Garuda - Garba Rujukan Digital

Pengaruh kitosan, mikroba antagonis, dan bakteri endofit dalam menekan perkembangan penyakit bercak daun pada bibit kelapa kopyor (Effect of chitosan, antagonist and endophytic bacteria in suppressing the development of leaf spot disease in kopyor coconut seedlings) Deden Dewantara ERIS; Sri WAHYUNI; Imron RIYADI; Happy WIDIASTUTI; . SISWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 87, No 1 (2019): April, 2019
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Currently, tissue culture is one of the best techniques in propagating of kopyor coconut. The important stage in plant propagation through tissue culture is acclimatization. Upon entering the acclimatization stage, the problem that couldarise in kopyor coconut seedlings is leaf spot disease caused by the fungus Colletotrichumsp., Curvularia sp. and Pestalotiopsissp. Environmentally friendly leaf spot disease control techniques can be done through the use of chitosan, antagonists microbes and endophytic bacteria. This study aimed to examine the use of chitosan, microbial antagonists, endophytic bacteria and their combinations to control leaf spot kopyor coconut disease in four different disease severity categories, namely severe/heavy, moderate, mild, and healthy.Disease development was observed every three weeks, while the rate of disease infection, area under the disease development curve (AUDPC) and disease progression/delta were observed 15 weeks after treatment. The result showed that in heavy severity category, endophytic bacteria treatment was more effective to inhibit leaf spot disease showed by AUDPC value of 131.95 units that significantly different compared to others. In the moderate category, combination treatment was more effective to suppress leaf spot disease, showed by the lowest infection rate by 0.03 unit per week, and percentage disease value progression changes was 12.10%, with no significantly different AUDPC value to the other treatments. In mild and healthy severity category, there were no significanly different between the rate of infection and AUDPC in all treatments. While the percentage of change progression disease was significantly different between endophytic treatment and control. [Keywords: coconut kopyor seedling, leaf spot disease, antagonist microbes, endophyticbacteria, chitosan]Abstrak Saat ini, teknik kultur jaringan merupakan salah satu teknik terbaik untuk memproduksi bibit kelapa kopyor. Tahap penting dalam perbanyakan tanaman melalui kultur jaringan adalah aklimatisasi. Pada saat memasuki tahap aklimatisasi, masalah yang dapat muncul pada bibit kelapa kopyor adalah serangan penyakit bercak daun yang disebabkan oleh cendawan Colletotrichumsp., Curvulariasp. dan Pestalotiopsis sp.Teknik pengendalian penyakit bercak daun yang ramah lingkungan dapat melalui pemanfaatan kitosan, mikroba antagonis dan bakteri endofit. Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh kitosan, mikroba antagonis, bakteri endofit dan kombinasinya untuk mengendalikan penyakit bercak daun bibit kelapa kopyor pada empat kategori keparahan penyakit yang berbeda yaitu berat, sedang, ringan, dan sehat. Perkembangan penyakit diamati setiap tiga minggu selama 15 minggu sedangkan laju infeksi penyakit, luas area dibawah kurva perkembangan penyakit (AUDPC)dan persentase selisih/delta perkembangan penyakit dihitung pada minggu ke 15.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada bibit kelapa kopyor dengan kategori keparahan berat, perlakuan bakteri endofit lebih efektif menghambat bercak daun dengan menghasilkan nilai AUDPC terkecil yaitu sebesar 131,95 unit dan berbeda nyata dibandingkan dengan perlakuan lainnya sedangkan laju infeksi dan persentase delta perkembangan penyakit tidak berbeda nyata dibandingkan dengan perlakuan lainnya. Pada bibit kopyor kategori keparahan sedang, perlakuan kombinasi lebih efektif menekan bercak daun ditunjukkan dengan laju infeksi terendah sebesar 0,03 unit per minggu yang menghasilkan delta perkembangan penyakit terkecil yakni sebesar 12,1%, dengan nilai AUDPC tidak berbeda nyata dibandingkan dengan perlakuan lainnya. Pada bibit kopyor kategori keparahan ringan dan sehat, tidak terdapat perbedaan yang nyata untuk parameter laju infeksi dan nilai AUDPC pada semua perlakuan. Sedangkan nilai persentase delta perkembangan penyakit pada perlakuan endofit berbeda nyata dibandingkan dengankontrol. [Kata Kunci: bibit kelapa kopyor, penyakit bercak daun, kitosan, mikroba antagonis, bakteri endofit]

