This article examines indigenous village governance within Indonesia’s national legal framework by emphasizing the protection of customary law communities’ rights as an integral part of human rights. The study focuses on two distinctive models of indigenous villages, namely Nagari in West Sumatra and Negeri in Ambon. It aims to analyze the extent to which Law Number 6 of 2014 on Villages provides recognition, protection, and fulfillment of the collective rights of indigenous peoples, including the rights to cultural identity, self-governance, and legal certainty. Employing a normative juridical method with statutory and conceptual approaches, this research analyzes national legislation, regional regulations, and relevant human rights principles. The findings reveal that the Village Law recognizes indigenous villages as public legal entities, subject to specific conditions, such as the continued existence of customary law communities, their compatibility with social development, and conformity with the principles of the Unitary State of the Republic of Indonesia. In practice, the governance models of Nagari and Negeri demonstrate institutional and leadership variations that reflect the protection of cultural diversity and collective identity. Nevertheless, challenges remain in ensuring legal certainty and regulatory harmonization between state law and customary law. This study underscores the importance of strengthening indigenous village governance as a legal mechanism for safeguarding the human rights of customary law communities within Indonesia’s pluralistic legal system. Artikel ini mengkaji pemerintahan desa adat dalam kerangka hukum nasional Indonesia dengan menitikberatkan pada aspek perlindungan hak masyarakat hukum adat sebagai bagian dari hak asasi manusia. Fokus kajian diarahkan pada dua model desa adat yang memiliki karakteristik khas, yaitu Nagari di Sumatera Barat dan Negeri di Ambon. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sejauh mana pengaturan desa adat dalam Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa memberikan pengakuan, perlindungan, dan pemenuhan hak-hak kolektif masyarakat adat, khususnya hak atas identitas budaya, hak mengatur dan mengurus kepentingan sendiri, serta hak atas kepastian hukum. Metode penelitian yang digunakan adalah yuridis normatif dengan pendekatan perundang-undangan dan konseptual, melalui penelaahan terhadap Undang-Undang Desa, peraturan daerah, serta prinsip-prinsip hak asasi manusia yang relevan. Hasil kajian menunjukkan bahwa Undang-Undang Desa telah mengakomodasi pengakuan desa adat sebagai subjek hukum publik dengan syarat keberadaan masyarakat hukum adat yang masih hidup, sesuai dengan perkembangan masyarakat, dan sejalan dengan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia. Dalam praktiknya, pemerintahan Nagari dan Negeri memperlihatkan perbedaan model kelembagaan dan kepemimpinan yang mencerminkan pemenuhan hak atas keberagaman dan identitas budaya. Namun demikian, masih ditemukan tantangan dalam aspek kepastian hukum dan harmonisasi regulasi antara hukum negara dan hukum adat. Artikel ini menegaskan pentingnya penguatan desa adat sebagai instrumen perlindungan hak asasi masyarakat hukum adat dalam sistem hukum Indonesia yang pluralistik.