cover
Contact Name
-
Contact Email
-
Phone
-
Journal Mail Official
-
Editorial Address
-
Location
Kota adm. jakarta selatan,
Dki jakarta
INDONESIA
Jurnal AgroBiogen
Published by Kementerian Pertanian
ISSN : 19071094     EISSN : 25491547     DOI : -
Core Subject : Agriculture,
Jurnal AgroBiogen memuat artikel primer dan sekunder hasil penelitian bioteknologi dan sumberdaya genetik tanaman, serangga, dan mikroba pertanian. Jurnal ini diterbitkan tiga kali setahun pada bulan April, Agustus dan Oktober oleh Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
Arjuna Subject : -
Articles 252 Documents
Evaluasi Sifat Daya Tembus Akar dan Identifikasi Mutan Stabil pada Populasi Penanda Aktivasi Ma'sumah, Ma'sumah; Santoso, Tri J.; Trijatmiko, Kurniawan R.
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 1 (2016): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n1.2016.p21-28

Abstract

Cekaman kekeringan merupakan salah satu faktor pembatas penting dalam peningkatan produksi padi di Indonesia.Perakitan varietas unggul padi toleran kekeringan diperlukan untuk menjawab tantangan tersebut. Beberapa galur padiNipponbare transgenik yang membawa penanda aktivasi telah dihasilkan pada penelitian sebelumnya. Tujuan penelitian iniadalah mengevaluasi daya tembus akar dan stabilitas elemen Ds pada galur-galur penanda aktivasi generasi T1. Bahan yangdigunakan dalam penelitian ini adalah benih T1 47 galur transgenik, varietas cek toleran kekeringan (Cabacu dan IRAT112),dan varietas cek peka (IR64 dan Nipponbare tipe liar). Benih T1 ditapis terlebih dahulu dengan perkecambahan pada larutanherbisida Basta untuk mengeliminasi individu yang tidak membawa elemen penanda aktivasi. Daya tembus akar dievaluasimenggunakan lapisan lilin sebagai tiruan lapisan tanah yang padat dan keras (hardpans). Keberadaan gen bar dan ketiadaangen hpt yang dideteksi dengan PCR digunakan untuk mengidentifikasi mutan-mutan stabil. Dari 47 galur yang diuji, 38 galurmenunjukkan daya tembus akar yang lebih baik daripada Nipponbare non transforman. Analisis PCR mengidentifikasi empatmutan stabil, yaitu M-Nip-12.12, M-Nip-19.8, M-Nip-19.9, dan M-Nip-20.13. Satu mutan stabil, M-Nip-20.13, menunjukkan dayatembus akar yang lebih baik daripada varietas cek toleran. Mutan ini menjadi kandidat yang baik untuk isolasi gen tolerankekeringan.
Pra-pemuliaan Aneka Kacang dalam Mendukung Proses Pemuliaan untuk Perakitan Varietas Unggul Baru Asadi, Asadi; Lestari, Puji; Dewi, Nurwita
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 1 (2016): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n1.2016.p51-62