Produksi dan karakterisasi lakase Omphalina sp. Production and characterization of Omphalina sp. laccase . SISWANTO; . SUHARYANTO; Rossy FITRIA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 75, No 2: Desember 2007
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryOmphalina sp. a white-rot fungi (WRF)originated from oil palm plantation has abilityto degrade empty fruit bunches of oil palm(EFBOP) so that it is expected to producelaccase with high activity. The ability ofOmphalina sp. to produce laccase enzyme onliquid fermentation will be studied. The enzymewill also be partially purified andcharacterized. The research result showed thatthe highest enzyme activity (1.162 U/mL) wasobtained using glucose malt yeast (GMY)medium at room temperature for four days.The addition of 2,5-xylidine as an inducerproduced laccase earlier i.e two days, but theactivity of laccase was less active afterprolonged incubation compared to that ofcontrol. The laccase produced on mediumcontaining 2% EFBOP reached optimumactivity as much as 0.38 U/mL after 10 th daysof incubation. Partial purification of laccaseon Sephacryl S-200 HR column resulted58.23% of yield recovery with twice purity thanbefore. The optimum pH of laccase was 4.5.Laccase activity was stable even after heatedon 50 o C for 30 minutes, but then decreasedwhen heated until 60 o C. The laccase has K Mand V max as much as 0.15 mM and 0.56 U/mLrespectively.RingkasanOmphalina sp., adalah fungi pelapuk putih(FPP) hasil isolasi dari kebun kelapa sawityang diketahui mampu mendegradasi tandankosong kelapa sawit (TKKS) dengan cepatsehingga diharapkan mampu menghasilkanlakase dengan aktivitas tinggi. KemampuanOmphalina sp. menghasilkan enzim lakasepada fermentasi cair akan dipelajari. Selain itu,lakase yang dihasilkan akan dimurnikan secaraparsial serta dilakukan karakterisasi pH, suhu,dan konsentrasi substrat optimum. Hasilpenelitian menunjukkan bahwa Omphalina sp.menghasilkan lakase dengan aktivitas tertinggi(1,162 U/mL) pada medium glucose malt yeast(GMY) yang diinkubasikan pada suhu ruangselama empat hari. Penambahan 2,5-xilidinsebagai induser mempercepat produksi lakaselebih awal yaitu dalam waktu dua hari, namunaktivitasnya masih lebih rendah dibandingkandengan kontrol pada inkubasi lebih lanjut.Lakase dari Omphalina sp. juga dapatdiproduksi pada medium yang mengandung2% TKKS dan aktivitasnya mencapai0,38 U/mL yang diinkubasi dalam suhu ruangselama 10 hari. Pemurnian parsial pada kolomSephacryl S-200 HR menghasilkan rendemensebesar 58,23% dengan kemurnian dua kalinya.Aktivitas lakase optimum pada pH 4,5 dantetap stabil setelah pemanasan selama 30 menitpada suhu ruang hingga 50 o C dan menuruntajam pada suhu 60 o C. Lakase Omphalina sp.menghasilkan nilai K M dan V maks masing-masing sebesar 0,15 mM dan 0,56 U/mL.

