Claim Missing Document
Check
Articles

Found 32 Documents
Search

BIOLOGICAL ASPECT AND ABUNDANCE OF TRITON EPAULETTE SHARK (Hemiscyllium henryi) ENDEMIC TO TRITON BAY, KAIMANA, WEST PAPUA Prehadi, Prehadi; Kintani, Novia Indah; Sombo, Hendrik; Fahlevi, Arief Reza; Junaedy, Ahmad; Muttaqin, Ahmad Sabilul; Raweyai, Oktofianus Obaja; Kusumarani, Dheni; Raunsai, Jhoni Elias; Fenetiruma, Syamsudin; Malaihollo, Jantje Jacobus; Herettrenggi, Rosa; Widiarto, Santoso Budi; Subhan, Beginer; Ayuningrum, Diah
Saintek Perikanan : Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology Vol 20, No 3 (2024): SAINTEK PERIKANAN
Publisher : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/ijfst.20.3.133-140

Abstract

Walking shark is one of elasmobranch that has been protected by the government of the Republic of Indonesia and can be found in the eastern seawaters of Indonesia. There are six species of walking shark, one of it is Triton Bay Epaulette Shark (Hemiscyllium henryi) which is endemic to the coastal waters of Kaimana. There are still lack of information regarding biology abundance and population of H. henryi, therefore it is necessary to do a study related to this species. This study aims to determine individual information and abundance of H. Henryi in Kaimana coastal waters during the observation in 2022 and 2023 based on density value and potential area. The method used is a census based on the Global Positioning System, through snorkeling and walking along the coastline, as well as observations of total length, wet weight, and sex in H. henryi which encountered during census. The total census track is 5.783 meters with a sweep of 2,46 Ha monitoring area. The density or abundance of H. henryi in 2022 is 1,2 ind/Ha and in 2023 is 2,4 ind/Ha. Total length of H. henryi ranged between 55–88 cm (Mean 70,6 cm ± SD 12,29). The length and weight relationship obtained W=0,0004L3,4343 with R2 value of 0,9526. The abundance trend of H. henryi at the coastal waters of Kaimana in the last two years has multipled by 2 times based on density value determining after being designated as a fully protected fish species.
Bakteri yang Berasosiasi dengan Karang Keras yang Terinfeksi Penyakit White Syndrome di Perairan Sawopudo, Sulawesi Tenggara, Indonesia Palupi, Ratna Diyah; Sabdaningsih, Aninditia; Ayuningrum, Diah; Sabdono, Agus
Jurnal Kelautan Tropis Vol 28, No 1 (2025): JURNAL KELAUTAN TROPIS
Publisher : Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/baf.%v.%i.%Y.%p