Abstract

AbstrakPra-pemuliaan aneka kacang dalam mendukung proses pemuliaan untuk perakitan varietas unggul baru. Asadi, Puji Lestari dan Nurwita Dewi. Aneka kacang merupakan komoditas tanaman pangan yang menempati posisi strategis ditinjau dari aspek ekonomi, pangan dan gizi di dunia termasuk Indonesia. Namun kondisi cekaman biotik dan abiotik menuntut perakitan varietas unggul dengan memanfaatkan secara optimal plasma nutfah atau sumber daya genetik (SDG) aneka kacang melalui pemuliaan. Dalam reviu ini disampaikan tentang bagaimana memanfaatkan koleksi SDG aneka kacang secara optimal dan pemuliaannya dalam rangka perbaikan varietas, dan pra-pemuliaan yang berperan dalam menjembatani koleksi SDG sebagai sumber gen dengan aktivitas pemuliaan termasuk aspek genomiknya termasuk di Indonesia. Untuk lebih mengoptimalkan pemanfaatan SDG, perlu dibuat koleksi inti (core collection) yaitu dengan cara mengkarakterisasi dan mengevaluasi ketahanan/toleransinya terhadap sifat-sifat penting. Untuk menghadapi tantangan perubahan iklim, pra-pemuliaan dititikberatkan untuk mencari sumber gen yang tahan/toleran terhadap cekaman abiotik dan biotik. Berbagai aksesi aneka kacang yang dikoleksi dalam bank gen telah dilaporkan toleran  terhadap cekaman abiotik (kekeringan, kerendaman, keracunan aluminium dan salinitas tinggi) dan tahan terhadap cekaman biotik. SDG dengan karakter penting yang sudah teridentifikasi akan lebih mudah diakses dan diberdayakan sebagai sumber gen dalam perakitan varietas baru, sehingga akan memperkaya karakter penting pada varietas unggul yang dilepas. Kemajuan genomik pada aneka kacang berkembang pesat tidak hanya di kedelai namun juga di kacang hijau, kacang merah, kacang gude, kacang, tanah, chickpea (Cicer arietinum), kacang buncis dan lainnya. Marka berbasis genom dan platform genotyping SNP dengan high throughput menjadikan teknologi ini menjadi harapan dalam membantu program pemuliaan aneka kacang. Kemajuan dalam aspek pengelolaan dan pemanfaatan SDG, biologi molekuler dan bioteknologi esensial untuk mencapai keberhasilan final dalam pemuliaan terutama di Indonesia. Karena itu, pra-pemuliaan merupakan kegiatan penting untuk menyambungkan pengelolaan SDG aneka kacang dengan  program pemuliaannya.
Regenerasi Protokorm secara In Vitro dan Aklimatisasi Planlet Anggrek Cymbidium hartinahianum J.B. Comber & Nasution Handini, Elizabeth; Sukma, Dewi; Sudarsono, Sudarsono; Roostika, Ika
Jurnal AgroBiogen Vol 13, No 2 (2017): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v13n2.2017.p91-100

Abstract

Cymbidium hartinahianum J.B. Comber & Nasution merupakan spesies anggrek asli Indonesia yang terancam punah. Penelitian ini bertujuan menentukan formulasi media yang sesuai untuk multiplikasi protokorm dan metode aklimatisasi planlet C. hartinahianum. Pada tahap pertama multiplikasi protokorm, media Knudson C (KC) ditambah dengan naphthaleneacetic acid (NAA) 0,5 mg/l dikombinasikan dengan benzyladenine (BA) (0, 5, 10, 15, 20 mg/l). Pada tahap kedua, digunakan thidiazuron (TDZ) (0, 0,1, 0,3, 0,5 mg/l). Induksi akar dilakukan dengan menggunakan media KCA dengan penambahan NAA atau indolebutyric acid (IBA) (0, 1, 3, 5 mg/l). Planlet diberi perlakuan hardening pada media KCA dengan perlakuan sukrosa (0, 20, 40 g/l) dan diinkubasi pada 16–18°C selama 1 bulan, kemudian dipindahkan ke 22–27°C selama 1 bulan, dan selanjutnya dipindahkan ke 27–29°C selama 1 bulan sebelum aklimatisasi. Sebanyak 3,1 tunas dan 11,16 protocorm-like body (PLB) (daya hidup 72%) dihasilkan dengan BA 5 mg/l. Penggunaan BA lebih dari 5 mg/l tidak berpengaruh secara nyata terhadap kenaikan jumlah PLB. Perlakuan TDZ 0,3 mg/l menghasilkan 2,33 PLB (daya hidup 99,63%). Penggunaan TDZ lebih dari 0,3 mg/l menyebabkan kenaikan jumlah PLB. Induksi akar optimal pada perlakuan NAA 3 mg/l, namun jumlah akarnya tidak berbeda nyata dengan kontrol. Perlakuan hardening terbaik adalah inkubasi planlet pada media KCA yang ditambah gula 20 g/l di ruang kultur dengan suhu 16–18°C selama 1 bulan dilanjutkan dengan 1 bulan di ruang persiapan dengan suhu 22–27°C (daya hidup 44,6%).
Keragaman Genetik Rizobakteri Penghasil Asam Indol Asetat Berdasarkan 16S rRNA dan Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis Puji Lestari; Dwi N. Susilowati; I Made Samudra; Tri P. Priyatno; Kristianto Nugroho; Whyranti Nurarfa; Inda Setyawati; Yadi Suryadi
Jurnal AgroBiogen Vol 13, No 1 (2017): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v13n1.2017.p25-34