Two-dimensional gel electrophoresis and immunoblotting for detection of antigenic proteins from natural rubber latex Gel elektroforesis 2-dimensi dan imunobloting untuk deteksi protein antigen dari lateks karet alam . Siswanto
E-Journal Menara Perkebunan Vol 80, No 2: Desember 2012
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstrakLateks karet alam banyak digunakan untuk produksi peralatan medis, industri dan rumah tangga. Reaksi alergi yang disebabkan oleh protein asal lateks telah banyak dilaporkan terutama berkaitan dengan penggunaan sarung tangan asal karet alam. Namun tidak semua jenis protein dari karet alam bisamenyebabkan alergi. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi jenis protein antigenik yang berasal dari karet alam menggunakan teknik imunobloting. Protein diekstrak dari tiga fraksi sentrifugasi lateks (serum B sebagai fraksi dasar, serum C atau serum sitosolik sebagai fase tengah dan partikel karet sebagai fase atas) dan tujuh jenis sarung tangan komersial, kemudian dipisahkan berdasarkan berat molekulnya melalui Gel elektroforesis 1-D (SDS PAGE) dan 2-D. Selanjutnya untuk deteksi protein antigenik secara immuno-chemiluminescense dilakukan imunobloting menggunakan IgG antibodi poliklonal anti protein lateks dari kelinci putih New Zealand dan diwarnai dengan Sypro Ruby protein blot fluorescence. Hasil imunobloting menunjukkan bahwa tidak semua protein serum C dan serum B bersifat antigenik. Terdapat lebih dari 14 spot protein antigenik yang terdeteksi dari serum C pada posisi pI antara pH 4,2 s/d pH 6,8, serta lebih dari 16 spot protein antigenik yang terdeteksi pada serum B dengan pI antara pH 5,5 s/d pH 7,0. Protein yang bersifat antigenik dalam serum C a.l: dengan BM 43 kDa diduga Hev b 7,01, BM 22 kDa adalah Hev b 3 dan BM 15 kDa adalah Hev b 8. Sedangkan protein antigenik dalam serum B dengan BM 42 kDa diduga adalah Hev b 10, dan BM 39 kDa adalah Hev b 2. Protein yang bersifat antigenik pada sarung tangan yang terdeteksi dengan IgG kelinci anti serum-C antara lain Hev b 5 dengan BM 14 kDa, Hev b 1 (BM 10 kDa), Hev b 6.03 (BM 18 dan 19 kDa), dan Hev b9 (BM 55 kDa). Sedangkan yang terdeteksi dengan antibodi IgG anti serum B antara lain Hev b 6.02 dengan BM 7 kDa, serta Hev b 10 (BM 46 kDa) dan Hev b9 (BM 55 kDa). AbstractNatural rubber latex is widely used for the production of medical, industrial and household devices. Allergic reactions caused by latex proteins have been reported primarily related with the use of natural rubber gloves. However, not all types of proteins from natural rubber can cause allergies. This study was conducted to detect the type of antigenic proteins derived from natural rubber with immunobloting techniques. Proteins were extracted from three fractions of latex centrifugation (Bserum as bottom fractions, C-serum or cytosolic serum asmiddle phase and rubber particles as upper phase) and seven types of commercial gloves, then separated by molecular weight through 1-D gel electrophoresis (SDS PAGE) and 2-D. Detection of antigenic protein byimmuno-chemiluminescense, was performed by immunoblotting using polyclonal antibody IgG anti-protein latex from New Zealand white rabbits and stained withSypro Ruby protein blot fluorescence. Immunobloting results indicate that not all proteins from C-serum and Bserum were antigenic. More than 14 antigenic protein spots were detected in the samples of C-serum at pI between pH 4.2 to pH 6.8, and more than 16 antigenic protein spots were detected in the samples of B-serum at pI between pH 5.5 to pH 7.0. Antigenic proteins detected in C-serum were MW 43 kDa suspected as Hev b 7:01, MW 22 kDa was Hev b 3 and MW 15 kDa was Hev b 8. While the antigenic protein detected in B-serumwith MW 42 kDa was suspected as Hev b 10, and protein with MW 39 kDa was Hev b 2. Antigenic proteins detected on the rubber gloves with rabbit IgG anti-Cserum were Hev b 5 with MW 14 kDa, Hev b 1 (MW 10 kDa), Hev b 6:03 (MW 18 and 19 kDa), and Hev b9 (MW 55 kDa). Whereas antigenic protein of rubbergloves detected with IgG anti-B serum were Hev b 6:02 with MW 7 kDa, and Hev b 10 (46 kDa) and Hev b9 (MW 55 kDa).

Ekspresi β -1,3 glukanase dan kitinase pada tanaman kopi arabika (Coffea arabica L.) tahan dan rentan karat daun Expression of β-1,3 glucanase and chitinase of arabica coffee (Coffea arabica L.) resistant and susceptible against leaf rust disease Asmini BUDIANI; I SUSANTI; Surip MAWARDI; D A SANTOSO; . SISWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 2: Desember 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Leaf rust disease caused by Hemileia vastatrix is considered to be one of the most important diseases on arabica coffee plantation. In order to understand the mechanism underlying resistance of arabica coffee against leaf rust disease, this research was aimed to study expression of β-1,3 glucanase (GLU) and chitinase (CHI) genes in the arabica coffee S1934 and BLP10 that have been reported respectively as a resistant and susceptible varieties to H. vastatrix. The two varieties were essayed against H. vastatrix, and an RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) using total RNAs from the S1934 and BLP10, both inoculated with H. vastatrix and uninnoculated was carried out for studying the expression of GLU and CHI. Two primer pairs were designed to amplify the conserved region of GLU and CHI. Amplification products were sequenced and the nucleotide sequences were subjected to BlastX analysis. The result of bioassay confirmed that arabica coffee S1934 was resistant to H. vastatrix, while BLP10 was susceptible. β-1,3 glucanase was expressed in all of the four samples, the inoculated and uninnoculated S1934, and BLP10 in different degree. S1934 expressed higher GLU compared to BLP10. In the inoculated S1934 the expression of this gene was higher compared to that of the uninoculated one. Expression of CHI was detected only in the S1934, both inoculated and uninoculated. Sequence analysis confirmed that the RT-PCR products were exon regions of genes encoding β-1,3 glucanase dan chitinase respectively. Both of the cDNA fragment have been cloned in E.coli. Ringkasan Karat daun yang disebabkan oleh jamur Hemileia vastatrix merupakan salah satu penyakit penting pada perkebunan kopi arabika. Untuk memahami mekanisme ketahanan kopi arabika terhadap karat daun, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen β-1,3 glukanase dan kitinase pada varietas kopi arabika S1934 yang dilaporkan tahan karat daun dan varietas BLP10 yang termasuk rentan karat daun. Untuk itu kedua varietas diuji kembali ketahanannya terhadap H. vastatrix melalui bioesai dan dilakukan RT-PCR menggunakan RNA total dari S1934 dan BLP10, baik yang diinokulasi dengan H. vastatrix maupun yang tidak diinokulasi, untuk mempelajari ekspresi gen GLU dan CHI. Dua pasang primer spesifik dirancang untuk mengamplifikasi daerah konservatif kedua gen tersebut. Hasil amplifikasi disekuen dan dianalisis menggunakan program BlastX. Hasil bioesai mengkonfirmasi bahwa S1934 tahan terhadap H. vastatrix, sedangkan BLP10 rentan. β-1,3 glukanase diekspresikan pada kedua varietas, baik yang diinokulasi maupun yang tidak diinokulasi, namun dengan tingkat ekspresi yang sedikit berbeda. Varietas S1934 mengekspresikan β-1,3 glukanase lebih tinggi dibandingkan dengan BLP10. Ekspresi gen tersebut pada S1934 yang diinokulasi lebih tinggi dibandingkan dengan yang tidak diinokulasi. Sedangkan kitinase hanya diekspresikan pada varietas S1934. Hasil sekuensing dan analisis DNA mengkonfirmasi bahwa sekuen hasil RT-PCR merupakan bagian ekson dari gen penyandi β-1,3 glukanase dan kitinase. Kedua fragmen tersebut telah diklon pada E. coli.