Abstract

Coral disease is one of the most significant factors contributing to coral mortality, leading to a reduction in coral cover. The direct causes of coral disease remain a subject of ongoing investigation by researchers at both national and international levels. There is a relationship between corals and microbes that form the coral holobiont, which can be beneficial, harmful, or neutral. This study aims to isolate, purify, and identify bacteria associated with corals infected with white syndrome (WS) at the molecular level through 16S rRNA gene amplification. Coral samples infected with WS were collected from the Sawopudo Waters in Southeast Sulawesi using purposive sampling through snorkeling. The coral life forms sampled included massive, sub-massive, and branching types, collected from approximately three different colonies. Bacterial analysis associated with WS coral disease was conducted in the laboratory, initially with isolation using the spread plate method and purification through quadrant streaking on peptone, yeast, and agar media. Once pure bacterial colonies were obtained, the bacterial isolates associated with WS-infected corals were injected into healthy corals using laboratory-scale Koch's postulates. The results showed 8 (eight) bacterial isolates associated with WS-infected corals (SWS01, SWS02, SWS03, SWS04, SWS05, SWS06, SWS07, and SWS08). Based on Koch's postulates, isolates SWS01 and SWS07 exhibited visual signs of WS disease. Further isolation and purification were only conducted on isolate SWS01. Molecular identification using 16S rRNA gene amplification revealed that isolate SWS01 is closely related to Priestia flexa (99.72% similarity), isolate SWS07 is closely related to Bacillus velezensis (99.68% similarity), and the re-cultured isolate from Koch's postulates is closely related to Alteromonas macleodii (99.64% similarity).Penyakit karang adalah salah satu faktor terpenting penyebab kematian karang dan dapat menurunkan tutupan karang. Penyebab langsung penyakit karang hingga saat ini masih terus dicari oleh para peneliti baik skala nasional maupun internasional. Terdapat hubungan antara karang dengan mikrobia yang membentuk coral holobiont yang dapat bersifat menguntungkan, merugikan, dan netral. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, mempurifikasi, dan mengidentifikasi bakteri yang berasosiasi dengan karang terinfeksi white syndrome (WS) secara molekuler dengan amplifikasi gen 16S rRNA. Sampel karang terinfeksi WS diambil di Perairan Sawopudo-Sulawesi Tenggara dengan metode purposive sampling melalui snorkeling. Bentuk pertumbuhan karang yang diambil sebagai sampel adalah massive, sub massive, dan branching yang diambil dari 3 koloni yang berbeda. Analisis bakteri asosiasi karang terinfeksi WS dilakukan di laboratorium dimulai dengan isolasi dengan metode sebar dan purifikasi dengan metode gores kuadran pada media pepton, yeast, dan agar. Setelah diperoleh koloni murni, isolat bakteri yang berasosiasi dengan karang WS diinjeksikan ke karang sehat menggunakan uji Postulat Koch skala laboratorium. Hasil dari penelitian ini adalah ditemukannya 8 (delapan) isolat bakteri yang berasosiasi dengan karang terinfeksi WS dengan kode isolat S.WS.01, S.WS.02, S.WS.03, S.WS.04, S.WS.05, S.WS.06, S.WS.07, dan S.WS.08. Uji Postulat Koch tidak berhasil dalam penelitian ini, akan tetapi isolat bakteri S.WS.01 dan S.WS.07 menunjukkan tanda-tanda penyakit WS secara visual pada saat uji Postulat Koch. Setelah dilakukan identifikasi molekuler menggunakan amplifikasi gen 16S rRNA, isolat S.WS.01 berkerabat dekat dengan Priestia flexa (99,72% kemiripan), isolat S.WS.07 berkerabat dekat dengan Bacillus velezensis (99,68% kemiripan), dan untuk isolat hasil kultur kembali dari Postulat Koch berkerabat dekat dengan Alteromonas macleodii (99,64% kemiripan).
KEANEKARAGAMAN GENETIK, MORFOLOGI DAN MORFOMETRI IKAN ENDEMIK DI DANAU RAWA PENING DENGAN PENDEKATAN DNA BARCODING Haryani, Nisrina Septi; Hartoko, Agus; Ayuningrum, Diah
Saintek Perikanan : Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology Vol 19, No 2 (2023): SAINTEK PERIKANAN
Publisher : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/ijfst.19.2.90-96

Abstract

Rawa Pening terletak di Jawa tengah adalah danau terbentuk alami melalui proses letusan vulkanik yang mengalurkan lava basalt dan menyumbat aliran Kali Pening daerah Tuntang yang berakibat lembah pening yang berhutan tropik berubah menjadi rawa. Ikan Endemik atau ikan asli yang terdapat di Rawa Pening yaitu ikan Wader. Penelitian di Danau Rawa Pening pada tahun 2006 diketahui memiliki keanekaragaman ikan Wader yaitu Wader Pari (R. lateristriata), Putih (R. jacobsoni), Andong (B. canchonius), Cakul (P. binotatus) dan Ijo (O. vittatus). Pentingnya untuk mengidentifikasi secara morfologi dan molekuler dikarenakan ikan Wader ini terdapat banyak jenis di Rawa Pening sebagai bahan inventarisasi data spesies ikan dan untuk mengetahui hubungan filogenetik pada area Danau Rawa Pening. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui informasi mengenai jenis spesies ikan Wader di Rawa Pening berdasarkan perbandingan morfologi teknik morfometri dan molekuler teknik DNA Barcoding dan hubungan filogenetik serta tingkat keragaman genetiknya. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Maret-Oktober 2021. Metode yang dilakukan meliputi analisis morfologi dari morfometri dan meristiknya, analisis molekuler dengan DNA barcoding, serta analisis data menggunakan software MEGA-X dan dnaSP. Hasil penelitian didapatkan ikan 33 individu, kemudian analisis morfologi dan molekuler dapat diketahui 3 spesies ikan yaitu kode W.P yaitu ikan Lumajang (Cycloceilichthys enoplos) dengan kemiripan sebesar 97,65%, kode W.I yaitu ikan Wader Ijo (Osteochilus vittatus) dengan kemiripan sebesar 100%, dan kode W.B yaitu ikan Wader Bintik Dua (Barbodes binotatus) dengan kemiripan sebesar 99,83%. Nilai keragaman genetik sampel ikan wader yang didapatkan di Danau Rawa Pening sebesar 0,8333 termasuk kedalam kategori keragaman genetik tinggi.
ISOLASI DAN PENAPISAN AKTINOMISETES YANG BERPOTENSI MENGHASILKAN ENZIM PROTEASE DARI TAMBAK IKAN BANDENG (Chanos chanos) DI KECAMATAN TUGU, SEMARANG Amanina, Farha Tsabita; Muskananfola, Max Rudolf; Ayuningrum, Diah
Saintek Perikanan : Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology Vol 18, No 4 (2022): SAINTEK PERIKANAN
Publisher : Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/ijfst.18.4.188-194

