sucrose seed content were determined by HPLC. The integrity of seed membrane based on the leakage of electrolytes from seeds was measured with a CM 100 multicell conductivity meter. The results showed that there is an interaction with highly significant correlation between desiccation and all of the physiological and biochemical parameters. Desiccation caused the decrease of seed germination, dry weight and growth rate'of normal seedling, maximum growth potential, and germination rate and while the leakage of electrolytes, ABA, sucrose, arabinose and raffinose increased. Besides, desiccation was also caused the formation of new proteins with MW 32.5, 47,0 and 51,0 kDa (DR2); 47,0 and 51,0 kD ICS 60) . On the other hand, several protein were disappeared i.e. MW 37,0 (DR2), 19,0 and 37,0 kD (ICS60). Seeds of ICS 60 are more tolerant to desiccation than seeds of DR2.

Kompatibilitas sambung mikro Cinchona ledgeriana dengan C. succirubra berdasarkan anatomi dan elektroforesis SDS- PAGE protein daerah pertautan Compatibility of micrografting Chincona ledgeriana and C. succirubra based on anatomy and SDS-PAGE protein electrophoresis of union area Nurita TORUAN-MATHIUS; . LUKMAN; . AGUS - PURWITO
Menara Perkebunan Vol. 75 No. 2: 75 (2), 2007
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v75i2.147

SummaryRootstocks and scions interaction causesdifferent responses within individuals of scionfrom the same clone. The objectives of thisresearch were to determine compatible anduncompatible combinations of micrograftingbetween Cinchona succirubra A, andC. succirubra B with C. ledgeriana QRC205and Cib5 clones, based on anatomy structureand SDS-PAGE protein bands pattern ofstem at union area between rootstock andscion. The research was arranged in aCompletely Randomized Design, withrootstock/scion combinations CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 and as acontrols were the combination of CSA/CSA,CSB/CSB, QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, succiand ledger seedlings with the same age. Effectof rootstocks on scion was studied based onanatomy structure of the union area betweenrootsocks and scions and SDS-PAGE proteinbands pattern. The results showed that theunion of stem between rootstocks and scionwas initiated by callus formation, cellsdifferentiation and the vascular vesselsformation. The anatomy of stem union area ofCSA/QRC205 as a compatible combination ofrootsotck and scion was the same asunmicrografted plantlet. At uncompatiblecombination CSB/Cib5 showed the formationof stone cells as a line along stem cyrcle atunion area and heavely callus formation atoutside of rootstock and scion stems. SDS-PAGE protein bands pattern from thecompatible combination was the same asplanlet control. On the otherhand, from theuncompatible combinations CSB/Cib5 werefound protein degradation and the formation ofnew proteins with molecular weight 21 and 30kD.RingkasanInteraksi batang bawah dengan batangatas menimbulkan berbagai keragaman responsantar individu batang atas dari klon yang sama.Tujuan penelitian ini adalah untuk me-netapkan kombinasi yang kompatibel denganyang tidak kompatibel antara kina klonCinchona succirubra A, dan C. succirubra Bdengan C. ledgeriana klon QRC205 danCib5, berdasarkan anatomi dan pola pitaSDS-PAGE protein daerah pertautan antarabatang atas dengan batang bawah. Percobaandisusun dengan Rancangan Acak Lengkapkombinasi yang diuji adalah CSA/QRC205,CSA/Cib5, CSB/QRC205, CSB/Cib5 dengankombinasi kontrol CSA/CSA, CSB/CSB,QRC205/QRC205, Cib5/Cib5, tanaman kinasucci dan ledger tanpa sambungan denganumur yang sama. Pengamatan dilakukanterhadap struktur anatomi daerah pertautanantar batang bawah dengan batang atas danpola pita protein SDS-PAGE batang atas. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa tahapanpemulihan daerah pertautan penyambunganbatang bawah dengan batang atas diawalidengan pembentukan kalus, diferensiasi sel danterbentuknya jaringan ikatan pembuluhgabungan. Kombinasi antar batang bawahdengan batang atas yang kompatibel yaituCSA/QRC205 memperlihatkan strukturanatomi daerah pertautan yang serupa denganstruktur anatomi batang planlet yang tidakdisambung. Pada kombinasi yang tidak kom-patibel yaitu CSB/Cib5 pada daerah pertautanterbentuk sel-sel batu berbentuk garis yangmemanjang di tengah lingkaran batang. Disamping itu pada daerah pertautan terbentukkalus yang berlebih ke arah luar baik padabatang atas maupun batang bawah. Padakombinasi yang kompatibel pola pita proteinsama dengan planlet kontrol. Pada kombinasiyang tidak kompatibel yaitu kombinasiCSB/Cib5 terjadi degradasi protein danpembentukan protein baru dengan beratmolekul sekitar 21dan 30 kD