Transformasi kopi robusta (Coffea canephora) dengan gen kitinase melalui Agrobagterium tumefaciens LBA4404 Transformation of robusta coffee (Coffea canephora) with chitinase gene mediated by Agrobacterium tumefaciens LBA4404 . SISWANTO; Fetrina OKTAVIA; Asmini BUDIANI; . , SUDARSONO; . PRIYONO; Surip MAWARDI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 71, No 2: Desember 2003
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryGenetic engineering of robusta coffee forresistance to pathogenic fungi is considered to beone of the potential approaches to overcome theproblem at robusta coffee plantation caused bypathogenic fungi. This research was aimed tointroduce chitinase (CHI) gene into embryogeniccalli of robusta coffee and regenerate theplantlets. Embryogenic calli were co-cultivatedwith Agrobacterium tumefaciens LBA4404harboring pCAMBIA1301 which containschitinase gene under 35S promoter. In thisresearch four concentrations (0, 50, 100 and150 mg/L) of acetosyringone (AC) were used inthe co-cultivation medium. Selection fortransformed calli was conducted by graduallyincreasing the concentration of hygromicin from5 to 25 mg/L. Somatic embryo (SE) was inducedfrom callus on the medium containing acombination of BAP 5 mg/L and IAA (0, 0.25 or0.50 mg/L). Integration CHI in plant genome wasexamined by GUS assay and PCR. The resultrevealed that among the four AC concentrationstested, 100 mg/L gave the highest percentage ofcalli growing on the selection medium (42.5%).BAP concentration of 5 mg/L alone was the mosteffective for inducing of SE from transformedcalli with the highest percentage of 43.1% andaverage number SE of 8.8 ± 3. The strongestGUS expression on the calli at 3 days aftertransformation and the calli grown on selectionmedium containing 150 mg/L AC, which were56.5% and 40% respectivelly. PCR analysisshowed that 7 out of 12 plantlets tested,contained CHI gene. From this research 28transgenic plantlets of robusta coffee wereobtainedRingkasanRekayasa genetika untuk merakit tanamankopi robusta tahan jamur pathogen dipandangmerupakan salah satu pendekatan alternatif yangpotensial untuk mengatasi masalah padaperkebunan kopi robusta akibat serangan jamurpatogen. Penelitian ini bertujuan untuk meng-introduksikan gen kitinase (CHI) ke dalam kalusembriogenik kopi robusta dan regenerasinyamenjadi planlet, sebagai upaya untuk merakittanaman kopi robusta tahan serangan jamur.Kalus embriogenik diko-kultivasi denganAgrobacterium tumefaciens LBA4404 pembawapCAMBIA1301 yang mengandung gen kitinasedi bawah kontrol promotor 35S. Pada percobaanini, empat konsentrasi asetosiringon (AS) (0, 50,100 dan 150 mg/L) digunakan dalam medium ko-kultivasi. Seleksi kalus hasil transformasidilakukan dengan peningkatan konsentrasi higro-misin secara bertahap dari 5 mg/L sampai25 mg/L. ES diinduksi dari kalus pada mediumyang mengandung BAP 5 mg/L dan IAA (0; 0,25dan 0,50 mg/L). Integrasi gen CHI ke dalamgenom tanaman dianalisis melalui uji GUS danPCR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa darikeempat konsentrasi AS yang diuji, AS 100 mg/Lternyata menghasilkan persentase tertinggi kalusyang tumbuh pada medium seleksi (42,5%).Konsentrasi BAP 5 mg/L tanpa penambahan IAAefektif menginduksi ES dari kalus hasiltransformasi dengan persentase tertinggi 43,1%dan rata-rata jumlah ES 8,8±3. Ekspresi GUStertinggi dideteksi pada kalus tiga hari setelahtransformasi dan kalus yang tumbuh di mediumseleksi yang mengandung AS 150 mg/L,masing-masing 56,5% dan 40,0 %. Analisis PCRmenunjukkan bahwa 7 planlet dari 12 planletyang diuji, membawa gen CHI. Dari penelitianini dihasilkan 28 planlet kopi robusta transgenik.

