Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas air sungai di hutan Sumatera Utara ditinjau dari segi mikrobiologi perairan. Pengambilan sampel dilakukan di tiga titik pada lokasi yaitu sungai dekat hutan, sungai dekat pemukiman masyarakat, dan sungai dekat pertanian. Uji kandungan mikrobiologi dilaksanakan di Laboratorium Manajemen Pengelolaan Sumberdaya Perairan dengan menggunakan metode seri tabung 3-3-3. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri yang ditemukan pada sungai di hutan Sumatera Utara adalah bakteri coliform fecal dengan jumlah pada titik 1 (1360/100 ml), titik 2 (1580/100 ml), titik 3 (1210/100 ml). Kualitas air Sungai di hutan Sumatera Utara tidak memenuhi baku mutu air karena kandungan bakteri fecal coliform berada di atas baku mutu 1000/100 ml.