Kultur akar rambut in vitro serta pemanfaatan kultur ganda untuk pertumbuhan dan perkembangan endomikoriza (Gigaspora sp. dan Acaulospora sp.) Hairy root culture in vitro and the application of dual culture for growth and development of endomycorrhiza ( Gigaspora sp. and Acaulospora sp.) Nurita TORUAN-MATHIUS; . SITI-CHALIMAH; . MUHADIONO; Latifah AZNAM; Said HARAN
Menara Perkebunan Vol. 75 No. 1: 75 (1), 2007
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v75i1.151

SummaryArbuscular mycorrhizal (AM) fungi areecologically important for most vascular plantsfor their growth and survival. AM fungi areobligate symbions, and conventionally propa-gated by pot culture with a certain host plants.This papers describes the establishment ofmonoxenic cultures of Gigaspora sp. andAcaulospora sp in association with excised RiT-DNA transformed carrot roots and tomatoin vitro plants. Spores of Gigaspora sp. andAcaulospora sp. was cultured in monoxenictomato, carrot and hairy root of carrot in vitrocultures. The objectives of these studies were toobtained dual culture ( axenic and hairy root)for germination, sporulation, and infection ofGigaspora sp. and Acaulospora sp. Theresearch consisted of (i) host plant selectionwith high compatibility for hairy rootformation, (ii) media selection for potato andcarrot hairy root culture, (iii) hairy root ofGranola potato and carrot in dual culture, and(iv) germination, sporulation, and infection ofGigaspora sp. and Acaulospora sp. in vitroculture. The results showed that hairy rootsinduction were obtained from Granola,Atlantik potato and carrot in MS, B5 andWhite media. Granola, Atlantik potato andcarrot hairy root grow well in MS and Whitemedium, respectively. In dual culture media(MM media) hairy root of carrot grow well, buthairy root of Granola potato were inhibited.Germination, sporulation of Gigaspora sp.and Acaulospora sp. and root infection byboth CMA could be maintained in dual culturewith host carrot, tomato plants and carrothairy root culture in MM mediaRingkasanCendawan Arbuskular Mikoriza (CMA)secara ekologi berperan penting untuk ke-langsungan hidup tanaman. CMA adalahsimbion obligat, dan secara konvensional di-perbanyak dengan kultur pot menggunakantanaman inang tertentu. Tulisan ini menjelas-kan kultur monoksenik Gigaspora sp. danAcaulospora sp. berasosiasi dengan kultur akarrambut tanaman wortel dan tomat yangdiinokulasi dengan Ri T-DNA. Spora dariGigaspora sp. dan Acaulospora sp. dikultur-kan secara monoksenik in vitro dengantanaman tomat, wortel dan kultur akar rambutwortel. Tujuan penelitian ini adalah untukmendapatkan kultur ganda (aksenik dan akarrambut) untuk perkecambahan, sporulasi, daninfeksi Gigaspora sp. dan Acaulospora sp.Penelitian terdiri atas (i) seleksi tanaman inangdengan tingkat kompatibilitas tinggi untukpembentukan akar rambut, (ii) seleksi mediumuntuk kultur akar rambut wortel, (iii) akarrambut kentang Granola dan kultur gandawortel, dan (iv) perkecambahan, sporulasi,serta infeksi Gigaspora sp. dan Acaulosporasp. dalam kultur in vitro. Hasil yang diperolehmenunjukkan bahwa induksi kultur akarrambut diperoleh dari kentang Granola,Atlantik dan wortel dalam medium MS, B5 danWhite. Akar rambut kentang Granola, Atlantikdan wortel tumbuh baik dalam medium MSdan White. Akar rambut kentang dapat tumbuhbaik dalam medium kultur ganda, yaitumedium MM. Sebaliknya pertumbuhan kulturakar rambut kentang dalam medium yang samamengalami hambatan. Perkecambahan, sporu-lasi Gigaspora sp. maupun Acaulospora sp..serta infeksi akar oleh kedua jenis CMA dapatdilakukan dalam kultur ganda dengan tanamaninang wortel, tanaman kentang serta dengankultur akar rambut wortel dalam medium MM.

Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
Menara Perkebunan Vol. 73 No. 2: 73 (2), 2005
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i2.156

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.

Analisis genotip normal dan abnormal pada klon kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dengan Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Analysis normal and abnormal genotypes of oil palm clones (Elaeis guineensis Jacq.) by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Nurita TORUAN-MATHIUS; . ENDANG-YUNIASTUTI; Ridwan SETIAMIHARJA; Murdaningsih H. KARMANA
Menara Perkebunan Vol. 73 No. 1: 73 (1), 2005
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i1.159

SummaryTissue culture-derived plants of oil palmmay develop abnormal flowers in whichprimordial stamens are converted into carpel-liketissue or mantled fruits, and sterile male flowers.This abnormality can be heritable, individualpalm may show variation in mantling andreversion to the normal phenotype over time hasbeen observed. The aim of these experiments wasto analyze the differences between normal andabnormal genotypes by DNA-AFLP. DNA wasisolated from young fruits of three clones,MK152, MK209, and MK 212 each of themconsisted of normal fruits, abnormal fruits andsterile male flowers. The research consisted of (i)selection of AFLP primer which can producepolymorphic bands, (ii) genetic similaritiesanalysis, UPGMA, principal component analysisand specific DNA bands between normal orabnormal genotypes. For primers selection, 20AFLP primers with DNA from MK 152 normaland abnormal genotypes were used. The selectedprimers were then used to amplify DNA of ninegenotypes. The results show that 10 primer com-binations EcoRI/MseI produced polymorphicbands. Each primer from 10 primer producedonly one or two DNA bands indicates that thedifferences between normal and abnormalgenotypes in the same clone. However, nopolymorphism was consistently found betweennormal and abnormal clones in all the sets.Genetic similarity analysis shows that betweengenotype had high genetic similarities, around92-99%. The results of UPGMA found thedifferent clustering between normal fruit,abnormal male and abnormal fruits. The resultsshow same as clustering based on first, secondand third component. This suggest that, whilstAFLP method is an effective way of detectingvariation in tissue culture-derived plants,different approaches are required to identify thecasual basis of the mantled fruit abnormality.RingkasanTanaman kelapa sawit yang dihasilkan darikultur jaringan, umumnya dalam perkembangan-nya akan memiliki organ reproduktif yangabnormal. Abnormalitas berupa primordialstamen berkembang menjadi bentuk jaringanseperti karpel, buah mantel, atau bunga jantanmandul. Penelitian ini bertujuan untukmendapatkan pembeda DNA-AFLP antaragenotip normal dan abnormal pada klon-klonkelapa sawit. DNA diisolasi dari buah muda klonMK 152, MK 209, dan MK 212 yang masing-masing terdiri atas genotip normal, berbuahabnormal, dan berbunga jantan steril. Percobaanmencakup (i) seleksi primer AFLP yang mampumenghasilkan pita yang polimorfis, (ii) analisiskemiripan genetik, UPGMA, komponen utamadan pita pembeda antar genotip normal danabnormal. Seleksi primer dilakukan terhadap 20primer AFLP menggunakan DNA dari genotipMK 152 yang normal dan abnormal. Selanjutnyaprimer terpilih digunakan untuk mengamplifikasiDNA dari kesembilan genotip yang diuji. Hasilyang diperoleh menunjukkan bahwa 10 kombi-nasi primer EcoRI/MseI mampu menghasilkanpita yang polimorfis. Dari 10 primer yang diuji,masing-masing hanya menghasilkan satu ataudua pita DNA yang mampu membedakan genotipnormal dan abnormal dalam klon yang sama.Namun, tidak ada pita DNA spesifik yangmampu membedakan genotip normal denganabnormal untuk seluruh klon yang diuji. Analisiskemiripan genetik menunjukkan bahwa antargenotip memiliki kemiripan genetik yang sangattinggi, yaitu 92-99%. Dari hasil UPGMAdiperoleh pengelompokan yang terpisah antargenotip normal, abnormal jantan dan buahabnormal. Hasil tersebut didukung olehpengelompokan berdasarkan komponen utamasatu, dua dan tiga. Dapat disimpulkan bahwa,teknik AFLP tidak efektif untuk mendeteksipembeda antar genotip tanaman yang diperolehdari kultur jaringan, pendekatan lainnyadiperlukan untuk mengidentifikasi abnormalitas.