Abstract

Asam indol asetat (AIA) dapat dihasilkan oleh bakteri rizosfer/rizobakteri pemacu pertumbuhan tanaman (PPT). Keragaman genetik isolat bakteri PPT indigenous Indonesia perlu diinvestigasi untuk mencari sumber potensial agen PPT dengan informasi kekerabatan intra dan interspesies yang jelas. Karena itu penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik rizobakteri penghasil AIA indigenous Indonesia dengan gen 16S rRNA, dilengkapi dengan ARDRA. Koleksi isolat bakteri BB Biogen diidentifikasi kandungan AIA-nya, morfologi secara makroskopis dan sekuensing pada sekuen 16S rRNA dan ARDRA. Total empat belas isolat rizobakteri memiliki kandungan AIA dalam kisaran 5,24-37,69 µg/ml dan tertinggi pada SM1. Karakteristik morfologi koloni rizobakteri mendukung variasi strain bakteri penghasil AIA. Delapan isolat terpilih diidentifikasi sebagai spesies Bacillus dengan homologi 96-99%. Lima isolat (SM1, JP4, KP3, MB2, dan CP3) diidentifikasikan sebagai B. subtilis, SC2 sebagai B. amyloliquefaciens, BL2 dekat dengan B. velezensis, dan JP3 memiliki homologi tinggi dengan Brevundimonas olei. Delapan isolat rizobakteri tersebut berkerabat dekat dengan strain bakteri referensi yang memiliki kesamaan spesies. Analisis ARDRA-RsaI menghasilkan lima filotipe dengan keunikan pola sidik jari. Isolat CP3, MB 2, dan KP 3 berada dalam satu filotipe. Kedekatan isolat dalam Bacillus sp. digambarkan oleh filotipe 5 (B. subtilis SM1 dan B. velezensis BL2) yang diduga jauh dari B. amyloliquefaciens SC2 (filotipe 4) dan JP 3 pada genus Brevundimonas (filotipe 3). Keragaman genetik isolat rizobakteri penghasil AIA terhitung rendah berdasarkan 16S-rRNA dan ARDRA-RsaI.
Eksplorasi Lokus Pup1 pada 55 Genotipe Padi Berdasarkan Analisis Marka Molekuler dan Sekuensing Tasliah Tasliah; Ma'sumah Ma'sumah; Joko Prasetiyono
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p63-72

Abstract

Fosfor (P) merupakan unsur penting pada padi yang ketersediaannya di bumi semakin berkurang. Eksplorasi lokus yangberperan dalam penangkapan P (Pup1) pada plasma nutfah padi bermanfaat untuk mendapatkan calon tetua yang toleranterhadap defisiensi P. Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi lokus Pup1 pada 55 genotipe padi guna mendapatkan genotipeyang memiliki alel Kasalath dari empat marka spesifik gen-gen di dalam lokus Pup1 dan memiliki kesamaan sekuen yangtinggi dengan sekuen rujukan lokus Pup1. Hasil amplifikasi DNA genomik dari tiga genotipe padi cek, yaitu Kasalath, NIL-C443,dan Nipponbare; 36 padi gogo, 15 padi sawah, dan 1 padi amfibi, menggunakan empat marka spesifik yang berada di dalamlokus Pup1, yaitu K05−1, K20−2 + Bsp12861, K29−1, dan K46−2, menunjukkan bahwa persentase padi gogo yang memilikilokus Pup1 hampir sama dengan padi sawah, berturut-turut 49% dan 47,3%. Tiga genotipe, yaitu Gajah Mungkur, Cabacu, danIR36, memiliki alel Kasalath pada keempat marka yang menunjukkan bahwa genotipe tersebut memiliki lokus Pup1. Kasalath,NIL-C443, Gajah Mungkur, Cabacu, dan IR36 memiliki kesamaan sekuen basa yang bervariasi pada daerah marka K20−2 +Bsp12681 dan K46−2, berturut-turut 54,7−95,2% dan 94,6−97,5%, dibanding dengan sekuen rujukan Pup1. Gajah Mungkur,Cabacu, dan IR36 pada daerah tersebut memiliki kesamaan sekuen basa yang tinggi dibanding dengan sekuen rujukan Pup1(berturut-turut 87,3−92,4% dan 94,6−96%) sehingga ketiga genotipe memiliki potensi sebagai sumber lokus Pup1 yang barumenggantikan Kasalath.
Pola Segregasi Ketahanan Populasi F2 Padi Ciherang/Swarnalata terhadap Wereng Batang Cokelat Slamet Slamet; Ahmad Warsun
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 1 (2016): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n1.2016.p29-36