Optimasi pengomposan tandan kosong kelapa sawit menggunakan dekomposer bakteri lignoselulolitik skala komersial Optimization of decomposition of empty fruit bunches oil palm using lignocellulolytic bacterialdecomposercomposting in commercial scale Happy WIDIASTUTI; Haryo Tejo PRAKOSO; . SUHARYANTO; . SISWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 83, No 2: Desember 2015
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractDecomposition produces methane gas that contribute to greenhouse gas emissions. A research has been conducted to anticipate the occurrence of greenhouse gas emissions by composting of oil palm empty fruit bunches (EFB) waste with aerobic systems using lignocellulolytic bacterial decom-posers (LCBD) in a commercial scale. Two of the activities carried out areoptimization of anaerobic decomposition (pre-treatment) process and optimization of anaerobic-aerobic decompositionin a scale of 50 tons and 780 tons. The results showed that the best pre-treatment is decomposition using fungal decomposer (Acticomp) in an open area and covered with a plastic. In the anaerobic-aerobic decomposition system on scale of 50 tons, the best treatment is using fungal decomposer (Acticomp) and lcbd both for four weeks each while on a scale of 780 tons showed that EFB decomposition on combination of anaerobic and aerobic decom-position system within two months and two weeks respectively produce compost with the C/N ratio of 20.5. The properties of compost was perfectly mature and producing the highest number of green bean germinated seeds.AbstrakPengomposan atau dekomposisi secara anaerob menghasilkan gas metan yang dapat me-nyumbang emisi gas rumah kaca.Untuk antisipasi terjadinya emisi gas rumah kaca telah dilakukan penelitian pengomposan limbah tandan kosong kelapa sawit (TKKS) dengan sistem aerobik menggunakan dekomposer bakteri lignoselulolitik (DBLS)pada skala komersial. Dua kegiatan yang dilakukan adalah optimasi pengomposan anaerob (pre treatment) dan optimasi pengomposan anaerobik-aerobik masing-masing pada skala 50 ton dan 780 ton. Pada optimasi pengomposan dua faktor yang diuji adalah penggunaan dekomposer dan penutupan kompos sedangkan pada optimasi pengomposan anaerobik-aerobik diuji pengaruh penggunaan DBLS dan pengaruh penggunaan DBLS dan lama periode sistem pengomposan. Hasil pengujian menunjukkan bahwa pre treatment terbaik adalah pengomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) di areal terbuka dan ditutup terpal. Perlakuan pada sistem anaerobik-aerobik skala 50 ton terbaik adalah pengomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) selama empat minggu dan dengan DBLS selama empat minggu sedangkan pada skala 780 ton menunjukkan bahwa pengomposan TKKS pada kombinasi antara pe-ngomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) dan DBLS masing-masing dalam waktu dua bulan dan dua minggu menghasilkan kompos TKKS dengan rasio C/N 20,5 dengan karakter matang sempurna dan mampu menghasilkan jumlah biji kacang hijau berkecambah tertinggi.

Optimasi pengomposan tandan kosong kelapa sawit menggunakan dekomposer bakteri lignoselulolitik skala komersial Optimization of decomposition of empty fruit bunches oil palm using lignocellulolytic bacterialdecomposercomposting in commercial scale Happy WIDIASTUTI; Haryo Tejo PRAKOSO; . SUHARYANTO; . SISWANTO
Menara Perkebunan Vol. 83 No. 2: 83 (2), 2015
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v83i2.2