Respons tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) terhadap cekaman kekeringan Respons of oil palm (Elaeis guineensis Jacq) to water stress Nurita TORUAN-MATHIUS; Gede WIJANA; Edi GUHARJA; Hajrial ASWIDINNOOR; Sudirman YAHYA; . SUBRONTO
Menara Perkebunan Vol. 69 No. 2: 69 (2), 2001
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i2.166

SummaryWater stress affect many physiological andbiochemical processes of oil palm. A series ofexperiments were conducted to characterize thewater stress-induced changes in physiologicalrespons of oil palm to water stress, in glass housecondition. The experiment consisted of (1)permanent leaf wilting point measured based onsoil water content, leaf water content, specificleaf area and leaf water potential . Plants wereconducted by termination of watering to theplants, and control plants were maintained wellwatered during 0,3,6,9,12,15,18 and 21 days ofMK356 and MK365 clones. Experiment (2)effect of water stress on changes of leaf waterpotential, protein bands pattern, proline,glycine-betaine, osmotical sugar, and abcisicacid (ABA) of MK356 and MK365 clones.Water stress was induced by termination ofwatering to the plants and maintained wellwatered during 0, 7,14, and 18 days.Experiment (3) changes of protein bands patternby total protein and electrophoresis SDS-PAGEand SDS-PAGE 2D protein. of H2(D10DxD8D)x(L9TxL2T); H12 (D8D Self) x(L9T x L2T). H3 and H9 (BJ028D x BJ2117P)hybrids. H2 and H12, H3 and H9 potentiallytolerant and untolerant to water stress,respectively. The results showed that permanentwilting point reached in 18 days of water stress.Water stress caused the decreased soil watercontent, leaf water potential, leaf water content,relative leaf water content , and relative leafarea of two clones. Water potential, leaf watecontent dan relative leaf water content ofMK365 decrease faster compare with MK356.Soil water content sharply decrease after 6 hoursand in 18 days of water stress leaf waterpotential value < - 2.55 Mpa. Proline, glycine-betaine and glucose content were affect by waterstress. Interaction among water stress and cloneswere significantly appear in stachiose content.Leaf water potential values decrease, whereasproline, ABA and glycine-betaine contentsincrease during water stress especially inMK356. Generally showed that ABA content inMK356 higher than MK 365. The differencesresponses of MK356 with MK 365 obtained fromprolin,xylose and ABA content. Induction of newprotein pI 4.7-36 kDa, pI5.3-34 kDa, pI 4.6-32kDa and pI 5.3-36 kDa obtained from hybridspotentially tolerant to water strees, none inuntolerant hybrids.RingkasanCekaman kekeringan mempengaruhiproses fisiologis dan biokimia tanaman kelapasawit. Serangkaian percobaan bertujuan untukmengkarakterisasi perubahan fisiologis tanamankelapa sawit terhadap cekaman kekeringan,dalam kondisi rumah kaca telah dilakukan.Percobaan terdiri atas (1) penetapan titik layupermanen, berdasarkan perubahan potensial airdaun, kadar air daun, kadar air daun relatif, danluas daun relatif dengan perlakuan tanpa dandengan penyiraman selama 0, 3, 6, 9, 12, 15, 18dan 21 hari. Percobaan (2) penetapan perubahankadar prolin, glisin-betain, gula-gula osmotikaldan asam absisik (ABA), terhadap cekamankekeringan. Perlakuan adalah tanpa dan denganpenyiraman selama 0, 7, 14, dan 18 hari.Percobaan (3) analisis perubahan pola pita proteindaun hibrida H2 (D10DxD8D)x(L9TxL2T); H12(D8D Self) x (L9T x L2T). H3 dan H9 (BJ028Dx BJ2117P) terhadap cekaman kekeringan dengantotal protein, dan pola pita protein dengan SDSPAGE dan SDS-PAGE 2D. H2 dan H12 serta H3dan H9 masing-masing berpotensi toleran danpeka terhadap cekaman kekeringan. Hasil yangdiperoleh menunjukkan bahwa titik layupermanen dicapai pada hari ke 18 setelah dibericekaman kekeringan. Cekaman kekeringanmenurunkan kadar air tanah media tumbuh,potensial air daun, kadar air daun, kadar air daunrelatif, dan luas daun relatif untuk kedua klon.Potensial air daun, kadar air daun dan kadar airdaun relatif klon MK365 menurun lebih cepatdibandingkan dengan klon MK356. Kadar airtanah menurun tajam setelah 6 hari dibericekaman air dan potensial air daun mencapai<-2.55 MPa pada 18 hari setelah diberi cekaman.Cekaman kekeringan nyata berpengaruh terhadapkadar prolin, glisin betain dan glukosa. Interaksiantar lama cekaman kekeringan dan perbedaanklon diperoleh pada perubahan gula stahiosa.Tampak bahwa semakin menurun nilai potensialair daun menyebabkan kadar prolin semakinmeningkat. Hal yang sebaliknya terjadi terhadapkadar glisin-betain yang mengalami penurunanterutama untuk klon MK356. Kadar ABAMK356 dan MK365 meningkat sejalan dengansemakin lama diberi cekaman. Secara umumtampak bahwa kadar ABA pada MK356 lebihtinggi dibandingkan dengan MK 365. Perbedaanrespons klon MK356 dengan MK 365 terjadipada kadar prolin, gula silosa dan ABA.Hibridaberpotensi toleran memberikan respon terhadapcekaman kekeringan dengan menginduksi proteinbaru pI 4,7-36 kDa, pI5,3-34 kDa, pI 4,6-32 kDadan pI 5,3- 36 kDa, sedangkan pada hibridayang berpotensi peka protein tersebut tidakditemukan

