Penelitian ini bertujuan untuk menggambarkan serta menganalisa secara detail konsep manajemen dan pembaharuan yang dilakukan kyai pada Pondok Pesantren Al Muayyad Surakarta. Penelitian ini menggunakan pendekatan penelitian studi kasus pada pondok pesantren Al-Muayyad Surakarta. Pendekatan ini dipilih karena dalam penelitian ini peneliti akan mendiskripsian secara rinci serta mendalam yang khusus menganalisa gambaran kondisi yang sebenarnya terjadi di Pondok pesantren Al-Muayyad Surakarta. Data kualitatif diperoleh dari hasil wawancara, observasi kelas dan dokumen. Penulis menggunakan Sumber dan teknik triangulations digunakan untuk mendapatkan tingkat validitas yang tinggi dari data ini. Selanjutnya, dalam teknik menganalisa data, Penulis menggunakan Interakif Model yang diusulkan oleh Miles dan Huberman. Hasil penelitian, maka ditemukan bahwa: (1). Dalam penelitian ini peneliti menemukan konsep kepemimpinan kyai dalam melakukan perubahan di situs pondok pesantren Al-Muayyad meliputi beberapa hal yaitu; 1. Perubahan visi dan misi, 2. Perubahan kurikulum; berasal dari lokal pondok, kemenag, kemendiknas, melakukan pembelajaran bahasa asing, dan ilmu komputer, 3. Perubahan isi/Subtansi; pembahasan ilmu agama dengan kurikulum gontor, bahasa Asing, pelajaran agama, materi umum, bahasa inggris dkk, 3. Perubahan metode pendidikan; terdapat sistem sekolah formal berjenjang, hafalan, musyawarah, ceramah, system modern, study banding, seminar, penggunaan media, hafalan, demonstrasi, ekperimen, 4.Perubahan sarana dan prasarana; modern, memiliki laboratorium, komputer, LCD, 5.Perubahan Kelembagaan; lembaga pondok dan sistem madrasah, jama’ah qiraatul qutub madrasah, gedung pembelajaran, 6. Perubahan tenaga pendidik; harus memiliki kualifikasi khusus dibidangnya, jika guru umum harus minimal S-1dan diutamakan S-2, jika mengajar ilmu agama harus merupakan lulusan pondok yang jelas dan memiliki syarat-syarat tertentu.