AbstractDecomposition produces methane gas that contribute to greenhouse gas emissions. A research has been conducted to anticipate the occurrence of greenhouse gas emissions by composting of oil palm empty fruit bunches (EFB) waste with aerobic systems using lignocellulolytic bacterial decom-posers (LCBD) in a commercial scale. Two of the activities carried out areoptimization of anaerobic decomposition (pre-treatment) process and optimization of anaerobic-aerobic decompositionin a scale of 50 tons and 780 tons. The results showed that the best pre-treatment is decomposition using fungal decomposer (Acticomp) in an open area and covered with a plastic. In the anaerobic-aerobic decomposition system on scale of 50 tons, the best treatment is using fungal decomposer (Acticomp) and lcbd both for four weeks each while on a scale of 780 tons showed that EFB decomposition on combination of anaerobic and aerobic decom-position system within two months and two weeks respectively produce compost with the C/N ratio of 20.5. The properties of compost was perfectly mature and producing the highest number of green bean germinated seeds.AbstrakPengomposan atau dekomposisi secara anaerob menghasilkan gas metan yang dapat me-nyumbang emisi gas rumah kaca.Untuk antisipasi terjadinya emisi gas rumah kaca telah dilakukan penelitian pengomposan limbah tandan kosong kelapa sawit (TKKS) dengan sistem aerobik menggunakan dekomposer bakteri lignoselulolitik (DBLS)pada skala komersial. Dua kegiatan yang dilakukan adalah optimasi pengomposan anaerob (pre treatment) dan optimasi pengomposan anaerobik-aerobik masing-masing pada skala 50 ton dan 780 ton. Pada optimasi pengomposan dua faktor yang diuji adalah penggunaan dekomposer dan penutupan kompos sedangkan pada optimasi pengomposan anaerobik-aerobik diuji pengaruh penggunaan DBLS dan pengaruh penggunaan DBLS dan lama periode sistem pengomposan. Hasil pengujian menunjukkan bahwa pre treatment terbaik adalah pengomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) di areal terbuka dan ditutup terpal. Perlakuan pada sistem anaerobik-aerobik skala 50 ton terbaik adalah pengomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) selama empat minggu dan dengan DBLS selama empat minggu sedangkan pada skala 780 ton menunjukkan bahwa pengomposan TKKS pada kombinasi antara pe-ngomposan dengan dekomposer jamur (Acticomp) dan DBLS masing-masing dalam waktu dua bulan dan dua minggu menghasilkan kompos TKKS dengan rasio C/N 20,5 dengan karakter matang sempurna dan mampu menghasilkan jumlah biji kacang hijau berkecambah tertinggi.

Immuno-chemiluminescense detection of allergenic proteins from rubber gloves and natural rubber latex Deteksi protein allergen secara imunokimia dari sarung tangan dan lateks karet alam . Siswanto
Menara Perkebunan Vol. 83 No. 1: 83 (1), 2015
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v83i1.10

AbstrakLateks alam maupun produk jadi yang berasal dari karet alam diketahui mengandung protein alergen. Namun demikian identifikasi jenis protein allergen belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi protein alergen dari sarung tangan dan lateks karet alam menggunakan metode immuno-chemiluminescense. Protein di-ekstrak dari tiga fraksi sentrifugasi lateks (serum B, serum C dan partikel karet) serta tujuh jenis sarung tangan komersial, kemudian dipisahkan berdasarkan berat molekulnya melalui Gel elektroforesis 1-D (SDS PAGE) dan 2-D. Selanjutnya untuk deteksi protein allergen secara immuno-chemiluminescense dilaku-kan imunobloting menggunakan serum Ig_E tiga pasien yang terbukti positif alergi terhadap protein asal sarung tangan lateks, kemudian diwarnai dengan Sypro Ruby protein blot fluorescence. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan hasil analisis Western blot one-DE sampel protein lateks menggunakan serum tiga orang tenaga medis yang terbukti positif alergi terhadap protein lateks, maka dapat diidentifikasi 14 jenis protein alergen pada sarung tangan lateks, empat diantaranya merupakan pita major yaitu Berat Molekul (BM) 35, 38, 46 dan 56 kDa. Protein allergen pada sarung tangan tersebut kemungkinan berasal dari bagian C-serum terutama protein BM 46 dan 56 kDa ataupun campuran antara C-serum dan B-serum dari lateks karet alam. Hal ini dibuktikan bahwa dari sampel C-serum lateks dapat teridentifikasi 12 protein alergen, empat diantaranya merupakan pita major yaitu BM 42, 46, 51 dan 56 kDa. Sedangkan dari sampel B-serum teridenti-fikasi tiga pita major dengan BM 14, 16 and 51 kDa. Hasil analisis Western blot 2-DE ekstrak protein sarung tangan menggunakan serum tiga orang tenaga medis yang terbukti positif alergi terhadap protein lateks, maka dapat diidentifikasi 12 - 13 spot protein alergen dengan pI at 4.0 to 7.0 dan yang paling dominan adalah dengan BM 23, 35, 38, 42, 45, 46 kDa.Abstract Natural rubber latex and finished products derived from natural rubber is known to contain allergenic proteins. Nevertheless identification of allergenic protein has not been widely reported. This study aims to detect the protein allergens from the glove of hands and natural rubber latex using immuno-chemiluminescense. Proteins extracted from the latex centrifugation three fractions (serum B, serum C and rubber particles) as well as seven types of commercial gloves, then separated by molecular weight through 1-D gel electrophoresis (SDS PAGE) and 2-D. Furthermore, for the detection of allergen proteins in immuno-chemiluminescense performed immunoblotting using the serum IgE three patients who tested positive for allergy to latex gloves native protein, and then stained with fluorescence Sypro Ruby protein blot. The results showed that based on the results of Western blot analysis of one-DE latex proteins using serum samples three medical personnels who tested positive for allergy to latex proteins, we can identify 14 types of protein allergens in latex gloves, four of which are major bands that having Molecular Weight (MW) 35, 38, 46 and 56 kDa. Protein allergen on the gloves are likely to come from the C-serum protein mainly MW 46 and 56 kDa, or a mixture of C-serum and B-serum of natural rubber latex. It was proved that from C-serum samples could be identified as many as 12 protein latex allergens, four of which were major bands that MW 42, 46, 51 and 56 kDa. While the B-serum samples identified three major bands with MW 14, 16 and 51 kDa. Results of Western blot analysis of 2-DE protein extracts glove using the serum three medical personnel who tested positive for allergy to latex proteins, it could be identified 12-13 allergen protein spot with pI at 4.0 to 7.0 and most dominant is the MW 23, 35, 38, 42, 45, 46kDa.