Abstract

Wereng batang cokelat (WBC, Nilaparvata lugens Stål) merupakan hama yang menurunkan produktivitas padi secarasignifikan di Indonesia. Penanaman varietas tahan merupakan cara yang mudah, murah, efektif, ramah lingkungan, dansesuai dengan konsep pengendalian hama terpadu sehingga pemulia berupaya mengembangkan varietas tahan WBC.Penelitian bertujuan menguji ketahanan varietas padi untuk pemilihan calon tetua persilangan, menguji metode evaluasiketahanan terhadap WBC pada individu tanaman untuk melengkapi metode yang telah ada, dan mempelajari segregasipopulasi persilangan dari tetua terpilih. Penapisan ketahanan dua belas varietas padi diferensial dan unggul menggunakanteknik skrining massal baku dalam bak benih menunjukkan bahwa Ciherang/Swarnalata secara berurutan konsisten rentandan tahan terhadap WBC populasi Klaten (Jawa Tengah) dan Banyuwangi (Jawa Timur) sehingga dipilih sebagai tetuapersilangan. Metode evaluasi ketahanan tanaman yang ditanam dan diinfestasi dengan nimfa WBC secara individual pada tigapopulasi simulasi persilangan Ciherang/Swarnalata berhasil menentukan pola segregasi ketahanan pada populasi tersebutsesuai dengan komposisi campuran benih tahan dan rentan, yaitu 3 : 1 atau 1 : 3 dengan asumsi pola pewarisan secaraberurutan monohibrid dominan atau resesif pada F2 dan komposisi 1 : 1 dengan asumsi pola pewarisan dominan pada BC1F2.Evaluasi ketahanan 125 tanaman F2 hasil persilangan Ciherang/Swarnalata terhadap WBC populasi Klaten menggunakanteknik pengujian secara individual menunjukkan bahwa tanaman populasi tersebut bersegregasi dengan rasio 3 : 1 yangmenunjukkan bahwa ketahanan varietas Swarnalata dikendalikan oleh satu gen mayor yang bersifat dominan penuh.Tanaman F2 yang tahan perlu dideteksi dengan marka molekuler untuk memastikan adanya introgresi gen ketahanan daritetua donor dan diuji ketahanannya pada generasi lanjut.
Front Matter JA Vol 13 No 1 Jurnal Agrobiogen
Jurnal AgroBiogen Vol 13, No 1 (2017): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v13n1.2017.p%p

Abstract

Keragaman Genotipik dan Fenotipik 48 Aksesi Kedelai Introduksi Asal Cina Rerenstradika T. Terryana; Kristianto Nugroho; Reflinur Reflinur; Karden Mulya; Nurwita Dewi; Puji Lestari
Jurnal AgroBiogen Vol 13, No 1 (2017): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v13n1.2017.p1-16