Analisis abnormalitas tanaman kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq) hasil kultur jaringan dengan teknik Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis abnormalities of oil palm (Elaeis guineensis Jacq) from tissue culture by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD Nurita TORUAN-MATHIUS; Saro Ina Ita BANGUN; . MARIA-BINTANG
Menara Perkebunan Vol. 69 No. 2: 69 (2), 2001
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i2.169

SummaryProblem in oil palm propagation throughtissue culture is the abnormality of reproductiveorgans i.e. female flowers and mantle fruits are inthe same plants or clones. Various abnormalitiesobtained between clones, and could only beidentified after fruit formation. The experimentwas conducted to analyze genetic similarities ofnormal and abnormal genotypes in the same andamong clones, and also to get a specific RAPDband as a marker for abnormalities. Six clones ofoil palm (16 genotypes) of 5-year old MK152,MK203, MK209 and MK212 with normal fruits,female flowers, and abnormal fruits (heavymantled), grown in the field, while two otherclones were MK 104 and MK 176 with normalfruits and heavy mantled. PCR reaction toamplify DNA of 16 genotypes using 15 randomprimers. Genetic similarities and dendogramwere done by NTSYS-pc, while honestly value ofUPGMA analyzed by boostrap with WinBootprogram. The results showed that OPC-07,OPC-09, OPW-19 and SC10-19 were able todetermine the differences of normal andabnormal genotypes in the same clone of sixclones tested. While other primers were onlyable to differentiate between normal andabnormal genotypes only in several clones.Genetic similarities among 16 genotypes testedwere around 0.47-0.96. Genetic similaritiesbetween normal genotype were higher than thatof among abnormal genotypes. MK176 clonewas more stable in culture as compare to otherclones. UPGMA showed that in generaly normalgenotypes and abnormal one, in the sameclones belongs to the same group. The results ofprincipalcomponent analysis showed that from 15primers tested no specific DNA band could beused as a marker for abnormalities. To obtainehave DNA markers, a more sensitive techniquefor DNA analysis is needed.RingkasanMasalah yang dihadapi dalam perbanyakantanaman kelapa sawit dengan teknik kulturjaringan adalah abnormalitas organ reproduktifyaitu terbentuknya bunga jantan dan buah manteldalam klon yang sama. Terjadinya abnormalitassangat beragam, dan teridentifikasi setelahtanaman berbuah. Penelitian ini bertujuan untukmengetahui kesamaan genetik serta penge-lompokan antar genotipe normal dan abnormaldalam klon yang sama maupun antar klon, sertamenetapkan pita DNA penciri untuk abnormalitasdengan RAPD. Enam klon kelapa sawit(16 genotipe) berumur 5 tahun yaitu MK152,MK203, MK209, dan MK212 masing-masingdengan genotipe berbuah normal, berbungajantan, dan berbuah abnormal (mantel berat). Duaklon lainnya yaitu MK104 dan MK176 masing-masing terdiri dari genotipe berbuah normal danmantel berat. Reaksi PCR untuk mengamplifikasiDNA contoh dilakukan menggunakan 15 primeracak. Kesamaan genetik dan pembuatanfenogram dilakukan dengan programNTSYS-pc. Sedang tingkat kepercayaanUPGMA ditetapkan dengan analisisbootstrap menggunakan program WinBoot.Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwaprimer OPC-09, SC10-19, OPC-07 danOPW-19 mampu membedakan genotipenormal dan abnormal dalam klon yang samauntuk keenam kon yang diuji. Sedang primerlainnya hanya mampu menunjukkanperbedaan antar genotipe normal danabnormal dalam beberapa klon saja.Kesamaan genetik antar 16 genotipe yangdiuji berkisar antara 0,47-0,96. Kesamaangenetik antar genotipe normal lebih tinggidibandingkan dengan kesamaan genetikantar genotipe abnormal. Klon MK176lebih stabil dalam kultur dibandingkandengan klon lainnya. UPGMA menunjukkanbahwa umumnya genotipe normal danabnormal dalam klon yang sama beradadalam satu grup. Hasil analisis komponenutama menunjukkan bahwa dari 15 primeryang diuji belum mampu menghasilkan pitaDNA penciri untuk abnormalitas. Untukmendapatkan pita DNA penciri, perludilakukan analisis DNA dengan teknik yanglebih sensitif untuk mendeteksi perubahansatu basa oligonukleotida

