Alergi susu sapi dipengaruhi oleh dua faktor utama, yaitu predisposisi genetik dan faktor lingkungan. Interaksi antara faktor genetik dan faktor lingkungan mencetuskan terjadinya alergi susu sapi diperantarai oleh mekanisme epigenetik. Faktor lingkungan selama masa prenatal maupun postnatal dapat memengaruhi program epigenetik pada masa awal perkembangan sistem imun. Faktor lingkungan, seperti paparan terhadap mikroba, faktor diet pada ibu dan anak serta mikrobiota pada saluran cerna memengaruhi proses imunitas di masa yang akan datang dan berperan penting dalam perkembangan penyakit alergi.