Abstract

Limbah pada sedimen tambak bandeng berupa bahan organik, bersumber dari sisa pakan dan hasil metabolisme. Limbah ini mengandung protein yang tinggi, apabila tidak diproses dengan baik dapat mencemari lingkungan perairan. Aktinomisetes merupakan organisme tanah yang memiliki peran penting dalam proses dekomposisi bahan organik dengan bantuan enzim. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi aktinomisetes yang mampu menghasilkan enzim protease. Jenis penelitian yang dilakukan yaitu deskriptif eksploratif. Sampel sedimen diambil dari dasar tambak ikan bandeng Kecamatan Tugu, Semarang pada 2 titik outlet tambak dengan metode coring modifikasi. Proses isolasi dilakukan menggunakan media IM5, IM6, IM7 dan IM8 dengan metode pour plate, sedangkan purifikasi dengan media IM6 dan IM8 menggunakan metode streak plate. Isolat diskrining dengan media spesifik Skim Milk Agar untuk melihat zona hambat di sekitar koloni sehingga diketahui Indeks Proteolitik (IP). Sebanyak 11 dari 17 isolat aktinomisetes mampu memproduksi enzim protease, tiga isolat berasal dari media IM6 dan 8 isolat dari media IM8. Diperoleh tiga isolat dengan kemampuan paling baik dalam menghasilkan enzim protease dengan nilai IP diatas 1,5, yaitu isolat VTB 1.1, VTB 1.2 dan YTB 1.2. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk membuktikan bahwa ketiga isolat tersebut mampu menjadi agen pendekomposisi kandungan protein berlebih pada sedimen tambak.
Identification and Phylogenetic Analysis of Blue Swimming Crab (Portunus sp.) in The Northern Waters of Jepara Used DNA Barcoding Lazuardhi, Risqi; Sabdaningsih, Aninditia; Ayuningrum, Diah; Saputra, Suradi Wijaya; Hartoko, Agus; Haeruddin, Haeruddin
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 18, No 2 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v18i2.38705

Abstract

The Awur Bay and Kartini Beach in Jepara, Central Java, are fishing areas with blue swimming crab as a main catch. This study aims to examine the species of blue swimming crabs captured in the Northern Waters of Jepara from different locations, analyze the molecular characteristics based on gender differences, obtain GenBank accession numbers as genetic conservation, and construct their phylogenetic tree. The research used a quantitative descriptive method. Samples were collected using purposive sampling from fishermen's catches and selected based on the difference in crab claws and carapace color, with a total of 4 samples. The samples were extracted using a DNA extraction kit and tested using Polymerase Chain Reaction (PCR) to visualize mitochondrial DNA (COI gene) and processed using MEGA 11. BLAST results showed that the similarity of the samples to Portunus pelagicus ranged from 97.02% to 99.42%. The different colors of claws and carapace did not affect the DNA sequence composition, hence indicating sexual dimorphisms. The DNA sequences from this study were deposited to GenBank with accession number LC836055.1-LC836058.1. Based on the phylogenetic tree construction, the clade of all samples shows a close relationship with the species Portunus pelagicus.
Analisis Stok Kepiting di Perairan Pekalongan"“Kendal, Jawa Tengah, Indonesia Taufani, Wiwiet Teguh; Saputra, Suradi Wijaya; Ayuningrum, Diah; Sabdaningsih, Aninditia
Jurnal Laut Khatulistiwa Vol 8, No 2 (2025): July
Publisher : Dept. Marine Science