Kemiripan genetik klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) berdasarkan metode Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) Genetic similarity of rubber clones (Hevea brasiliensis Muell. Arg) based on Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) method . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR ASWIDINNOOR; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
Menara Perkebunan Vol. 71 No. 1: 71 (1), 2003
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v71i1.180

Summary Genetic similarity among ten rubber clones originating from the Wickham collection was studied by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers. These clones have different levels of resistance to Corynespora cassiicola, one of the major pathogens in rubber plantations. The information resulted from this study will be used to determine resistant and susceptible clones which will be used in expression study of the genes encoding plant resistance to C. cassiicola. Genetic similarity values of clones were calculated from all AFLP markers and used to produce a dendrogram using Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) based on Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc. A total of 481 fragments were detected by using ten pairs of selective AFLP primers, and 233 fragments (48,4 %) of them were polymorphic. The results clearly demonstrated that genetic background of these ten clones were 85.5% similar. At 88.0% similarity level, the clones could be divided into three clusters. Genetic similarity of IRR 100 (resistant clone) with RRIC 103, PPN 2444 and IAN 873 (susceptible clones) was 90.5, 89.5 and 89.0% respectively, while genetic similarity of other three resistant clones (AVROS 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes. Kemiripan genetik sepuluh klon karet yang berasal dari koleksi Wickham dipelajari dengan menggunakan marka Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola. Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc. Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes. 233 fragmen (48,4 %) di antaranya polimorfik Dendrogram dengan nyata menunjukkan bahwa 85,5% latar belakang genetik kesepuluh klon karet tersebut adalah sama, dan pada tingkat 88,0% kesepuluh klon terpisah dalam tiga kelompok. Kemiripan genetik klon IRR 100 (resisten) dengan klon rentan RRIC 103, PPN 2444 dan IAN 873 masing-masing adalah 90,5, 89,5 dan 89,0%, sedangkan kemiripan genetik tiga klon resisten lainnya (AVROS 2037, PR 255 dan BPM 1) dengan ketiga klon rentan yang sama adalah 88,0%. Kemiripan genetik terendah (85,5%) terdapat antara klon RRIC 100 (resisten) dengan ketiga klon rentan tersebut. Dengan mempertimbangkan distribusi penyebaran klon dan asal klon maka klon resisten AVROS 2037 dan klon rentan PPN 2444 yang memiliki kemiripan genetik 88,0% akan dipilih untuk digunakan dalam studi ekspresi gen tanaman karet. acerun:yes'> Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola. Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System(NTSYS) version 1.8 pc. Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes.

Title

Found 30 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 30 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 30 Documents
Search