Eksplorasi dan karakterisasi bakteri aerob ligninolitik serta aplikasinya untuk pengomposan tandan kosong kelapa sawit Exploration and characterization of ligninolytic aerobic bacteria and its application in composting oil palm empty fruit bunch Haryo Tejo PRAKOSO; Happy WIDIASTUTI; . SUHARYANTO; . SISWANTO
Menara Perkebunan Vol. 82 No. 1: 82 (1), 2014
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v82i1.27

AbstractLignin is a complex compounds that makes up the cell walls of plants and is quite difficult to degrade at normal ambient condition. One of the organic materials with high lignin content is empty fruit bunches (EFB) of oil palm. So far, the well-studied microorganism to degrade lignin is of a class of fungi. Utilization of bacteria to degrade lignin in EFB has rarely been reported although application of the bacteria is very important if it is associated with aerobic composting which requires regular turning process and supporting clean development mechanism (CDM). The objective of this study was to explore and characterize the bacteria having capability to degrade lignin in EFB. The result showed that from 14 types of sample, 12 and 11 isolates were obtained through non enrichment and enrichment methods respectively. Qualitative test was performed using a lignin derivative dye (methylene blue/MB) suspended in Luria Bertani (LB) solid media and the formation of the clear zone was observed, while quantitative assay was performed with enzyme activity assays of laccase (Lac), manganese peroxidase (Mn-P), and lignin peroxidase (Li-P). The best isolate (FS isolate) was obtained from enrichment method that able to make 0.6 cm clear zone of LB media + MB and actively produced laccase, manganese peroxidase with and without addition of Mn with an activity of 2.68, 20.02, and 0.36 U/mL, respectively. While the best isolate from non enrichment method was CRK 1, that was able to make 0.3 cm clear zone and produced Mn-peroxidase with and without addition of Mn as much as 2.09 and 0.23 U/mL, respectively. Application of the decomposer formula could speed upthe declining rate of C/N ratio and suppressing Escherichia coli and Salmonella sp.in EFB compost produced. Abstrak Lignin merupakan senyawa kompleks yang menyusun dinding sel tanaman dan cukup sulit didegradasi secara alami. Salah satu bahan organik yang mempunyai kadar lignin tinggi adalah tandan kosong kelapa sawit (TKKS). Sejauh ini, mikroorganisme yang banyak dipelajari dalam mendegradasi lignin adalah dari golongan jamur. Peng-gunaan bakteri dalam mendegradasi lignin pada TKKS belum banyak dilaporkan walaupun peran bakteri lignino-litik aerob sangat penting jika dikaitkan dengan proses pengomposan secara aerob yang membutuhkan pembalikan secara berkala danprogram clean development mechanism (CDM). Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi dan meng-karakterisasi bakteri yang berpotensi mendegradasi lignin dalam pengomposan TKKS. Dari 14 jenis sampel diperoleh sebanyak 12 dan 11 isolat melalui metode tanpa dan dengan pengkayaan. Uji kualitatif dilakukan dengan mengukur terbentuknya zona bening pada media Luria Bertani (LB) padat yang mengandung senyawa warna turunan lignin (biru metilen/MB).Uji kuantitatif dilakukan dengan mengukur aktivitaslakase, Mn-peroksidase, dan lignin peroksidase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat FS merupakan isolat terbaik dari metode pengkayaan yang mampu membentuk zona bening pada medium LB + MB 0,6 cm, sedangkan isolat terbaik dari metode tanpa pengkayaan adalah CRK 1 dengan zona bening 0,3 cm pada medium yang sama setelah inkubasisemalam. Isolat FS memiliki aktivitas lakase, Mn-peroksidase dengan dan tanpa Mn berturut-turut adalah sebesar 2,68; 20,02; dan0,36 U/mL, sedangkan isolat CRK 1 memiliki aktivitas Mn-peroksidase dengan dan tanpa Mnberturut-turut adalah 2,09 dan 0,23 U/mL. Aplikasi formula dekomposer pada pengompos-an 200 ton TKKS mampu mempercepat laju penurunan nisbah C/N dan menekan populasi Escherichia coli dan Salmonella sp.

