Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : Biotropika

Simulasi Metode Statistik untuk Seleksi Single Nucleotide Polymorphism Mohamad Ikhsan Nurulloh; Hidayat Trimarsanto; Yustinus Ulung Anggraito; Endah Peniati; R Susanti
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 7, No 1 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2019.007.01.04

Abstract

Kemajuan teknologi sekuensing menyebabkan peningkatan ketersediaan sekuen genom organisme. Ribuan strain dan isolat dari berbagai populasi organisme telah diisolasi serta diketahui sekuen genomnya. Informasi genetik populasi organisme dapat dimanfaatkan sebagai marka molekuler. Marka Single Nucleotide Polymorphism (SNP) terdapat dalam jumlah banyak namun tidak seluruhnya informatif. Metode seleksi yang telah ada belum efektif menyeleksi SNP informatif, oleh karena itu perlu dilakukan pengembangan metode seleksi SNP yang efektif. Metode seleksi SNP dikembangkan menggunakan metode statistik dengan FST sebagai filter (penyaring) utamanya dan digabungkan dengan Linkage Disequilibrium (LD). Struktur populasi dari SNP diketahui menggunakan Principal Component Analysis (PCA), Principal Coordinate Analysis (PCoA), pairwise FST, dan neighbor-joining population tree. Kriteria SNP informatif diketahui dengan menghitung FST dan Minor Allele Frequency (MAF). Metode statistik diuji efektivitasnya dalam menyeleksi SNP informatif menggunakan simulasi data genetik populasi. Hasil penelitian menunjukkan pengembangan metode statistik dengan menggunakan FST sebagai penyaring utama efektif dalam menyeleksi SNP informatif. Kriteria SNP informatif adalah SNP dengan MAF 0,2-0,4 serta FST 0,1-0,4 dan 0,8-1,0.
Co-Authors - Wulandari, - Aditya Marianti Anggitalina Pramilia Dewi Ani Rusilowati Avriana, Lilih Axioma Salsabila Aniq B., F. Putut Martin H. David Mubarok Dewi Mustikaningtyas Dihan Prasetiyanto, Dihan Eka Fitriana Eka Setiadi Eling Purwantoyo Ely Rudyatmi, Ely Ema Aprilia Handini, Ema Aprilia Fajarini, Nata Maulida Fatimah Dini Pamungkas Siwi, Fatimah Dini Pamungkas Fatma, Yunita Nur Hani Pramudiani, Hani Hidayat Trimarsanto Kasmui -, Kasmui Kusoro Siadi Kusuma, Zeni Herawati Lina Herlina Lisdiana Lisdiana Luthfiani, Addina Nur Martien Herna Susanti Maulana, M. Zuhrufi Mauludah, Nurul Mohamad Ikhsan Nurulloh Muhammad Abdullah Mu’afy, Faizal Daffa Ning Setiati Ning Setiati Nisa', Lailatun Nisa' Nufus, Izzatun Nugrahaningsih WH, Nugrahaningsih Nur Rahayu Utami Nurajijah, Salsa Bila Partaya, Partaya Pragiwati Setiana Priyantini Widiyaningrum R Susanti R Susanti R. Susanti, R. Susanti Rahma Ditasari, Rahma Rahmawati, Kamalia Nurazizah Rahmawati, Kamalia Nurazizah Retno Sri Iswari Ria Ika Maharani Riani, Elen Dining Riani, Elen Dining Rina Wahyuningsih, Rina Rizaki, Ibnu Rizaki, Ibnu S Sriyadi Santiani Santiani Setiadi, Eka Sigit Saptono Sinta Ayuningrum, Sinta Siti Harnina Bintari Sofiah Sofiah Sri Sukaesih Sri Sukaesih Sri Widarti, Sri Sriyadi , Sriyadi Sukmawati Sukmawati Supriyanto - Supriyanto Supriyanto Temuningsih Temuningsih, Temuningsih Tuti Widianti Tyas Agung Pribadi, Tyas Agung Ulfa, Berlina Maika Virginia Ainin Kautsar Adiatmah, Virginia Ainin Kautsar Wiwi Isnaeni Wiwi Isnaini Wulan Christijanti Yustinus Ulung Anggraito Zumala Nilasari, Zumala