Abstract

Sebagai salah satu komoditas tanaman pangan penting di Indonesia setelah padi dan jagung, kedelai memerlukan upaya peningkatan keragaman genetik dengan cara introduksi aksesi dari negara lain terutama Cina sebagai salah satu negara asal kedelai di dunia. Marka simple sequence repeat (SSR) dapat digunakan untuk analisis keragaman genetik antaraksesi kedelai introduksi. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari keragaman genotipik dan fenotipik 48 aksesi kedelai introduksi asal Cina menggunakan 15 marka SSR. Analisis DNA dilakukan menggunakan PCR dan data hasil PCR menggunakan marka SSR dianalisis menggunakan perangkat lunak XLSTAT, NTSYS, dan PowerMarker. Data karakter morfologis diperoleh dari basis data Germplasm Resources Information Network (GRIN), United States Department of Agriculture (USDA) (www.ars-grin.gov). Data ini digunakan sebagai data keragaman fenotipik yang diperlukan untuk menunjang hasil karakterisasi molekuler. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat keragaman karakter morfologis dan molekuler antaraksesi kedelai yang dipelajari. Berdasarkan hasil analisis komponen utama, karakter tinggi tanaman, bobot 100 biji, hasil biji, warna pusar biji, warna trikoma, warna bunga, dan warna polong berkontribusi besar terhadap keragaman total. Analisis molekuler menggunakan marka SSR menunjukkan bahwa terdapat variasi alel yang cukup tinggi (9–25 alel) di antara aksesi kedelai dengan rerata jumlah alel 15,6, sedangkan rerata nilai Polymorphism Information Content (PIC) sebesar 0,89 (0,84–0,94). Seluruh marka SSR memiliki nilai PIC>0,5 yang menunjukkan bahwa marka tersebut informatif untuk studi keragaman genetik kedelai dengan rerata nilai diversitas gen sebesar 0,90. Hasil analisis filogenetik dan analisis koordinat utama menunjukkan bahwa 48 aksesi tersebut mengelompok menjadi tiga dengan koefisien kemiripan 0,84. Pada penelitian ini dilakukan pula uji asosiasi antara marka SSR dan karakter morfologis. Asosiasi yang signifikan ditemukan pada tujuh lokus marka SSR. Persentase keragaman total yang dapat dijelaskan oleh marka SSR tersebut, yaitu 17,25–78,45%. Marka GMES2225 dan Sat_286 berasosiasi dengan warna kulit biji, sedangkan marka GmF35H berasosiasi dengan tinggi tanaman. Informasi keragaman genetik akan sangat bermanfaat sebagai langkah awal untuk kegiatan seleksi tetua persilangan dengan sifat yang diinginkan dalam membantu program pemuliaan kedelai di Indonesia.
Back Matter Vol 12 No 1 Jurnal Agrobiogen
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 1 (2016): Juni
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n1.2016.p%p

Abstract

Gene Duplication to Reveal Adaptation Clue of Plant to Environmental Stress: A Case Study of NBS-LRR Genes in Soybean Puji Lestari; Suk-Ha Lee; I Made Tasma; Asadi Asadi
Jurnal AgroBiogen Vol 12, No 2 (2016): Desember
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/jbio.v12n2.2016.p119-130

Abstract

Gene duplication to reveal adaptation clue of plant to environmental stress: A case study of NBS-LRR genes in soybean. Puji Lestari, Suk-Ha Lee, I Made Tasma, and Asadi. Adaptive strategies of plant to stress are fine-tuned by adjusting several activities including molecular mechanism which involve duplicated genes responsive to environmental changes. Genes responsive to the environmental stresses which are retained after small scale duplication are part of plant genome duplication. However, less information of duplicated genes could be adaptive to environmental changes in plant. This review presents an overview of duplication events in plant genomes which impact to gene duplication in relation to environmental changes, gene duplication as an adaptation mechanism, a case of duplicated nucleotide binding site-leucine-rich repeat (NBS-LRR) genes in soybean, and the gene duplication implementation for plant breeding in Indonesia. Notably, genome duplication events generate gene duplication and contribute to adaptive evolution against environmental changes. Generalization of plants to adapt the stressful conditions also probably improves our understanding of gene duplication as a mechanism of adaptation. Several recently duplicated NBS-LRR genes in soybean retain disease resistance QTL and the differential expression convince their contribution to biotic stress resistance in soybean. Proposed models of NBS-LRR genes duplication process may help to understand these genes response to the environmental changes. The duplication of genes resistant to pest/disease particularly NBS-LRR provides important information to select breeding parents and develop molecular markers related to desease resistance to genetically improve soybean in Indonesia. Overall, it may therefore be possible to enhance breeding which targets on genes tolerance/resistance to abiotic/biotic stress, and provide a molecular basis for crop-stress protection strategy and more improved soybean varieties specified for harsh environment.