Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

Desain Primer PCR Spesifik Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) DNA Mitokondria Pada Aedes aegypti Moh. Mirza Nuryady; Elly Purwanti; Siti Nur Aldina; Sri Wahyuni; Tutut Indria Permana; Zakiyatul Khoiriyah; Kiky Martha Ariesaka
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 18, No 1 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v1i1.33726

Abstract

AbstrakGen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) merupakan salah satu marker molekuler untuk identifikasi spesies berdasarkan DNA mitokondria. Tujuan dilakukannya penelitian ini, yaitu untuk mendapatkan primer gen COX-1 yang spesifik terhadap nyamuk A. aegypti. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif observasional yaitu dengan melakukan desain primer secara in silico dan konfirmasi secara in vitro ditandai dengan pita DNA hasil PCR. Langkah pertama dari metode ini, yaitu dengan mengunduh urutan DNA COX-1 Aedes aegypti dari Gene Bank (NCBI) dengan nomor aksesi DQ397892.1. Hasil dari Primer3web diperoleh dua primer yang spesifik, yaitu primer pertama memiliki sekuen F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA dan R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT dan pada primer kedua F¢ AGTCCAGCCCTTCTATGATCA dan R¢ TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Optimasi primer pada tahap konfirmasi dilakukan dengan kisaran suhu annealing 46, 48, dan 52 °C didapatkan hasil visualisasi elektroforesis yang menunjukkan adanya pita DNA dengan ukuran +600 bp pada ketiga kondisi suhu. Kesimpulan pada penelitian ini adalah didapatkan dua primer yang spesifik terhadap gen COX-1 Aedes egypti. AbstractThe COX-1 gene (Cytochrome Oxidase Subunit I) is one of the molecular marker for species identification based on mitochondrial DNA. The purpose of this study was to obtain specific COX-1 gene primers for A. aegypti mosquitoes. This research was an observational descriptive study, namely by carrying out the primary design in silico and in vitro confirmation marked by DNA bands from PCR results. The first step of this method is to download the COX-1 Aedes aegypti DNA sequence from the Gene Bank (NCBI) with accession number DQ397892.1. The results from Primer3web obtained two specific primers, namely, the first primer had the sequences F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT and the second primer had F¢AGTCCAGCCCTTCTATGATCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Primer optimization at the confirmation stage was carried out with annealing temperature ranges of 46, 48, and 52 °C. The results of electrophoretic visualization showed the presence of DNA bands with a size of +600 bp at all three temperature conditions. The conclusion of this study was that there were two specific primers  for the COX-1 gene of A. aegypti.
Desain Primer PCR Spesifik Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) DNA Mitokondria Pada Aedes aegypti Nuryady, Moh. Mirza; Purwanti, Elly; Aldina, Siti Nur; Wahyuni, Sri; Permana, Tutut Indria; Khoiriyah, Zakiyatul; Ariesaka, Kiky Martha
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol. 18 No. 1 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v1i1.33726

Abstract

AbstrakGen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) merupakan salah satu marker molekuler untuk identifikasi spesies berdasarkan DNA mitokondria. Tujuan dilakukannya penelitian ini, yaitu untuk mendapatkan primer gen COX-1 yang spesifik terhadap nyamuk A. aegypti. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif observasional yaitu dengan melakukan desain primer secara in silico dan konfirmasi secara in vitro ditandai dengan pita DNA hasil PCR. Langkah pertama dari metode ini, yaitu dengan mengunduh urutan DNA COX-1 Aedes aegypti dari Gene Bank (NCBI) dengan nomor aksesi DQ397892.1. Hasil dari Primer3web diperoleh dua primer yang spesifik, yaitu primer pertama memiliki sekuen F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA dan R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT dan pada primer kedua F¢ AGTCCAGCCCTTCTATGATCA dan R¢ TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Optimasi primer pada tahap konfirmasi dilakukan dengan kisaran suhu annealing 46, 48, dan 52 °C didapatkan hasil visualisasi elektroforesis yang menunjukkan adanya pita DNA dengan ukuran +600 bp pada ketiga kondisi suhu. Kesimpulan pada penelitian ini adalah didapatkan dua primer yang spesifik terhadap gen COX-1 Aedes egypti. AbstractThe COX-1 gene (Cytochrome Oxidase Subunit I) is one of the molecular marker for species identification based on mitochondrial DNA. The purpose of this study was to obtain specific COX-1 gene primers for A. aegypti mosquitoes. This research was an observational descriptive study, namely by carrying out the primary design in silico and in vitro confirmation marked by DNA bands from PCR results. The first step of this method is to download the COX-1 Aedes aegypti DNA sequence from the Gene Bank (NCBI) with accession number DQ397892.1. The results from Primer3web obtained two specific primers, namely, the first primer had the sequences F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT and the second primer had F¢AGTCCAGCCCTTCTATGATCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Primer optimization at the confirmation stage was carried out with annealing temperature ranges of 46, 48, and 52 °C. The results of electrophoretic visualization showed the presence of DNA bands with a size of +600 bp at all three temperature conditions. The conclusion of this study was that there were two specific primers  for the COX-1 gene of A. aegypti.
Co-Authors AA Sudharmawan, AA Agustin, Jihan Ully Agustina, Jihan Aurelia Ainur Rofieq Aisha, Aisha Aldina, Siti Nur Alimatul, Zada Amaliyah Dina Anggraeni Anggitania Dyan Anggraini Anka Mohammad Dinindra Arsya Lingga Datu Asmah Hidayati Aulia, Diva Ayu, Putri Dhiga Agung Sasongkojati Diani Fatmawati Diani Fatmawati Diani Fatmawati Diani Fatmawati Dinindra, Anka Muhammad Dwi Setyawan Elly Purwanti Elly Purwanti Erni Yohani Mahtuti Fatmawati, Diani Fauzi Ahmad Muda Findo Bayu Adji Fitrine Ekawasti, Fitrine Fuad Jaya Miharja Hidajah Rachmawati Husamah Husamah Ichsan Luqmana Indra Putra, Ichsan Luqmana Indra Iin Hindun Iin Hindun Ika Wahyuni Ikmal Reza Fahlevy Ilma Nurul Khoiriyah Inggita Utami Ivan Ardiansyah Jihan Ully Agustin Khoiriyah, Zakiyatul Khoiro, Aisha Azaria Nisa’ul Kiky Martha Ariesaka Kurnia Ayu Miranti Kurnia Ayu Miranti Kwon, Ohseok Lestari, Novi Puji Lise Chamisijatin Lisma Dahlia Lud Waluyo Lutfi, Muhammad Ahman Maliza, Rita Martha Ariesaka, Kiky Miftachur Rohma Misbahul Munir Muhammad Ahman Luthfi Setiawan Naadiya, Nurun Ndzani Latifatur Rofi’ah Nur Ilmi Dwi Sasmitasari Nur Islakhun Nisa’ Nurwidodo, Nurwidodo P. Patmawati Patmawati, P. Phandini, Intan Poncojari Wahyono Pratiwi, Ambar Purwanti, Elly Putri Ayu Irrodah Putri, Aura Febiola Afi Rr. Eko Susetyarini Sasmitasari, Nur Ilmi Dwi Savitri, Aulia Shifa Alkautsar Siti Mariyatul Qibtiyah Siti Nur Aldina Sri Wahyuni Sri Wahyuni Susetyarini, Rr Eko Tamala, Shofi Tutut Indria Permana Ulfa, Darlah Immaria Utami, Inggita Wahyuni, Sri Warkoyo, W. Zada Alimatul Mu’azah Zakiyatul Khoiriyah