Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : Biotropika

Simulasi Metode Statistik untuk Seleksi Single Nucleotide Polymorphism Mohamad Ikhsan Nurulloh; Hidayat Trimarsanto; Yustinus Ulung Anggraito; Endah Peniati; R Susanti
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 7, No 1 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2019.007.01.04

Abstract

Kemajuan teknologi sekuensing menyebabkan peningkatan ketersediaan sekuen genom organisme. Ribuan strain dan isolat dari berbagai populasi organisme telah diisolasi serta diketahui sekuen genomnya. Informasi genetik populasi organisme dapat dimanfaatkan sebagai marka molekuler. Marka Single Nucleotide Polymorphism (SNP) terdapat dalam jumlah banyak namun tidak seluruhnya informatif. Metode seleksi yang telah ada belum efektif menyeleksi SNP informatif, oleh karena itu perlu dilakukan pengembangan metode seleksi SNP yang efektif. Metode seleksi SNP dikembangkan menggunakan metode statistik dengan FST sebagai filter (penyaring) utamanya dan digabungkan dengan Linkage Disequilibrium (LD). Struktur populasi dari SNP diketahui menggunakan Principal Component Analysis (PCA), Principal Coordinate Analysis (PCoA), pairwise FST, dan neighbor-joining population tree. Kriteria SNP informatif diketahui dengan menghitung FST dan Minor Allele Frequency (MAF). Metode statistik diuji efektivitasnya dalam menyeleksi SNP informatif menggunakan simulasi data genetik populasi. Hasil penelitian menunjukkan pengembangan metode statistik dengan menggunakan FST sebagai penyaring utama efektif dalam menyeleksi SNP informatif. Kriteria SNP informatif adalah SNP dengan MAF 0,2-0,4 serta FST 0,1-0,4 dan 0,8-1,0.
Co-Authors Abdullah Muamar Adinda Berliana Putri Afifah, Diana Iffatul Afifah, Diana Iffatul Agus Prasetyo, Ahmad Ahmad Agus Prasetyo Aida Fariroh, Aida Amin Retnoningsih Andin Irsadi Andreas Priyono Budi Prasetyo Anggraeni, Diah Arum Ardiansari, Anidya Arum Sasi, Fitri Arumsasi, Fitri Astiti, Ikhsana Nuri Ayuwaningsih, Melina Siska Cendikia Hesti Ariyani Citra Tania, Melika Dewi Mustikaningtyas Elin Rahmawati Endah Peniati Enni Suwarsi Rahayu Fatimah Dini Pamungkas Siwi, Fatimah Dini Pamungkas Febriyanto Febriyanto Febriyanto Febriyanto Fitri Arum Sasi, Fitri Arum Fransiska Harahap Hapsari Hidayah, Farida Hidayah, Farida Hidayat Trimarsanto Ibnul Mubarok Isnahardiyanti, Fadhila Istiawan, Edy Izzah, Noor Khairunnisa Kris D, Yermia Dita Krispinus Kedati Pukan Kurniahtunnisa Kurniahtunnisa Lail Isro, Abda Ma'rifah, Amriyah Ummi Mahlail, Febrina Icha Marthani, Queen K. A Martien Herna Susanti Maulibulung Sinaga, Na Dame Melati, Dinda Milatuzzahroh, Laily Mohamad Ikhsan Nurulloh Muamar, Abdullah Mudaningrat, Ajeng Mukh Syaifudin Nana Kariada Trimartuti Nicky, Dhea Nikmah, Nailatun Ning Setiati Noor Aini Habibah Nugrahaningsih Wahyu Harini Nugraini, Anisa Ratna Oktaviana, Eryka Pa’ee, Furzani Peryana, Riska Pit’ay, Marisa Fonny Pramesti Dewi Prihandoko, Arief Priskila, Erin Priyantini Widiyaningrum Purnami, Sri Wahyu Putri, Fiky Auliyah Putri, Fiky Auliyah R Susanti R. Susanti, R. Susanti Ragilia Novitasari, Ragilia Rahayu, Enni Rahayu, Enni S. Rani, Bone Kartika Retno Sri Iswari Rizqiyati, Ni'mah Rizqiyati, Ni'mah Rohmah, Sifa Wahdatun Saiful Ridlo Samsul Nizar Septiana Anggraini Septiana Anggraini, Septiana Sigit Saptono Sinaga, Na Dame Maulibulung Siti Alimah Siti Harnina Bintari Siti Rosidah Sri Mulyani Endang Susilowati, Sri Mulyani Endang Sri Ngabekti Sriyadi Sriyadi, Sriyadi SUTIKNO Suwarsi Rahayu, Enni Syahriza, Farah Ayu Afdhila Talitha Widiatningrum Triana, Dwita Umam, Mirzalul Umaya, Flora usumawardani, Rini K Yanti Lusiyanti Yuliyani, Rahma