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.26418/lkuntan.v8i2.95004

Abstract

Kepiting merupakan komoditas perikanan bernilai ekonomi tinggi dan menjadi produk ekspor dari perairan utara Jawa Tengah. Berdasarkan kajian Komisi Nasional Pengkajian Stok Ikan (2022), potensi lestari kepiting di Laut Jawa diperkirakan 7.360 ton per tahun dengan tangkapan diizinkan 5.152 ton per tahun, dan tingkat eksploitasi telah mencapai 0,9. Penelitian ini bertujuan menganalisis pola pertumbuhan, ukuran tangkap pertama (〖CW〗_c), ukuran matang gonad pertama (〖CW〗_m), dan tingkat eksploitasi kepiting bakau (Scylla sp.) di perairan Pekalongan hingga Kendal sebagai upaya mendukung pengelolaan berkelanjutan. Sebanyak 5.545 individu dianalisis, terdiri dari 2.818 jantan dan 2.727 betina. Hasil menunjukkan pola pertumbuhan alometrik negatif (b
SKRINING BAKTERI PENGHASIL ENZIM AMILASE DARI SEDIMEN TAMBAK UDANG VANNAMEI (Litopenaeus vannamei) Novitasari, Diva Triza; Purnomo, Pujiono Wahyu; Jati, Oktavianto Eko; Ayuningrum, Diah; Sabdaningsih, Aninditia
JFMR (Journal of Fisheries and Marine Research) Vol. 5 No. 2 (2021): JFMR
Publisher : Faculty of Fisheries and Marine Science, Brawijaya University, Malang, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.jfmr.2021.005.02.15

Abstract

Tambak budidaya udang banyak memproduksi limbah organik yang berasal dari sisa metabolisme dan sisa pakan dari kultivan budidaya. Keberadaan limbah organik yang melimpah dan tidak didampingi dengan manajemen kualitas air, akan mengakibatkan dampak buruk pada kultivan seperti kematian. Proses bioremediasi termasuk salah satu cara untuk membersihkan bahan pencemar pada lingkungan tambak yang dibantu oleh agen biologis yaitu bakteri. Bakteri amilolitik dapat digunakan sebagai agen bioremediator pada lingkungan karena menghasilkan enzim amilase. Amilase merupakan enzim yang mampu menghidrolisis pati menjadi senyawa yang lebih sederhana. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteri dari sedimen tambak udang vanname dan melakukan skrining enzim amilase menggunakan media Starch Casein Nitrat (SCN). Sedimen diambil pada 5 lokasi tambak pasca panen di Kabupaten Rembang. Sampel diisolasi menggunakan teknik pour plate dan purifikasi dengan teknik streak plate, sedangkan skrining enzim dilakukan dengan teknik dotting. Hasil penelitian yang didapatkan menunjukkan bahwa terdapat 20 isolat bakteri yang diisolasi dari sedimen tambak udang vanname dan 9 isolat bakteri menunjukkan aktivitas enzim amilase, diketahui dari zona bening yang dihasilkan pada isolat setelah ditambahkan iodine.
Pemanfaatan DNA Barcoding untuk Identifikasi Spesies Bivalvia di Ekosistem Mangrove Desa Tapak, Kota Semarang Yustina, Nurul; Rudolf Muskananfola, Max; Ayuningrum, Diah; Febrianto, Sigit
Buletin Oseanografi Marina Vol 14, No 3 (2025): Buletin Oseanografi Marina
Publisher : Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/buloma.v14i3.63696

