Teknologi informasi saat ini telah berkembang pesat sehingga mendorong banyak instansi untuk beralih sistem manual dengan sistem digital, termasuk dalam pengelolaan cuti pegawai. Koperasi BMT Mubarakah Kudus masih menerapkan tahapan prosedur yang masih bersifat manual menggunakan perangkat lunak Microsoft Office dan surat menyurat dalam pengajuan cutinya, sehingga rentan menimbulkan resiko seperti kesalahan dalam pencatatan, keterlambatan serta ketidakefisienan administrasi. Penelitian ini bertujuan untuk merancang dan membangun sebuah aplikasi pengelolaan cuti pegawai yang berbasis website dan mampu dalam mengotomatiskan beberapa proses seperti proses pengajuan, persetujuan hingga proses pencatatan cuti pegawai. Metode yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan metode waterfall, yang dimana terdiri dari tahapan analisis kebutuhan, desain, implementasi, pengujian dan pemeliharaan. Sistem yang telah dibuat ini lebih fokus untuk pegawai dan pengelolaan cuti dengan alasan menikah dan melahirkan, hasil dari penelitian ini berupa aplikasi website yang mudah digunakan/user-friendly, sehingga memungkinkan pegawai di BMT Mubarakah Kudus dapat mengajukan cuti, memantau status dan sisa cuti secara online. Selain itu, user manajer dan supervisor dapat mengelola data cuti yang lebih efisien dan akurat. Implementasi sistem ini dapat meningkatkan efisiensi kerja, transparansi dan akuntabilitas dalam pengelolaan cuti dikoperasi BMT Mubarakah Kudus.