Two-dimensional gel electrophoresis and immunoblotting for detection of antigenic proteins from natural rubber latex Gel elektroforesis 2-dimensi dan imunobloting untuk deteksi protein antigen dari lateks karet alam . Siswanto
Menara Perkebunan Vol. 80 No. 2: 80 (2), 2012
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v80i2.36

AbstrakLateks karet alam banyak digunakan untuk produksi peralatan medis, industri dan rumah tangga. Reaksi alergi yang disebabkan oleh protein asal lateks telah banyak dilaporkan terutama berkaitan dengan penggunaan sarung tangan asal karet alam. Namun tidak semua jenis protein dari karet alam bisamenyebabkan alergi. Penelitian ini dilakukan untuk mendeteksi jenis protein antigenik yang berasal dari karet alam menggunakan teknik imunobloting. Protein diekstrak dari tiga fraksi sentrifugasi lateks (serum B sebagai fraksi dasar, serum C atau serum sitosolik sebagai fase tengah dan partikel karet sebagai fase atas) dan tujuh jenis sarung tangan komersial, kemudian dipisahkan berdasarkan berat molekulnya melalui Gel elektroforesis 1-D (SDS PAGE) dan 2-D. Selanjutnya untuk deteksi protein antigenik secara immuno-chemiluminescense dilakukan imunobloting menggunakan IgG antibodi poliklonal anti protein lateks dari kelinci putih New Zealand dan diwarnai dengan Sypro Ruby protein blot fluorescence. Hasil imunobloting menunjukkan bahwa tidak semua protein serum C dan serum B bersifat antigenik. Terdapat lebih dari 14 spot protein antigenik yang terdeteksi dari serum C pada posisi pI antara pH 4,2 s/d pH 6,8, serta lebih dari 16 spot protein antigenik yang terdeteksi pada serum B dengan pI antara pH 5,5 s/d pH 7,0. Protein yang bersifat antigenik dalam serum C a.l: dengan BM 43 kDa diduga Hev b 7,01, BM 22 kDa adalah Hev b 3 dan BM 15 kDa adalah Hev b 8. Sedangkan protein antigenik dalam serum B dengan BM 42 kDa diduga adalah Hev b 10, dan BM 39 kDa adalah Hev b 2. Protein yang bersifat antigenik pada sarung tangan yang terdeteksi dengan IgG kelinci anti serum-C antara lain Hev b 5 dengan BM 14 kDa, Hev b 1 (BM 10 kDa), Hev b 6.03 (BM 18 dan 19 kDa), dan Hev b9 (BM 55 kDa). Sedangkan yang terdeteksi dengan antibodi IgG anti serum B antara lain Hev b 6.02 dengan BM 7 kDa, serta Hev b 10 (BM 46 kDa) dan Hev b9 (BM 55 kDa). AbstractNatural rubber latex is widely used for the production of medical, industrial and household devices. Allergic reactions caused by latex proteins have been reported primarily related with the use of natural rubber gloves. However, not all types of proteins from natural rubber can cause allergies. This study was conducted to detect the type of antigenic proteins derived from natural rubber with immunobloting techniques. Proteins were extracted from three fractions of latex centrifugation (Bserum as bottom fractions, C-serum or cytosolic serum asmiddle phase and rubber particles as upper phase) and seven types of commercial gloves, then separated by molecular weight through 1-D gel electrophoresis (SDS PAGE) and 2-D. Detection of antigenic protein byimmuno-chemiluminescense, was performed by immunoblotting using polyclonal antibody IgG anti-protein latex from New Zealand white rabbits and stained withSypro Ruby protein blot fluorescence. Immunobloting results indicate that not all proteins from C-serum and Bserum were antigenic. More than 14 antigenic protein spots were detected in the samples of C-serum at pI between pH 4.2 to pH 6.8, and more than 16 antigenic protein spots were detected in the samples of B-serum at pI between pH 5.5 to pH 7.0. Antigenic proteins detected in C-serum were MW 43 kDa suspected as Hev b 7:01, MW 22 kDa was Hev b 3 and MW 15 kDa was Hev b 8. While the antigenic protein detected in B-serumwith MW 42 kDa was suspected as Hev b 10, and protein with MW 39 kDa was Hev b 2. Antigenic proteins detected on the rubber gloves with rabbit IgG anti-Cserum were Hev b 5 with MW 14 kDa, Hev b 1 (MW 10 kDa), Hev b 6:03 (MW 18 and 19 kDa), and Hev b9 (MW 55 kDa). Whereas antigenic protein of rubbergloves detected with IgG anti-B serum were Hev b 6:02 with MW 7 kDa, and Hev b 10 (46 kDa) and Hev b9 (MW 55 kDa).

Title

Found 32 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 32 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 32 Documents
Search