Abstract

Ekosistem mangrove berada pada wilayah intertidal yang memiliki interaksi dinamis antara perairan laut, payau, sungai dan terestrial. Fungsi ekologis ekosistem mangrove sebagai pelindung pantai dari erosi, feeding ground, nursery ground, dan spawning ground bagi biota perairan. Biota yang beragam termasuk moluska kelas bivalvia banyak ditemui di daerah mangrove. Identifikasi spesies bivalvia secara molekuler di kawasan mangrove penting dilakukan untuk mengetahui spesies-spesies bivalvia yang ditemukan secara akurat. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui spesies bivalvia di lokasi penelitian dan mengetahui hubungan filogenetik spesies yang telah ditemukan melalui analisis pohon filogenetik. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kuantitatif dengan metode pengambilan sampel purposive sampling. Penelitian ini berlangsung pada bulan September – Desember 2023. Penanda genetik yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen Cytochrome Oxydase I (COI) dengan penyejajaran sekuens DNA menggunakan metode maximum likelihood. Analisis filogenetik berbasis algoritma neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap pada software MEGA XI. Hasil data sequencing kemudian dianalisis menggunakan BLAST dan menunjukkan sampel BM1 memiliki kemiripan sebanyak 99% dengan spesies Donax incarnatus sedangkan 99,85% pasa sampel BM2 dengan dengan spesies Perna viridis. Hasil analisis filogenetik menunjukkan kladogram kedua spesies ini terdapat pada klade yang berbeda. Klade I terdiri dari sampel BM1 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Donax incarnatus, Donax obesulus, Donax deltoides, dan Donax faba. Klade II terdiri dari sampel BM2 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Perna viridis, Perna canaliculus, Perna perna, dan Perna Picta.
Identification and Phylogenetic Analysis of Blue Swimming Crab (Portunus sp.) in The Northern Waters of Jepara Used DNA Barcoding Lazuardhi, Risqi; Sabdaningsih, Aninditia; Ayuningrum, Diah; Saputra, Suradi Wijaya; Hartoko, Agus; Haeruddin, Haeruddin
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol. 18 No. 2 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v18i2.38705

Abstract

The Awur Bay and Kartini Beach in Jepara, Central Java, are fishing areas with blue swimming crab as a main catch. This study aims to examine the species of blue swimming crabs captured in the Northern Waters of Jepara from different locations, analyze the molecular characteristics based on gender differences, obtain GenBank accession numbers as genetic conservation, and construct their phylogenetic tree. The research used a quantitative descriptive method. Samples were collected using purposive sampling from fishermen's catches and selected based on the difference in crab claws and carapace color, with a total of 4 samples. The samples were extracted using a DNA extraction kit and tested using Polymerase Chain Reaction (PCR) to visualize mitochondrial DNA (COI gene) and processed using MEGA 11. BLAST results showed that the similarity of the samples to Portunus pelagicus ranged from 97.02% to 99.42%. The different colors of claws and carapace did not affect the DNA sequence composition, hence indicating sexual dimorphisms. The DNA sequences from this study were deposited to GenBank with accession number LC836055.1-LC836058.1. Based on the phylogenetic tree construction, the clade of all samples shows a close relationship with the species Portunus pelagicus.
Hydrodynamic Characteristics and Sediment Distribution Patterns in Wulan Delta Estuary, Demak, Indonesia Muskananfola, Max Rudolf; Febrianto, Sigit; Ayuningrum, Diah
Makara Journal of Technology Vol. 27, No. 1
Publisher : UI Scholars Hub

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

The Wulan Delta, located in Wedung, Demak, was formed due to the sedimentation process of the Wulan and Serang rivers. Sediment transport starts from rivers to the sea; the process carries nutrients and various chemicals derived from agricultural, industrial, or household activities. This study aims to analyze the characteristics of hydrodynamics, suspended sediment, and bottom sediments in the Wulan Delta waters, Demak. Field data were collected in transitional season two (October) 2022. The obtained data were then analyzed in the laboratory at the Faculty of Fisheries and Marine Science. Results showed that the speed of the surface current in the study area ranged from 0 to 0.1 m/s in spring tide conditions with a surface current pattern coming from the direction of Semarang toward Jepara and 0–0.18 m/s in neap tide conditions with a current pattern coming from the direction of Jepara toward Semarang. The Wulan Delta has a sedimentary characteristic dominated by fine silt, which is as much as 82%–98%, with a deposition characteristic dominated by wave energy that causes successful sediment sorting with a sorting index of −2.25 to 2 and strongly asymmetrical to a small size with a skewness curve value of two.